BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043J15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 95,878,681 - 96,030,063
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042843
Downstream geneLOC100043267
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043J15.bB6Ng01-043J15.g
ACCDH869613DH869614
length6881,060
definitionDH869613|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043J15, 5' end.DH869614|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043J15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,029,506 - 96,030,063)(95,878,681 - 95,879,736)
sequence
gaattcacacacttagttgttgtaacaaacctaaatctattaatttaaga
tgctaacctttgtggcttggacatttgtgctcactccaaaatttatatta
taatttaatctttattatgatagtattaagcaagagttgttatgaagtga
taaactaatgtgaatgaaactccaatgaaaaggattatctacttcataaa
atcggtaaaaggagctggatagactttttctttttcttcaatgttcctcc
aattatcataggaagacctaaggtttattattattggagaatacagcaac
aaggtaccactttggaaatagaaggcaccatttaccatcaaatatctata
gcactgaccttggatttttctcatgattgtaaaaaacaaatttatatgtt
ttataaattatccagtctcagacaattttaaaatatattctattttttgc
gggggagttgagtttataatataattatataacactcttccctttcctct
atctaaaccttctatgctctgcttcaaatacatgacctatttttcattat
tacacacatatattatgtacagacatatttgtaaatatgctcagtcctat
agcctatctgtctctctgtctctgcctctgtctctttgtctctgtctctg
cccccatttctctctctctctctctctctctctctctc
gaattcttcaaagaagtgatcagtccatgctttttaaaccatactctgat
tctcttcatcgactaatataaaaaacggatcaggaagatgttttgagcaa
gattttcatgtacctgaggcagaagttaaaattgagtaaatgaacctgtt
tctattaaattaaaatagtctggggtgatttatatttgaatattttctaa
tctgaattctaagcaggcagtcaggtttcctcttgctctcttcaaagaga
ttcaaagcagcaaaaatgatgctaaaaagacaacagaaacaaaagggagt
tgaagtcagggatttaggtgacgctgtttttttctttgttagctgaggtc
ccagcaaatgaagccctgcacatgtggcaattatgtctaataatgtctat
ggttaatgtcagttttagagttctgtgaatttccttacactttacactcc
ccataacagtgtgacctatgtacctatgaatgtaaatcacatgggatctg
aggtaaatgtcatttttttatagatactttgagattctatatttcaagcc
aatgacaagcaatgcccagacaactggttagcaaagttaactgaattcac
agaagtgaaaatattggaatgatcaatcataaatatagattgaacttggt
tttatgtcttggcacatataggacttaaaggaaaaattttagaaatttga
agaatgtcatgagtgagtgacatgaaatacatcctcaaaaggaatgtact
gttagatttgaacagtctacaaggaactacaaagcagatgacgaagtact
ccatatgcttacgagtgctaaactagtacctgtagtcagggctagttttc
ttcaagtctttctcaaatcaatagttcataaaacacaacaatatgaacta
accattacctccagagctcgtgtctctagctgcatatgtgccgaagatgg
cctagtcagcatcatttgggaagagaggccccttggtcctgcaaccttta
tatggtccactacaggggatcaccaggggccaagatgtggggaatggggt
ggggtaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_96029506_96030063
seq2: B6Ng01-043J15.b_44_601 (reverse)

seq1  TGTGTGTAATAATGAAAAATAGGTCATGTATTTGAAGCAGAGCATAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTAATAATGAAAAATAGGTCATGTATTTGAAGCAGAGCATAGAAG  50

seq1  GTTTAGATAGAGGAAAGGGAAGAGTGTTATATAATTATATTATAAACTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGATAGAGGAAAGGGAAGAGTGTTATATAATTATATTATAAACTCA  100

seq1  ACTCCCCCGCAAAAAATAGAATATATTTTAAAATTGTCTGAGACTGGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCCGCAAAAAATAGAATATATTTTAAAATTGTCTGAGACTGGATA  150

seq1  ATTTATAAAACATATAAATTTGTTTTTTACAATCATGAGAAAAATCCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAAAACATATAAATTTGTTTTTTACAATCATGAGAAAAATCCAAG  200

seq1  GTCAGTGCTATAGATATTTGATGGTAAATGGTGCCTTCTATTTCCAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGCTATAGATATTTGATGGTAAATGGTGCCTTCTATTTCCAAAGT  250

seq1  GGTACCTTGTTGCTGTATTCTCCAATAATAATAAACCTTAGGTCTTCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCTTGTTGCTGTATTCTCCAATAATAATAAACCTTAGGTCTTCCTA  300

seq1  TGATAATTGGAGGAACATTGAAGAAAAAGAAAAAGTCTATCCAGCTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATTGGAGGAACATTGAAGAAAAAGAAAAAGTCTATCCAGCTCCTT  350

seq1  TTACCGATTTTATGAAGTAGATAATCCTTTTCATTGGAGTTTCATTCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCGATTTTATGAAGTAGATAATCCTTTTCATTGGAGTTTCATTCACA  400

seq1  TTAGTTTATCACTTCATAACAACTCTTGCTTAATACTATCATAATAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTATCACTTCATAACAACTCTTGCTTAATACTATCATAATAAAGA  450

seq1  TTAAATTATAATATAAATTTTGGAGTGAGCACAAATGTCCAAGCCACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTATAATATAAATTTTGGAGTGAGCACAAATGTCCAAGCCACAAA  500

seq1  GGTTAGCATCTTAAATTAATAGATTTAGGTTTGTTACAACAACTAAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGCATCTTAAATTAATAGATTTAGGTTTGTTACAACAACTAAGTGT  550

seq1  GTGAATTC  558
      ||||||||
seq2  GTGAATTC  558

seq1: chr2_95878681_95879736
seq2: B6Ng01-043J15.g_65_1124

seq1  GAATTCTTCAAAGAAGTGATCAGTCCATGCTTTTTAAACCATACTCTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAAAGAAGTGATCAGTCCATGCTTTTTAAACCATACTCTGAT  50

seq1  TCTCTTCATCGACTAATATAAAAAACGGATCAGGAAGATGTTTTGAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCATCGACTAATATAAAAAACGGATCAGGAAGATGTTTTGAGCAA  100

seq1  GATTTTCATGTACCTGAGGCAGAAGTTAAAATTGAGTAAATGAACCTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCATGTACCTGAGGCAGAAGTTAAAATTGAGTAAATGAACCTGTT  150

seq1  TCTATTAAATTAAAATAGTCTGGGGTGATTTATATTTGAATATTTTCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAAATTAAAATAGTCTGGGGTGATTTATATTTGAATATTTTCTAA  200

seq1  TCTGAATTCTAAGCAGGCAGTCAGGTTTCCTCTTGCTCTCTTCAAAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATTCTAAGCAGGCAGTCAGGTTTCCTCTTGCTCTCTTCAAAGAGA  250

seq1  TTCAAAGCAGCAAAAATGATGCTAAAAAGACAACAGAAACAAAAGGGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGCAGCAAAAATGATGCTAAAAAGACAACAGAAACAAAAGGGAGT  300

seq1  TGAAGTCAGGGATTTAGGTGACGCTGTTTTTTTCTTTGTTAGCTGAGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCAGGGATTTAGGTGACGCTGTTTTTTTCTTTGTTAGCTGAGGTC  350

seq1  CCAGCAAATGAAGCCCTGCACATGTGGCAATTATGTCTAATAATGTCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAATGAAGCCCTGCACATGTGGCAATTATGTCTAATAATGTCTAT  400

seq1  GGTTAATGTCAGTTTTAGAGTTCTGTGAATTTCCTTACACTTTACACTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATGTCAGTTTTAGAGTTCTGTGAATTTCCTTACACTTTACACTCC  450

seq1  CCATAACAGTGTGACCTATGTACCTATGAATGTAAATCACATGGGATCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACAGTGTGACCTATGTACCTATGAATGTAAATCACATGGGATCTG  500

seq1  AGGTAAATGTCATTTTTTTATAGATACTTTGAGATTCTATATTTCAAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAATGTCATTTTTTTATAGATACTTTGAGATTCTATATTTCAAGCC  550

seq1  AATGACAAGCAATGCCCAGACAACTGGTTAGCAAAGTTAACTGAATTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAAGCAATGCCCAGACAACTGGTTAGCAAAGTTAACTGAATTCAC  600

seq1  AGAAGTGAAAATATTGGAATGATCAATCATAAATATAGATTGAACTTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGAAAATATTGGAATGATCAATCATAAATATAGATTGAACTTGGT  650

seq1  TTTATGTCTTGGCACATATAGGACTTAAAGGAAAAATTTTAGAAATTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTCTTGGCACATATAGGACTTAAAGGAAAAATTTTAGAAATTTGA  700

seq1  AGAATGTCATGAGTGAGTGACATGAAATACATCCTCAAAAGGAATGTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTCATGAGTGAGTGACATGAAATACATCCTCAAAAGGAATGTACT  750

seq1  GTTAGATTTGAACAGTCTACAAGGAACTACAAAGCAGATGACGAAGTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGATTTGAACAGTCTACAAGGAACTACAAAGCAGATGACGAAGTACT  800

seq1  CCATATGCTTACGAGTGCTAAACTAGTACCTGTAGTCAGGGCTAGTTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGCTTACGAGTGCTAAACTAGTACCTGTAGTCAGGGCTAGTTTTC  850

seq1  TTCAAGTCTTTCTCAAATCAATAGTTCATAAAACACAACAATATGAACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTCTTTCTCAAATCAATAGTTCATAAAACACAACAATATGAACTA  900

seq1  ACCATTACCTCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTGCCGAAGATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTACCTCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTGCCGAAGATGG  950

seq1  CCTAGTCAGCCATCA-TTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTCTTGCAAACTTT  999
      ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  CCTAGTCAG-CATCATTTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTCCTGCAACCTTT  999

seq1  ATATGTCCCACTACAGGGGATCACCA-GGGCCAAGATGT-GGGAGTGGG-  1046
      |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| 
seq2  ATATGGTCCACTACAGGGGATCACCAGGGGCCAAGATGTGGGGAATGGGG  1049

seq1  -TGGGTAGGGA  1056
        ||||||| |
seq2  TGGGGTAGGAA  1060