BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043C23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 92,513,362 - 92,637,486
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD2Ertd391e, LOC100043179, D230010M03Rik, D030051N19Rik, Chrm4, Mdk, Dgkz, Creb3l1, Phf21a, Gyltl1b, Pex16, 1700029I15Rik, Mapk8ip1, Cry2, Slc35c1, LOC100042775, LOC100043205, Chst1
Downstream geneSyt13, LOC100042784, Trp53i11, C230071H18Rik, Tspan18, LOC100042789, LOC639658, Cd82, Alx4, Ext2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043C23.bB6Ng01-043C23.g
ACCDH869324DH869325
length1,0901,095
definitionDH869324|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043C23, 5' end.DH869325|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043C23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,636,386 - 92,637,486)(92,513,362 - 92,514,481)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctggcctcaaactcggaaatccacctgcc
tctgcctcacaagtgctgggattaaaggtgtgtgcctccactgcctggct
gatctgccactcttgtgtggtagtttgaataggtttgacctccgtagatt
catgtatttcaatgcctggccatagggagtgacacttttaggggtgtggc
cttattagagtaggtgtggctttgttggaagaagtgcatcactgaatagg
caggttttcaggtttcctatgctcaagctctgcccagtgtggaatcagaa
ccttctccgggctgccttatgaccaagatgtagaactctcagctccttcc
ccagtatcacatctgcctgcatgctgacatgcttcccaccatgatgatag
actctggaactgtaagccagccctaataaaatgctttcctttataagact
tgcctaagtcatggtgtttcttcacaaatgaaagccaatgtaagatacct
caatctatttctatttcctcactacccttttctgcagcctctgttgcaca
ttggcccaagcaccattatctaagcatcttgtatccttgagatgcattga
gacaagtgatgcttgtctataaagactcattctcaatgggaggactatgg
gtgtgcacatgaaggaggaaacaaggcaggataccataggtgaagcaggc
aaagctggggccttgcctgggaagggtccctgaggatggggagacaaatt
gtcagatccaggaagaagaggcaacattcccattaacagaggctcagtgt
caagttcaagtgggacagggagcaagctgtcctctcctccccatcaactg
tataagcagatgccagccaagccatatgtagccctccttgccatttccca
gctgagcttgggatagttccagccgatcaaggatgctgggcaggcatcag
aactgaaagagaagtccgactgtaagctccttttaagcccctttgctgct
ggcctctgagagccacctgcattgctattctgtgcatttcgtggcttgca
agtcctgatgacaacacctgacaggcttagtgacccaaat
gaattcatattcggagttctgtcacagacaggcatggtgccaaggcttta
caagctctgatagactggatttctgcccagcagatagctgcttccctctc
ccctgagcccacgccttcacccttgccccattgcaggatccaagtcgagt
gacttggcttggccaaccgaaagtaggtgagattgatattggccaagtgt
ggagcccaaacctggagaggctgtatggattaatacagcgacctcatcat
gaggtggtcagcccctttgtggatccccacatgagtacagagtctgtatc
ctgaagtagagatgcctggaagaagctggcatagatcacaagatacttgt
aagacctctgcattcaaagataagtgtttgggagctagagacatggctca
gtcagaaaagaggtagttggccagattagtgggaaaggtgagtttgcagt
tcagtgaaagaccctatctctcaaggccataagatagagaggtatagagg
aaggcacccatcatcctactgtaagcaccatatgttcatgtgcatgcaat
aaatacatacaccatacatacatgtatacactcagaaaataagtacttat
tgttggcagccactgggcaaaaactcaaagggtcttttattttccacaga
aactactaaatacaacacacactgtctgatcttaccccctcccccagtgc
attctgtgaagagtcccacacatctccacgtgtgtgggtctcaaggccac
agagtggggagggcaagtggttggtcccatgcagagctggaggaactgcc
tgggctctgtggggcaggtaaggtcacatgtgtggtggcatcaggctgag
gagccagccctccttgttacctctctggtccttccactggctcagctggg
gtaggggtggaatgcagggagagctatgaagctcctttcaagagccagca
gagctccccaccccgcgttactggaaagtcaccttggcgatcagccacag
aacatgacatttcaagattcaagaaaagtaaaatattcctataaattatt
ctgggactttagaattcaaggaaggaaatgtcattcttttcccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_92636386_92637486
seq2: B6Ng01-043C23.b_44_1133 (reverse)

seq1  ATTTGGGTTCACTATAGCCCTGTCAGTGTTTGTTCAATCAGAACTTGCAA  50
      ||||||| |||||| || ||||||||   ||||   ||||| ||||||||
seq2  ATTTGGG-TCACTA-AG-CCTGTCAGGTGTTGT--CATCAGGACTTGCAA  45

seq1  GCCCACGGAAAGTGCACAGAATAGCAAATGCAGGTGGCTCTCAGAGGCCA  100
      | |||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  G-CCACG--AAATGCACAGAATAGC-AATGCAGGTGGCTCTCAGAGGCC-  90

seq1  AGCAGCAAAGGGGCTTAAAAGGAGCCTTACAGTCGGACTTCTCTTTCAGT  150
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAAAGGGGCTTAAAAGGAG-CTTACAGTCGGACTTCTCTTTCAGT  139

seq1  TCTGATGCCTGCCCAGCATCCTTGATCGGCTGGAACTATCCCAAGCTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGCCTGCCCAGCATCCTTGATCGGCTGGAACTATCCCAAGCTCAG  189

seq1  CTGGGAAATGGCAAGGAGGGCTACATATGGCTTGGCTGGCATCTGCTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAATGGCAAGGAGGGCTACATATGGCTTGGCTGGCATCTGCTTAT  239

seq1  ACAGTTGATGGGGAGGAGAGGACAGCTTGCTCCCTGTCCCACTTGAACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGATGGGGAGGAGAGGACAGCTTGCTCCCTGTCCCACTTGAACTT  289

seq1  GACACTGAGCCTCTGTTAATGGGAATGTTGCCTCTTCTTCCTGGATCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGAGCCTCTGTTAATGGGAATGTTGCCTCTTCTTCCTGGATCTGA  339

seq1  CAATTTGTCTCCCCATCCTCAGGGACCCTTCCCAGGCAAGGCCCCAGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGTCTCCCCATCCTCAGGGACCCTTCCCAGGCAAGGCCCCAGCTT  389

seq1  TGCCTGCTTCACCTATGGTATCCTGCCTTGTTTCCTCCTTCATGTGCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCTTCACCTATGGTATCCTGCCTTGTTTCCTCCTTCATGTGCACA  439

seq1  CCCATAGTCCTCCCATTGAGAATGAGTCTTTATAGACAAGCATCACTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGTCCTCCCATTGAGAATGAGTCTTTATAGACAAGCATCACTTGT  489

seq1  CTCAATGCATCTCAAGGATACAAGATGCTTAGATAATGGTGCTTGGGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGCATCTCAAGGATACAAGATGCTTAGATAATGGTGCTTGGGCCA  539

seq1  ATGTGCAACAGAGGCTGCAGAAAAGGGTAGTGAGGAAATAGAAATAGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCAACAGAGGCTGCAGAAAAGGGTAGTGAGGAAATAGAAATAGATT  589

seq1  GAGGTATCTTACATTGGCTTTCATTTGTGAAGAAACACCATGACTTAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTATCTTACATTGGCTTTCATTTGTGAAGAAACACCATGACTTAGGC  639

seq1  AAGTCTTATAAAGGAAAGCATTTTATTAGGGCTGGCTTACAGTTCCAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTATAAAGGAAAGCATTTTATTAGGGCTGGCTTACAGTTCCAGAG  689

seq1  TCTATCATCATGGTGGGAAGCATGTCAGCATGCAGGCAGATGTGATACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCATCATGGTGGGAAGCATGTCAGCATGCAGGCAGATGTGATACTG  739

seq1  GGGAAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTGGTCATAAGGCAGCCCGGAGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTGGTCATAAGGCAGCCCGGAGAAG  789

seq1  GTTCTGATTCCACACTGGGCAGAGCTTGAGCATAGGAAACCTGAAAACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGATTCCACACTGGGCAGAGCTTGAGCATAGGAAACCTGAAAACCT  839

seq1  GCCTATTCAGTGATGCACTTCTTCCAACAAAGCCACACCTACTCTAATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATTCAGTGATGCACTTCTTCCAACAAAGCCACACCTACTCTAATAA  889

seq1  GGCCACACCCCTAAAAGTGTCACTCCCTATGGCCAGGCATTGAAATACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACACCCCTAAAAGTGTCACTCCCTATGGCCAGGCATTGAAATACAT  939

seq1  GAATCTACGGAGGTCAAACCTATTCAAACTACCACACAAGAGTGGCAGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTACGGAGGTCAAACCTATTCAAACTACCACACAAGAGTGGCAGAT  989

seq1  CAGCCAGGCAGTGGAGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTTGTGAGGCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGCAGTGGAGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTTGTGAGGCAG  1039

seq1  AGGCAGGTGGATTTCCGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAATT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTGGATTTCCGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAATT  1089

seq1  C  1101
      |
seq2  C  1090

seq1: chr2_92513362_92514481
seq2: B6Ng01-043C23.g_67_1161

seq1  GAATTCATATTCGGAGTTCTGTCACAGACAGGCATGGTGCCAAGGCTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTCGGAGTTCTGTCACAGACAGGCATGGTGCCAAGGCTTTA  50

seq1  CAAGCTCTGATAGACTGGATTTCTGCCCAGCAGATAGCTGCTTCCCTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCTGATAGACTGGATTTCTGCCCAGCAGATAGCTGCTTCCCTCTC  100

seq1  CCCTGAGCCCACGCCTTCACCCTTGCCCCATTGCAGGATCCAAGTCGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGCCCACGCCTTCACCCTTGCCCCATTGCAGGATCCAAGTCGAGT  150

seq1  GACTTGGCTTGGCCAACCGAAAGTAGGTGAGATTGATATTGGCCAAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGCTTGGCCAACCGAAAGTAGGTGAGATTGATATTGGCCAAGTGT  200

seq1  GGAGCCCAAACCTGGAGAGGCTGTATGGATTAATACAGCGACCTCATCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCAAACCTGGAGAGGCTGTATGGATTAATACAGCGACCTCATCAT  250

seq1  GAGGTGGTCAGCCCCTTTGTGGATCCCCACATGAGTACAGAGTCTGTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGTCAGCCCCTTTGTGGATCCCCACATGAGTACAGAGTCTGTATC  300

seq1  CTGAAGTAGAGATGCCTGGAAGAAGCTGGCATAGATCACAAGATACTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTAGAGATGCCTGGAAGAAGCTGGCATAGATCACAAGATACTTGT  350

seq1  AAGACCTCTGCATTCAAAGATAAGTGTTTGGGAGCTAGAGACATGGCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTCTGCATTCAAAGATAAGTGTTTGGGAGCTAGAGACATGGCTCA  400

seq1  GTCAGAAAAGAGGTAGTTGGCCAGATTAGTGGGAAAGGTGAGTTTGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAAAGAGGTAGTTGGCCAGATTAGTGGGAAAGGTGAGTTTGCAGT  450

seq1  TCAGTGAAAGACCCTATCTCTCAAGGCCATAAGATAGAGAGGTATAGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAAAGACCCTATCTCTCAAGGCCATAAGATAGAGAGGTATAGAGG  500

seq1  AAGGCACCCATCATCCTACTGTAAGCACCATATGTTCATGTGCATGCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACCCATCATCCTACTGTAAGCACCATATGTTCATGTGCATGCAAT  550

seq1  AAATACATACACCATACATACATGTATACACTCAGAAAATAAGTACTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATACACCATACATACATGTATACACTCAGAAAATAAGTACTTAT  600

seq1  TGTTGGCAGCCACTGGGCAAAAACTCAAAGGGTCTTTTATTTTCCACAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCAGCCACTGGGCAAAAACTCAAAGGGTCTTTTATTTTCCACAGA  650

seq1  AACTACTAAATACAACACACACTGTCTGATCTTACCCCCTCCCCCAGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACTAAATACAACACACACTGTCTGATCTTACCCCCTCCCCCAGTGC  700

seq1  ATTCTGTGAAGAGTCCCACACATCTCCACGTGTGTGGGTCTCAAGGCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTGAAGAGTCCCACACATCTCCACGTGTGTGGGTCTCAAGGCCAC  750

seq1  AGAGTGGGGAGGGCAAGTGGTTGGTCCCATGCAGAGCTGGAGGAACTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGGGAGGGCAAGTGGTTGGTCCCATGCAGAGCTGGAGGAACTGCC  800

seq1  TGGGCTCTGTGGGGCAGGTAAGGTCACATGTGTGGTGGCATCAGGCTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCTGTGGGGCAGGTAAGGTCACATGTGTGGTGGCATCAGGCTGAG  850

seq1  GAGCCAGCCCTCCTTGTTACCTCTCTGGTCCTTCCACTGGCTCAGGCTGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGCCAGCCCTCCTTGTTACCTCTCTGGTCCTTCCACTGGCTCA-GCTGG  899

seq1  GGTAGGGGTGGAATGCAGGGAGAGCTATGAAGCTCCTTTCAAAGAGCCAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTAGGGGTGGAATGCAGGGAGAGCTATGAAGCTCCTTTC-AAGAGCCAG  948

seq1  CAGGAGCTCCCCACCCCGCGGTTACTGGAAAAGGTCACCCTTGGCGATTC  1000
      || |||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||| ||
seq2  CA-GAGCTCCCCACCCCGC-GTTACTGGAAA--GTCA-CCTTGGCGA-TC  992

seq1  AGCCCACAGAACAATGACATTTCAAGGATCAAAGAAAAGGTTAAAATATT  1050
      || ||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||  |||||||||
seq2  AG-CCACAGAAC-ATGACATTTCAA-GATTCAAGAAAAG--TAAAATATT  1037

seq1  CCTATAAATCTATTCTTGGGACTTTTAAGTATTTCCAATGTAAAGGGAAA  1100
      ||||||||| ||||| |||||||||  || |||  ||| |  ||||  ||
seq2  CCTATAAAT-TATTC-TGGGACTTT--AGAATT--CAAGG--AAGG--AA  1077

seq1  ATGTCATTTCTTTTTCCCCT  1120
      ||||||||   |||||||||
seq2  ATGTCATT--CTTTTCCCCT  1095