BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028J20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 8,726,188 - 8,881,749
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC672230
Downstream geneLOC100040710, LOC100040548, LOC100040566, Gata3, LOC100040768, 4930412O13Rik, Taf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028J20.bB6Ng01-028J20.g
ACCDH859047DH859048
length1,1411,060
definitionDH859047|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028J20, 5' end.DH859048|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,726,188 - 8,727,337)(8,880,678 - 8,881,749)
sequence
gaattcttccatgtttgatgtgtgatttaaaataaagcaatagcatctac
aatagcatgtagaatatttatgctgaatactgttaagttttagaggatca
acttacaatgaatatataattgagattatcattattaaatactaaaatgc
tagcgatatgggacaaatgaaaagcactctacatagttcaacatctgtca
tggatattattgctgctgatggtaattttctaccagttcgcatggaatgc
agaagggaggtcccaaaaatatagaggagggagacagggaatatgaagaa
aagaagctgaggagctaaacaagaggaaaaggagaatgtttagacgtgtt
tgtgttaagcacttaaaaactgaattattacaccagtgttaattcaaaag
caaacaagcaatgatgtttggttcaaatttctcttagtatatgaaccttc
tgtgatctcatatgtcttagtcagggtttctattcctgcacaaacatcat
gaccaagaagcaaattggggaggaaagggtttattcagcttacacgtcca
tactgctgttcatcaccaaggaagttcaggactggaactcaagcaggtca
ggaagcaggagctgatacagaggccatggagggatgttctttactggctt
gcctcacctggcttgctcagcctactctcttatagaaccaagactaccag
cccagagatgattccacccacaaggggcctttcccccttgatcactaatt
gagaaaatgccttacagttggatctcatggaggcatttcctcaactgaag
ctcctttctctgtgataactccagctgtgtcaagttgacacacaaaacca
gccagtacatcatacaagtggcttaatatccctaacaaacaattcctaag
ctttgaaatggagatacagctatatctagctcccaatgtagctatatgaa
ttaaatgagataatataacaatgccttaaatagcacctacctgcttgtaa
gtaccaaagatgaactagtaatacaaattatcctcagtaattataatgac
tattaaaccatggtacaaattcttccatttcatagaaatatgtggtcttc
atgtcataaaggtatgaatcagccatagccatatgtttttg

gaattcagcggtaatattttgtgaaagaaaacaagtgtgggaaccaaatg
ctgtgcattgtaatctgggtagcaattgatttcagtgaagttttcacttt
cttggtagccagagccttttctccgcctcactttctattgacttagagtc
tggctctgtctttctcagccttttatggaattccttcaagatgcctatat
tggtttaaataatgagttttacagcaagtttaaataaaaatgaaaatcac
ctcttagagaagaagaatgggggaatgtatgagagatagagagagggaaa
aaagcagagtcaggaaaacatggaggtgcacacatggtatggttatagga
taaatgtcccagtccttactccatcttaggtttatttgtttctttccagg
taggacatttctgtgtaagtcttggctggctagaactcccagtatagccc
ttgctgtcttcctgcctcaatgtcccacatgtcatgctagaattataggt
ttgtaccacaaagcttgacttattgtctctcttgtgcaaaaggcccatta
atcaggggattcaagtcaccttacgaagcttggaatattttataccttga
ataacatgtgagtaaatgcattgagactgagccttaaagtcttgtcaggt
tttcttcttccaatccagaggtaaactttcctcctaggggtttctgttga
tcaagaacaaaacaaaatggatggacctgaaaggagccctttgaaatgta
aggaacccttactctctttgtacatacatgttctccattccctaccaaac
attgaaatcggccaatcaaactacagcaaagcaaatagcaaggtaggtag
cagataatttgaattcacagaggtatctctgtgggagaagacgaatcgag
aagcccagatgttttctggtggtttgcttcctccatagccttcttaaaac
tgttcagctgctatagaaaattgccacagagtcagaagtgacggaaactc
tcgctcattacaccaccgaaatgtatgtactcagcttaccctttaaggca
acagctgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_8726188_8727337
seq2: B6Ng01-028J20.b_45_1185

seq1  GAATTCTTCCATGTTTGATGTGTGATTTAAAATAAAGCAATAGCATCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCATGTTTGATGTGTGATTTAAAATAAAGCAATAGCATCTAC  50

seq1  AATAGCATGTAGAATATTTATGCTGAATACTGTTAAGTTTTAGAGGATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCATGTAGAATATTTATGCTGAATACTGTTAAGTTTTAGAGGATCA  100

seq1  ACTTACAATGAATATATAATTGAGATTATCATTATTAAATACTAAAATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAATGAATATATAATTGAGATTATCATTATTAAATACTAAAATGC  150

seq1  TAGCGATATGGGACAAATGAAAAGCACTCTACATAGTTCAACATCTGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGATATGGGACAAATGAAAAGCACTCTACATAGTTCAACATCTGTCA  200

seq1  TGGATATTATTGCTGCTGATGGTAATTTTCTACCAGTTCGCATGGAATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATTATTGCTGCTGATGGTAATTTTCTACCAGTTCGCATGGAATGC  250

seq1  AGAAGGGAGGTCCCAAAAATATAGAGGAGGGAGACAGGGAATATGAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGAGGTCCCAAAAATATAGAGGAGGGAGACAGGGAATATGAAGAA  300

seq1  AAGAAGCTGAGGAGCTAAACAAGAGGAAAAGGAGAATGTTTAGACGTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCTGAGGAGCTAAACAAGAGGAAAAGGAGAATGTTTAGACGTGTT  350

seq1  TGTGTTAAGCACTTAAAAACTGAATTATTACACCAGTGTTAATTCAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAAGCACTTAAAAACTGAATTATTACACCAGTGTTAATTCAAAAG  400

seq1  CAAACAAGCAATGATGTTTGGTTCAAATTTCTCTTAGTATATGAACCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAGCAATGATGTTTGGTTCAAATTTCTCTTAGTATATGAACCTTC  450

seq1  TGTGATCTCATATGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCTCATATGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCAT  500

seq1  GACCAAGAAGCAAATTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACGTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGAAGCAAATTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACGTCCA  550

seq1  TACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGTTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGTTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCA  600

seq1  GGAAGCAGGAGCTGATACAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAGGAGCTGATACAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTT  650

seq1  GCCTCACCTGGCTTGCTCAGCCTACTCTCTTATAGAACCAAGACTACCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACCTGGCTTGCTCAGCCTACTCTCTTATAGAACCAAGACTACCAG  700

seq1  CCCAGAGATGATTCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGATGATTCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAATT  750

seq1  GAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGAAG  800

seq1  CTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACACAAAACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACACAAAACCA  850

seq1  GCCAGTACATCATACAAGTGGCTTAATATCCCTAACAAACAATTCCTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTACATCATACAAGTGGCTTAATATCCCTAACAAACAATTCCTAAG  900

seq1  CTTTGAAATGGAGATACAGCTATATCTAGCTCCCAATGTAGCTATATGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAATGGAGATACAGCTATATCTAGCTCCCAATGTAGCTATATGAA  950

seq1  TTAAATGAGATAATATATCAATGCCTTTAAATAGCACCTACCTGCTTGTA  1000
      ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGAGATAATATAACAATGCC-TTAAATAGCACCTACCTGCTTGTA  999

seq1  AGTACCAAAGATGAACTAGTAATACAAATTATCTCCAGTAATTTATAATG  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||
seq2  AGTACCAAAGATGAACTAGTAATACAAATTATCCTCAGTAA-TTATAATG  1048

seq1  ACTATTAAACCATGGTACAATTTCTTCCATTTCATAGAAATTAATGT-GT  1099
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||
seq2  ACTATTAAACCATGGTACAAATTCTTCCATTTCATAGAAAT--ATGTGGT  1096

seq1  CTTCATGTCAAATTAAAGGTAATGAATCAGTCTATAGGCATAATGTTTTT  1149
      ||||||||||   ||||||| ||||||||| | |||| ||| ||||||||
seq2  CTTCATGTCA---TAAAGGT-ATGAATCAG-CCATAGCCAT-ATGTTTTT  1140

seq1  G  1150
      |
seq2  G  1141


seq1: chr2_8880678_8881749
seq2: B6Ng01-028J20.g_66_1125 (reverse)

seq1  TCTCAGCTTGTTTGCCTGTTAAAGTGT-AGCTGAGTAACATTACATTCTG  49
      ||||||||   |||||  |||||| || |||||||| ||| ||||||  |
seq2  TCTCAGCT--GTTGCC--TTAAAGGGTAAGCTGAGT-ACA-TACATTTCG  44

seq1  GTGGTGTCATTGGGCGGGAGTTTCCGTTCACTTCTGACTCTGTGGCA--T  97
      ||||||| | || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |
seq2  GTGGTGT-AATGAGCGAGAGTTTCCG-TCACTTCTGACTCTGTGGCAATT  92

seq1  TTCTAATAGCAGCTTGAAACAGTTTTAAGAAGGCTATGGAGGAAGCAAAA  147
      |||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCT-ATAGCAGCT--GAACAGTTTTAAGAAGGCTATGGAGGAAGC-AAA  138

seq1  CCACCAAGAAAAACATCTGGGCTTCTCGATTCGTTCTTCTCCCACAGGGA  197
      ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  CCACCA--GAAAACATCTGGGCTTCTCGATTCG-TCTTCTCCCACAGAGA  185

seq1  TACCTCTGTGAATTCAAATTATCTGCTACCTACCTTGCTATTTGCTTTGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTGTGAATTCAAATTATCTGCTACCTACCTTGCTATTTGCTTTGC  235

seq1  TGTAGTTTGATTGGCCGATTTCAATGTTTGGTAGGGAATGGAGAACATGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTTTGATTGGCCGATTTCAATGTTTGGTAGGGAATGGAGAACATGT  285

seq1  ATGTACAAAGAGAGTAAGGGTTCCTTACATTTCAAAGGGCTCCTTTCAGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACAAAGAGAGTAAGGGTTCCTTACATTTCAAAGGGCTCCTTTCAGG  335

seq1  TCCATCCATTTTGTTTTGTTCTTGATCAACAGAAACCCCTAGGAGGAAAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCATTTTGTTTTGTTCTTGATCAACAGAAACCCCTAGGAGGAAAG  385

seq1  TTTACCTCTGGATTGGAAGAAGAAAACCTGACAAGACTTTAAGGCTCAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTCTGGATTGGAAGAAGAAAACCTGACAAGACTTTAAGGCTCAGT  435

seq1  CTCAATGCATTTACTCACATGTTATTCAAGGTATAAAATATTCCAAGCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGCATTTACTCACATGTTATTCAAGGTATAAAATATTCCAAGCTT  485

seq1  CGTAAGGTGACTTGAATCCCCTGATTAATGGGCCTTTTGCACAAGAGAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAAGGTGACTTGAATCCCCTGATTAATGGGCCTTTTGCACAAGAGAGA  535

seq1  CAATAAGTCAAGCTTTGTGGTACAAACCTATAATTCTAGCATGACATGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGTCAAGCTTTGTGGTACAAACCTATAATTCTAGCATGACATGTG  585

seq1  GGACATTGAGGCAGGAAGACAGCAAGGGCTATACTGGGAGTTCTAGCCAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTGAGGCAGGAAGACAGCAAGGGCTATACTGGGAGTTCTAGCCAG  635

seq1  CCAAGACTTACACAGAAATGTCCTACCTGGAAAGAAACAAATAAACCTAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGACTTACACAGAAATGTCCTACCTGGAAAGAAACAAATAAACCTAA  685

seq1  GATGGAGTAAGGACTGGGACATTTATCCTATAACCATACCATGTGTGCAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGTAAGGACTGGGACATTTATCCTATAACCATACCATGTGTGCAC  735

seq1  CTCCATGTTTTCCTGACTCTGCTTTTTTCCCTCTCTCTATCTCTCATACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGTTTTCCTGACTCTGCTTTTTTCCCTCTCTCTATCTCTCATACA  785

seq1  TTCCCCCATTCTTCTTCTCTAAGAGGTGATTTTCATTTTTATTTAAACTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCATTCTTCTTCTCTAAGAGGTGATTTTCATTTTTATTTAAACTT  835

seq1  GCTGTAAAACTCATTATTTAAACCAATATAGGCATCTTGAAGGAATTCCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAAAACTCATTATTTAAACCAATATAGGCATCTTGAAGGAATTCCA  885

seq1  TAAAAGGCTGAGAAAGACAGAGCCAGACTCTAAGTCAATAGAAAGTGAGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGCTGAGAAAGACAGAGCCAGACTCTAAGTCAATAGAAAGTGAGG  935

seq1  CGGAGAAAAGGCTCTGGCTACCAAGAAAGTGAAAACTTCACTGAAATCAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGAAAAGGCTCTGGCTACCAAGAAAGTGAAAACTTCACTGAAATCAA  985

seq1  TTGCTACCCAGATTACAATGCACAGCATTTGGTTCCCACACTTGTTTTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTACCCAGATTACAATGCACAGCATTTGGTTCCCACACTTGTTTTCT  1035

seq1  TTCACAAAATATTACCGCTGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAAAATATTACCGCTGAATTC  1060


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |