BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-035L21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 20,211,002 - 20,326,464
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEtl4
Upstream geneArmc3, Msrb2, LOC100041196, Ptf1a, LOC100041534, 4921504E06Rik, LOC100041244, Otud1, LOC667564, LOC100041302, LOC433406, LOC654360, LOC667609
Downstream geneArhgap21, LOC433408, LOC675912, C130046B21Rik, 4933434I06Rik, Thnsl1, Gpr158
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-035L21.bB6Ng01-035L21.g
ACCDH864131DH864132
length1,1291,032
definitionDH864131|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-035L21, 5' end.DH864132|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-035L21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,211,002 - 20,212,172)(20,325,400 - 20,326,464)
sequence
gaattctttgtgatgatccaccctctgaatttgtccacaagctcacatca
tttcccacttagcctgggattatatgactagcttagtcagagaatgcagt
ctctctgagtgctgtgctctctgggtcatagaatacagtttttctgtatg
ctgtgctctctgaggacagtgcatggcattaagtcacaggggactcagct
tctctgtgtcattctgattcccaatcagcctttcctcatgtcctcttgcc
cttgaccatagaaacctgctggtattttaaaggttggtctagtttagtgt
gcagtgtgtttaccttgccttgtgctatccagctcatgttttggttaaaa
aacaaaagatggaaaactaccagttaagagcactgagcttgaatagccat
gcatatgattccagtatatcccgttccacataccagcactttttcaatca
gtctgagactctaattattcactaagcagttactgagtgaagacttacag
tcttgtttgtattttacagatggaaatactgggatcctaagtttgtaact
gaccataccatactccagagacaaaggtggaactgcagcccaggacccct
gaaagtcgccctcaaaggattatactacttatatgtcactctgtcctcca
ccctgttgtcttcttaggtgagttctgactttttactgaatcatgagatg
agtgaatgaattattaggcaaagcaatatttgtagagtgtggcttctgta
actcttccctgagctcaggactaaaatgtctcagtcaaaccatgatgctt
tcttacacatactcctgagatgcagctgaatattgctttacctgttattt
attgatcttgtagaggatagcatgagcatatgtacaattttcagatgggt
attatgtattgacattgatatgctattctttctgttcagactctgctaga
gcatcaaacttttaaagaataagaaatactcagaacatgcatgcttcttg
tcaatgtctgcatgacgcttgcatctttagacaaatgactaatggagtag
ccgaattcattcagcctgagctttacccaatcctcagttatatcattgga
ccagaaggttaagagaaagtttaccatgg
gaattctccccattttaaagcttggggtcttgcctgtgggcaaccctgag
gaatatgggtgacctgcaccctggcctggaaatcaggctgaatgacaaac
cagaagtctagctgttttgttagtacatggccccttaatgcctacagagc
tcagagaggaagcagggagccatcctggtacaactggggctgctagaaag
gcagggttacagctgtctgtgaatgatgatctggctctgagaacacacag
tctgaagagaggaagaatccagccccagaacaactggaaagcaagcacga
ggtcatctgttctgctgcatagtgtctgcttggccttttcaccccaagga
cagcctgcattttcccaaaagagctgatttgcttgatctgcttgctttga
attctatgcttaaatttccccaaactgcacagctatctaaacaatgctta
gttttcaagtgtaattcccaatgatgagccctgacttgatttgcaggagc
ccatgagcgtagcttcttcactccacatagtaggccagttcgtcagtatt
tcttgagttgctactaatgagccaggcactgttctgaatctggtgtaaaa
gacttaattagataggcgaaacctccaaactcttggtcagtaaagaccaa
tatagacatgcattttgattgcgagaagtccctggaagaaataagccaag
tgctacgaggcattggaacatgatcactcctgaagcatttcagatcgaca
ctggaagctgagacagagctggatattcagtgagctccgagggcttggtt
caagggcaaaggaagagcgatggggtgcattctctaaagcaagggatcct
ctggtgtgcttcatgggcagtagagatgtagtgatgggtagactgatata
tgtgctgtctctagaagagacagttggcatctcagagcagcacgagtcta
gctagacatgtgcccatgtgcctctctaaggacctctctagctctgttgc
tgaaatgcagctgagaggtacggtcaacagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_20211002_20212172
seq2: B6Ng01-035L21.b_46_1174

seq1  GAATTCTTTGTGATGATCCACCCTCTGAATTTGTCCACAAGCTCACATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTGATGATCCACCCTCTGAATTTGTCCACAAGCTCACATCA  50

seq1  TTTCCCACTTAGCCTGGGATTATATGACTAGCTTAGTCAGAGAATGCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCACTTAGCCTGGGATTATATGACTAGCTTAGTCAGAGAATGCAGT  100

seq1  CTCTCTGAGTGCTGTGCTCTCTGGGTCATAGAATACAGTTTTTCTGTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGAGTGCTGTGCTCTCTGGGTCATAGAATACAGTTTTTCTGTATG  150

seq1  CTGTGCTCTCTGAGGACAGTGCATGGCATTAAGTCACAGGGGACTCAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTCTCTGAGGACAGTGCATGGCATTAAGTCACAGGGGACTCAGCT  200

seq1  TCTCTGTGTCATTCTGATTCCCAATCAGCCTTTCCTCATGTCCTCTTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTCATTCTGATTCCCAATCAGCCTTTCCTCATGTCCTCTTGCC  250

seq1  CTTGACCATAGAAACCTGCTGGTATTTTAAAGGTTGGTCTAGTTTAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCATAGAAACCTGCTGGTATTTTAAAGGTTGGTCTAGTTTAGTGT  300

seq1  GCAGTGTGTTTACCTTGCCTTGTGCTATCCAGCTCATGTTTTGGTTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTGTTTACCTTGCCTTGTGCTATCCAGCTCATGTTTTGGTTAAAA  350

seq1  AACAAAAGATGGAAAACTACCAGTTAAGAGCACTGAGCTTGAATAGCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAGATGGAAAACTACCAGTTAAGAGCACTGAGCTTGAATAGCCAT  400

seq1  GCATATGATTCCAGTATATCCCGTTCCACATACCAGCACTTTTTCAATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGATTCCAGTATATCCCGTTCCACATACCAGCACTTTTTCAATCA  450

seq1  GTCTGAGACTCTAATTATTCACTAAGCAGTTACTGAGTGAAGACTTACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGACTCTAATTATTCACTAAGCAGTTACTGAGTGAAGACTTACAG  500

seq1  TCTTGTTTGTATTTTACAGATGGAAATACTGGGATCCTAAGTTTGTAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTGTATTTTACAGATGGAAATACTGGGATCCTAAGTTTGTAACT  550

seq1  GACCATACCATACTCCAGAGACAAAGGTGGAACTGCAGCCCAGGACCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATACCATACTCCAGAGACAAAGGTGGAACTGCAGCCCAGGACCCCT  600

seq1  GAAAGTCGCCCTCAAAGGATTATACTACTTATATGTCACTCTGTCCTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCGCCCTCAAAGGATTATACTACTTATATGTCACTCTGTCCTCCA  650

seq1  CCCTGTTGTCTTCTTAGGTGAGTTCTGACTTTTTACTGAATCATGAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTGTCTTCTTAGGTGAGTTCTGACTTTTTACTGAATCATGAGATG  700

seq1  AGTGAATGAATTATTAGGCAAAGCAATATTTGTAGAGTGTGGCTTCTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATGAATTATTAGGCAAAGCAATATTTGTAGAGTGTGGCTTCTGTA  750

seq1  ACTCTTCCCTGAGCTCAGGGACTAAAATGTCTCAGTCAAACCATGATGCT  800
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTCCCTGAGCTCA-GGACTAAAATGTCTCAGTCAAACCATGATGCT  799

seq1  TTCTTACACATACTCCTGAGATGCAGCTGAATATTGCTTTACCTGTTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACACATACTCCTGAGATGCAGCTGAATATTGCTTTACCTGTTATT  849

seq1  TATTGATCTTGTAGAGGATAGCATGAGCATATGTACAAATTTTCAGGATG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  TATTGATCTTGTAGAGGATAGCATGAGCATATGTAC-AATTTTCA-GATG  897

seq1  GGTATTATGTTATTTGACATTGATATGCCTATCTTTCTGTTCAGACTCTG  950
      ||||||||||   |||||||||||||||   |||||||||||||||||| 
seq2  GGTATTATGT--ATTGACATTGATATGCTATTCTTTCTGTTCAGACTCT-  944

seq1  GCTAGAAGCCATCATAACCTCTATAGAATAAGAAAATACTCAAAGACCAT  1000
      ||||||   ||||| ||| | || |||||||| ||||||||  ||| |||
seq2  GCTAGA--GCATCA-AACTTTTAAAGAATAAG-AAATACTC--AGAACAT  988

seq1  GCATGCTTTCTTTGTCCAAATTGGTCTGCATGAACGGCCTTGCATCTTTA  1050
      ||||||||   |||||  |||  ||||||||| |||  ||||||||||||
seq2  GCATGCTT--CTTGTC--AAT--GTCTGCATG-ACG--CTTGCATCTTTA  1029

seq1  GACCAAAAATGACCTAGTGAAGTTAGCCAGATTCATTCAGCCTGAGCTTT  1100
      |||   |||||| ||| || || |||||  ||||||||||||||||||||
seq2  GAC---AAATGA-CTAATGGAG-TAGCCGAATTCATTCAGCCTGAGCTTT  1074

seq1  CACCACAAATCCATCAGTTTAATATCATTGGACCCAGAGAAAGGTCACAA  1150
        ||   ||||| ||||||  |||||||||||||   |||| | |    |
seq2  ACCC---AATCC-TCAGTT--ATATCATTGGACC---AGAAGGTT----A  1111

seq1  AGAGAACAGTTCTTACCATGG  1171
      |||||| |||  |||||||||
seq2  AGAGAA-AGT--TTACCATGG  1129

seq1: chr2_20325400_20326464
seq2: B6Ng01-035L21.g_68_1099 (reverse)

seq1  CTCTGTTTGACCTCGTACCCTCTCAGGCTTGCATTCTCAGCAACAGAGCT  50
      ||||| |||||  |||| ||||||||   |||||| ||||||||||||||
seq2  CTCTG-TTGAC--CGTA-CCTCTCAG--CTGCATT-TCAGCAACAGAGCT  43

seq1  AGAGAGGTCCCTTTAGAGAAGCACACTGGGCACATGTTCCTTAGCTTAGA  100
      ||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||    |||| ||||
seq2  AGAGAGGTCC--TTAGAGAGGCACA-TGGGCACATGT---CTAGC-TAGA  86

seq1  CTCGTGCCCTGCTCTTGGAAGATGCCCAAACCTGTCTCTTTCTAGAGAAC  150
      ||||||  |||||||    |||||||   | ||||||| |||||||| ||
seq2  CTCGTG--CTGCTCT---GAGATGCC---AACTGTCTC-TTCTAGAG-AC  126

seq1  AGCACATATTATCAAGTCTACCCATCACTTACCATCTCCTACTTGCCCAT  200
      |||||||| |||| |||||||||||||||   ||||| |||| |||||||
seq2  AGCACATA-TATC-AGTCTACCCATCACT--ACATCT-CTAC-TGCCCAT  170

seq1  GAAGCCACACCAGAGGATCCCCTGCTTTAGAGAATGCACCCCATCGCTTC  250
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  
seq2  GAAG-CACACCAGAGGATCCCTTGCTTTAGAGAATGCACCCCATCGCT--  217

seq1  CTTCCTTTGCCCTTGAACCAAGCCCTCGGAGCTCACTGAATATCCAGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTGCCCTTGAACCAAGCCCTCGGAGCTCACTGAATATCCAGCTC  267

seq1  TGTCTCAGCTTCCAGTGTCGATCTGAAATGCTTCAGGAGTGATCATGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCAGCTTCCAGTGTCGATCTGAAATGCTTCAGGAGTGATCATGTTC  317

seq1  CAATGCCTCGTAGCACTTGGCTTATTTCTTCCAGGGACTTCTCGCAATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCTCGTAGCACTTGGCTTATTTCTTCCAGGGACTTCTCGCAATCA  367

seq1  AAATGCATGTCTATATTGGTCTTTACTGACCAAGAGTTTGGAGGTTTCGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATGTCTATATTGGTCTTTACTGACCAAGAGTTTGGAGGTTTCGC  417

seq1  CTATCTAATTAAGTCTTTTACACCAGATTCAGAACAGTGCCTGGCTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTAATTAAGTCTTTTACACCAGATTCAGAACAGTGCCTGGCTCATT  467

seq1  AGTAGCAACTCAAGAAATACTGACGAACTGGCCTACTATGTGGAGTGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAACTCAAGAAATACTGACGAACTGGCCTACTATGTGGAGTGAAG  517

seq1  AAGCTACGCTCATGGGCTCCTGCAAATCAAGTCAGGGCTCATCATTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACGCTCATGGGCTCCTGCAAATCAAGTCAGGGCTCATCATTGGGA  567

seq1  ATTACACTTGAAAACTAAGCATTGTTTAGATAGCTGTGCAGTTTGGGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACTTGAAAACTAAGCATTGTTTAGATAGCTGTGCAGTTTGGGGAA  617

seq1  ATTTAAGCATAGAATTCAAAGCAAGCAGATCAAGCAAATCAGCTCTTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGCATAGAATTCAAAGCAAGCAGATCAAGCAAATCAGCTCTTTTG  667

seq1  GGAAAATGCAGGCTGTCCTTGGGGTGAAAAGGCCAAGCAGACACTATGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATGCAGGCTGTCCTTGGGGTGAAAAGGCCAAGCAGACACTATGCA  717

seq1  GCAGAACAGATGACCTCGTGCTTGCTTTCCAGTTGTTCTGGGGCTGGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACAGATGACCTCGTGCTTGCTTTCCAGTTGTTCTGGGGCTGGATT  767

seq1  CTTCCTCTCTTCAGACTGTGTGTTCTCAGAGCCAGATCATCATTCACAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTCTTCAGACTGTGTGTTCTCAGAGCCAGATCATCATTCACAGA  817

seq1  CAGCTGTAACCCTGCCTTTCTAGCAGCCCCAGTTGTACCAGGATGGCTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTAACCCTGCCTTTCTAGCAGCCCCAGTTGTACCAGGATGGCTCC  867

seq1  CTGCTTCCTCTCTGAGCTCTGTAGGCATTAAGGGGCCATGTACTAACAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCTCTCTGAGCTCTGTAGGCATTAAGGGGCCATGTACTAACAAA  917

seq1  ACAGCTAGACTTCTGGTTTGTCATTCAGCCTGATTTCCAGGCCAGGGTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTAGACTTCTGGTTTGTCATTCAGCCTGATTTCCAGGCCAGGGTGC  967

seq1  AGGTCACCCATATTCCTCAGGGTTGCCCACAGGCAAGACCCCAAGCTTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACCCATATTCCTCAGGGTTGCCCACAGGCAAGACCCCAAGCTTTA  1017

seq1  AAATGGGGAGAATTC  1065
      |||||||||||||||
seq2  AAATGGGGAGAATTC  1032