BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031I19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 162,815,160 - 162,871,743
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSgk2, Ift52
Upstream genePtprt, LOC100043895, LOC100043896, LOC100043696, LOC497655, LOC668947, Sfrs6, L3mbtl, LOC241765
Downstream geneMybl2, 2410116G06Rik, LOC269389, Jph2, 3230401D17Rik, LOC100043708, Gdap1l1, D930001I22Rik, LOC100043899, Hnf4a, 5830472M02Rik, Serinc3, Pkig, Ada, Wisp2, Kcnk15, Rims4, Ywhab, LOC381404
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031I19.bB6Ng01-031I19.g
ACCDH861130DH861131
length1,0911,108
definitionDH861130|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031I19, 5' end.DH861131|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031I19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(162,870,630 - 162,871,743)(162,815,160 - 162,816,272)
sequence
gaattcaaaaccacagagctcagcgggcgggcgggcagaaggtactttac
agtcgtcagaagttctggaatgccatttcagtcacatcaatatcatgttc
cagatgagccaggaaacacagaattttattttatttaaattcagagcctg
aaacaggaactctttggtattttgaacattaattcgacattcaaaatcac
cattagctgggataagtggggattagctggcctaaaggctgattctaagc
ccaggatgaagttcttacaactccaggacagattgtgcacactgccacag
caaccatgtgtcactcaagtgctgttataggttctgacacaaacagcaca
gcagacgctggcatcagtgtgtactgaccagctctgctcactctgctgaa
cgctggcacactagatccctccagcctagctctactgtttctacaccaca
gcacttaccatcctctggcgtctaagtgtttgcttacagattacgctact
gtttgtggggaccctccagctagaacagaagttccattctcgaaggatca
tcatctgttgttcatctgggagacagacacttagtaagcactgaagaact
aatgaatgttgcaaagagtgagtgacatcacctgaagggctgccacctca
gtgggcctcctggttcagtttcttgaactccaccacttggaagaagatgt
gttcaaggatatgtttggcatcctgttgatcctttggaagtttgcttgtt
actccaagaatgtcgccacacttcctgacatagaattccaggtcttcatc
agtacctaaacacagaacagtctggttaacccttaacttccactctgtcc
agaatccagacactgggtttgaagtgttctcttctgctcactactcagtc
ttcttacagtgatgtcatcacagatgtgctgcttgcgtagataagcaaag
tgcatatttgtcattcttcaggagaaactctcatgtcatagcccagctgc
ctcaaactgtacatcttctgcctaaacagtccctgatgctggaactagag
gatgccacacccagtctggttgttctaagcttccaactccc
gaattcagtactaagccagaagagtctgcctttatgagcggatgctctag
tttgagcccttgactagtgacacagttagagagcaagagcgacaaggaaa
caaagccagaggacaggatggctctcgtagagggtcagggcaagcattag
ggttttctcaggtctgcagaggctcaacaccggagaagaagagtccagta
aggggactaagccaaaagggaccacaggacatctcagagcagagtggata
aagggagagtgacaggtgagttgtcaaagcctcggctggctgagcaatga
ggacatcagtgtcatcactggcacctgagtggacagtcatccactgttca
ctgatcccttgggatgcttgaggtgggtacaggattgggacaggaaagga
gtgagctgaggaaggcagatgactctagaggagtttaatgaagagagaga
gagaaagacaggcagtcaacctagatgcaaagtgaggacagagacagcgt
ggcttgatgtgttcctaagtgccaggcagggacacttaggctttctttgg
tttctgcccagtgaagaccccatggggttcttgttactgaaatgtccttg
gaagggcatgtgttttgtcaacaagccaccttacagacttgtgtattggt
tcaacatttctatttggtgagaaaatgaaagactttgatactgtttactg
cagtattcttgggtcaacacctccaggttcccttgaagtgtagagtctct
aagaatgcctggcccacccactctcagtctattctgttccctcccctaaa
ctgactagccacacagaacactctagaagacagttgctgtgttggatccc
atccagtccctccttcctcagatcacctacccacccctcggatccctgtg
aggatcaggaccctggtgagaacctaaggtcacgccaacagtagaccttt
gtgagcttctgagatgtgagccctctacacgcagaaggactgtaaccaga
acagtctgcttagggacaggtgaggccatggggaagactaggtagtcaag
ggcttcagtagtcaatacaagggcagctggattggaggccacttcagctt
tctgaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_162870630_162871743
seq2: B6Ng01-031I19.b_48_1138 (reverse)

seq1  GGGAGTGGGAAAGCTAGAACATACCAGACTGGGGTGTTGGCTCACTCCTC  50
      |||||| ||||   ||||||| |||||||| ||||| ||||    |||||
seq2  GGGAGTTGGAAGCTTAGAACA-ACCAGACT-GGGTG-TGGC---ATCCTC  44

seq1  TAGTCCCAGCACTCAGGGAACTTGTCTAAGGCAGGAAGATTGTTACAAGT  100
      |||| |||||| |||||||   ||| | ||||| ||||||   ||| |||
seq2  TAGTTCCAGCA-TCAGGGA--CTGT-TTAGGCA-GAAGAT--GTAC-AGT  86

seq1  TTGAGGCCAGCCTGGGCTATGACATGAGAGTGTCTCCCTGAAGAATGACA  150
      |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| 
seq2  TTGAGG-CAG-CTGGGCTATGACATGAGAGTTTCT-CCTGAAGAATGAC-  132

seq1  AAATATGCCACTTTTGCCTTTATCTACGCAAGCAGCACATCTGTGATGAC  200
      ||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATG-CAC-TTTGC--TTATCTACGCAAGCAGCACATCTGTGATGAC  178

seq1  ATCACTGTAAGAAGAACTGAGTAGTGAGCAGAAGAGAACACTTCAAACCC  250
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTAAGAAG-ACTGAGTAGTGAGCAGAAGAGAACACTTCAAACCC  227

seq1  AGTGTCTGGATTCTGGACAGAGTGGAAGTTAAGGGTTAACCAGACTGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTGGATTCTGGACAGAGTGGAAGTTAAGGGTTAACCAGACTGTTC  277

seq1  TGTGTTTAGGTACTGATGAAGACCTGGAATTCTATGTCAGGAAGTGTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTAGGTACTGATGAAGACCTGGAATTCTATGTCAGGAAGTGTGGC  327

seq1  GACATTCTTGGAGTAACAAGCAAACTTCCAAAGGATCAACAGGATGCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCTTGGAGTAACAAGCAAACTTCCAAAGGATCAACAGGATGCCAA  377

seq1  ACATATCCTTGAACACATCTTCTTCCAAGTGGTGGAGTTCAAGAAACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCCTTGAACACATCTTCTTCCAAGTGGTGGAGTTCAAGAAACTGA  427

seq1  ACCAGGAGGCCCACTGAGGTGGCAGCCCTTCAGGTGATGTCACTCACTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGAGGCCCACTGAGGTGGCAGCCCTTCAGGTGATGTCACTCACTCT  477

seq1  TTGCAACATTCATTAGTTCTTCAGTGCTTACTAAGTGTCTGTCTCCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAACATTCATTAGTTCTTCAGTGCTTACTAAGTGTCTGTCTCCCAGA  527

seq1  TGAACAACAGATGATGATCCTTCGAGAATGGAACTTCTGTTCTAGCTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAACAGATGATGATCCTTCGAGAATGGAACTTCTGTTCTAGCTGGA  577

seq1  GGGTCCCCACAAACAGTAGCGTAATCTGTAAGCAAACACTTAGACGCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCCCACAAACAGTAGCGTAATCTGTAAGCAAACACTTAGACGCCAG  627

seq1  AGGATGGTAAGTGCTGTGGTGTAGAAACAGTAGAGCTAGGCTGGAGGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGTAAGTGCTGTGGTGTAGAAACAGTAGAGCTAGGCTGGAGGGAT  677

seq1  CTAGTGTGCCAGCGTTCAGCAGAGTGAGCAGAGCTGGTCAGTACACACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTGCCAGCGTTCAGCAGAGTGAGCAGAGCTGGTCAGTACACACTG  727

seq1  ATGCCAGCGTCTGCTGTGCTGTTTGTGTCAGAACCTATAACAGCACTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGCGTCTGCTGTGCTGTTTGTGTCAGAACCTATAACAGCACTTGA  777

seq1  GTGACACATGGTTGCTGTGGCAGTGTGCACAATCTGTCCTGGAGTTGTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACATGGTTGCTGTGGCAGTGTGCACAATCTGTCCTGGAGTTGTAA  827

seq1  GAACTTCATCCTGGGCTTAGAATCAGCCTTTAGGCCAGCTAATCCCCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCATCCTGGGCTTAGAATCAGCCTTTAGGCCAGCTAATCCCCACT  877

seq1  TATCCCAGCTAATGGTGATTTTGAATGTCGAATTAATGTTCAAAATACCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCAGCTAATGGTGATTTTGAATGTCGAATTAATGTTCAAAATACCA  927

seq1  AAGAGTTCCTGTTTCAGGCTCTGAATTTAAATAAAATAAAATTCTGTGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTCCTGTTTCAGGCTCTGAATTTAAATAAAATAAAATTCTGTGTT  977

seq1  TCCTGGCTCATCTGGAACATGATATTGATGTGACTGAAATGGCATTCCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCTCATCTGGAACATGATATTGATGTGACTGAAATGGCATTCCAG  1027

seq1  AACTTCTGACGACTGTAAAGTACCTTCTGCCCGCCCGCCCGCTGAGCTCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTGACGACTGTAAAGTACCTTCTGCCCGCCCGCCCGCTGAGCTCT  1077

seq1  GTGGTTTTGAATTC  1114
      ||||||||||||||
seq2  GTGGTTTTGAATTC  1091

seq1: chr2_162815160_162816272
seq2: B6Ng01-031I19.g_67_1174

seq1  GAATTCAGTACTAAGCCAGAAGAGTCTGCCTTTATGAGCGGATGCTCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTACTAAGCCAGAAGAGTCTGCCTTTATGAGCGGATGCTCTAG  50

seq1  TTTGAGCCCTTGACTAGTGACACAGTTAGAGAGCAAGAGCGACAAGGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCCCTTGACTAGTGACACAGTTAGAGAGCAAGAGCGACAAGGAAA  100

seq1  CAAAGCCAGAGGACAGGATGGCTCTCGTAGAGGGTCAGGGCAAGCATTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCAGAGGACAGGATGGCTCTCGTAGAGGGTCAGGGCAAGCATTAG  150

seq1  GGTTTTCTCAGGTCTGCAGAGGCTCAACACCGGAGAAGAAGAGTCCAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCTCAGGTCTGCAGAGGCTCAACACCGGAGAAGAAGAGTCCAGTA  200

seq1  AGGGGACTAAGCCAAAAGGGACCACAGGACATCTCAGAGCAGAGTGGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACTAAGCCAAAAGGGACCACAGGACATCTCAGAGCAGAGTGGATA  250

seq1  AAGGGAGAGTGACAGGTGAGTTGTCAAAGCCTCGGCTGGCTGAGCAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGAGTGACAGGTGAGTTGTCAAAGCCTCGGCTGGCTGAGCAATGA  300

seq1  GGACATCAGTGTCATCACTGGCACCTGAGTGGACAGTCATCCACTGTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCAGTGTCATCACTGGCACCTGAGTGGACAGTCATCCACTGTTCA  350

seq1  CTGATCCCTTGGGATGCTTGAGGTGGGTACAGGATTGGGACAGGAAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCCTTGGGATGCTTGAGGTGGGTACAGGATTGGGACAGGAAAGGA  400

seq1  GTGAGCTGAGGAAGGCAGATGACTCTAGAGGAGTTTAATGAAGAGAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTGAGGAAGGCAGATGACTCTAGAGGAGTTTAATGAAGAGAGAGA  450

seq1  GAGAAAGACAGGCAGTCAACCTAGATGCAAAGTGAGGACAGAGACAGCGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGACAGGCAGTCAACCTAGATGCAAAGTGAGGACAGAGACAGCGT  500

seq1  GGCTTGATGTGTTCCTAAGTGCCAGGCAGGGACACTTAGGCTTTCTTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGATGTGTTCCTAAGTGCCAGGCAGGGACACTTAGGCTTTCTTTGG  550

seq1  TTTCTGCCCAGTGAAGACCCCATGGGGTTCTTGTTACTGAAATGTCCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCCCAGTGAAGACCCCATGGGGTTCTTGTTACTGAAATGTCCTTG  600

seq1  GAAGGGCATGTGTTTTGTCAACAAGCCACCTTACAGACTTGTGTATTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCATGTGTTTTGTCAACAAGCCACCTTACAGACTTGTGTATTGGT  650

seq1  TCAACATTTCTATTTGGTGAGAAAATGAAAGACTTTGATACTGTTTACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATTTCTATTTGGTGAGAAAATGAAAGACTTTGATACTGTTTACTG  700

seq1  CAGTATTCTTGGGTCAACACCTCCAGG-TCCCTTGAAGTGTAGAGTCTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTCTTGGGTCAACACCTCCAGGTTCCCTTGAAGTGTAGAGTCTCT  750

seq1  AAGAATGCCTGGCCCACCCACTCTCAGTCTATTCTGTTCCCTCCCCTAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGCCTGGCCCACCCACTCTCAGTCTATTCTGTTCCCTCCCCTAAA  800

seq1  CTGACTAGCCACACAGAACACTCTAGAAGACAGTTGCTGTGTT-GATCCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGACTAGCCACACAGAACACTCTAGAAGACAGTTGCTGTGTTGGATCCC  850

seq1  ATCCAGTCCCTCCTTCCTCAGATCACCTACCCACCCCTCTGATCCCCTGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  ATCCAGTCCCTCCTTCCTCAGATCACCTACCCACCCCTCGGAT-CCCTGT  899

seq1  GAGGATCAGGACCCT-GTGAGAACTTAAAGGTCACGCCAACAGTAAGACC  947
      ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGGATCAGGACCCTGGTGAGAACCT-AAGGTCACGCCAACAGT-AGACC  947

seq1  TTTGTGAGCTTCTGAGATGTGAGCCCTC-ACACAGCAGAAGGACTGTAAC  996
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| 
seq2  TTTGTGAGCTTCTGAGATGTGAGCCCTCTACAC-GCAGAAGGACTGTAA-  995

seq1  CCAGACAGGTCTGCTTTAGGGACA-GTGAGCCCATGGGGAAGACCTAGGT  1045
      |||||   |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||
seq2  CCAGAACAGTCTGC-TTAGGGACAGGTGAGGCCATGGGGAAGA-CTAGGT  1043

seq1  AGTCAAGGGC-TCAGTAGTCCAATACCAAGGCCAGCTGGA-TGGAGAGCC  1093
      |||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||
seq2  AGTCAAGGGCTTCAGTAGT-CAATA-CAAGGGCAGCTGGATTGGAG-GCC  1090

seq1  AGCTCCAGCTTTTCTGAAGC  1113
      | || |||| ||||||||||
seq2  A-CTTCAGC-TTTCTGAAGC  1108