BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-033A04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 123,278,356 - 123,299,533
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlc28a2, Bambi-ps1, Rp23-357i14.1, Gatm, Spata5l1, AA467197, Slc30a4, Pldn, Sqrdl
Downstream gene4930517E11Rik, LOC100043360
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-033A04.bB6Ng01-033A04.g
ACCDH862181DH862182
length1,0961,103
definitionDH862181|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033A04, 5' end.DH862182|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033A04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,278,356 - 123,279,392)(123,298,425 - 123,299,533)
sequence
gaattcagcttagatgaaattgtggcttctggttggggctgctgtctccc
tgacagtgctaaagccagctgcgaataaacctgtcttagatgagaaaaaa
agaaggaaggagattaaacagggacaaagggataggactgattgattata
ctccaacattgtactatctgacatttggaacaagacctagagtcctagaa
cttgtaactggctcatcagattgtaaacagtactgaaaactggatctcaa
ataaatgttaggaatcagatgggtatatctgtatgtgtgtgtgttgcttg
tgcatgcacatgtacatgtgtgctcacacatctgtgaatattgaggctag
aaatcaaagccaaatatctgctttattgttctacacctctttaaatgagt
caaggtctctcaataattccagaacttgctattataatgagactggcttg
ttaatgagccccaggtatttttctgtctccatatctccagtgctggcatt
acaaacatgatcctcatatttgtgcaacaagcactttgctgattgagcat
tcttcttagcccccttagaaatgagattttcattgacccagacctccatg
gtagggatatttatatcatagattgggaattctgataaaaaccagggctt
tatgattcttctgaagagttcattgctgtcaagaatttgcaagctcactc
ctcagaatagattagactcacatgactgatatgatagatcccggactaga
gagcctatcaggattttcccttttatgtttttgtgtctactaaatatccc
attgatttctacttgtctaatcacctatgcatttccatgcctatttaaag
atcagctagaacctggacagaaaaaaaaagaacacttaccaaataagata
tcttagtcaagttttaaggtatgctgaatagaacaaaaacgttaacacca
ttacagcatagatttcttcctatctattatttgagatccagagatggaac
cattagtacattgaagactggacagttgatctcaagaggcatactagaac
tctgacctcagacactttaggtcagctcgctaagcacctctggagg
gaattctcttttaaagtgtctatacaacttgcattttaagcattccatag
atgactagccacagacacatagtaagaggttggggatcactttgtatttg
atattttcttcccaacgcagcattacaatcataaccaactcaagattcta
atgcttacagttaaaagcaaagtttaaactgcaaaaacgtcgtttcttta
tgcatctaattgctgtatttcatccatctttttgcttatttgtttctcat
ttagcaccagctctgcacagaagcagaactatttataaatgctgattaag
caaacttaacaacttccaaggggggccttccatgctcggtgcatttcagt
actgggagtttcatgctttggaaatggtcaggtcagcatagacatgccca
aggtggttaagatctcaggaccctttttgtatcaaaagcccaccttcaaa
actaataataaagaagggcattgcactgaaatacacacaggcccaatcga
gcgatgatctcctagttgattattcataaaacatcccagggagtaatttt
aaatattggttttaatgtagaaagtatggtgtgcttaaaatttatcttaa
acaaagcttctgtgttatatatgttattataaaattaccaatatattgct
tgtaagaggacagtcttcttacagaattaagctactttttataatcttca
ccattggctcccctgtgcctcttacctgctcgacattagcatcaaaccac
ttttagcctcacagataatagcatccaggccgatctatattgacctcttt
cagaagttcctgggtgtaactgctgtgaaattatgaacttcaaagaatac
cgctggtgcatgctcgctgagagcagaacgcgagcgataataggaaaaca
cagtaaatgtgaaaatgtgatttcctacagaaagtcaaagatcaaagtgg
ccatgtctgctttgttccctcagtcaatttgttcttttattttcataccg
gtaaaaggaatgctagagagtacctattttatctcctgctgacgtatcaa
gcaatatggggagtcaatctgaagagaaagggggagcttgccatgctgag
tat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_123278356_123279392
seq2: B6Ng01-033A04.b_118_1135

seq1  GAATAAACCTGTCTTAGATGAGAAAAAAAGAAGGAAGGAGATTAAACAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAACCTGTCTTAGATGAGAAAAAAAGAAGGAAGGAGATTAAACAGG  50

seq1  GACAAAGGGATAGGACTGATTGATTATACTCCAACATTGTACTATCTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGGGATAGGACTGATTGATTATACTCCAACATTGTACTATCTGAC  100

seq1  ATTTGGAACAAGACCTAGAGTCCTAGAACTTGTAACTGGCTCATCAGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAACAAGACCTAGAGTCCTAGAACTTGTAACTGGCTCATCAGATT  150

seq1  GTAAACAGTACTGAAAACTGGATCTCAAATAAATGTTAGGAATCAGATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACAGTACTGAAAACTGGATCTCAAATAAATGTTAGGAATCAGATGG  200

seq1  GTATATCTGTATGTGTGTGTGTTGCTTGTGCATGCACATGTACATGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATCTGTATGTGTGTGTGTTGCTTGTGCATGCACATGTACATGTGTG  250

seq1  CTCACACATCTGTGAATATTGAGGCTAGAAATCAAAGCCAAATATCTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACATCTGTGAATATTGAGGCTAGAAATCAAAGCCAAATATCTGCT  300

seq1  TTATTGTTCTACACCTCTTTAAATGAGTCAAGGTCTCTCAATAATTCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTTCTACACCTCTTTAAATGAGTCAAGGTCTCTCAATAATTCCAG  350

seq1  AACTTGCTATTATAATGAGACTGGCTTGTTAATGAGCCCCAGGTATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCTATTATAATGAGACTGGCTTGTTAATGAGCCCCAGGTATTTTT  400

seq1  CTGTCTCCATATCTCCAGTGCTGGCATTACAAACATGATCCTCATATTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCCATATCTCCAGTGCTGGCATTACAAACATGATCCTCATATTTG  450

seq1  TGCAACAAGCACTTTGCTGATTGAGCATTCTTCTTAGCCCCCTTAGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACAAGCACTTTGCTGATTGAGCATTCTTCTTAGCCCCCTTAGAAAT  500

seq1  GAGATTTTCATTGACCCAGACCTCCATGGTAGGGATATTTATATCATAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTTCATTGACCCAGACCTCCATGGTAGGGATATTTATATCATAGA  550

seq1  TTGGGAATTCTGATAAAAACCAGGGCTTTATGATTCTTCTGAAGAGTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAATTCTGATAAAAACCAGGGCTTTATGATTCTTCTGAAGAGTTCA  600

seq1  TTGCTGTCAAGAATTTGCAAGCTCACTCCTCAGAATAGATTAGACTCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTCAAGAATTTGCAAGCTCACTCCTCAGAATAGATTAGACTCACA  650

seq1  TGACTGATATGATAGATCCCGGACTAGAGAGCCTATCAGGATTTTCCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGATATGATAGATCCCGGACTAGAGAGCCTATCAGGATTTTCCCTT  700

seq1  TTATGTTTTTGTGTCTACTAAATATCCCATTGATTTCTACTTGTCTAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTTTGTGTCTACTAAATATCCCATTGATTTCTACTTGTCTAATC  750

seq1  ACCTATGCATTTCCATGCCTATTTAAAGATCAGCTAGAACCTGGACAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  ACCTATGCATTTCCATGCCTATTTAAAGATCAGCTAGAACCTGGACAG--  798

seq1  AAAAAAAAAGAACACTTACCAAAATAAGATATCTTAGTCAAGTTTTAAGG  850
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGAACACTTACC-AAATAAGATATCTTAGTCAAGTTTTAAGG  847

seq1  TATGCTGAATAGAAACAAAAAACGTTAACACCATTAACAGCATAGATTTC  900
      ||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TATGCTGAATAGAA--CAAAAACGTTAACACCATT-ACAGCATAGATTTC  894

seq1  TTCCTATCTATTAGTTTGAAGAATCCAGAGAATGGAACCATTAGTACATT  950
      ||||||||||||| |||||   |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATCTATTA-TTTGA--GATCCAGAG-ATGGAACCATTAGTACATT  940

seq1  GGAAGACAGGACAGTTGATCACAGAGAGGCAATACTAGGACTTCTGACCT  1000
       |||||| |||||||||||| || |||||| ||||||| || ||||||| 
seq2  -GAAGACTGGACAGTTGATCTCA-AGAGGC-ATACTAGAAC-TCTGACC-  985

seq1  TCAGACAACTTTAGGTCCAGCTCGCTTAAGCATCCTC  1037
      |||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||
seq2  TCAGAC-ACTTTAGGT-CAGCTCGC-TAAGCA-CCTC  1018

seq1: chr2_123298425_123299533
seq2: B6Ng01-033A04.g_66_1168 (reverse)

seq1  ATACTCAGCATATGCAAAGCT-CACCTTTCTC-TCAGATTTGACTCCCCA  48
      |||||||||  |||  ||||| | |||||||| ||||| |||||||||||
seq2  ATACTCAGC--ATGGCAAGCTCCCCCTTTCTCTTCAGA-TTGACTCCCCA  47

seq1  TATTGCTTTGATACGTCAGCCAGAGATAAAATAAGTTACTCTCTAGCATT  98
      |||||| |||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||
seq2  TATTGC-TTGATACGTCAGCAGGAGATAAAAT-AGGTACTCTCTAGCATT  95

seq1  CCCTTTTACCGGTATGAAAATAAAAGAACAAATTGACTGAGGGAACAAAG  148
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CCTTTTACCGGTATGAAAATAAAAGAACAAATTGACTGAGGGAACAAAG  144

seq1  CAGACATGGCCACCTTTGATCTTTGACTTTCTTGTAGGAAATCACATTTT  198
      |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGACATGGCCA-CTTTGATCTTTGACTTTC-TGTAGGAAATCACATTTT  192

seq1  CACATTTACTGTGTTTTCCTATTATCGCTCGCGTTCTGCTCTCAGCGAGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTACTGTGTTTTCCTATTATCGCTCGCGTTCTGCTCTCAGCGAGC  242

seq1  ATGCACCAGCGGTATTCTTTGAAGTTCATAATTTCACAGCAGTTACACCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACCAGCGGTATTCTTTGAAGTTCATAATTTCACAGCAGTTACACCC  292

seq1  AGGAACTTCTGAAAGAGGTCAATATAGATCGGCCTGGATGCTATTATCTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTTCTGAAAGAGGTCAATATAGATCGGCCTGGATGCTATTATCTG  342

seq1  TGAGGCTAAAAGTGGTTTGATGCTAATGTCGAGCAGGTAAGAGGCACAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTAAAAGTGGTTTGATGCTAATGTCGAGCAGGTAAGAGGCACAGG  392

seq1  GGAGCCAATGGTGAAGATTATAAAAAGTAGCTTAATTCTGTAAGAAGACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCAATGGTGAAGATTATAAAAAGTAGCTTAATTCTGTAAGAAGACT  442

seq1  GTCCTCTTACAAGCAATATATTGGTAATTTTATAATAACATATATAACAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTTACAAGCAATATATTGGTAATTTTATAATAACATATATAACAC  492

seq1  AGAAGCTTTGTTTAAGATAAATTTTAAGCACACCATACTTTCTACATTAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTTTGTTTAAGATAAATTTTAAGCACACCATACTTTCTACATTAA  542

seq1  AACCAATATTTAAAATTACTCCCTGGGATGTTTTATGAATAATCAACTAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATATTTAAAATTACTCCCTGGGATGTTTTATGAATAATCAACTAG  592

seq1  GAGATCATCGCTCGATTGGGCCTGTGTGTATTTCAGTGCAATGCCCTTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCATCGCTCGATTGGGCCTGTGTGTATTTCAGTGCAATGCCCTTCT  642

seq1  TTATTATTAGTTTTGAAGGTGGGCTTTTGATACAAAAAGGGTCCTGAGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTAGTTTTGAAGGTGGGCTTTTGATACAAAAAGGGTCCTGAGAT  692

seq1  CTTAACCACCTTGGGCATGTCTATGCTGACCTGACCATTTCCAAAGCATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCACCTTGGGCATGTCTATGCTGACCTGACCATTTCCAAAGCATG  742

seq1  AAACTCCCAGTACTGAAATGCACCGAGCATGGAAGGCCCCCCTTGGAAGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCCAGTACTGAAATGCACCGAGCATGGAAGGCCCCCCTTGGAAGT  792

seq1  TGTTAAGTTTGCTTAATCAGCATTTATAAATAGTTCTGCTTCTGTGCAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAGTTTGCTTAATCAGCATTTATAAATAGTTCTGCTTCTGTGCAGA  842

seq1  GCTGGTGCTAAATGAGAAACAAATAAGCAAAAAGATGGATGAAATACAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGCTAAATGAGAAACAAATAAGCAAAAAGATGGATGAAATACAGC  892

seq1  AATTAGATGCATAAAGAAACGACGTTTTTGCAGTTTAAACTTTGCTTTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGATGCATAAAGAAACGACGTTTTTGCAGTTTAAACTTTGCTTTTA  942

seq1  ACTGTAAGCATTAGAATCTTGAGTTGGTTATGATTGTAATGCTGCGTTGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAAGCATTAGAATCTTGAGTTGGTTATGATTGTAATGCTGCGTTGG  992

seq1  GAAGAAAATATCAAATACAAAGTGATCCCCAACCTCTTACTATGTGTCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAATATCAAATACAAAGTGATCCCCAACCTCTTACTATGTGTCTG  1042

seq1  TGGCTAGTCATCTATGGAATGCTTAAAATGCAAGTTGTATAGACACTTTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGTCATCTATGGAATGCTTAAAATGCAAGTTGTATAGACACTTTA  1092

seq1  AAAGAGAATTC  1109
      |||||||||||
seq2  AAAGAGAATTC  1103