BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042D05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 170,883,484 - 170,973,457
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043910, Zfp217, Silg111, LOC100043739, Bcas1, LOC228916, Cyp24a1, Pfdn4, 4930470P17Rik, Dok5, LOC668955
Downstream geneLOC100043743, LOC100043744, Cbln4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042D05.bB6Ng01-042D05.g
ACCDH868645DH868646
length1,1331,102
definitionDH868645|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042D05, 5' end.DH868646|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(170,972,314 - 170,973,457)(170,883,484 - 170,884,594)
sequence
gaattcagtgagtgaatattttaagcacatcagcagctgagttttcactg
ttgggggggcattaaacacatgaaataatgaggagagttgatggactcag
ttatgttgatgcagattgataaagaaataggcatatgatacaataagacc
tttctatccacccctacccctcggggttacccctgagaagcgtcagggat
tgctaataacccaaagacaatcaacacacctgtgttcaccctgcgctttc
tagttgttctcttctggaagtaagaagtctagcagaggacagaatcagga
aatagtggaagatctgaagccagggcaacaggtactctgaaaatatcaca
caagatggaatctgcgtcaacttcaggactccaactggacatgacaacca
atgacacccagtgaataaaatacaaatccctgagttcgtgctgatccaaa
tacatgggaagagcagaaatggttccctacagtagaatataagataataa
acgtaaagagaaaagataatggagttaggcactcatttgacagccatgtg
taataattcagtctcagaatgtgtggatattgaactaggtagtaaaagtt
taatgatgaattggatgttcatgcattttcaagttatacaaatatgtccc
tctttgtactgatgtttgaaaattcactagatgtatgcctggcaccttga
cttgtccagccccttactacctacagctacctctagaacccctctccaat
acattccccgtctagcttcaagactccttttaattgtttattaccaaatg
agttcagtcaagtactgtttcaatgtggagttacctaccatgatatagtg
accctgtcagtgtctaacccctacagaaatttgaatctccttcctgcatc
agcctccaactaccaacagctccttctcaagtaggaatgggactttggga
gccatacccaatgccattctgggttttatatagtgatcctgtacagatct
gtactgtgggtgaccacagttgtatgattcatgcatgcaatagatacatc
acataaaaatcatttgtcataggaagagcctcgggaggaatggagggcat
cccaagcagcgaacgatgcctcatgaacccaac
gaattcaactaccacggcacaggtctctcagtatctggtgagtgcacctc
ttgatggcaccttgttgtatgtactcaaatgatatttccttcaaccttca
tccctttggcaaagagatgatgtcctagtttcattgagtgaggcagaacc
acgataacctactcagctctcaaagccagcatcctttcatcctggtacaa
tagggattaatcttcatcttgaatccaggagggcactgtcaccccagcca
cagcctccacgctgtaacatttttcaaacacacagatttaaaacggtcaa
ttgatattaggcacagatggagttttagagatcctaagtccataaaacac
aagtcatcttgccaactcaattctgaaagaacacgtatccacggaatgtt
ccagaaggcgagacttctgtggatgatgcattggccacagaagaggagac
atgggtaacagtgacactcgggtaagagaataaaataaaagtcacaagtt
ttggaccaggaagctcttattaattttctactatgggatttaaatccttc
ccgaatactattgatatttggagacagacaattctgttgggagctgttct
gtgtggtgttgactatggagtggctccccttaagtcatcgacagtgaaaa
atgtctcctaatgtttccagatgttcccttgggggtggagtccactgtac
ctcactgtaaagcccagctggcccggtcagttcacggaaatatggatctt
cccattgagattaactgaacaacacaggaaagataactgtttcccaactg
ctacccgatgaccagggtctgtttccctagtttgatctagggaggcatct
aaaggagcactgaccacaattttaaccacttaattaggattaccaagaag
acaccggaaaagaaggaagactccgagtgggagagagaacatgacttcca
aatttttaaacagttcgtgctccctgaggtagacatttttgaagaaagtc
tttgagttctgctataacaaggattcagacagtgatcaaagcgaccctct
ccctcccagataagatcagccaataaacctgggcagctcagcacaacaga
ct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_170972314_170973457
seq2: B6Ng01-042D05.b_43_1175 (reverse)

seq1  GTTGGTGTTCATTGAGGGCATTTGTTCTGCTGCTGTGGGATGCCCTCCAA  50
      ||||| ||||| ||| |||| | |||| |||||| |||||||||||||| 
seq2  GTTGG-GTTCA-TGA-GGCA-TCGTTC-GCTGCT-TGGGATGCCCTCCAT  44

seq1  TCCT-CCGAGGCTCTTCCTATGACAAATGATTTTTTATGGTGATGTATCT  99
      |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  TCCTCCCGAGGCTCTTCCTATGACAAATGA-TTTTTAT-GTGATGTATCT  92

seq1  ATTGCATGCATGAATTCATAACAACTGTGGTCACCACAAGTACAAGATCT  149
      |||||||||||||| |||| |||||||||||||||   ||||| ||||||
seq2  ATTGCATGCATGAA-TCAT-ACAACTGTGGTCACCCACAGTAC-AGATCT  139

seq1  GTACAGGATCAACTATATAAAACCCAGAATGGCATTGGGTATGGCTCCCA  199
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGATC-ACTATATAAAACCCAGAATGGCATTGGGTATGGCTCCCA  188

seq1  AAGTCCCATTCCTACTTGAGAAGGAGCTGTTGGTAGTTGGAGGCTGATGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCATTCCTACTTGAGAAGGAGCTGTTGGTAGTTGGAGGCTGATGC  238

seq1  AGGAAGGAGATTCAAATTTCTGTAGGGGTTAGACACTGACAGGGTCACTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGAGATTCAAATTTCTGTAGGGGTTAGACACTGACAGGGTCACTA  288

seq1  TATCATGGTAGGTAACTCCACATTGAAACAGTACTTGACTGAACTCATTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGGTAGGTAACTCCACATTGAAACAGTACTTGACTGAACTCATTT  338

seq1  GGTAATAAACAATTAAAAGGAGTCTTGAAGCTAGACGGGGAATGTATTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATAAACAATTAAAAGGAGTCTTGAAGCTAGACGGGGAATGTATTGG  388

seq1  AGAGGGGTTCTAGAGGTAGCTGTAGGTAGTAAGGGGCTGGACAAGTCAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGGTTCTAGAGGTAGCTGTAGGTAGTAAGGGGCTGGACAAGTCAAG  438

seq1  GTGCCAGGCATACATCTAGTGAATTTTCAAACATCAGTACAAAGAGGGAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGGCATACATCTAGTGAATTTTCAAACATCAGTACAAAGAGGGAC  488

seq1  ATATTTGTATAACTTGAAAATGCATGAACATCCAATTCATCATTAAACTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGTATAACTTGAAAATGCATGAACATCCAATTCATCATTAAACTT  538

seq1  TTACTACCTAGTTCAATATCCACACATTCTGAGACTGAATTATTACACAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTACCTAGTTCAATATCCACACATTCTGAGACTGAATTATTACACAT  588

seq1  GGCTGTCAAATGAGTGCCTAACTCCATTATCTTTTCTCTTTACGTTTATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCAAATGAGTGCCTAACTCCATTATCTTTTCTCTTTACGTTTATT  638

seq1  ATCTTATATTCTACTGTAGGGAACCATTTCTGCTCTTCCCATGTATTTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATATTCTACTGTAGGGAACCATTTCTGCTCTTCCCATGTATTTGG  688

seq1  ATCAGCACGAACTCAGGGATTTGTATTTTATTCACTGGGTGTCATTGGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCACGAACTCAGGGATTTGTATTTTATTCACTGGGTGTCATTGGTT  738

seq1  GTCATGTCCAGTTGGAGTCCTGAAGTTGACGCAGATTCCATCTTGTGTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTCCAGTTGGAGTCCTGAAGTTGACGCAGATTCCATCTTGTGTGA  788

seq1  TATTTTCAGAGTACCTGTTGCCCTGGCTTCAGATCTTCCACTATTTCCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCAGAGTACCTGTTGCCCTGGCTTCAGATCTTCCACTATTTCCTG  838

seq1  ATTCTGTCCTCTGCTAGACTTCTTACTTCCAGAAGAGAACAACTAGAAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTCCTCTGCTAGACTTCTTACTTCCAGAAGAGAACAACTAGAAAG  888

seq1  CGCAGGGTGAACACAGGTGTGTTGATTGTCTTTGGGTTATTAGCAATCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGGGTGAACACAGGTGTGTTGATTGTCTTTGGGTTATTAGCAATCCC  938

seq1  TGACGCTTCTCAGGGGTAACCCCGAGGGGTAGGGGTGGATAGAAAGGTCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGCTTCTCAGGGGTAACCCCGAGGGGTAGGGGTGGATAGAAAGGTCT  988

seq1  TATTGTATCATATGCCTATTTCTTTATCAATCTGCATCAACATAACTGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTATCATATGCCTATTTCTTTATCAATCTGCATCAACATAACTGAG  1038

seq1  TCCATCAACTCTCCTCATTATTTCATGTGTTTAATGCCCCCCCAACAGTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCAACTCTCCTCATTATTTCATGTGTTTAATGCCCCCCCAACAGTG  1088

seq1  AAAACTCAGCTGCTGATGTGCTTAAAATATTCACTCACTGAATTC  1144
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCAGCTGCTGATGTGCTTAAAATATTCACTCACTGAATTC  1133

seq1: chr2_170883484_170884594
seq2: B6Ng01-042D05.g_66_1167

seq1  GAATTCAACTACCACGGCACAGGTCTCTCAGTATCTGGTGAGTGCACCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTACCACGGCACAGGTCTCTCAGTATCTGGTGAGTGCACCTC  50

seq1  TTGATGGCACCTTGTTGTATGTACTCAAATGATATTTCCTTCAACCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGCACCTTGTTGTATGTACTCAAATGATATTTCCTTCAACCTTCA  100

seq1  TCCCTTTGGCAAAGAGATGATGTCCTAGTTTCATTGAGTGAGGCAGAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGGCAAAGAGATGATGTCCTAGTTTCATTGAGTGAGGCAGAACC  150

seq1  ACGATAACCTACTCAGCTCTCAAAGCCAGCATCCTTTCATCCTGGTACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATAACCTACTCAGCTCTCAAAGCCAGCATCCTTTCATCCTGGTACAA  200

seq1  TAGGGATTAATCTTCATCTTGAATCCAGGAGGGCACTGTCACCCCAGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGATTAATCTTCATCTTGAATCCAGGAGGGCACTGTCACCCCAGCCA  250

seq1  CAGCCTCCACGCTGTAACATTTTTCAAACACACAGATTTAAAACGGTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCCACGCTGTAACATTTTTCAAACACACAGATTTAAAACGGTCAA  300

seq1  TTGATATTAGGCACAGATGGAGTTTTAGAGATCCTAAGTCCATAAAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATTAGGCACAGATGGAGTTTTAGAGATCCTAAGTCCATAAAACAC  350

seq1  AAGTCATCTTGCCAACTCAATTCTGAAAGAACACGTATCCACGGAATGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATCTTGCCAACTCAATTCTGAAAGAACACGTATCCACGGAATGTT  400

seq1  CCAGAAGGCGAGACTTCTGTGGATGATGCATTGGCCACAGAAGAGGAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGGCGAGACTTCTGTGGATGATGCATTGGCCACAGAAGAGGAGAC  450

seq1  ATGGGTAACAGTGACACTCGGGTAAGAGAATAAAATAAAAGTCACAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTAACAGTGACACTCGGGTAAGAGAATAAAATAAAAGTCACAAGTT  500

seq1  TTGGACCAGGAAGCTCTTATTAATTTTCTACTATGGGATTTAAATCCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACCAGGAAGCTCTTATTAATTTTCTACTATGGGATTTAAATCCTTC  550

seq1  CCGAATACTATTGATATTTGGAGACAGACAATTCTGTTGGGAGCTGTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAATACTATTGATATTTGGAGACAGACAATTCTGTTGGGAGCTGTTCT  600

seq1  GTGTGGTGTTGACTATGGAGTGGCTCCCCTTAAGTCATCGACAGTGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGTGTTGACTATGGAGTGGCTCCCCTTAAGTCATCGACAGTGAAAA  650

seq1  ATGTCTCCTAATGTTTCCAGATGTTCCCTTGGGGGTGGAGTCCACTGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCCTAATGTTTCCAGATGTTCCCTTGGGGGTGGAGTCCACTGTAC  700

seq1  CTCACTGTAAAGCCCAGCTGGCCCGGTCAGTTCACGGAAATATGGATCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGTAAAGCCCAGCTGGCCCGGTCAGTTCACGGAAATATGGATCTT  750

seq1  CCCATTGAGATTAACTGAACAACACAGGAAAGATAACTGTTTCCCAACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGAGATTAACTGAACAACACAGGAAAGATAACTGTTTCCCAACTG  800

seq1  CTACCCGATGACCAGGGTCTGTTTCCCTAGTTTGATCTAGGGAGGCATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCGATGACCAGGGTCTGTTTCCCTAGTTTGATCTAGGGAGGCATCT  850

seq1  -AAGGAGCACTGACCACAATTTTAACCACTTAATTAGGATTACCAAGAAG  899
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGCACTGACCACAATTTTAACCACTTAATTAGGATTACCAAGAAG  900

seq1  ACACCGGAAAAGAAGGAAGACTCCGAGTGGGAGAGAGAACATGACTTCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACACCGGAAAAGAAGGAAGACTCCGAGTGGGAGAGAGAACATGACTTCC-  949

seq1  AAATTTTTAAACAG-TCGTGCTCCCTGAGGTAGACATTTTTGAAGAAAAG  998
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAATTTTTAAACAGTTCGTGCTCCCTGAGGTAGACATTTTTGAAG-AAAG  998

seq1  TCTTTGAGTTCTGCTATAACAAAGATTCAGGACAGGTGAATCAAAAGCCG  1048
      |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||| |||||  
seq2  TCTTTGAGTTCTGCTATAACAAGGATTCA-GACA-GTG-ATC-AAAGC--  1042

seq1  AACACTCTCCCTCCCCAGATAAGATCAGCCAATAAACCTTGGGCAGCCTC  1098
       || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  GACCCTCTCCCT-CCCAGATAAGATCAGCCAATAAACC-TGGGCAG-CTC  1089

seq1  AGCACAGCAGACT  1111
      |||||| ||||||
seq2  AGCACAACAGACT  1102