BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-041J12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 115,838,743 - 115,950,672
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMrg1, G630016G05Rik, 2810405F15Rik
Upstream geneLOC100043232, LOC100043236, BC052040
Downstream geneLOC433464, Tmco5, LOC100043557, LOC241621, Spred1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-041J12.bB6Ng01-041J12.g
ACCDH868212DH868213
length1,1001,032
definitionDH868212|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041J12, 5' end.DH868213|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041J12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,949,562 - 115,950,672)(115,838,743 - 115,839,773)
sequence
gaattccaggtcactgagagccctctacaatgagtataaagcattcttaa
gcactgagacacttctccaacccttagtttttattctttgtcctagcttt
tgctttatattgaggattacactctaagcatcaagactttaccctcaata
aattacaatagcacagattgtgccatcttttatgtaaatatatcatgaaa
actgtttataaagattgttataagcagctccctccagttcctaggattcc
tcttgcaagcaaatataaacagagacactggtaaaattatgtcacattag
gagctatagtcatgttaactggtgggctagaaataaattactaatgcatt
gttaaactggggagagtaaggatctatagactaaggactaggaatagggc
taaatgaaacacccaaaactcataccctgactgagaaaataaatagctgt
gagccttctaaaagagcaagaactcaacaaatcaaagattgtaggtggga
aatttaaatgggaggaaatttcatttagataaatttatgatcatttgctc
atgggcaacaatccctgccgagtgatagcaaagctggaccagggttaagg
gcagaggctgatgcctgctgagcactgaggaacaaatcgcagggagatgg
tttttgagtttttgttgtttcatagtcaccagtgtggtaaaaaacaaatg
tctccctggtgtctgcagggtgacctgtgatcacctgatcagtgcttcag
tcttgaggtgatgccagggcttcagctatggaggttgatgatgtgagctc
tctctcgagtccagacaagcccctcctcttcacacgggcaacaaagcaat
aaactagaatctgtgtttggctctggcagtgccgttctcagataaacagc
agaggcagactgtaaaggtggaagtagatgatgatgtttcttagtttatt
ttgaaagcatccaatacgtacaggtcacaaatattagtcatagctgtttg
acattgagatacagttagaaaaatatctttcttatacttaccattttgat
aaaggtgaaactgaacttgaatactgcaatggaagaatggtgcaacaaac

gaattcattttggagtggtaaaatattctaaaattaaccattttgatggt
tgtgtgatactaggaatatatatcctaaggaataataggctgtagccttg
tgtgggtaatttgttactatgtaaagtacatctcaaaaaacttaacaatt
agtgaaaagagtgccccatcctcccaataccatggagcacgctgaaaggc
gcacacaagcctagttaggacttgaattagaatatatctgtagttttccc
ccaaactgatttgcaaaaatgtgattttaatgcccctaactagtgatatc
ataacaccttacatatggataagcatatgtacttgaagcacttgggatag
ggtttatattgtttacactataaagatatgcattactaaaaatagatgaa
atttattgctaaaattaatccttcttatgctcaattgtatcacatcataa
cacaattctaggctaagctatttccttttccaaaacttgaaccaaaagta
atcccagaaaagttacagagatacatgacacacacacacacacacacaca
cacacacactactcctattacctagatactgaatttactaatcaaataaa
tgaatctttggatatgaactttctaggtttttatttaaagtttgataaca
gaatccatcacgaatattaagtctctcaaagttcaagattgttcttaagg
ttggtctgtcataaattttcaaaggcattaccttataggacacattggga
gaggaaagtgacactgtagaaataaagtgtgggatacaggggaggatgga
gtgatgtcacagcagtttcaggtcctagcacccaggtcaggcagctcaca
gtagtctgtaactccagctctgggatgcctactcttctcttctggcctct
gcagaaaacttcacttacatgtgcatctaccccctacacacatgtgcagt
cacagaactaaaaatgaaatgtaaaattatggagagaaaggggcccacct
tttgaaacaatggcctgcttaccggattactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_115949562_115950672
seq2: B6Ng01-041J12.b_48_1147 (reverse)

seq1  GTTTGTTGGCACATGTCTT-CATTGCACGCTATTCAAAGTTCAGTTTCAC  49
      ||||||| ||||   |||| |||||||   ||||| ||||||||||||||
seq2  GTTTGTT-GCACCATTCTTCCATTGCA--GTATTC-AAGTTCAGTTTCAC  46

seq1  CTTTTATCAAAATTGCTAAGTTATAAGAAAGATATTTTTCTTAACTGTGA  99
      | |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  C-TTTATCAAAA-TGGTAAG-TATAAGAAAGATATTTTTC-TAACTGT-A  91

seq1  TCTCAATGTCAAACAGCTATTGACTATTATTTGTGACCTGTACGTATTGG  149
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATGTCAAACAGCTA-TGACTAATATTTGTGACCTGTACGTATTGG  140

seq1  ATGCTTTCAAAATAAAACTAAGAAACATCATCATCTACTTCCACCTTTAC  199
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTCAAAAT-AAACTAAGAAACATCATCATCTACTTCCACCTTTAC  189

seq1  AGTCTTGCCTCTGCTGTTTATCTGAGAACGGCACTGCCAGAGCCAAACAC  249
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTC-TGCCTCTGCTGTTTATCTGAGAACGGCACTGCCAGAGCCAAACAC  238

seq1  AGATTCTAGTTTATTGCTTTGTTGCCCGTGTGAAGAGGAGGGGCTTGTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTAGTTTATTGCTTTGTTGCCCGTGTGAAGAGGAGGGGCTTGTCT  288

seq1  GGACTCGAGAGAGAGCTCACATCATCAACCTCCATAGCTGAAGCCCTGGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCGAGAGAGAGCTCACATCATCAACCTCCATAGCTGAAGCCCTGGC  338

seq1  ATCACCTCAAGACTGAAGCACTGATCAGGTGATCACAGGTCACCCTGCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTCAAGACTGAAGCACTGATCAGGTGATCACAGGTCACCCTGCAG  388

seq1  ACACCAGGGAGACATTTGTTTTTTACCACACTGGTGACTATGAAACAACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGGGAGACATTTGTTTTTTACCACACTGGTGACTATGAAACAACA  438

seq1  AAAACTCAAAAACCATCTCCCTGCGATTTGTTCCTCAGTGCTCAGCAGGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCAAAAACCATCTCCCTGCGATTTGTTCCTCAGTGCTCAGCAGGC  488

seq1  ATCAGCCTCTGCCCTTAACCCTGGTCCAGCTTTGCTATCACTCGGCAGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCCTCTGCCCTTAACCCTGGTCCAGCTTTGCTATCACTCGGCAGGG  538

seq1  ATTGTTGCCCATGAGCAAATGATCATAAATTTATCTAAATGAAATTTCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTGCCCATGAGCAAATGATCATAAATTTATCTAAATGAAATTTCCT  588

seq1  CCCATTTAAATTTCCCACCTACAATCTTTGATTTGTTGAGTTCTTGCTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTAAATTTCCCACCTACAATCTTTGATTTGTTGAGTTCTTGCTCT  638

seq1  TTTAGAAGGCTCACAGCTATTTATTTTCTCAGTCAGGGTATGAGTTTTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAGGCTCACAGCTATTTATTTTCTCAGTCAGGGTATGAGTTTTGG  688

seq1  GTGTTTCATTTAGCCCTATTCCTAGTCCTTAGTCTATAGATCCTTACTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCATTTAGCCCTATTCCTAGTCCTTAGTCTATAGATCCTTACTCT  738

seq1  CCCCAGTTTAACAATGCATTAGTAATTTATTTCTAGCCCACCAGTTAACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTTTAACAATGCATTAGTAATTTATTTCTAGCCCACCAGTTAACA  788

seq1  TGACTATAGCTCCTAATGTGACATAATTTTACCAGTGTCTCTGTTTATAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATAGCTCCTAATGTGACATAATTTTACCAGTGTCTCTGTTTATAT  838

seq1  TTGCTTGCAAGAGGAATCCTAGGAACTGGAGGGAGCTGCTTATAACAATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGCAAGAGGAATCCTAGGAACTGGAGGGAGCTGCTTATAACAATC  888

seq1  TTTATAAACAGTTTTCATGATATATTTACATAAAAGATGGCACAATCTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAACAGTTTTCATGATATATTTACATAAAAGATGGCACAATCTGT  938

seq1  GCTATTGTAATTTATTGAGGGTAAAGTCTTGATGCTTAGAGTGTAATCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTGTAATTTATTGAGGGTAAAGTCTTGATGCTTAGAGTGTAATCCT  988

seq1  CAATATAAAGCAAAAGCTAGGACAAAGAATAAAAACTAAGGGTTGGAGAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATAAAGCAAAAGCTAGGACAAAGAATAAAAACTAAGGGTTGGAGAA  1038

seq1  GTGTCTCAGTGCTTAAGAATGCTTTATACTCATTGTAGAGGGCTCTCAGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCAGTGCTTAAGAATGCTTTATACTCATTGTAGAGGGCTCTCAGT  1088

seq1  GACCTGGAATTC  1111
      ||||||||||||
seq2  GACCTGGAATTC  1100

seq1: chr2_115838743_115839773
seq2: B6Ng01-041J12.g_68_1098

seq1  GAATTCATTTTGGAGTGGTAAAATATTCTAAAATTAACCATTTTGATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTGGAGTGGTAAAATATTCTAAAATTAACCATTTTGATGGT  50

seq1  TGTGTGATACTAGGAATATATATCCTAAGGAATAATAGGCTGTAGCCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGATACTAGGAATATATATCCTAAGGAATAATAGGCTGTAGCCTTG  100

seq1  TGTGGGTAATTTGTTACTATGTAAAGTACATCTCAAAAAACTTAACAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTAATTTGTTACTATGTAAAGTACATCTCAAAAAACTTAACAATT  150

seq1  AGTGAAAAGAGTGCCCCATCCTCCCAATACCATGGAGCACGCTGAAAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAAGAGTGCCCCATCCTCCCAATACCATGGAGCACGCTGAAAGGC  200

seq1  GCACACAAGCCTAGTTAGGACTTGAATTAGAATATATCTGTAGTTTTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACAAGCCTAGTTAGGACTTGAATTAGAATATATCTGTAGTTTTCCC  250

seq1  CCAAACTGATTTGCAAAAATGTGATTTTAATGCCCCTAACTAGTGATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTGATTTGCAAAAATGTGATTTTAATGCCCCTAACTAGTGATATC  300

seq1  ATAACACCTTACATATGGATAAGCATATGTACTTGAAGCACTTGGGATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACACCTTACATATGGATAAGCATATGTACTTGAAGCACTTGGGATAG  350

seq1  GGTTTATATTGTTTACACTATAAAGATATGCATTACTAAAAATAGATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATATTGTTTACACTATAAAGATATGCATTACTAAAAATAGATGAA  400

seq1  ATTTATTGCTAAAATTAATCCTTCTTATGCTCAATTGTATCACATCATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTGCTAAAATTAATCCTTCTTATGCTCAATTGTATCACATCATAA  450

seq1  CACAATTCTAGGCTAAGCTATTTCCTTTTCCAAAACTTGAACCAAAAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTCTAGGCTAAGCTATTTCCTTTTCCAAAACTTGAACCAAAAGTA  500

seq1  ATCCCAGAAAAGTTACAGAGATACATGACACACACACACACACACACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGAAAAGTTACAGAGATACATGACACACACACACACACACACACA  550

seq1  CACACACACTACTCCTATTACCTAGATACTGAATTTACTAATCAAATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACTACTCCTATTACCTAGATACTGAATTTACTAATCAAATAAA  600

seq1  TGAATCTTTGGATATGAACTTTCTAGGTTTTTATTTAAAGTTTGATAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTTTGGATATGAACTTTCTAGGTTTTTATTTAAAGTTTGATAACA  650

seq1  GAATCCATCACGAATATTAAGTCTCTCAAAGTTCAAGATTGTTCTTAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCATCACGAATATTAAGTCTCTCAAAGTTCAAGATTGTTCTTAAGG  700

seq1  TTGGTCTGTCATAAA-TTTCAAAGGCATTACCTTATAGGACACATTGGGA  749
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTGTCATAAATTTTCAAAGGCATTACCTTATAGGACACATTGGGA  750

seq1  GAGGAAAGTGACACTGTAGAAATAAAGTGTGGGATACAGGGGAGGATGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAAGTGACACTGTAGAAATAAAGTGTGGGATACAGGGGAGGATGGA  800

seq1  GTGATGTCACAGCAG-TTCAGGTCCTAGCACCCAGGTCAGGCAGCTCACA  848
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGTCACAGCAGTTTCAGGTCCTAGCACCCAGGTCAGGCAGCTCACA  850

seq1  GTAGTCTGTAACTCCAGCTCTGGGATGCCTAACTC-TCTCTTCTGGCCTC  897
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  GTAGTCTGTAACTCCAGCTCTGGGATGCCT-ACTCTTCTCTTCTGGCCTC  899

seq1  TGCAGAAAACTTCACTTACATGTGCATCTACCCCCTACACACATGTGCAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAAAACTTCACTTACATGTGCATCTACCCCCTACACACATGTGCAG  949

seq1  TCACAGAACTAAAAATGAAATGTAAAAGTAATGGAGAGTAGAGGGGTCCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||| |||
seq2  TCACAGAACTAAAAATGAAATGTAAAA-TTATGGAGAG-AAAGGGGCCCA  997

seq1  ACCTTTGAAACAATGGCCTGCTTACCTGATTACT  1031
       | ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCTTTTGAAACAATGGCCTGCTTACCGGATTACT  1031