BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025A06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 157,305,504 - 157,444,484
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBlcap, Nnat
Upstream geneEpb4.1l1, 0610011L14Rik, Dlgap4, Myl9, LOC433546, Tgif2, LOC100043677, 1110008F13Rik, Sla2, LOC100043880, Ndrg3, LOC668943, Dsn1, 9830001H06Rik, Gm1332, Samhd1, Rbl1, LOC100043882, 4922505G16Rik, Rpn2, Ghrh, LOC100043678, Manbal, Src
Downstream geneCtnnbl1, LOC100043681, Gm691, 2610036D13Rik, 2610304G08Rik, Tgm2, D630003M21Rik, Bpi, Lbp, 9430008C03Rik, A930034L06Rik, B230339M05Rik, LOC628935, BC054059, LOC545481, Slc32a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025A06.bB6Ng01-025A06.g
ACCDH856482DH856483
length1,034475
definitionDH856482|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025A06, 5' end.DH856483|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(157,305,504 - 157,306,543)(157,444,004 - 157,444,484)
sequence
gaattccaatgtattttgctatttctttttttaattaaaaactttgaaat
ccagatgaaatccatacaacctgtaatcaccttctggaagagagtgttcc
tagtgtgtggggacaccgccactcgcctgtccccctccctgtctgtcccc
catcagcacactggccgttggacgtaccatgtgactctggtgggttcagg
ctctcccccgtgggagactgggagtttcctgattcactccttatcaagag
gaccatgacctttgctatttttagcagccacactctggccgggatgatcc
aggtcacccaggctggctgtggactgtggccctctgagtcagtggctcac
agtctcctttcctggctgacactgctgcactcccaagcatcactgctgct
ctttgatggtctctcccgctacccttggctggccacctagcccccatctc
tctgtcaccctctctagacaccagctcttcctcagtcccctcggtttgtc
cctcctctgcttcagtccactctgtcccttggagctctggggtgggtgca
gttcaggccttagccttttggtggcatacgttccacacctcactctcctt
tgtcaccagctgggatggcatgtcaccaccatacgatgggcagtcacaca
ccttgccctcaggaccattgtacctgacaccttccctggccatagggtca
ggcctgaccctccttgggctgtcgtctggctgcaagtcccctccccagac
ctgtgaatggttccgatgcttcgggtctctttactgtctgacacctacgc
gcttagcatcctccctctgaggtatccctggggagagcttcaagaacagc
ctccaccaggctgtgtgctggaagcgtccgcaagtccatcggagtcccat
gaaccaagtagtgttcagtgccaagaggggctctccttcagcaccttgtg
agaaaagggcgtgtcccgtgccagcctcctgagggactgtcccaggccag
cctcctcattgtctgccccttttctcatgtctta
tacttttccctggtgtctcctcccctcaggatgctccttggccacaaact
tcacctgcccctgctgcaatcacccagtgctgggctcaccccgctgtaga
ggaatgaagctactttttatgggaggcattacacaatgtttgctccagca
ggagtggccaggttacaccgtctcctcaactggttttcaggagtggagct
agatagaagcccagagcccttaaagacttggggctgggaacgtgactccg
ttagcagagtgcaggcttagcatgcaccaagctctggctttgatcctcag
tatcacatgaactagtgtggtaatgcatgcctacagtctcagcatctggg
aggaggaggcagaaggatcagaagtccatgttcattcctagctaatagag
agttcaaggttagcctgagctacctgagactctgtcaagaagaggaggag
gaagaggaggaggaggaggaggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_157305504_157306543
seq2: B6Ng01-025A06.b_43_1076

seq1  GAATTCCAATGTATTTTGCTATTTCTTTTTTTAATTAAAAACTTTGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATGTATTTTGCTATTTCTTTTTTTAATTAAAAACTTTGAAAT  50

seq1  CCAGATGAAATCCATACAACCTGTAATCACCTTCTGGAAGAGAGTGTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGAAATCCATACAACCTGTAATCACCTTCTGGAAGAGAGTGTTCC  100

seq1  TAGTGTGTGGGGACACCGCCACTCGCCTGTCCCCCTCCCTGTCTGTCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGTGGGGACACCGCCACTCGCCTGTCCCCCTCCCTGTCTGTCCCC  150

seq1  CATCAGCACACTGGCCGTTGGACGTACCATGTGACTCTGGTGGGTTCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCACACTGGCCGTTGGACGTACCATGTGACTCTGGTGGGTTCAGG  200

seq1  CTCTCCCCCGTGGGAGACTGGGAGTTTCCTGATTCACTCCTTATCAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCCCGTGGGAGACTGGGAGTTTCCTGATTCACTCCTTATCAAGAG  250

seq1  GACCATGACCTTTGCTATTTTTAGCAGCCACACTCTGGCCGGGATGATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGACCTTTGCTATTTTTAGCAGCCACACTCTGGCCGGGATGATCC  300

seq1  AGGTCACCCAGGCTGGCTGTGGACTGTGGCCCTCTGAGTCAGTGGCTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACCCAGGCTGGCTGTGGACTGTGGCCCTCTGAGTCAGTGGCTCAC  350

seq1  AGTCTCCTTTCCTGGCTGACACTGCTGCACTCCCAAGCATCACTGCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCTTTCCTGGCTGACACTGCTGCACTCCCAAGCATCACTGCTGCT  400

seq1  CTTTGATGGTCTCTCCCGCTACCCTTGGCTGGCCACCTAGCCCCCATCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATGGTCTCTCCCGCTACCCTTGGCTGGCCACCTAGCCCCCATCTC  450

seq1  TCTGTCACCCTCTCTAGACACCAGCTCTTCCTCAGTCCCCTCGGTTTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCACCCTCTCTAGACACCAGCTCTTCCTCAGTCCCCTCGGTTTGTC  500

seq1  CCTCCTCTGCTTCAGTCCACTCTGTCCCTTGGAGCTCTGGGGTGGGTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCTGCTTCAGTCCACTCTGTCCCTTGGAGCTCTGGGGTGGGTGCA  550

seq1  GTTCAGGCCTTAGCCTTTTGGTGGCATACGTTCCACACCTCACTCTCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGCCTTAGCCTTTTGGTGGCATACGTTCCACACCTCACTCTCCTT  600

seq1  TGTCACCAGCTGGGATGGCATGTCACCACCATACGATGGGCAGTCACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCAGCTGGGATGGCATGTCACCACCATACGATGGGCAGTCACACA  650

seq1  CCTTGCCCTCAGGACCATTGTACCTGACACCTTCCCTGGCCATAGGGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCCTCAGGACCATTGTACCTGACACCTTCCCTGGCCATAGGGTCA  700

seq1  GGCCTGACCCTCCTTGGGCTGTCGTCTGGCTGCAAGTCCCCTCCCCAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGACCCTCCTTGGGCTGTCGTCTGGCTGCAAGTCCCCTCCCCAGAC  750

seq1  CTGTGAATGGTTCCGATGCTTCGGGTCTCTTAACTGTCTGACACCTACGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAATGGTTCCGATGCTTCGGGTCTCTTTACTGTCTGACACCTACGC  800

seq1  GCTTAGCATCCTCCCTCTGAGGTATCCCTGGGGAAGAGCTTCAAGAACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTTAGCATCCTCCCTCTGAGGTATCCCTGGGG-AGAGCTTCAAGAACAG  849

seq1  CCTCCACCAGGCTGTGTGCTGGAAGCGTCCGCAAGTCCATCGGAGTCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACCAGGCTGTGTGCTGGAAGCGTCCGCAAGTCCATCGGAGTCCCA  899

seq1  TGAACCAAGTAGTGTTCAAGTGCCAAGAGGGGCTCTCCTTCAGCACCTGT  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TGAACCAAGTAGTGTTC-AGTGCCAAGAGGGGCTCTCCTTCAGCACCTTG  948

seq1  GGAGAAAAGGGGCGTGTCCCGTGCCAGCCCTCCTGAGGGACATGTCCCAG  1000
       ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  TGAGAAAA-GGGCGTGTCCCGTGCCAG-CCTCCTGAGGGAC-TGTCCCAG  995

seq1  GCCAGCCCTCCTCAGTGTCTGCCCCCTTTCTCATGTCTTA  1040
      ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCCAG-CCTCCTCATTGTCTGCCCCTTTTCTCATGTCTTA  1034

seq1: chr2_157444004_157444484
seq2: B6Ng01-025A06.g_67_547 (reverse)

seq1  CCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCTTCTTGACAGAGTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCTTCTTGACAGAGTCTC  50

seq1  AGGTAGCTCAGGCTAACCTTGAACTCTCTATTAGCTAGGAATGAACATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGCTCAGGCTAACCTTGAACTCTCTATTAGCTAGGAATGAACATGG  100

seq1  ACTTCTGATCCTTCTGCCTCCTCCTCCCAGATGCTGAGACTGTAGGCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGATCCTTCTGCCTCCTCCTCCCAGATGCTGAGACTGTAGGCATG  150

seq1  CATTACCACACTAGTTCATGTGATACTGAGGATCAAAGCCAGAGCTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACCACACTAGTTCATGTGATACTGAGGATCAAAGCCAGAGCTTGGT  200

seq1  GCATGCTAAGCCTGCACTCTGCTAACGGAGTCACGTTCCCAGCCCCAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTAAGCCTGCACTCTGCTAACGGAGTCACGTTCCCAGCCCCAAGT  250

seq1  CTTTAAGGGCTCTGGGCTTCTATCTAGCTCCACTCCTGAAAACCAGTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGGGCTCTGGGCTTCTATCTAGCTCCACTCCTGAAAACCAGTTGA  300

seq1  GGAGACGGTGTAACCTGGCCACTCCTGCTGGAGCAAACATTGTGTAATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACGGTGTAACCTGGCCACTCCTGCTGGAGCAAACATTGTGTAATGC  350

seq1  CTCCCATAAAAAGTAGCTTCATTCCTCTACAGCGGGGTGAGCCCAGCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATAAAAAGTAGCTTCATTCCTCTACAGCGGGGTGAGCCCAGCACT  400

seq1  GGGTGATTGCAGCAGGGGCAGGTGAAGTTTGTGGCCAAGGAGCATCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGATTGCAGCAGGGGCAGGTGAAGTTTGTGGCCAAGGAGCATCCTGA  450

seq1  GGGGAGGAGACACCAGGGAAAAGTAGAATTC  481
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGAGACACCAGGGAAAAGTAGAATTC  481