BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-030B09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 147,022,341 - 147,136,668
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668919, LOC668920
Upstream geneInsm1, A230067G21Rik, LOC668918, Gm114, Xrn2, Nkx2-4, Nkx2-2, LOC100043816
Downstream genePax1, LOC640914, A530006G24Rik, LOC100043820, Foxa2, LOC383752
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-030B09.bB6Ng01-030B09.g
ACCDH860094DH860095
length1,0731,121
definitionDH860094|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030B09, 5' end.DH860095|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030B09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,022,341 - 147,023,428)(147,135,517 - 147,136,668)
sequence
ggaattcattaagagtcattgtctctcctggccattatttgattctttct
tgaagtgaacccagctctctctgtggttaataagcactgagccaggcctc
ctaccttccttctcatcttcaaaacacctggggttctctgaatggcatct
tcctcctggccacagaaaataagagatgaaaaatgttaccctactgcagg
gaaaaacataaacatctggcttcactattacaaggtacccctccattgca
ttccctggataactgtccttaggtggctcttaggggtgggaaatgatgct
attgaaaagaagtgggagggaaagagagaatgaatatgtgaatctggggg
gcggggcactcaacaggtcacaagggagctagaaaacccacctggacaca
gacatggataacaccttagccgactatcctgaaatctttagttactttag
aaaaatctaaatgaatcttcaggccttcagggatggttgaggttcgaaaa
ttagtaaaaattaaaattaaattaattaaatagtttctgagggtttaatc
taggtcttcttgtatgaactaggccagcactatgccacagagatgtagtc
agtctccttggatttgaagttattacttatatttaaaaactgaaatatag
aatctttggtttttcaccaccttcaggagtttgtgatgcattgttccttt
gggtgaacttcctgctgcctgtccaacattatacaaaaggagttgatggt
aggcctttacattagttgccttatggggatggatgtgcactgtgataaga
ctctcccactggtatcacagacacctgtaacgctatgttctgggatgtac
agggggacttaagcttggtattttgttgggctctgtgaagaagtcagcct
gagagacatgaagcaccaagtttaccaggcagcttcatctcatcccatgt
ggcaacctcatttagaaacagcaaatgcacacccaggtattgtagaattt
gatgcaaagagatgtagagaggccagctgagatgaaacacagctgctcat
gtatctctaaggtctgtgcttcc
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtcagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcgtggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaggcttgtacaaaggccactttttaaaaacaggaaaaataaat
gctagaaggaatacaggataagggaggcttagacagtcctggtcctatat
cagtttttaattgagctaattgaaatgaataaagtgatacgtagtaaaaa
gctttaggcaggaacaaaactccaaccacagatagtggatccctgtgctc
tttcattaacttctgcccctcactcctttaatcagaggggagggaatagg
ccaccctcttacgacacaggcacgagagctcctcaggtagtgctagtgag
agtcaacatgtcttctctgaaggtggattgcagtgatccaaaagtgcatt
acccaaactcctccctttcagatgaactctctggtgagtacaaatgtgtc
aagaagtgcttgccttacagtttcactacatccttatctttaatagcaga
aaatgtgaaaacaccttaatgtccatcatgaacacattctaagtgaatga
gggtacgtttctggcttactggtcaacagcacaggctcttatgcaagctc
ctaagggaaaaagacaatcagtagctgtttccaacctataggctgtagcc
tattataccccaagtttgtatgaccaatgtggcaagttatctgtactggc
acaatagtagcaattatatccaggagacaaccaatagctctgtaactgga
cttcagcccactcaataaggagaaacccatgcctgagtctgtaactgggc
cactacccatggcttatagtcatgactcagagagaactgctactgcactt
tcaaaccgtaataaataaactcatatgctaatgaattatgataatagtgt
aagccttctgcaattataatgactacctaaacaccagataagtatacctt
taccctatcaagagctttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_147022341_147023428
seq2: B6Ng01-030B09.b_48_1119

seq1  GAATTCATTAAGAGTCATTGTCTCTCCTGGCCATTATTTGATTCTTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAAGAGTCATTGTCTCTCCTGGCCATTATTTGATTCTTTCTT  50

seq1  GAAGTGAACCCAGCTCTCTCTGTGGTTAATAAGCACTGAGCCAGGCCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGAACCCAGCTCTCTCTGTGGTTAATAAGCACTGAGCCAGGCCTCC  100

seq1  TACCTTCCTTCTCATCTTCAAAACACCTGGGGTTCTCTGAATGGCATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCCTTCTCATCTTCAAAACACCTGGGGTTCTCTGAATGGCATCTT  150

seq1  CCTCCTGGCCACAGAAAATAAGAGATGAAAAATGTTACCCTACTGCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGGCCACAGAAAATAAGAGATGAAAAATGTTACCCTACTGCAGGG  200

seq1  AAAAACATAAACATCTGGCTTCACTATTACAAGGTACCCCTCCATTGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACATAAACATCTGGCTTCACTATTACAAGGTACCCCTCCATTGCAT  250

seq1  TCCCTGGATAACTGTCCTTAGGTGGCTCTTAGGGGTGGGAAATGATGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGATAACTGTCCTTAGGTGGCTCTTAGGGGTGGGAAATGATGCTA  300

seq1  TTGAAAAGAAGTGGGAGGGAAAGAGAGAATGAATATGTGAATCTGGGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAGAAGTGGGAGGGAAAGAGAGAATGAATATGTGAATCTGGGGGG  350

seq1  CGGGGCACTCAACAGGTCACAAGGGAGCTAGAAAACCCACCTGGACACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGCACTCAACAGGTCACAAGGGAGCTAGAAAACCCACCTGGACACAG  400

seq1  ACATGGATAACACCTTAGCCGACTATCCTGAAATCTTTAGTTACTTTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGATAACACCTTAGCCGACTATCCTGAAATCTTTAGTTACTTTAGA  450

seq1  AAAATCTAAATGAATCTTCAGGCCTTCAGGGATGGTTGAGGTTCGAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTAAATGAATCTTCAGGCCTTCAGGGATGGTTGAGGTTCGAAAAT  500

seq1  TAGTAAAAATTAAAATTAAATTAATTAAATAGTTTCTGAGGGTTTAATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAAATTAAAATTAAATTAATTAAATAGTTTCTGAGGGTTTAATCT  550

seq1  AGGTCTTCTTGTATGAACTAGGCCAGCACTATGCCACAGAGATGTAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTCTTGTATGAACTAGGCCAGCACTATGCCACAGAGATGTAGTCA  600

seq1  GTCTCCTTGGATTTGAAGTTATTACTTATATTTAAAAACTGAAATATAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTTGGATTTGAAGTTATTACTTATATTTAAAAACTGAAATATAGA  650

seq1  ATCTTTGGTTTTTCACCACCTTCAGGAGTTTGTGATGCATTGTTCCTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGGTTTTTCACCACCTTCAGGAGTTTGTGATGCATTGTTCCTTTG  700

seq1  GGTGAACTTCCTGCTGCCTGTCCAACATTATACAAAAGGAGTTGATGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACTTCCTGCTGCCTGTCCAACATTATACAAAAGGAGTTGATGGTA  750

seq1  GGCCTTTACATTAGTTGCCTTATGGGGATGGATGTGCACTGTGATAAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTACATTAGTTGCCTTATGGGGATGGATGTGCACTGTGATAAGAC  800

seq1  TCTCCCACTGGTATCACAGACACCTGTAAGGCTATGTTCTGGGATGTACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCACTGGTATCACAGACACCTGTAACGCTATGTTCTGGGATGTACA  850

seq1  GGGGGACTTAAGCTTGGTA-TTTGTTGGGCTCTGTGAAGAAGTCAGCCTG  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGACTTAAGCTTGGTATTTTGTTGGGCTCTGTGAAGAAGTCAGCCTG  900

seq1  AGAGACATGAAGCACCAAGTTTACCAGGCAGGCTTCATCTCATCCCCATG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| 
seq2  AGAGACATGAAGCACCAAGTTTACCAGGCA-GCTTCATCTCAT-CCCAT-  947

seq1  GTGGCAAACCCCATTTAGAAACAGCAAATGCACCACCCAGGTAATTGTTA  999
      ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||
seq2  GTGGC-AACCTCATTTAGAAACAGCAAATGCA-CACCCAGGT-ATTG-TA  993

seq1  GAATTTGATGCAAAGAGGATGTAGAGAGGGCCAAGCTGAAGATGAAACAC  1049
      |||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||| |||||||||||
seq2  GAATTTGATGCAAAGA-GATGTAGAGAGG--CCAGCTG-AGATGAAACAC  1039

seq1  AGCTGCTTCATTGTATCTCCTTAAGGGTCCTGTGCTTCC  1088
      |||||| ||| ||||||||  |||||   ||||||||||
seq2  AGCTGC-TCA-TGTATCTC--TAAGG--TCTGTGCTTCC  1072

seq1: chr2_147135517_147136668
seq2: B6Ng01-030B09.g_68_1188 (reverse)

seq1  AAAAAAGCTTCTTTGATTAGGGCTAAAAGCTATACTTATCTGTGGTTATA  50
      |||||||||   |||| |||||   |||| ||||||||||  ||||  | 
seq2  AAAAAAGCT--CTTGA-TAGGG--TAAAGGTATACTTATC--TGGTGTTT  43

seq1  AGGATAAGTCATTATAA-TGCAGAAGGGACTTACACTATTATACATAATA  99
      |||   ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||| 
seq2  AGG--TAGTCATTATAATTGCAGAAGG--CTTACACTATTAT-CATAAT-  87

seq1  TCATTTAGCATAAATTGAGTTTAAATTATATTACGGTTTGGAAAAGTGGC  149
      ||| ||||||||   ||||||||   | ||||||||||||  ||||| ||
seq2  TCA-TTAGCATA---TGAGTTTA---TTTATTACGGTTTG--AAAGT-GC  127

seq1  AGTAGCAGGTTCTTCTCTGGAGTTCATGACCTTATAAGCCATGGGTAGTT  199
      ||||||| |||| ||||| ||| |||||||  |||||||||||||||| |
seq2  AGTAGCA-GTTC-TCTCT-GAG-TCATGAC--TATAAGCCATGGGTAG-T  170

seq1  GGCCAAGTTTACAGACTCAGGCATGGGTTTCTCCCTTATTGAGTGGGCCT  249
      |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  GGCCCAG-TTACAGACTCAGGCATGGGTTTCT-CCTTATTGAGTGGG-CT  217

seq1  GAAGTCCAGTTACAGAGCTATTGGTTGTCTCCTGGATATAATTGCTACTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCAGTTACAGAGCTATTGGTTGTCTCCTGGATATAATTGCTACTA  267

seq1  TTGTGCCAGTACAGATAACTTGCCACATTGGTCATACAAACTTGGGGTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCAGTACAGATAACTTGCCACATTGGTCATACAAACTTGGGGTAT  317

seq1  -ATAGGCTACAGCCTATAGGTTGGAAACAGCTACTGATTGTCTTTTTCCC  398
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGCTACAGCCTATAGGTTGGAAACAGCTACTGATTGTCTTTTTCCC  367

seq1  TTAGGAGCTTGCATAAGAGCCTGTGCTGTTGACCAGTAAGCCAGAAACGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGCTTGCATAAGAGCCTGTGCTGTTGACCAGTAAGCCAGAAACGT  417

seq1  ACCCTCATTCACTTAGAATGTGTTCATGATGGACATTAAGGTGTTTTCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCATTCACTTAGAATGTGTTCATGATGGACATTAAGGTGTTTTCAC  467

seq1  ATTTTCTGCTATTAAAGATAAGGATGTAGTGAAACTGTAAGGCAAGCACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTGCTATTAAAGATAAGGATGTAGTGAAACTGTAAGGCAAGCACT  517

seq1  TCTTGACACATTTGTACTCACCAGAGAGTTCATCTGAAAGGGAGGAGTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACACATTTGTACTCACCAGAGAGTTCATCTGAAAGGGAGGAGTTT  567

seq1  GGGTAATGCACTTTTGGATCACTGCAATCCACCTTCAGAGAAGACATGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAATGCACTTTTGGATCACTGCAATCCACCTTCAGAGAAGACATGTT  617

seq1  GACTCTCACTAGCACTACCTGAGGAGCTCTCGTGCCTGTGTCGTAAGAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCACTAGCACTACCTGAGGAGCTCTCGTGCCTGTGTCGTAAGAGG  667

seq1  GTGGCCTATTCCCTCCCCTCTGATTAAAGGAGTGAGGGGCAGAAGTTAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTATTCCCTCCCCTCTGATTAAAGGAGTGAGGGGCAGAAGTTAAT  717

seq1  GAAAGAGCACAGGGATCCACTATCTGTGGTTGGAGTTTTGTTCCTGCCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGCACAGGGATCCACTATCTGTGGTTGGAGTTTTGTTCCTGCCTA  767

seq1  AAGCTTTTTACTACGTATCACTTTATTCATTTCAATTAGCTCAATTAAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTTTACTACGTATCACTTTATTCATTTCAATTAGCTCAATTAAAA  817

seq1  ACTGATATAGGACCAGGACTGTCTAAGCCTCCCTTATCCTGTATTCCTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATATAGGACCAGGACTGTCTAAGCCTCCCTTATCCTGTATTCCTTC  867

seq1  TAGCATTTATTTTTCCTGTTTTTAAAAAGTGGCCTTTGTACAAGCCTGCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTTATTTTTCCTGTTTTTAAAAAGTGGCCTTTGTACAAGCCTGCA  917

seq1  ATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCACGCCAGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCACGCCAGC  967

seq1  ATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGG  1017

seq1  TGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGT  1067

seq1  TGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCTGCCATTCGGTATTCCTCAGGTGAGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCTGCCATTCGGTATTCCTCAGGTGAGA  1117

seq1  ATTC  1152
      ||||
seq2  ATTC  1121