BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023P18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 153,906,053 - 154,014,802
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043652, 1700058C13Rik, Plunc, 2310021H06Rik
Upstream geneBC020535, Hck, Tm9sf4, Tspyl3, Plagl2, Pofut1, Kif3b, 2500004C02Rik, Asxl1, 8430427H17Rik, Commd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1, EG329541, LOC100043869, Spag4l, Bpil1, Bpil3, Rya3, LOC100043870, Gm1006, EG545477, Psp
Downstream geneU46068, BC018465, 5430413K10Rik, OTTMUSG00000015915, Cdk5rap1, Snta1, Cbfa2t2, Apba2bp, 1700003F12Rik, E2f1, Pxmp4, Zfp341, Chmp4b, LOC668936, LOC435692, Raly, Eif2s2, a, Ahcy, Itch, LOC100043877
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023P18.bB6Ng01-023P18.g
ACCDH855754DH855755
length1,083765
definitionDH855754|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023P18, 5' end.DH855755|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023P18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,906,053 - 153,907,161)(154,014,038 - 154,014,802)
sequence
gaattctctaggatctaagttatagctatttgtgagctgccatttgggtc
ctggaaatcaaatcctggttctcatagtagtaaaggctttccactgctga
aacatcttcccaaccccaagggaaattgttttatacgtgcaaataatatg
tcacccaaaagtgacaacattgctgaaagtaaaattttaaaaaatcgtca
gacactaaggttataaagtttcactaatatctacttttaactgagataaa
attgccagtgcttcaacatatttttctgctttctcatatcaaaaaaaatg
ccttccttatattcaaaagctttgcagcatgtagtttatgtgatagcact
gcagtaaaatagacgaattctctctcgatctggttctggctctggctcta
tcaatctcactctatagctccaactctctagctctcactcccaccctccc
cctgatccctcttttgcaaagaagaatttgcaagttgaggtggaactcca
aaatagataacctgcccaaggcaaaacattacattgagtgggtggtgttc
caatcatgtttctgttgtactgtgaggtaggtcgtgggactgcttctgtc
cttatggctaatggaaatctaagaagctgagcctctgtgctacttacacg
cctggttcttgttgtaccctaaccccattgctggacctctctggtttcag
taactctttccaaacagggatctaagttgtgttttaagacaaatgccagc
acattgcttaagtgccagggaaaatgagaccaggaagctgtcataactgg
ggattataataagttgggcagagaatatcctagcctatgacagataatcc
ttaatgcctcattgaagatttcataagaattcatcccttgatctaatggt
cctgccttcatccctgacagacaaagtgctttacattccaggaggcttcc
tatacacagaaagggattctttttctagtgactcagcaggcagtacagac
ttgggatgactctgatattcagtacaactctccccaaaaccttgatgtac
ttgagtactgtcatggcaactgcatcacctgac
gaattctgtcagcccattccttcactaacattgaataatgtcaggtcttg
ttggtgtgctaacgccatctttacaagaaagcatgccactgatgctttgt
gactatcaggagaaagtttggttgctaaattagtattcaaaccctccatg
gctaaagcccatctttttccagccttgaattttccaggtttctccccccc
acctacacggatgcgaatagtcctctcttgtgccaagcagttcattttcc
tttgctcttacatagctgttttctcacttgaagagcactcttgccattac
cagtctggagatgtcccatttgtctttttttttttttttttttttttttt
acattggatattttatttgtttacatttcaaatgttatcccttttcccag
tttcccctctgtaaaccccctatcccattccccctccccctgcttctatg
agggcactcccccttccacctcaccaccctagcattcctctatactgggg
catcaagcctttgcaggaccaagggactcctctcccattgatgccacatc
aaccccttccccatttgtctttttaagactcagcctaagagcttggttat
agctcagttggttgagtacttgcttaaagtggacagagccctaagtttga
actggaggcaggagggtcagaagttcaaggttatctttaagcatatagga
agtttgaggctaacctgagctacataaaaccttgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtatgagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_153906053_153907161
seq2: B6Ng01-023P18.b_44_1126

seq1  GAATTCTCTAGGATCTAAGTTATAGCTATTTGTGAGCTGCCATTTGGGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGGATCTAAGTTATAGCTATTTGTGAGCTGCCATTTGGGTC  50

seq1  CTGGAAATCAAATCCTGGTTCTCATAGTAGTAAAGGCTTTCCACTGCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAATCAAATCCTGGTTCTCATAGTAGTAAAGGCTTTCCACTGCTGA  100

seq1  AACATCTTCCCAACCCCAAGGGAAATTGTTTTATACGTGCAAATAATATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCTTCCCAACCCCAAGGGAAATTGTTTTATACGTGCAAATAATATG  150

seq1  TCACCCAAAAGTGACAACATTGCTGAAAGTAAAATTTTAAAAAATCGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAAAAGTGACAACATTGCTGAAAGTAAAATTTTAAAAAATCGTCA  200

seq1  GACACTAAGGTTATAAAGTTTCACTAATATCTACTTTTAACTGAGATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAAGGTTATAAAGTTTCACTAATATCTACTTTTAACTGAGATAAA  250

seq1  ATTGCCAGTGCTTCAACATATTTTTCTGCTTTCTCATATCAAAAAAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCAGTGCTTCAACATATTTTTCTGCTTTCTCATATCAAAAAAAATG  300

seq1  CCTTCCTTATATTCAAAAGCTTTGCAGCATGTAGTTTATGTGATAGCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTATATTCAAAAGCTTTGCAGCATGTAGTTTATGTGATAGCACT  350

seq1  GCAGTAAAATAGACGAATTCTCTCTCGATCTGGTTCTGGCTCTGGCTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAAAATAGACGAATTCTCTCTCGATCTGGTTCTGGCTCTGGCTCTA  400

seq1  TCAATCTCACTCTATAGCTCCAACTCTCTAGCTCTCACTCCCACCCTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTCACTCTATAGCTCCAACTCTCTAGCTCTCACTCCCACCCTCCC  450

seq1  CCTGATCCCTCTTTTGCAAAGAAGAATTTGCAAGTTGAGGTGGAACTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCCCTCTTTTGCAAAGAAGAATTTGCAAGTTGAGGTGGAACTCCA  500

seq1  AAATAGATAACCTGCCCAAGGCAAAACATTACATTGAGTGGGTGGTGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGATAACCTGCCCAAGGCAAAACATTACATTGAGTGGGTGGTGTTC  550

seq1  CAATCATGTTTCTGTTGTACTGTGAGGTAGGTCGTGGGACTGCTTCTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATGTTTCTGTTGTACTGTGAGGTAGGTCGTGGGACTGCTTCTGTC  600

seq1  CTTATGGCTAATGGAAATCTAAGAAGCTGAGCCTCTGTGCTACTTACACG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGGCTAATGGAAATCTAAGAAGCTGAGCCTCTGTGCTACTTACACG  650

seq1  CCTGGTTCTTGTTGTACCCTAACCCCATTGCTGGACCTCTCTGGTTTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTTCTTGTTGTACCCTAACCCCATTGCTGGACCTCTCTGGTTTCAG  700

seq1  TAACTCTTTCCAAACAGGGATCTAAGTTGTGTTTTAAGACAAATGCCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCTTTCCAAACAGGGATCTAAGTTGTGTTTTAAGACAAATGCCAGC  750

seq1  ACATTGCTTAAGTGCCAGGGAAAATGAGACCAGGAAGCTGTCATAACTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGCTTAAGTGCCAGGGAAAATGAGACCAGGAAGCTGTCATAACTGG  800

seq1  GGATTATAATAAGTTGGGCAGAGAATATCCTAGCCTATGACAGATAATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATAATAAGTTGGGCAGAGAATATCCTAGCCTATGACAGATAATCC  850

seq1  TTAATGCCTCATTGAAGATTTTCAATAAGAAATTCATCCCTTGATCTTAA  900
      |||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||| |||
seq2  TTAATGCCTCATTGAAGATTT--CATAAG-AATTCATCCCTTGATC-TAA  896

seq1  TGGTCCTGCCTTCATCCCTGACAGACAAAAGTGCTTTACATTCCAGGAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTGCCTTCATCCCTGACAGAC-AAAGTGCTTTACATTCCAGGAGG  945

seq1  CTTCCTATACACAGAAAGGGATTCTTTTTCCAAGGTGACTCCAAGCAGGC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||  |||||||
seq2  CTTCCTATACACAGAAAGGGATTCTTTTTCTA--GTGACTC--AGCAGGC  991

seq1  AGTACAGACTTGGGATGACCTCTGATATCTCAGTACAACTCTCCCCCCAA  1050
      |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||
seq2  AGTACAGACTTGGGATGA-CTCTGATAT-TCAGTACAACTCTCCCCAAAA  1039

seq1  AGAGCCTTTGATGTATACTATGGAAGGTACTGTCATGGCAGACATTGCAG  1100
           | ||||||||     | ||  ||||||||||||||   | |||| 
seq2  -----CCTTGATGTA----CTTGA--GTACTGTCATGGCA---ACTGCA-  1074

seq1  TCACCTGAC  1109
      |||||||||
seq2  TCACCTGAC  1083

seq1: chr2_154014038_154014802
seq2: B6Ng01-023P18.g_69_833 (reverse)

seq1  TCTCTCTCATACACACACACACACACACACACAAGGTTTTATGTAGCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCATACACACACACACACACACACACAAGGTTTTATGTAGCTCA  50

seq1  GGTTAGCCTCAAACTTCCTATATGCTTAAAGATAACCTTGAACTTCTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGCCTCAAACTTCCTATATGCTTAAAGATAACCTTGAACTTCTGAC  100

seq1  CCTCCTGCCTCCAGTTCAAACTTAGGGCTCTGTCCACTTTAAGCAAGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGCCTCCAGTTCAAACTTAGGGCTCTGTCCACTTTAAGCAAGTAC  150

seq1  TCAACCAACTGAGCTATAACCAAGCTCTTAGGCTGAGTCTTAAAAAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCAACTGAGCTATAACCAAGCTCTTAGGCTGAGTCTTAAAAAGACA  200

seq1  AATGGGGAAGGGGTTGATGTGGCATCAATGGGAGAGGAGTCCCTTGGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGGAAGGGGTTGATGTGGCATCAATGGGAGAGGAGTCCCTTGGTCC  250

seq1  TGCAAAGGCTTGATGCCCCAGTATAGAGGAATGCTAGGGTGGTGAGGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGGCTTGATGCCCCAGTATAGAGGAATGCTAGGGTGGTGAGGTGG  300

seq1  AAGGGGGAGTGCCCTCATAGAAGCAGGGGGAGGGGGAATGGGATAGGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGAGTGCCCTCATAGAAGCAGGGGGAGGGGGAATGGGATAGGGGG  350

seq1  TTTACAGAGGGGAAACTGGGAAAAGGGATAACATTTGAAATGTAAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGAGGGGAAACTGGGAAAAGGGATAACATTTGAAATGTAAACAAA  400

seq1  TAAAATATCCAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACAAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATCCAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACAAATGG  450

seq1  GACATCTCCAGACTGGTAATGGCAAGAGTGCTCTTCAAGTGAGAAAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTCCAGACTGGTAATGGCAAGAGTGCTCTTCAAGTGAGAAAACAG  500

seq1  CTATGTAAGAGCAAAGGAAAATGAACTGCTTGGCACAAGAGAGGACTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAAGAGCAAAGGAAAATGAACTGCTTGGCACAAGAGAGGACTATT  550

seq1  CGCATCCGTGTAGGTGGGGGGGAGAAACCTGGAAAATTCAAGGCTGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATCCGTGTAGGTGGGGGGGAGAAACCTGGAAAATTCAAGGCTGGAAA  600

seq1  AAGATGGGCTTTAGCCATGGAGGGTTTGAATACTAATTTAGCAACCAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGGCTTTAGCCATGGAGGGTTTGAATACTAATTTAGCAACCAAAC  650

seq1  TTTCTCCTGATAGTCACAAAGCATCAGTGGCATGCTTTCTTGTAAAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTGATAGTCACAAAGCATCAGTGGCATGCTTTCTTGTAAAGATG  700

seq1  GCGTTAGCACACCAACAAGACCTGACATTATTCAATGTTAGTGAAGGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTAGCACACCAACAAGACCTGACATTATTCAATGTTAGTGAAGGAAT  750

seq1  GGGCTGACAGAATTC  765
      |||||||||||||||
seq2  GGGCTGACAGAATTC  765