BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039M03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 173,582,659 - 173,755,517
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVapb, LOC620189, LOC664880
Upstream geneBmp7, LOC100043751, Spo11, Rae1, Rbm38, Ctcfl, EG619800, Pck1, Zbp1, Tmepai, 1700021F07Rik, 1700030G11Rik, LOC100043911, Rab22a, 1700010B08Rik
Downstream geneLOC100043912, LOC664901, Stx16, Npepl1, Nespas, Gnas, Th1l, Ctsz, Rpl30-ps5, Tubb1, Atp5e, Slmo2, LOC664967, LOC100043757, Edn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039M03.bB6Ng01-039M03.g
ACCDH866933DH866934
length7161,094
definitionDH866933|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039M03, 5' end.DH866934|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039M03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(173,754,802 - 173,755,517)(173,582,659 - 173,583,755)
sequence
ggaattcctgttatgactgccaatcataaaattatttctgttgctacttc
ataaccttaattttgctattgttgtgagttgcaatgtaaatatctggtgt
gaaggatatctaataggtagccctccccaaaagggtcatgacccacaggt
tgagaaccactgatctagcacatcccatggtcgccattgtacaggtagaa
gcaaactgagaatcagagaggtcaaatcactcatccaaggtcacacagta
aggatgagatagaagctgactccaaaggtctgtccctagccctgcacttc
ccaaattacacctccatcttgctgagcacctgttgaagatgctgtgggtt
gttatcttgcttcgaagtattcactgtggtccatgctattagcttcattg
agcgcacgctatttaactaagaaagtttcattttgagaagaaattgaatt
tgagccaagtctagaggtatagcctgttgtcatatcgcgtcaggaagctg
aggcaagaggagagcaagttcaaggcctgcttgggctctaggatgaatca
aggcaacttagtgggtctctgtctcaaatcttaaaaatggagtaaaggga
gaactggacgttgtaccccatactcagatgcttgcctagcacgggcaaga
ccctgggtttgagccccagtactgcaaaatgaagagtagtatgatggagg
ggtaagggaggaggta
gaattccaccttgctagtttccctaagaagtcacctaaatcatttagatt
cccttccatgttaccttcagggagtcttacttaggattgattgatttatt
cattgtgaaacagggtgtcactatgtagccttgggtggctggaacttgct
gtgtagaccagactggacttgaactcactcacagagatctacttgcctct
acctcctgagagctgggaaagaagaggtagccatcatgcccagacaaggc
aatctttactttctaataggattgaattgctgtgttaaaaatgaaaaatg
ctctcttttcctcttccatcatgtagtcttaccacttattaggcagagtc
ttaaaacagacttaattctgcagatgagaaaggcccaggctgagccccaa
gcccctggacttctcactgtggcctgtgtagttgctgaatgtgaacatcg
ctgtcttgggaagttggtgtttggagtccccagcaggaggagttccatgt
taatgatgctctctgggcaacagtcaccaaaagtgttcagtccgtgggaa
gctggggaaacactcaggtattacctggatatttcttgattggtaaattt
atttagtcttcttattttgttttgttctgtttgagacaggatcttactct
gtagcctggaatttcctggtgtgcattgtgtggctcaggctgaccttgaa
ctcacagtccttctacttcagcctctgggattacacatgcgggtactggt
tcctggcttgaatctcattgtctctggagagaacttcagcacctgggagc
ctcctcccttgaactttaagatagtgctttaagtctgagcttttgtcctg
tgacctgcaactcaagacccgtcctccccgtcgccttttataaatacacg
tgtttctttgtgtctgtgatctttgctttcttcgtcaggggaattcagtc
ctttcttaagtatttaaagaagacaggcagcggcatgggcttgggaggct
gcgggtggttattggcctgcttcctggatctgatccccgagaccagtggt
ggttcatgtctagatatcagtggctggttatgagccatcctatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_173754802_173755517
seq2: B6Ng01-039M03.b_44_759 (reverse)

seq1  TACCTCCTCCCTTACCCCTCCATCATACTACTCTTCATTTTGCAGTACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCCTCCCTTACCCCTCCATCATACTACTCTTCATTTTGCAGTACTG  50

seq1  GGGCTCAAACCCAGGGTCTTGCCCGTGCTAGGCAAGCATCTGAGTATGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCAAACCCAGGGTCTTGCCCGTGCTAGGCAAGCATCTGAGTATGGG  100

seq1  GTACAACGTCCAGTTCTCCCTTTACTCCATTTTTAAGATTTGAGACAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAACGTCCAGTTCTCCCTTTACTCCATTTTTAAGATTTGAGACAGAG  150

seq1  ACCCACTAAGTTGCCTTGATTCATCCTAGAGCCCAAGCAGGCCTTGAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTAAGTTGCCTTGATTCATCCTAGAGCCCAAGCAGGCCTTGAACT  200

seq1  TGCTCTCCTCTTGCCTCAGCTTCCTGACGCGATATGACAACAGGCTATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCCTCTTGCCTCAGCTTCCTGACGCGATATGACAACAGGCTATAC  250

seq1  CTCTAGACTTGGCTCAAATTCAATTTCTTCTCAAAATGAAACTTTCTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGACTTGGCTCAAATTCAATTTCTTCTCAAAATGAAACTTTCTTAG  300

seq1  TTAAATAGCGTGCGCTCAATGAAGCTAATAGCATGGACCACAGTGAATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAGCGTGCGCTCAATGAAGCTAATAGCATGGACCACAGTGAATAC  350

seq1  TTCGAAGCAAGATAACAACCCACAGCATCTTCAACAGGTGCTCAGCAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAAGCAAGATAACAACCCACAGCATCTTCAACAGGTGCTCAGCAAGA  400

seq1  TGGAGGTGTAATTTGGGAAGTGCAGGGCTAGGGACAGACCTTTGGAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTGTAATTTGGGAAGTGCAGGGCTAGGGACAGACCTTTGGAGTCA  450

seq1  GCTTCTATCTCATCCTTACTGTGTGACCTTGGATGAGTGATTTGACCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTATCTCATCCTTACTGTGTGACCTTGGATGAGTGATTTGACCTCT  500

seq1  CTGATTCTCAGTTTGCTTCTACCTGTACAATGGCGACCATGGGATGTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCTCAGTTTGCTTCTACCTGTACAATGGCGACCATGGGATGTGCT  550

seq1  AGATCAGTGGTTCTCAACCTGTGGGTCATGACCCTTTTGGGGAGGGCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGTGGTTCTCAACCTGTGGGTCATGACCCTTTTGGGGAGGGCTAC  600

seq1  CTATTAGATATCCTTCACACCAGATATTTACATTGCAACTCACAACAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGATATCCTTCACACCAGATATTTACATTGCAACTCACAACAATA  650

seq1  GCAAAATTAAGGTTATGAAGTAGCAACAGAAATAATTTTATGATTGGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATTAAGGTTATGAAGTAGCAACAGAAATAATTTTATGATTGGCAG  700

seq1  TCATAACAGGAATTCC  716
      ||||||||||||||||
seq2  TCATAACAGGAATTCC  716

seq1: chr2_173582659_173583755
seq2: B6Ng01-039M03.g_66_1159

seq1  GAATTCCACCTTGCTAGTTTCCCTAAGAAGTCACCTAAATCATTTAGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTTGCTAGTTTCCCTAAGAAGTCACCTAAATCATTTAGATT  50

seq1  CCCTTCCATGTTACCTTCAGGGAGTCTTACTTAGGATTGATTGATTTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCATGTTACCTTCAGGGAGTCTTACTTAGGATTGATTGATTTATT  100

seq1  CATTGTGAAACAGGGTGTCACTATGTAGCCTTGGGTGGCTGGAACTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGAAACAGGGTGTCACTATGTAGCCTTGGGTGGCTGGAACTTGCT  150

seq1  GTGTAGACCAGACTGGACTTGAACTCACTCACAGAGATCTACTTGCCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGACCAGACTGGACTTGAACTCACTCACAGAGATCTACTTGCCTCT  200

seq1  ACCTCCTGAGAGCTGGGAAAGAAGAGGTAGCCATCATGCCCAGACAAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTGAGAGCTGGGAAAGAAGAGGTAGCCATCATGCCCAGACAAGGC  250

seq1  AATCTTTACTTTCTAATAGGATTGAATTGCTGTGTTAAAAATGAAAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTACTTTCTAATAGGATTGAATTGCTGTGTTAAAAATGAAAAATG  300

seq1  CTCTCTTTTCCTCTTCCATCATGTAGTCTTACCACTTATTAGGCAGAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTTCCTCTTCCATCATGTAGTCTTACCACTTATTAGGCAGAGTC  350

seq1  TTAAAACAGACTTAATTCTGCAGATGAGAAAGGCCCAGGCTGAGCCCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACAGACTTAATTCTGCAGATGAGAAAGGCCCAGGCTGAGCCCCAA  400

seq1  GCCCCTGGACTTCTCACTGTGGCCTGTGTAGTTGCTGAATGTGAACATCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTGGACTTCTCACTGTGGCCTGTGTAGTTGCTGAATGTGAACATCG  450

seq1  CTGTCTTGGGAAGTTGGTGTTTGGAGTCCCCAGCAGGAGGAGTTCCATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTGGGAAGTTGGTGTTTGGAGTCCCCAGCAGGAGGAGTTCCATGT  500

seq1  TAATGATGCTCTCTGGGCAACAGTCACCAAAAGTGTTCAGTCCGTGGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATGCTCTCTGGGCAACAGTCACCAAAAGTGTTCAGTCCGTGGGAA  550

seq1  GCTGGGGAAACACTCAGGTATTACCTGGATATTTCTTGATTGGTAAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGAAACACTCAGGTATTACCTGGATATTTCTTGATTGGTAAATTT  600

seq1  ATTTAGTCTTCTTATTTTGTTTTGTTCTGTTTGAGACAGGATCTTACTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTCTTCTTATTTTGTTTTGTTCTGTTTGAGACAGGATCTTACTCT  650

seq1  GTAGCCTGGAATTTCCTGGTGTGCATTGTGTGGCTCAGGCTGACCTTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCTGGAATTTCCTGGTGTGCATTGTGTGGCTCAGGCTGACCTTGAA  700

seq1  CTCACAGTCCTTCTACTTCAGCCTCTGGGATTACACATGCGGGTACTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTCCTTCTACTTCAGCCTCTGGGATTACACATGCGGGTACTGGT  750

seq1  TCCTGGCTTGAATCTCATTGTCTCTGGAGAGAACTTCAGCACCT-GGAGC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCTGGCTTGAATCTCATTGTCTCTGGAGAGAACTTCAGCACCTGGGAGC  800

seq1  CTCCTCCCTTGAACTTTAAGATAGTGCTTTAAGTCTGAGCTTTTGTCCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCCTTGAACTTTAAGATAGTGCTTTAAGTCTGAGCTTTTGTCCTG  850

seq1  TGACCTGCAACTCAAGACCCGTCCTCCCCGTCGCCTTTTATAAATACACG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGCAACTCAAGACCCGTCCTCCCCGTCGCCTTTTATAAATACACG  900

seq1  TGTTTCTTTGTGTCTGTGATCTTTGCTTTCTTCGTCAGGTGGAATTCAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTTTCTTTGTGTCTGTGATCTTTGCTTTCTTCGTCAGG-GGAATTCAGT  949

seq1  CCTTTCTTAAGTAATTTAAAGAAGACAGGCAAGCGGCA-GGGCCTGGGAG  998
      |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||
seq2  CCTTTCTTAAGT-ATTTAAAGAAGACAGGC-AGCGGCATGGGCTTGGGAG  997

seq1  GCTGCGGGTGGTTTATGGCCTGCTTTCCTGGATCTGATCCCCCGAGAACA  1048
      |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||| || 
seq2  GCTGCGGGTGGTTATTGGCCTGC-TTCCTGGATCTGAT-CCCCGAG-ACC  1044

seq1  AGTGG-GGTTCATGTTCTAGTAGTCAGTGCTGGGTTATGAG-CATCCTAT  1096
      ||||| |||||||| |||||   ||||||   ||||||||| ||||||||
seq2  AGTGGTGGTTCATG-TCTAGATATCAGTGGCTGGTTATGAGCCATCCTAT  1093

seq1  C  1097
      |
seq2  C  1094