BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043A07
Chromosome2 (Build37)
Map Location 167,525,951 - 167,680,631
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBC067047, Trp53rk, Arfgef2, LOC670802, Cse1l, Stau1, LOC383774, Ddx27, AI481105, 1500012F01Rik, LOC668950, Kcnb1, Ptgis, LOC668951, B4galt5, Slc9a8, Spata2, Zfp313, Snai1, Ube2v1, AI840826, Cebpb
Downstream geneLOC100043728, Ptpn1, 2310033K02Rik, Pard6b, Adnp, Dpm1, Mocs3, LOC100043908, Kcng1, LOC668952, Nfatc2, Atp9a, Sall4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043A07.bB6Ng01-043A07.g
ACCDH869210DH869211
length1,1471,086
definitionDH869210|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043A07, 5' end.DH869211|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043A07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(167,679,449 - 167,680,631)(167,525,951 - 167,527,059)
sequence
gaattcattacagctacctgcacaccccacatgggtaactgtcatggtaa
agacagatcttcacagtgtaacagcaaaacacaggactcaggtcaccact
cagtcagaaaatccccaataaatagatgaaatgaaccctgctcctctctt
ccataaagtggaggagcggtacctgggctggcagaatggcttcatgagtt
cattaggtactggccacccttttctctattgctcctctttggcccaagat
agtcacacagattctagccatcacatctgctttccaaacaaccagaagga
agttggtaggaagagacacccttctctatagacatgtcttagcagttact
cagatgctattgcccagaatttagtcacatggccacacatagctgcaagg
gagtcaggaaagtgtagtgttccccaccccatcccaccccctgcctccga
ctgacccataatctagcaaaagtttgggattcctattgtgaaagaagaga
gagagagagacagacagacagacagacagagacagagacagaaacagaga
cagagacagagacagagagagagcaaagcagcagggagggacagcaggga
ccttaataaaattagtaacaatgaaaacaacaatctaagaagagtcttca
gtcacagggtaccactgtacaatgtggggaacagaagaagggcttggaga
tccatataaacatgattgtaactttctaataaaatttcaaaatagggtct
ggacagagggtggctcagtggtaagaacactggctgctgttatagaggct
ccgagttgactttccagcacccaggtgtcagctcacagccttctgaaact
ccctctagtcccaggggacctgctgctctctctggcctctggagacatca
tgcacacatgcagcacacagacacacaagcagcaaaacaccccaacacat
agaaaattttaaagtttttaattcaaactggaggagtgactcaaggtaaa
ctggcctttaggacacatatgatttgtttgtttgtttgtttcctgcttta
tttacaagggtctttgaagatggttgtactcatgtatttgcgatttcact
tatggataacttaattcaagaaaggactcctgtctcaaaaaaaagaa
gaattcaaaccaaggaatgccctacagaacagctggctgggaccctcagt
catctggaggtcatgaaaattgaggcaatgccgggaaggaagtactttag
acagttagaccccaaacacaatgaaagggacttatgtcactctggaccag
acaaatgtcagaagacccacaggggaacaattgtgatgttgacttgaact
cagttttagtactgtgtgtgattgcacacatgtgaatgtgtatatgctgg
tgtgtacacacatgtgcatgagatgaaagtcaggagatactggatggggg
tgatgtcatgtttacaactcattctcaaatgcagatggaagggtaatgct
aagctggctcgggcagcatgtgcccagattactggctcttaggggggtgt
cttggttcaggccatcgtaggctgcacaatgatttgagactgtcacaaaa
attaaaaaaaaaatcacaagaaaagagggccaaagtgcagggaagctgtg
ggaagagcagcctagggagacagcctggagcctcacacgagagtcttccc
atttctctgcaggatacgaagagaaactctgacctccaatgcacccaaga
gaaagaaaacacttgcaaaaggcttgtgggcccacagcagttacagccct
cacagtctcaaaccaaagccgaggaatagtcccgaggacagcaaaaccac
agatgagctgcagatctgagcacctggctggtgaatcttggaggtgttca
ctgtgcgaggatgctagacacaaagggccactctgtgtgctaagtcttcc
actccaaaactgaagggaggtcccagtcaccctggcagtttgctctgtgg
gcagagagttactgcctcggtagggcatcagaagccccctgaacagctaa
gagtgtctggatctatgggaagtggtcctttagatacatccaaacccact
tatagaactgtatacatggccaggctcgattgtagagcatttgcctatgt
caagagccctggttcattcctggttaaaacatgtatcacgggtggcacgc
tgcatctcacttagggataggagccagacagtcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_167679449_167680631
seq2: B6Ng01-043A07.b_48_1194 (reverse)

seq1  TTCTTTCTTTTTTGAGACAGGGAGTCCTTTCCTTTGGAAAATTAAGTTTA  50
      |||||  |||||||||||| |||||||||||  |||   ||||||| |||
seq2  TTCTT--TTTTTTGAGACA-GGAGTCCTTTC--TTG---AATTAAG-TTA  41

seq1  TCCAATTAGTGAAAATCCGCAAAATACATGAGTAACAAACACATCTTCAA  100
      ||| || |||||||   ||| |||||||||||| ||||   ||||||| |
seq2  TCC-ATAAGTGAAA--TCGC-AAATACATGAGT-ACAA--CCATCTTC-A  83

seq1  AAGACACTTTGTAAAATAAAAGCAGGGAAAACAAAACAAAACAAAACAAA  150
      ||||| | |||||||   ||||||||  |||| |||||||   |||||||
seq2  AAGAC-CCTTGTAAA--TAAAGCAGG--AAAC-AAACAAA--CAAACAAA  125

seq1  TCATATTGTGTCCCTTAAAGGCCAGTTTTACCTTGAGTCACCTTCTCCAG  200
      ||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||| || ||||||
seq2  TCATA-TGTGTCC--TAAAGGCCAG-TTTACCTTGAGTCA-CTCCTCCAG  170

seq1  TTTGAATTTAAAAACTTTAAAAATTTTTCTTATGTGTTTGGGGTGTTTTG  250
      |||||| |||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||
seq2  TTTGAA-TTAAAAACTTTAAAA--TTTTC-TATGTG-TTGGGGTGTTTTG  215

seq1  CCTGCTTGTGTGTCTGTGTGCTGCATGTGTGCCTGATGTCTCCAGAGGCC  300
       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  -CTGCTTGTGTGTCTGTGTGCTGCATGTGTGCATGATGTCTCCAGAGGCC  264

seq1  AGAGAGAGCAGCAGGTCCCCTGGGACTAGAGGGAGTTTCAGAAGGCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGCAGCAGGTCCCCTGGGACTAGAGGGAGTTTCAGAAGGCTGTG  314

seq1  AGCTGACACCTGGGTGCTGGAAAGTCAACTCGGAGCCTCTATAACAGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACACCTGGGTGCTGGAAAGTCAACTCGGAGCCTCTATAACAGCAG  364

seq1  CCAGTGTTCTTACCACTGAGCCACCCTCTGTCCAGACCCTATTTTGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGTTCTTACCACTGAGCCACCCTCTGTCCAGACCCTATTTTGAAAT  414

seq1  TTTATTAGAAAGTTACAATCATGTTTATATGGATCTCCAAGCCCTTCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAGAAAGTTACAATCATGTTTATATGGATCTCCAAGCCCTTCTTC  464

seq1  TGTTCCCCACATTGTACAGTGGTACCCTGTGACTGAAGACTCTTCTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCCACATTGTACAGTGGTACCCTGTGACTGAAGACTCTTCTTAGA  514

seq1  TTGTTGTTTTCATTGTTACTAATTTTATTAAGGTCCCTGCTGTCCCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTTTCATTGTTACTAATTTTATTAAGGTCCCTGCTGTCCCTCCC  564

seq1  TGCTGCTTTGCTCTCTCTCTGTCTCTGTCTCTGTCTCTGTTTCTGTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTTTGCTCTCTCTCTGTCTCTGTCTCTGTCTCTGTTTCTGTCTCT  614

seq1  GTCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTCTTCTTTCACAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTCTTCTTTCACAATA  664

seq1  GGAATCCCAAACTTTTGCTAGATTATGGGTCAGTCGGAGGCAGGGGGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCCAAACTTTTGCTAGATTATGGGTCAGTCGGAGGCAGGGGGTGG  714

seq1  GATGGGGTGGGGAACACTACACTTTCCTGACTCCCTTGCAGCTATGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGTGGGGAACACTACACTTTCCTGACTCCCTTGCAGCTATGTGTG  764

seq1  GCCATGTGACTAAATTCTGGGCAATAGCATCTGAGTAACTGCTAAGACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTGACTAAATTCTGGGCAATAGCATCTGAGTAACTGCTAAGACAT  814

seq1  GTCTATAGAGAAGGGTGTCTCTTCCTACCAACTTCCTTCTGGTTGTTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATAGAGAAGGGTGTCTCTTCCTACCAACTTCCTTCTGGTTGTTTGG  864

seq1  AAAGCAGATGTGATGGCTAGAATCTGTGTGACTATCTTGGGCCAAAGAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGATGTGATGGCTAGAATCTGTGTGACTATCTTGGGCCAAAGAGG  914

seq1  AGCAATAGAGAAAAGGGTGGCCAGTACCTAATGAACTCATGAAGCCATTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAGAGAAAAGGGTGGCCAGTACCTAATGAACTCATGAAGCCATTC  964

seq1  TGCCAGCCCAGGTACCGCTCCTCCACTTTATGGAAGAGAGGAGCAGGGTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCCCAGGTACCGCTCCTCCACTTTATGGAAGAGAGGAGCAGGGTT  1014

seq1  CATTTCATCTATTTATTGGGGATTTTCTGACTGAGTGGTGACCTGAGTCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATCTATTTATTGGGGATTTTCTGACTGAGTGGTGACCTGAGTCC  1064

seq1  TGTGTTTTGCTGTTACACTGTGAAGATCTGTCTTTACCATGACAGTTACC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTGCTGTTACACTGTGAAGATCTGTCTTTACCATGACAGTTACC  1114

seq1  CATGTGGGGTGTGCAGGTAGCTGTAATGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGGGTGTGCAGGTAGCTGTAATGAATTC  1147

seq1: chr2_167525951_167527059
seq2: B6Ng01-043A07.g_68_1153

seq1  GAATTCAAACCAAGGAATGCCCTACAGAACAGCTGGCTGGGACCCTCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACCAAGGAATGCCCTACAGAACAGCTGGCTGGGACCCTCAGT  50

seq1  CATCTGGAGGTCATGAAAATTGAGGCAATGCCGGGAAGGAAGTACTTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGAGGTCATGAAAATTGAGGCAATGCCGGGAAGGAAGTACTTTAG  100

seq1  ACAGTTAGACCCCAAACACAATGAAAGGGACTTATGTCACTCTGGACCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAGACCCCAAACACAATGAAAGGGACTTATGTCACTCTGGACCAG  150

seq1  ACAAATGTCAGAAGACCCACAGGGGAACAATTGTGATGTTGACTTGAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGTCAGAAGACCCACAGGGGAACAATTGTGATGTTGACTTGAACT  200

seq1  CAGTTTTAGTACTGTGTGTGATTGCACACATGTGAATGTGTATATGCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTAGTACTGTGTGTGATTGCACACATGTGAATGTGTATATGCTGG  250

seq1  TGTGTACACACATGTGCATGAGATGAAAGTCAGGAGATACTGGATGGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACACACATGTGCATGAGATGAAAGTCAGGAGATACTGGATGGGGG  300

seq1  TGATGTCATGTTTACAACTCATTCTCAAATGCAGATGGAAGGGTAATGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCATGTTTACAACTCATTCTCAAATGCAGATGGAAGGGTAATGCT  350

seq1  AAGCTGGCTCGGGCAGCATGTGCCCAGATTACTGGCTCTTAGGGGGGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGCTCGGGCAGCATGTGCCCAGATTACTGGCTCTTAGGGGGGTGT  400

seq1  CTTGGTTCAGGCCATCGTAGGCTGCACAATGATTTGAGACTGTCACAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTCAGGCCATCGTAGGCTGCACAATGATTTGAGACTGTCACAAAA  450

seq1  ATTAAAAAAAAAATCACAAGAAAAGAGGGCCAAAGTGCAGGGAAGCTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAAAAAAATCACAAGAAAAGAGGGCCAAAGTGCAGGGAAGCTGTG  500

seq1  GGAAGAGCAGCCTAGGGAGACAGCCTGGAGCCTCACACGAGAGTCTTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGCAGCCTAGGGAGACAGCCTGGAGCCTCACACGAGAGTCTTCCC  550

seq1  ATTTCTCTGCAGGATACGAAGAGAAACTCTGACCTCCAATGCACCCAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCTGCAGGATACGAAGAGAAACTCTGACCTCCAATGCACCCAAGA  600

seq1  GAAAGAAAACACTTGCAAAAGGCTTGTGGGCCCACAGCAGTTACAGCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAACACTTGCAAAAGGCTTGTGGGCCCACAGCAGTTACAGCCCT  650

seq1  CACAGTCTCAAACCAAAGCCGAGGAATAGTCCCGAGGACAGCAAAACCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCTCAAACCAAAGCCGAGGAATAGTCCCGAGGACAGCAAAACCAC  700

seq1  AGATGAGCTGCAGATCTGAGCACCTGGCTGGTGAATCTTGGAGGTGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGCTGCAGATCTGAGCACCTGGCTGGTGAATCTTGGAGGTGTTCA  750

seq1  CTGTGCGAGGATGCTAGACACAAAGGGCCACTCTGTGTGCTAAGTCTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCGAGGATGCTAGACACAAAGGGCCACTCTGTGTGCTAAGTCTTCC  800

seq1  ACTCCAAAACTGAAGGGAGGTCCCAGTCACCCTGGCAGTTTGCTCTGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAAAACTGAAGGGAGGTCCCAGTCACCCTGGCAGTTTGCTCTGTGG  850

seq1  GCAGGAGAGTTACTGCCTCGGTAGGGGCATCAGGAAGCCCCCTGAACAGC  900
      ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCA-GAGAGTTACTGCCTCGGTA-GGGCATCA-GAAGCCCCCTGAACAGC  897

seq1  TAAGAGGTGTCTGGATCTTATGGGAAGGTGGTCCTTTAGATACATCCAAA  950
      ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGA-GTGTCTGGATC-TATGGGAA-GTGGTCCTTTAGATACATCCAAA  944

seq1  CCCACTTATAGAACTGTATACAATGGGCCAGGCTCGATTGGTAGAGCATT  1000
      ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCACTTATAGAACTGTATACA--TGGCCAGGCTCGATT-GTAGAGCATT  991

seq1  TGCCTAATGTCAAGAGGCCCTGGGTTTCATTCCCTGGGTAAAAACATGGT  1050
      ||||| ||||||||| |||||||  ||||||||   ||| ||||||| ||
seq2  TGCCT-ATGTCAAGA-GCCCTGG--TTCATTCC--TGGTTAAAACAT-GT  1034

seq1  ATCACGGTGGTGCACGCCTGCCATCTCAGCTTTAGGGAGATGGAAGCAGG  1100
      ||||||| |  ||||| ||| |||||||   |||||  ||| | |||  |
seq2  ATCACGG-GTGGCACG-CTG-CATCTCA--CTTAGG--GATAGGAGCCAG  1077

seq1  ACAGTCAGA  1109
      |||||||||
seq2  ACAGTCAGA  1086