BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032J21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 161,715,712 - 161,725,146
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprt
Upstream geneLpin3, Emilin3, Chd6, LOC100043693, LOC100043694, LOC383769, LOC629655, LOC383770
Downstream geneLOC100043895, LOC100043896, LOC100043696, LOC497655
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032J21.bB6Ng01-032J21.g
ACCDH861895DH861896
length1,1181,023
definitionDH861895|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032J21, 5' end.DH861896|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(161,724,016 - 161,725,146)(161,715,712 - 161,716,840)
sequence
gaattcaaggaccaggaacattgaaaagattttaggactcaacataagct
attttaccatcactattaacatttaattttgaaaaatgtaattccaaaaa
tacaaaaggatatcattgtataataaaaggctctgaaattgaatgaattt
agctttatgaatagctcatgacaattgccttatttttttcatttgaaacg
atgatggcttggtcatgaaaaggctctgtacttgcacttaccttattttg
gaaaccacgaagttccactgttttggctctgtgcctgcatctcagcatac
acttctttctcaagagcaacatcagtttctatatcacagggctattgtgc
tggactagcaaagcaacaccttggtgttttgggattagaataaagaagta
gatgattagagaaggtagcagcaacagttatgaattagacacattgagta
ataactcccgaacttgtggcatctgtgtgaggtacactctggagcactag
acacaaagaagaaagcaagatggaacagcttatctgccttacttagttgt
gaaccagccaccttgtggagtctcaaagacctaattctatttccatgatg
gattcttggaaatggctctgtggagacatttccaagtaacttcttggctt
ctcctcaggctatgatgatagagaaccagggccataagattaaagttgac
tgatactaccatgagccttttgggaacacaccaaaaccttttgggggatt
ctgtgaaggaatctaggagtttatatgtttagtccattgtattctgtagg
taagcatgactgtgatggcaaatgtcccaagctaatgtggtccaagcatt
gtaagaatgttgaattacagatcagaagctaagtttagttcattatgtgg
taagtgggctatggtacatcagtgggatgtggtacatctcttaggattgc
agcttctcgactggaaaaacatagtaaataatataataataatagatagt
aatgtattgttactacataaaatgaagaagttgagatgccattgtgacat
tgttgttggctcataagccaggtgacatgcatatccctgtctctgagatc
agtgcagcctctgaataa
gaattccactggagtgaggaggtaaaacatcagacatgaaaaggaaacaa
cctgtgatgtttaaagagattctcgggcaacttaataccgcctctgggca
gtgtgttgaaaggacatggtcaccagaggaagggttccctcactagccat
gtgactgtgtacaggagggtcccctacaaaggctctggtcccacgcagtg
catcaaaacacaattccatagaaaaagcataaaagagcccatgctgggca
aatatagagtctaactttatgttcatcctttatctctccccggatctttt
ttttttcttctttttttctttaatctgaaattctccctcagtaaatttct
aaatgatattatgtcaagaagtccaggagttacgcctgggagcctcttga
gatgatggagcaattctcccaagaggtcagtgtcccctccacagggacct
ggagggagctgagaagctgaggattctctaagactaaacacttcatgtag
acactgcaagagatgtgacacgttcatagtcatactagcaaccacagaat
aaactcacaaaatacaaattcttacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacatgcacacgcacaccactaccaccactcagaca
caaatgcatttgaattgtctatactgcattcctgtgtactatacctacgg
tttacagctgaactcaatgactggtatcttttctgaaccacctattgcca
agagaatgattttctgtcctttagctaacacacactgtgcatttgatgtc
ttctatcatgttccctgactccatcacaaatatctatgttgtaatagaag
aaaaagagcacccaaggcaaatatatagacaccttccatatgctgagggg
aggatgaacaggcaactatattgaacctactaacttcccttccttccttt
cttctctccctcttccccttcttcccctcttcttcccttcttctccctct
ttcttcccttctcccttcttccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_161724016_161725146
seq2: B6Ng01-032J21.b_47_1164 (reverse)

seq1  TTATATCAGAGGCTGCACCTGAACTCAGGAGACAGGGATATGCATGTCAC  50
      |||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  TTAT-TCAGAGGCTGCA-CTGATCTCA-GAGACAGGGATATGCATGTCA-  46

seq1  CCTGGCTGTATGAGCCAACAAC-ATGTCACATTGCCATTCCTCAACTTCT  99
      ||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||  ||||||||||
seq2  CCTGGCT-TATGAGCCAACAACAATGTCACAATGGCAT--CTCAACTTCT  93

seq1  TCATTTTTATGTAAGGTTAACAATACATTACTATCTATTATTATTATTAT  149
      ||| |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCA-TTTTATGTA---GTAACAATACATTACTATCTATTATTATTA-TAT  138

seq1  TATTTACTATGTTTTTTCCAGTCGAGAAGCCTGCAATCCTAAGAGATGTA  199
      ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACTATG-TTTTTCCAGTCGAGAAG-CTGCAATCCTAAGAGATGTA  186

seq1  CCACATCCCACTGATGTACCATAGCCCACTTACCACATAATGAACTAAAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCCCACTGATGTACCATAGCCCACTTACCACATAATGAACTAAAC  236

seq1  TTAGCTTCTGATCTGTAATTCAACATTCTTACAATGCTTGGACCACATTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTTCTGATCTGTAATTCAACATTCTTACAATGCTTGGACCACATTA  286

seq1  GCTTGGGACATTTGCCATCACAGTCATGCTTACCTACAGAATACAATGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGACATTTGCCATCACAGTCATGCTTACCTACAGAATACAATGGA  336

seq1  CTAAACATATAAACTCCTAGATTCCTTCACAGAATCCCCCAAAAGGTTTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACATATAAACTCCTAGATTCCTTCACAGAATCCCCCAAAAGGTTTT  386

seq1  GGTGTGTTCCCAAAAGGCTCATGGTAGTATCAGTCAACTTTAATCTTATG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTTCCCAAAAGGCTCATGGTAGTATCAGTCAACTTTAATCTTATG  436

seq1  GCCCTGGTTCTCTATCATCATAGCCTGAGGAGAAGCCAAGAAGTTACTTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGTTCTCTATCATCATAGCCTGAGGAGAAGCCAAGAAGTTACTTG  486

seq1  GAAATGTCTCCACAGAGCCATTTCCAAGAATCCATCATGGAAATAGAATT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTCTCCACAGAGCCATTTCCAAGAATCCATCATGGAAATAGAATT  536

seq1  AGGTCTTTGAGACTCCACAAGGTGGCTGGTTCACAACTAAGTAAGGCAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTTGAGACTCCACAAGGTGGCTGGTTCACAACTAAGTAAGGCAGA  586

seq1  TAAGCTGTTCCATCTTGCTTTCTTCTTTGTGTCTAGTGCTCCAGAGTGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTGTTCCATCTTGCTTTCTTCTTTGTGTCTAGTGCTCCAGAGTGTA  636

seq1  CCTCACACAGATGCCACAAGTTCGGGAGTTATTACTCAATGTGTCTAATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACACAGATGCCACAAGTTCGGGAGTTATTACTCAATGTGTCTAATT  686

seq1  CATAACTGTTGCTGCTACCTTCTCTAATCATCTACTTCTTTATTCTAATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTGTTGCTGCTACCTTCTCTAATCATCTACTTCTTTATTCTAATC  736

seq1  CCAAAACACCAAGGTGTTGCTTTGCTAGTCCAGCACAATAGCCCTGTGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACACCAAGGTGTTGCTTTGCTAGTCCAGCACAATAGCCCTGTGAT  786

seq1  ATAGAAACTGATGTTGCTCTTGAGAAAGAAGTGTATGCTGAGATGCAGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAACTGATGTTGCTCTTGAGAAAGAAGTGTATGCTGAGATGCAGGC  836

seq1  ACAGAGCCAAAACAGTGGAACTTCGTGGTTTCCAAAATAAGGTAAGTGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCCAAAACAGTGGAACTTCGTGGTTTCCAAAATAAGGTAAGTGCA  886

seq1  AGTACAGAGCCTTTTCATGACCAAGCCATCATCGTTTCAAATGAAAAAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAGAGCCTTTTCATGACCAAGCCATCATCGTTTCAAATGAAAAAAA  936

seq1  TAAGGCAATTGTCATGAGCTATTCATAAAGCTAAATTCATTCAATTTCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCAATTGTCATGAGCTATTCATAAAGCTAAATTCATTCAATTTCAG  986

seq1  AGCCTTTTATTATACAATGATATCCTTTTGTATTTTTGGAATTACATTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTTATTATACAATGATATCCTTTTGTATTTTTGGAATTACATTTT  1036

seq1  TCAAAATTAAATGTTAATAGTGATGGTAAAATAGCTTATGTTGAGTCCTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATTAAATGTTAATAGTGATGGTAAAATAGCTTATGTTGAGTCCTA  1086

seq1  AAATCTTTTCAATGTTCCTGGTCCTTGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTTCAATGTTCCTGGTCCTTGAATTC  1118

seq1: chr2_161715712_161716840
seq2: B6Ng01-032J21.g_67_1089

seq1  GAATTCCACTGGAGTGAGGAGGTAAAACATCAGACATGAAAAGGAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGGAGTGAGGAGGTAAAACATCAGACATGAAAAGGAAACAA  50

seq1  CCTGTGATGTTTAAAGAGATTCTCGGGCAACTTAATACCGCCTCTGGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATGTTTAAAGAGATTCTCGGGCAACTTAATACCGCCTCTGGGCA  100

seq1  GTGTGTTGAAAGGACATGGTCACCAGAGGAAGGGTTCCCTCACTAGCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTGAAAGGACATGGTCACCAGAGGAAGGGTTCCCTCACTAGCCAT  150

seq1  GTGACTGTGTACAGGAGGGTCCCCTACAAAGGCTCTGGTCCCACGCAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGTGTACAGGAGGGTCCCCTACAAAGGCTCTGGTCCCACGCAGTG  200

seq1  CATCAAAACACAATTCCATAGAAAAAGCATAAAAGAGCCCATGCTGGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAACACAATTCCATAGAAAAAGCATAAAAGAGCCCATGCTGGGCA  250

seq1  AATATAGAGTCTAACTTTATGTTCATCCTTTATCTCTCCCCGGATCTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGAGTCTAACTTTATGTTCATCCTTTATCTCTCCCCGGATCTTTT  300

seq1  TTTTTTCTTCTTTTTTTCTTTAATCTGAAATTCTCCCTCAGTAAATTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTTCTTTTTTTCTTTAATCTGAAATTCTCCCTCAGTAAATTTCT  350

seq1  AAATGATATTATGTCAAGAAGTCCAGGAGTTACGCCTGGGAGCCTCTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATATTATGTCAAGAAGTCCAGGAGTTACGCCTGGGAGCCTCTTGA  400

seq1  GATGATGGAGCAATTCTCCCAAGAGGTCAGTGTCCCCTCCACAGGGACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGGAGCAATTCTCCCAAGAGGTCAGTGTCCCCTCCACAGGGACCT  450

seq1  GGAGGGAGCTGAGAAGCTGAGGATTCTCTAAGACTAAACACTTCATGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAGCTGAGAAGCTGAGGATTCTCTAAGACTAAACACTTCATGTAG  500

seq1  ACACTGCAAGAGATGTGACACGTTCATAGTCATACTAGCAACCACAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCAAGAGATGTGACACGTTCATAGTCATACTAGCAACCACAGAAT  550

seq1  AAACTCACAAAATACAAATTCTTACACACACACACACACACACACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCACAAAATACAAATTCTTACACACACACACACACACACACACACA  600

seq1  CACACACACACACACACATGCACACGCACACCACTACCACCACTCAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACATGCACACGCACACCACTACCACCACTCAGACA  650

seq1  CAAATGCATTTGAATTGTCTATACTGCATTCCTGTGTACTATACCTACGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCATTTGAATTGTCTATACTGCATTCCTGTGTACTATACCTACGG  700

seq1  TTTACAGCTGAACTCAATGACTGGTATCTTTTCTGAACCACCTATTGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGCTGAACTCAATGACTGGTATCTTTTCTGAACCACCTATTGCCA  750

seq1  AGAGAATGATTTTCTGTCCTTTAGCTAACACACACTGTGCATTTGATGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATGATTTTCTGTCCTTTAGCTAACACACACTGTGCATTTGATGTC  800

seq1  TTCTATCATGTTCCCTGACTCCATCACAAATATCTATGTTGTAATAGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCATGTTCCCTGACTCCATCACAAATATCTATGTTGTAATAGAAG  850

seq1  AAAAAGAGCACCCAAGGCAAATATATAGACACCTTCCATATGCTGA-GGG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAAAGAGCACCCAAGGCAAATATATAGACACCTTCCATATGCTGAGGGG  900

seq1  AGGATGAACAGGCAACTATATTGAACCTACTAACTTCCCTTCCTTCCTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGAACAGGCAACTATATTGAACCTACTAACTTCCCTTCCTTCCTTT  950

seq1  CTTCTCTCCCCTCTTCCCCTTCTTCCCCTTCTTCTTCCCCTTCTTCTTCC  999
      ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |
seq2  CTTCTCT-CCCTCTTCCCCTTCTTCCCC-TCTTCTT-CCCTTCTTCT--C  995

seq1  CCTCTTTCTTCCCCTTCCTCCCCTTCTTCCCCTTCTTCCCCTTCCCCTTT  1049
      |||||||||| ||||||   |||||||||||                   
seq2  CCTCTTTCTT-CCCTTC--TCCCTTCTTCCC-------------------  1023

seq1  CCCCTCTTCCCCCTCTTCCCCTTTCTCACCTTCTTCCCCTTCTTCTCCCC  1099
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1023

seq1  CTTCCCCTTTCCCCTCTTTCCCTTCTTCCC  1129
                                    
seq2  ------------------------------  1023