BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039D06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 24,630,707 - 24,747,677
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEhmt1
Upstream geneHnmt, Tbpl2, Il1f8, LOC215253, Il1f9, Il1f6, LOC620156, Il1f5, Il1f10, Il1rn, Psd4, Pax8, LOC433410, LOC664938, Cacna1b
Downstream geneArrdc1, Zmynd19, Wdr85, Mrpl41, Pnpla7, Nelf, Entpd8, Noxa1, Nrarp, A830007P12Rik, A730008L03Rik, 4933433C11Rik, BC061039, Tubb2c, Slc34a3, Gm757, 2310002J15Rik, Rnf208, LOC100039232, Ndor1, C730025P13Rik, C430004E15Rik, Ssna1, Anapc2, 4930571C24Rik, BC004853, Grin1, Man1b1, Dpp7, Uap1l1, 2010317E24Rik, Entpd2, Npdc1, Fut7, Abca2, Clic3, BC029214, Ptgds, EG665070, Lcn12, C8g, Fbxw5, Traf2, Edf1, Mamdc4, Phpt1, Gm996, LOC100039887, B230208H17Rik, 4921530D09Rik, Tmem141, Fcna, Lcn8, Lcn5, LOC620709, Lcn10, Lcn13, Bmyc, LOC383678, Lcn3, Lcn11, LOC620858, Glt6d1, Lcn9, Sohlh1, Kcnt1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039D06.bB6Ng01-039D06.g
ACCDH866538DH866539
length1,119946
definitionDH866538|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039D06, 5' end.DH866539|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,630,707 - 24,631,836)(24,746,728 - 24,747,677)
sequence
gaattccccagttgttgggagttggtgtccctgatgtaaaagggccttca
tgaatggtgatttttaaaagacacccccaggaggggatgctatggcgaat
gaggcctttgaagagcaacaggcaaagggaaaccaagctccacaaaggtg
ctcctggttgactcctgtgttgtgaacaacctgcacagatgacgagacag
ggttctccaagctgatggctcagcaggacatcagtgtgcccccacagtag
ctcccatcactgagtagaagaagccaggctacactgctctgtgaatgaca
gagatacatggaaggggtctggaatcaagatgctgcctaaacacacctga
acctggaggtacagagttgaaacccttcctcagttctcaggcttgggacc
tatcgttgaaagaggcagcagccaaggcaggagagctggtctggtgtgac
agtgtgttaacactgtcctccacacttacttcttgtccagataaatatga
gggtgttggtctatggttcctcagtaagaactatgcaattaaatgacaac
tgctgaagacagtcacagtcctgttgatggcacagtgcaaagtgttgaag
cttgtgaaggtgctagctatccaagagcaaaggtttgatctattaataaa
actgagttgaaattgatcaaatagacccaaacacagttcaaatagaaatt
atccacaaatgtccactacatgcctctgcaggccttgcctgggccatgct
ggctcaggtctccgagaagcctgtactccgatgcttctccatcacagagt
gcatacatttggttctgtggttgctctatccctgctctgacttctgtttc
ttctttcacagacactcggagaatgagccagtctgcattccttcctctct
tataccacactgtgcaggaagaaagagccaacactactggccgcacatgc
tccctctgggccagcccactgtcctgttgggtcaagttcagacttgctgc
ttctctcaccttgatcttttgtagacacacaatacacacaacacacacat
ccacaataacactcacatcacaactggtaccaggagccacacagcccagc
attggctctggttcttctt
gaattcttgttaggctcatccttcatgtgtagttacatttcctgtagata
tagaaaagctgttcagcccagggcattagttctgatggccagtgcacata
gagtttgggttgtcagatgagttctgtgttccagacctgtactggcaaca
cagctggcttcccttttcccactgggtgggatctgtagcagataggagga
gagtagaaggaagattgccacataatatcctaccatgtagttcagtggtt
aaaataagagtaatcctcaagcaaagtgcattgtatacacgtgacacttt
gggctgatgagtctaggtcctgggcttagaagttctgggcactgggctga
actcagctgtaggcttatttatgtgtgcatctgtgtcatgctgactggag
catctgcttgtccatgttgtggaggctgcttgtccatggtgtccaggcag
tttcatggtagctgggatggcagaggagcagtgctgatgccatgggtgag
attgtagtggggagaccccgagtgagacatagcttagtcctgctttctct
gggaagatgtagtggctaaaggagcatgttagaagtagtaggggtggagg
gacctcagtttgtttcttagtagaaaggcccagtgaagggttaagtagat
gggaagggaatctgttctggattttgaaatctcttaaatgtaatttcttg
ggctactttggatatcaatttgtatattccaaatttaggaatggattctt
ttttcttccaagggattaaaacccaaaaagacaaaaggggaaaataaaaa
cctcactgctgaaagagttctcccccactccttgatattagctggtaaag
ctggggtgtagagacttaggggcgggggagtgcttgagtctctgattgct
cagctaagtttcttttgtctttgagacttgtgatattttgcatttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_24630707_24631836
seq2: B6Ng01-039D06.b_47_1165

seq1  GAATTCCCCAGTTGTTGGGAGTTGGTGTCCCTGATGTAAAAGGGCCTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCAGTTGTTGGGAGTTGGTGTCCCTGATGTAAAAGGGCCTTCA  50

seq1  TGAATGGTGATTTTTAAAAGACACCCCCAGGAGGGGATGCTATGGCGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGTGATTTTTAAAAGACACCCCCAGGAGGGGATGCTATGGCGAAT  100

seq1  GAGGCCTTTGAAGAGCAACAGGCAAAGGGAAACCAAGCTCCACAAAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTTTGAAGAGCAACAGGCAAAGGGAAACCAAGCTCCACAAAGGTG  150

seq1  CTCCTGGTTGACTCCTGTGTTGTGAACAACCTGCACAGATGACGAGACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGTTGACTCCTGTGTTGTGAACAACCTGCACAGATGACGAGACAG  200

seq1  GGTTCTCCAAGCTGATGGCTCAGCAGGACATCAGTGTGCCCCCACAGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCCAAGCTGATGGCTCAGCAGGACATCAGTGTGCCCCCACAGTAG  250

seq1  CTCCCATCACTGAGTAGAAGAAGCCAGGCTACACTGCTCTGTGAATGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATCACTGAGTAGAAGAAGCCAGGCTACACTGCTCTGTGAATGACA  300

seq1  GAGATACATGGAAGGGGTCTGGAATCAAGATGCTGCCTAAACACACCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATACATGGAAGGGGTCTGGAATCAAGATGCTGCCTAAACACACCTGA  350

seq1  ACCTGGAGGTACAGAGTTGAAACCCTTCCTCAGTTCTCAGGCTTGGGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGAGGTACAGAGTTGAAACCCTTCCTCAGTTCTCAGGCTTGGGACC  400

seq1  TATCGTTGAAAGAGGCAGCAGCCAAGGCAGGAGAGCTGGTCTGGTGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGTTGAAAGAGGCAGCAGCCAAGGCAGGAGAGCTGGTCTGGTGTGAC  450

seq1  AGTGTGTTAACACTGTCCTCCACACTTACTTCTTGTCCAGATAAATATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTTAACACTGTCCTCCACACTTACTTCTTGTCCAGATAAATATGA  500

seq1  GGGTGTTGGTCTATGGTTCCTCAGTAAGAACTATGCAATTAAATGACAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTGGTCTATGGTTCCTCAGTAAGAACTATGCAATTAAATGACAAC  550

seq1  TGCTGAAGACAGTCACAGTCCTGTTGATGGCACAGTGCAAAGTGTTGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAGACAGTCACAGTCCTGTTGATGGCACAGTGCAAAGTGTTGAAG  600

seq1  CTTGTGAAGGTGCTAGCTATCCAAGAGCAAAGGTTTGATCTATTAATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAAGGTGCTAGCTATCCAAGAGCAAAGGTTTGATCTATTAATAAA  650

seq1  ACTGAGTTGAAATTGATCAAATAGACCCAAACACAGTTCAAATAGAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTTGAAATTGATCAAATAGACCCAAACACAGTTCAAATAGAAATT  700

seq1  ATCCACAAATGTCCACTACATGCCTCTGCAGGCCTTGCCTGGGCCATGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACAAATGTCCACTACATGCCTCTGCAGGCCTTGCCTGGGCCATGCT  750

seq1  GGCTCAGGTCTCCGAGAAGCCTGTACTCCGATGCTTCTCCATCACAGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGGTCTCCGAGAAGCCTGTACTCCGATGCTTCTCCATCACAGAGT  800

seq1  GCATACATTTGGTTCTGTGGTTGCTCTATCCCTGCTCTGACTTCTGTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACATTTGGTTCTGTGGTTGCTCTATCCCTGCTCTGACTTCTGTTTC  850

seq1  TTCTTTGCACAGACACTCGGAGAATGAGCCAGTCTGCATTCCTTCCTCTC  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTT-CACAGACACTCGGAGAATGAGCCAGTCTGCATTCCTTCCTCTC  899

seq1  TTATACCACACTGTGCAGGAAGAAAGAGCCAAACACTACTGGCCGCACAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTATACCACACTGTGCAGGAAGAAAGAGCC-AACACTACTGGCCGCACAT  948

seq1  GCTCCCTCTGGGCCAGCCCACTGTCCTGTTGGGTCAAGTTCAGACTTGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTCTGGGCCAGCCCACTGTCCTGTTGGGTCAAGTTCAGACTTGCT  998

seq1  GCTTCTCTCACCTTGATC-TTTGTAGACACACACATACACACACACACAC  1049
      |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   ||||
seq2  GCTTCTCTCACCTTGATCTTTTGTAGACACACA-ATACACACA---ACAC  1044

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACAAACTGGTACCAGGAGCCACAA  1099
      |||||  ||||   |||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| |
seq2  ACACATCCACAATAACACTCACA-TCAC-AACTGGTACCAGGAGCCAC-A  1091

seq1  CAGCACCAGCAATGGGCTCTGTGTCCTTCTT  1130
      |||| ||||| || ||||||| || ||||||
seq2  CAGC-CCAGC-ATTGGCTCTG-GTTCTTCTT  1119

seq1: chr2_24746728_24747677
seq2: B6Ng01-039D06.g_68_1013 (reverse)

seq1  GAAATGCAAAATATACACAGTTCTCAAAGACAAAAGAAACTTTAGCTGAG  50
      |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAATGCAAAATAT-CACAAGTCTCAAAGACAAAAGAAAC-TTAGCTGAG  48

seq1  CAATCAGAGACTCAAAGCACTCCCCCGCCCCTAAGTCTCTACACCCCAGC  100
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGAGACTC-AAGCACTCCCCCGCCCCTAAGTCTCTACACCCCAGC  97

seq1  TTTACCAGCTAATTATCAAGGAGTGGGGGAGAACTCTTTCAGCAGTTGAG  150
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTACCAGCTAA-TATCAAGGAGTGGGGGAGAACTCTTTCAGCAG-TGAG  145

seq1  GTTTTTATTTTCCCCTTTTGTCTTTTTGGGTTTTAATCCCTTGGAAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTATTTTCCCCTTTTGTCTTTTTGGGTTTTAATCCCTTGGAAGAAA  195

seq1  AAAGAATCCATTCCTAAATTTGGAATATAC-AATTGATATCCAAAGTAGC  249
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATCCATTCCTAAATTTGGAATATACAAATTGATATCCAAAGTAGC  245

seq1  CCAAGAAATTACATTTAAGAGATTTCAAAATCCAGAACAGATTCCCTTCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAATTACATTTAAGAGATTTCAAAATCCAGAACAGATTCCCTTCC  295

seq1  CATCTACTTAACCCTTCACTGGGCCTTTCTACTAAGAAACAAACTGAGGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACTTAACCCTTCACTGGGCCTTTCTACTAAGAAACAAACTGAGGT  345

seq1  CCCTCCACCCCTACTACTTCTAACATGCTCCTTTAGCCACTACATCTTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCACCCCTACTACTTCTAACATGCTCCTTTAGCCACTACATCTTCC  395

seq1  CAGAGAAAGCAGGACTAAGCTATGTCTCACTCGGGGTCTCCCCACTACAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAAGCAGGACTAAGCTATGTCTCACTCGGGGTCTCCCCACTACAA  445

seq1  TCTCACCCATGGCATCAGCACTGCTCCTCTGCCATCCCAGCTACCATGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCCATGGCATCAGCACTGCTCCTCTGCCATCCCAGCTACCATGAA  495

seq1  ACTGCCTGGACACCATGGACAAGCAGCCTCCACAACATGGACAAGCAGAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTGGACACCATGGACAAGCAGCCTCCACAACATGGACAAGCAGAT  545

seq1  GCTCCAGTCAGCATGACACAGATGCACACATAAATAAGCCTACAGCTGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGTCAGCATGACACAGATGCACACATAAATAAGCCTACAGCTGAG  595

seq1  TTCAGCCCAGTGCCCAGAACTTCTAAGCCCAGGACCTAGACTCATCAGCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCCAGTGCCCAGAACTTCTAAGCCCAGGACCTAGACTCATCAGCC  645

seq1  CAAAGTGTCACGTGTATACAATGCACTTTGCTTGAGGATTACTCTTATTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGTCACGTGTATACAATGCACTTTGCTTGAGGATTACTCTTATTT  695

seq1  TAACCACTGAACTACATGGTAGGATATTATGTGGCAATCTTCCTTCTACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACTGAACTACATGGTAGGATATTATGTGGCAATCTTCCTTCTACT  745

seq1  CTCCTCCTATCTGCTACAGATCCCACCCAGTGGGAAAAGGGAAGCCAGCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCTATCTGCTACAGATCCCACCCAGTGGGAAAAGGGAAGCCAGCT  795

seq1  GTGTTGCCAGTACAGGTCTGGAACACAGAACTCATCTGACAACCCAAACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCCAGTACAGGTCTGGAACACAGAACTCATCTGACAACCCAAACT  845

seq1  CTATGTGCACTGGCCATCAGAACTAATGCCCTGGGCTGAACAGCTTTTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGCACTGGCCATCAGAACTAATGCCCTGGGCTGAACAGCTTTTCT  895

seq1  ATATCTACAGGAAATGTAACTACACATGAAGGATGAGCCTAACAAGAATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTACAGGAAATGTAACTACACATGAAGGATGAGCCTAACAAGAATT  945

seq1  C  950
      |
seq2  C  946