BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028D13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 136,626,571 - 136,728,949
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMkks, 2210009G21Rik
Upstream genePlcb4, 6330527O06Rik, Pak7, LOC668910, LOC100043492, BC034902, Ankrd5, Snap25, LOC668911
Downstream geneJag1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028D13.bB6Ng01-028D13.g
ACCDH858758DH858759
length1,146986
definitionDH858758|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028D13, 5' end.DH858759|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028D13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,626,571 - 136,627,723)(136,727,965 - 136,728,949)
sequence
gaattcttagttccactcataatctgtagctccccatggaatctggcaca
gccacggccaagaccatagcttgttctgttcctgccctaaccttcctccc
tattaagatgtctgagaacactacctacagaaactccttgcaccagttcc
tactttagatcttagactctactgtagggaacctgacgtaagaccacttc
cggtcatacagcacttggaacagtcttagctaagagacaggacagcaagc
ttatgcttgaacacagaatctatgagttctaagagaaagttaattctatg
tatactagtaggggggaagagaattttagcaacaagactcctctctagtg
attagacaccaaaaagtctcatgtctctactaagcacagcatttatttgc
ccatatcccacatggtgttgcttttctttccaaaatgcatctcactattg
ctagcattcagtagaatttcaacacaggctgacagctcacatgtttctaa
gtttatgtgggctctagagtttacaaagcactgtacatactccaagcatg
tttcacagactggtagcatcttgtcctctgagaactagagatgctaaatt
ccatgtgtgctccagacttactaagtgagactgtcttggctggggtcagc
aacctgagttttaacaagatcttaggattattcttaggacatgagtattt
gaggaacattcatacaaatcatctcctacaactcattgaaaggtagattg
gctgacatgaaattacaggcaaaaaaaatgcaattgcaacaggaaccaaa
cattcatatacttatgaaaacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacagctctgacttgtttacatgctataagagtacaaggttaggcc
tcagcagagactctgaaacctagtccagcacttgctaacttgataaacca
tttatctccttcagcctctgtttcttcatcaataaaatggaaacacgcca
gggctagttcaccctaactttatggatgattaatccaaaatgaaaaatga
gatgctatccatcttaaaggtaagcttatatctaagactgtcaactaagt
cctaagcccttgatgttctaatggctctatagccctttaattaaag
gaattctcatgcactcccagtgggaacataaaatatttaacaatgctttt
tttttttttttgtaggtctgatgacataccagagacaaataaaagcatta
tttgtaacaaaaaacacaaaggagtttcacagcaacatcattcaaaataa
ccaaaacatagagataaaccaagtatcaactgatgtgtgtattgtggtat
attttttgtcattaaaaggaaaaataatcccttttatcaaatcaaatgat
ctctagtttagaaaattacaagcatgtaggtaactctactaaagacacac
agagagaaaataggggatgcttacaagctgagactttctttttctttctt
ttttttttaataattctgtctatttttactagctattttctttatttaca
tttcaaatgttatcccctttcctagtttcccctccaaaaatcccctatca
tctaccccctccccctgctccccaattcacctactcctgcttcctggccc
tggcattcccctatactagggcataaagccttcacaggaccaagggcctc
tcctcccattgatgactgactaggccatcctttgctacatatgtagctgg
agccatgagtcccaccatgtgttttctttgattggtggtttagtcccagg
gagctctggggatactggttggtccacactgttgttcctcctatagggct
gcagaccccttcagctccttgggtcctttctctagctcctccattgggga
ccttgtgctcagtccaatgattggctgtgagcatccacttctgtatttgt
gagacactaggagagcctctcgggagacagctttatcaggctcttgtcaa
gctgagactttctaagtcacatgcttcctatctacctagatgacccaaat
gaaaaatccacatttagggaactgagttgatgaaaaatggagtcaaaaaa
cgaacgaacaaaataaacgaataaaaaagaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_136626571_136627723
seq2: B6Ng01-028D13.b_47_1192

seq1  GAATTCTTAGTTCCACTCATAATCTGTAGCTCCCCATGGAATCTGGCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGTTCCACTCATAATCTGTAGCTCCCCATGGAATCTGGCACA  50

seq1  GCCACGGCCAAGACCATAGCTTGTTCTGTTCCTGCCCTAACCTTCCTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACGGCCAAGACCATAGCTTGTTCTGTTCCTGCCCTAACCTTCCTCCC  100

seq1  TATTAAGATGTCTGAGAACACTACCTACAGAAACTCCTTGCACCAGTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGATGTCTGAGAACACTACCTACAGAAACTCCTTGCACCAGTTCC  150

seq1  TACTTTAGATCTTAGACTCTACTGTAGGGAACCTGACGTAAGACCACTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAGATCTTAGACTCTACTGTAGGGAACCTGACGTAAGACCACTTC  200

seq1  CGGTCATACAGCACTTGGAACAGTCTTAGCTAAGAGACAGGACAGCAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCATACAGCACTTGGAACAGTCTTAGCTAAGAGACAGGACAGCAAGC  250

seq1  TTATGCTTGAACACAGAATCTATGAGTTCTAAGAGAAAGTTAATTCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTTGAACACAGAATCTATGAGTTCTAAGAGAAAGTTAATTCTATG  300

seq1  TATACTAGTAGGGGGGAAGAGAATTTTAGCAACAAGACTCCTCTCTAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTAGTAGGGGGGAAGAGAATTTTAGCAACAAGACTCCTCTCTAGTG  350

seq1  ATTAGACACCAAAAAGTCTCATGTCTCTACTAAGCACAGCATTTATTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGACACCAAAAAGTCTCATGTCTCTACTAAGCACAGCATTTATTTGC  400

seq1  CCATATCCCACATGGTGTTGCTTTTCTTTCCAAAATGCATCTCACTATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCCCACATGGTGTTGCTTTTCTTTCCAAAATGCATCTCACTATTG  450

seq1  CTAGCATTCAGTAGAATTTCAACACAGGCTGACAGCTCACATGTTTCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATTCAGTAGAATTTCAACACAGGCTGACAGCTCACATGTTTCTAA  500

seq1  GTTTATGTGGGCTCTAGAGTTTACAAAGCACTGTACATACTCCAAGCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATGTGGGCTCTAGAGTTTACAAAGCACTGTACATACTCCAAGCATG  550

seq1  TTTCACAGACTGGTAGCATCTTGTCCTCTGAGAACTAGAGATGCTAAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGACTGGTAGCATCTTGTCCTCTGAGAACTAGAGATGCTAAATT  600

seq1  CCATGTGTGCTCCAGACTTACTAAGTGAGACTGTCTTGGCTGGGGTCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGTGCTCCAGACTTACTAAGTGAGACTGTCTTGGCTGGGGTCAGC  650

seq1  AACCTGAGTTTTAACAAGATCTTAGGATTATTCTTAGGACATGAGTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGAGTTTTAACAAGATCTTAGGATTATTCTTAGGACATGAGTATTT  700

seq1  GAGGAACATTCATACAAATCATCTCCTACAACTCATTGAAAGGTAGATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACATTCATACAAATCATCTCCTACAACTCATTGAAAGGTAGATTG  750

seq1  GCTGACATGAAATTACAGGCAAAAAAAATGCAATTGCAACAGGAACCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACATGAAATTACAGGCAAAAAAAATGCAATTGCAACAGGAACCAAA  800

seq1  CATTCATATACTTATGAAAACACACACACACACACACACACACACACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATATACTTATGAAAACACACACACACACACACACACACACACACA  850

seq1  CACACACAGCTCTGACTTGTTTACATGCTATAAGAGTACAAGGTTAGGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAGCTCTGACTTGTTTACATGCTATAAGAGTACAAGGTTAGGCC  900

seq1  TCAGCAGAGACTCTGAAACCTAGTCCAGCACTTGCTAACTTGAATAAACC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAGCAGAGACTCTGAAACCTAGTCCAGCACTTGCTAACTTG-ATAAACC  949

seq1  ATTTATCTCCTTCAGCCTCTGTTTCTTCATCAATAAAATGGAAACAACGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATTTATCTCCTTCAGCCTCTGTTTCTTCATCAATAAAATGGAAAC-ACGC  998

seq1  CAGGGCTAGTTCACACTAACTTTATGAATGATTAATCCAAAAATGAAAAA  1050
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||
seq2  CAGGGCTAGTTCACCCTAACTTTATGGATGATTAATCC-AAAATG-AAAA  1046

seq1  ATGAAATGCTATGCAATCTTAAAGGTAAGCTTATATCTATAGACTGTCAA  1100
      |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATGAGATGCTAT-CCATCTTAAAGGTAAGCTTATATCTA-AGACTGTCAA  1094

seq1  CTAAGTCTATAGCCTTTTGATGTTCTATTGGGTCTATAGCCCTTTAATTA  1150
      |||||||   ||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTCCTAAGCC-CTTGATGTTCTAATGGCTCTATAGCCCTTTAATTA  1143

seq1  AAG  1153
      |||
seq2  AAG  1146

seq1: chr2_136727965_136728949
seq2: B6Ng01-028D13.g_66_1051 (reverse)

seq1  TTTTATTTCTTTTTATT--TTTGTTTTGTT--TTGTTTTTTTGACTCCAT  46
      |||| ||  ||||||||  ||| |||||||  ||  ||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTTTTTTATTCGTTTATTTTGTTCGTTCGTTTTTTGACTCCAT  50

seq1  GTTTTCATCAACTCAGTTCCCTAAATGTGGATTTTTCATTTTGGGTCATC  96
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  -TTTTCATCAACTCAGTTCCCTAAATGTGGATTTTTCA-TTTGGGTCATC  98

seq1  TAGGTAGGATAGGAAGCATGTGACTTAGAAAGTCTCAGCTTGACAAGAGC  146
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTA-GATAGGAAGCATGTGACTTAGAAAGTCTCAGCTTGACAAGAGC  147

seq1  CTGATAAAGCTGTCTCCCGAGAGGCTCTCCTAGTGTCTCACAAATACAGA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAAGCTGTCTCCCGAGAGGCTCTCCTAGTGTCTCACAAATACAGA  197

seq1  AGTGGATGCTCACAGCCAATCATTGGACTGAGCACAAGGTCCCCAATGGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATGCTCACAGCCAATCATTGGACTGAGCACAAGGTCCCCAATGGA  247

seq1  GGAGCTAGAGAAAGGACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAGCCCTATAGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAGAGAAAGGACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAGCCCTATAGG  297

seq1  AGGAACAACAGTGTGGACCAACCAGTATCCCCAGAGCTCCCTGGGACTAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAACAGTGTGGACCAACCAGTATCCCCAGAGCTCCCTGGGACTAA  347

seq1  ACCACCAATCAAAGAAAACACATGGTGGGACTCATGGCTCCAGCTACATA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAATCAAAGAAAACACATGGTGGGACTCATGGCTCCAGCTACATA  397

seq1  TGTAGCAAAGGATGGCCTAGTCAGTCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCAAAGGATGGCCTAGTCAGTCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGG  447

seq1  TCCTGTGAAGGCTTTATGCCCTAGTATAGGGGAATGCCAGGGCCAGGAAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGAAGGCTTTATGCCCTAGTATAGGGGAATGCCAGGGCCAGGAAG  497

seq1  CAGGAGTAGGTGAATTGGGGAGCAGGGGGAGGGGGTAGATGATAGGGGAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTAGGTGAATTGGGGAGCAGGGGGAGGGGGTAGATGATAGGGGAT  547

seq1  TTTTGGAGGGGAAACTAGGAAAGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAGGGGAAACTAGGAAAGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAG  597

seq1  AAAATAGCTAGTAAAAATAGACAGAATTATTAAAAAAAAAAGAAAGAAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGCTAGTAAAAATAGACAGAATTATTAAAAAAAAAAGAAAGAAAA  647

seq1  AGAAAGTCTCAGCTTGTAAGCATCCCCTATTTTCTCTCTGTGTGTCTTTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTCTCAGCTTGTAAGCATCCCCTATTTTCTCTCTGTGTGTCTTTA  697

seq1  GTAGAGTTACCTACATGCTTGTAATTTTCTAAACTAGAGATCATTTGATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGTTACCTACATGCTTGTAATTTTCTAAACTAGAGATCATTTGATT  747

seq1  TGATAAAAGGGATTATTTTTCCTTTTAATGACAAAAAATATACCACAATA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAAGGGATTATTTTTCCTTTTAATGACAAAAAATATACCACAATA  797

seq1  CACACATCAGTTGATACTTGGTTTATCTCTATGTTTTGGTTATTTTGAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATCAGTTGATACTTGGTTTATCTCTATGTTTTGGTTATTTTGAAT  847

seq1  GATGTTGCTGTGAAACTCCTTTGTGTTTTTTGTTACAAATAATGCTTTTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTGCTGTGAAACTCCTTTGTGTTTTTTGTTACAAATAATGCTTTTA  897

seq1  TTTGTCTCTGGTATGTCATCAGACCTACAAAAAAAAAAAAAAAGCATTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTCTGGTATGTCATCAGACCTACAAAAAAAAAAAAAAAGCATTGT  947

seq1  TAAATATTTTATGTTCCCACTGGGAGTGCATGAGAATTC  985
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTTTATGTTCCCACTGGGAGTGCATGAGAATTC  986