BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-041H19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 34,430,199 - 34,481,498
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMapkap1
Upstream geneLmx1b, LOC100041918, 2610528K11Rik, LOC100041931, Pbx3, LOC665948, LOC623448
Downstream geneLOC623269, Gapvd1, Hspa5, Rabepk, Fbxw2, EG623370, Psmd5, D730039F16Rik, Phf19, Traf1, Hc, AI182371, Rab14, Gsn, Stom, LOC654354, 4930568D16Rik, 4930402F06Rik, Ggta1, LOC666042, LOC100042194
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-041H19.bB6Ng01-041H19.g
ACCDH868138DH868139
length1,081910
definitionDH868138|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041H19, 5' end.DH868139|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041H19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,480,397 - 34,481,498)(34,430,199 - 34,431,104)
sequence
gaattctctctgtagaccaggctaaccttgaactccccagggatccaccc
gctcctgcctcctaagtgatggaattaaaggtgacttggtccactcttaa
tagcgaacatattgaaccctcacaagcaccctagaaaggaaccagtttca
ccttcattttacaaaaggggaaactgagggtcaatggagtcaagtaattc
acataaaggcccagcaaccaggaacagctgggattgtagtgcactctggt
gagggactgcataactttattggtccttactcccatgtgttacagccctg
gatctaaggagatggggagcccctgaaggcagctagaagggatatgagcg
gtggggctgcctacctaccagcctttgactccatgaggataataataagc
tgggaaggacacatcagcagagtatcgccacattgttggctaaccatgcc
cagttggagggcttacagtcagcaggtaggtgataggtagttaggatgac
tacgttggccaatagggacaccatggggcttgacagcactgtagccagag
gtgctggctgaggctcagagattaggctagacagtactgacacccctgag
atcagatgtcctagggaagcgtcttcatggcaaatgcaaccaaccagcag
gctggctcaccactgcccaaggagtgagggccaccgccgcccacctatca
cagccgtggactgtgacaccaggcaactcaaacccctgagaacctaacca
gctgagagccatgtgccagcaactgtggagagcagagccagagatcccag
cgtcccgggagtaaaggacgactagacgtggcttgtgtacagcttagcat
ggctgggcattttcaagtgccaggtgtcacctcagggatctgctatgaca
tcaccatatcagcagtgtgtgctgcattatcaaatgccaggtgtcacccc
tggggacttgctgtgacatcccatctcagcaccgtgttgcaagatttagg
aattcaagcattacaaagaggtattatgactttattttagtattaatatt
gattgggaaagatttagaccaattgtcattt
gaattcctactctttctcgccatctgagaacctgcctgcttgttctctgt
gcggctcagcacctcccttgtgctgctttttctgggttggaagaaacagg
tcatcaggatttgtcatgagaaattgaaaggcaagggtatgggagagaac
acttaccttctggttagggtccaggctttacaggagactgaagttgcttt
aacttgcactagactaggcctttcagacccagtctgagagccactgagcc
aaaagggtgaacttgaaagtcctgtgtaacttgctctgtggatacagaag
cctgccagtagcaaacatctgagtctatctgagctttgacttaatgacta
gtgcctacttgtttgggggggaaaaagccatgtgcctctaaatgtttccc
ttgatgcctataaaaccacccgtatgaaagactttttgaaatggggaatt
gtagttaggcttggttcttagctctgagagcaaacttactcctggaatgt
atatagaagcttttagctgagtttgttggctgggctcagcacgtgcgggg
ctcagttctcatactgcttgtgttacagcccctttgcatgcttcaaagtt
actgagggtagctgggctgcagcttggtatgagagcagatgcttagccca
tttaggacctcaagttcagtcaccagcaccaaaggacctgaagcatgagg
attgagagtgccaggccagcttaagacacataggcacaccttgtctctga
ctgaataaatgaatgaatggaaacaggaaacaaaaattcccaaatcaaaa
caatacactatgacataatttaatttttatgtgtgcactacctaactaat
taaaatgttttgaagactacaaaagttttttgtccattacctaaaatata
gacaggaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_34480397_34481498
seq2: B6Ng01-041H19.b_45_1125 (reverse)

seq1  AAATGACTAATTTGGTCATTAAATCTTGTCACATATTCAATATTAAAATA  50
      |||||||  | ||||||  |||||||| || |  | ||||||||  ||||
seq2  AAATGAC--AATTGGTC--TAAATCTT-TCCC--AATCAATATT--AATA  41

seq1  CTAAAATAAAAGTCATAAATACCCTCTTTTGTATATTGCTTTGAATTCCT  100
      ||||||| |||||||| |||| ||||||   | || ||| ||||||||||
seq2  CTAAAAT-AAAGTCAT-AATA-CCTCTT---TGTAATGC-TTGAATTCCT  84

seq1  AAATCCTTGCACACACGGTGCTGAGATGGTGATGTCACAGCAAGTCCCCG  150
      |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  AAAT-CTTGCA-ACACGGTGCTGAGATGG-GATGTCACAGCAAGTCCCCA  131

seq1  GGGGTGACACCCTGGCATTTGATAATGCAGCACACACTGCTGATATGGTG  200
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGACA-CCTGGCATTTGATAATGCAGCACACACTGCTGATATGGTG  180

seq1  ATGTCATAGCAGATCCCTGGGGTGACACCCTGGCACTTGAAAATGCCCAG  250
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATAGCAGATCCCTGAGGTGACA-CCTGGCACTTGAAAATGCCCAG  229

seq1  CCATGCTAAGCTGTACACAAGCCACGTCTAGTCGTCCTTTACTCCCGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTAAGCTGTACACAAGCCACGTCTAGTCGTCCTTTACTCCCGGGA  279

seq1  CGCTGGGATCTCTGGCTCTGCTCTCCACAGTTGCTGGCACATGGCTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGGGATCTCTGGCTCTGCTCTCCACAGTTGCTGGCACATGGCTCTCA  329

seq1  GCTGGTTAGGTTCTCAGGGGTTTGAGTTGCCTGGTGTCACAGTCCACGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTAGGTTCTCAGGGGTTTGAGTTGCCTGGTGTCACAGTCCACGGC  379

seq1  TGTGATAGGTGGGCGGCGGTGGCCCTCACTCCTTGGGCAGTGGTGAGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATAGGTGGGCGGCGGTGGCCCTCACTCCTTGGGCAGTGGTGAGCCA  429

seq1  GCCTGCTGGTTGGTTGCATTTGCCATGAAGACGCTTCCCTAGGACATCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTGGTTGGTTGCATTTGCCATGAAGACGCTTCCCTAGGACATCTG  479

seq1  ATCTCAGGGGTGTCAGTACTGTCTAGCCTAATCTCTGAGCCTCAGCCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGGGGTGTCAGTACTGTCTAGCCTAATCTCTGAGCCTCAGCCAGC  529

seq1  ACCTCTGGCTACAGTGCTGTCAAGCCCCATGGTGTCCCTATTGGCCAACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGGCTACAGTGCTGTCAAGCCCCATGGTGTCCCTATTGGCCAACG  579

seq1  TAGTCATCCTAACTACCTATCACCTACCTGCTGACTGTAAGCCCTCCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATCCTAACTACCTATCACCTACCTGCTGACTGTAAGCCCTCCAAC  629

seq1  TGGGCATGGTTAGCCAACAATGTGGCGATACTCTGCTGATGTGTCCTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATGGTTAGCCAACAATGTGGCGATACTCTGCTGATGTGTCCTTCC  679

seq1  CAGCTTATTATTATCCTCATGGAGTCAAAGGCTGGTAGGTAGGCAGCCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTATTATTATCCTCATGGAGTCAAAGGCTGGTAGGTAGGCAGCCCC  729

seq1  ACCGCTCATATCCCTTCTAGCTGCCTTCAGGGGCTCCCCATCTCCTTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCTCATATCCCTTCTAGCTGCCTTCAGGGGCTCCCCATCTCCTTAGA  779

seq1  TCCAGGGCTGTAACACATGGGAGTAAGGACCAATAAAGTTATGCAGTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGCTGTAACACATGGGAGTAAGGACCAATAAAGTTATGCAGTCCC  829

seq1  TCACCAGAGTGCACTACAATCCCAGCTGTTCCTGGTTGCTGGGCCTTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGAGTGCACTACAATCCCAGCTGTTCCTGGTTGCTGGGCCTTTAT  879

seq1  GTGAATTACTTGACTCCATTGACCCTCAGTTTCCCCTTTTGTAAAATGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTACTTGACTCCATTGACCCTCAGTTTCCCCTTTTGTAAAATGAA  929

seq1  GGTGAAACTGGTTCCTTTCTAGGGTGCTTGTGAGGGTTCAATATGTTCGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAACTGGTTCCTTTCTAGGGTGCTTGTGAGGGTTCAATATGTTCGC  979

seq1  TATTAAGAGTGGACCAAGTCACCTTTAATTCCATCACTTAGGAGGCAGGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGAGTGGACCAAGTCACCTTTAATTCCATCACTTAGGAGGCAGGA  1029

seq1  GCGGGTGGATCCCTGGGGAGTTCAAGGTTAGCCTGGTCTACAGAGAGAAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGTGGATCCCTGGGGAGTTCAAGGTTAGCCTGGTCTACAGAGAGAAT  1079

seq1  TC  1102
      ||
seq2  TC  1081

seq1: chr2_34430199_34431104
seq2: B6Ng01-041H19.g_71_980

seq1  GAATTCCTACTCTTTCTCGCCATCTGAGAACCTGCCTGCTTGTTCTCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACTCTTTCTCGCCATCTGAGAACCTGCCTGCTTGTTCTCTGT  50

seq1  GCGGCTCAGCACCTCCCTTGTGCTGCTTTTTCTGGGTTGGAAGAAACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCTCAGCACCTCCCTTGTGCTGCTTTTTCTGGGTTGGAAGAAACAGG  100

seq1  TCATCAGGATTTGTCATGAGAAATTGAAAGGCAAGGGTATGGGAGAGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGGATTTGTCATGAGAAATTGAAAGGCAAGGGTATGGGAGAGAAC  150

seq1  ACTTACCTTCTGGTTAGGGTCCAGGCTTTACAGGAGACTGAAGTTGCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACCTTCTGGTTAGGGTCCAGGCTTTACAGGAGACTGAAGTTGCTTT  200

seq1  AACTTGCACTAGACTAGGCCTTTCAGACCCAGTCTGAGAGCCACTGAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCACTAGACTAGGCCTTTCAGACCCAGTCTGAGAGCCACTGAGCC  250

seq1  AAAAGGGTGAACTTGAAAGTCCTGTGTAACTTGCTCTGTGGATACAGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGTGAACTTGAAAGTCCTGTGTAACTTGCTCTGTGGATACAGAAG  300

seq1  CCTGCCAGTAGCAAACATCTGAGTCTATCTGAGCTTTGACTTAATGACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCAGTAGCAAACATCTGAGTCTATCTGAGCTTTGACTTAATGACTA  350

seq1  GTGCCTACTTGTTTGGGGGGGAAAAAGCCATGTGCCTCTAAATGTTTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTACTTGTTTGGGGGGGAAAAAGCCATGTGCCTCTAAATGTTTCCC  400

seq1  TTGATGCCTATAAAACCACCCGTATGAAAGACTTTTTGAAATGGGGAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGCCTATAAAACCACCCGTATGAAAGACTTTTTGAAATGGGGAATT  450

seq1  GTAGTTAGGCTTGGTTCTTAGCTCTGAGAGCAAACTTACTCCTGGAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTAGGCTTGGTTCTTAGCTCTGAGAGCAAACTTACTCCTGGAATGT  500

seq1  ATATAGAAGCTTTTAGCTGAGTTTGTTGGCTGGGCTCAGCACGTGCGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGAAGCTTTTAGCTGAGTTTGTTGGCTGGGCTCAGCACGTGCGGGG  550

seq1  CTCAGTTCTCATACTGCTTGTGTTACAGCCCCTTTGCATGCTTCAAAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTCTCATACTGCTTGTGTTACAGCCCCTTTGCATGCTTCAAAGTT  600

seq1  ACTGAGGGTAGCTGGGCTGCAGCTTGGTATGAGAGCAGATGCTTAGCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGGTAGCTGGGCTGCAGCTTGGTATGAGAGCAGATGCTTAGCCCA  650

seq1  TTTAGGACCTCAAGTTCAGTCACCAGCACCAAAGGACCTGAAGCAGGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTAGGACCTCAAGTTCAGTCACCAGCACCAAAGGACCTGAAGCATGAGG  700

seq1  ATTGAGAGTGCCAGGCCAGCTTAAGACACATAGGCACACCTTGTCTCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGAGTGCCAGGCCAGCTTAAGACACATAGGCACACCTTGTCTCTGA  750

seq1  CTGAATAAATGAATGAAT-GAAACAGGAAACAAAAATTCCCAAATCAAAA  799
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATAAATGAATGAATGGAAACAGGAAACAAAAATTCCCAAATCAAAA  800

seq1  CAATACACAATGACAAAA--CAAATCAGATGTGTGCACTACCTAACTAAT  847
      |||||||| |||||| ||   || |   ||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACACTATGACATAATTTAATTTTTATGTGTGCACTACCTAACTAAT  850

seq1  AAAAATGTATTGAAGACTACAAAAGTTATTTGTCTA-TACCTAAAATATA  896
       ||||||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||
seq2  TAAAATGTTTTGAAGACTACAAAAGTTTTTTGTCCATTACCTAAAATATA  900

seq1  GACAGGAAGT  906
      ||||||||||
seq2  GACAGGAAGT  910