BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044C19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 27,625,112 - 27,797,595
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol5a1
Upstream geneLOC669582, Abo, Surf6, Surf5-ps, Surf5, Rpl7a, Surf1, Surf2, Surf4, Gm711, Rexo4, Adamts13, 5930434B04Rik, Slc2a6, LOC665315, 1110002H13Rik, Adamtsl2, C630035N08Rik, Dbh, Sardh, Vav2, D2Bwg1423e, Brd3, Wdr5, Rxra
Downstream geneFcnb, Olfm1, Gm347, 1700007K13Rik, Mrps2, LOC665412, Gbgt1, Ralgds, Cel, Gtf3c5, Gfi1b, Tsc1, 1700026L06Rik, 1190002A17Rik, LOC665643, Gtf3c4, Ddx31, Barhl1, LOC100033452
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044C19.bB6Ng01-044C19.g
ACCDH870004DH870005
length7591,132
definitionDH870004|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044C19, 5' end.DH870005|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044C19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,796,838 - 27,797,595)(27,625,112 - 27,626,256)
sequence
gaattcccacaatgtcctcgttacatcatggaaaaggaagaaacacaggc
tctaaacatgcagggctgggggttggtagctggcctcagggccacatcag
gacccagcagtatcctgcagggatataggcaggaagcaagaaccccaagc
tagccttataacacccctgtaccccccactactcaagagcacaccggaag
gtctcaggcctgcagtccaggacactcctggcttcttggcataggcagta
agttggaattgctcatgggcagcacctagaggcactgggttgctataagg
atgtcagtgccagctgccctcccacaggtgagctctggcagcaggtaccc
aagatcaactggctgaaatttgggattgggccatacataggttctctatg
gagagccagactctctacccctgtgtagactcactggccatccagcctct
cactgaggctcttttaatgtcatgtccagccttcctgcacagccagggag
aagtctctggtgcaggagtccagggtctgttttcccaagtgtgccacaag
gcctcccctatcacccccacccccccatcacccccacccccattatccct
accccatcacccccacccctatcacctccatcaccccaccccattatccc
tattccatcacccccattaccccccaaccccatttcccttaccccatcac
ccccattacccccaacccctttacctgtacttccatcttcctaccccgct
gcattcata
gaattcctctcatatgacattctaaacagcaaaggacgatgtcgtgcaat
aagcaagcaaagggaaaatgcactgtgaggcaggggctgcttcagccgtg
gctaccatgttgagaaggaagatcagagaccctgcctgggcacaagagat
gaacacctgatgactcgttctgtggcagcatcaggactgtggagggcaac
tgtagaagccaatagaacaaccaccagctgcctgggaagggctgagtgca
gacaggagcgtagctgtcagtagtgcctaggcattccaggcttcaggtct
gactctgccgccacgctggctctggtggccacttcctgttggtgggatca
ggtatcagccctgctggagagagagctttggaaactcctctactccctgt
ctgccctttccctggcagagacaggctcttctgtctgcagaagtttaata
gctggggtgcaaatcttggagctgtcagcaggctatgctgtctttcactt
caagctcgactaaagactgctttaaaagggagacttccgtggattattac
atcaaaatagttttgaatggaagagggaattcacaaactatatcctgcaa
ccagattttcacctttgatgtcactaggggtagaattctccctagactcg
ctacaaccttgatttttttttttattccgtttctgtcccagagagtctct
tgtgaattgggtatttgtcatacacctgtgaaccaggcagggtacacgag
gctcccatgtacccatatccaccacgagagggcagcatcacctcactaag
tgcagatcaatcacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacctaccaggtctcctagcaaccatttcctagaccctc
aggcccagatgagttcacctatgctgccccagactcaggaggccaagtct
gcctgggaatgacttagaggacagcagagcccctgcttgctccttgatgt
tgtgcaggctgagagtgggagagcggtgctgaacagaataactcagcaga
ccttctatccttgtgtcctaaagttacattcctcagcatggttggagtgt
gcttgaaacattgacagcccttgcgttctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_27796838_27797595
seq2: B6Ng01-044C19.b_46_804 (reverse)

seq1  TATGAGTGCAGCGGGGTGGGGGAGATGG-AGTACAGGTAATGGGGTTGGG  49
      ||||| |||||||||||  || |||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  TATGAATGCAGCGGGGT-AGGAAGATGGAAGTACAGGTAAAGGGGTTGGG  49

seq1  GGTAATGGGGGTGATGGGGTAGGGATAATGGGGTT-GGGGGTAATGGGGG  98
      ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGTAATGGGGGTGATGGGGTAAGGGAAATGGGGTTGGGGGGTAATGGGGG  99

seq1  TGATGGAATAGGGATAATGGGGTGGGGTGATGGAGGTGATAGGGGTGGGG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGAATAGGGATAATGGGGTGGGGTGATGGAGGTGATAGGGGTGGGG  149

seq1  GTGATGGGGTAGGGATAATGGGGGTGGGGGTGATGGGGGGGTGGGGGTGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGGGTAGGGATAATGGGGGTGGGGGTGATGGGGGGGTGGGGGTGA  199

seq1  TAGGGGAGGCCTTGTGGCACACTTGGGAAAACAGACCCTGGACTCCTGCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGAGGCCTTGTGGCACACTTGGGAAAACAGACCCTGGACTCCTGCA  249

seq1  CCAGAGACTTCTCCCTGGCTGTGCAGGAAGGCTGGACATGACATTAAAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGACTTCTCCCTGGCTGTGCAGGAAGGCTGGACATGACATTAAAAG  299

seq1  AGCCTCAGTGAGAGGCTGGATGGCCAGTGAGTCTACACAGGGGTAGAGAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAGTGAGAGGCTGGATGGCCAGTGAGTCTACACAGGGGTAGAGAG  349

seq1  TCTGGCTCTCCATAGAGAACCTATGTATGGCCCAATCCCAAATTTCAGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTCTCCATAGAGAACCTATGTATGGCCCAATCCCAAATTTCAGCC  399

seq1  AGTTGATCTTGGGTACCTGCTGCCAGAGCTCACCTGTGGGAGGGCAGCTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATCTTGGGTACCTGCTGCCAGAGCTCACCTGTGGGAGGGCAGCTG  449

seq1  GCACTGACATCCTTATAGCAACCCAGTGCCTCTAGGTGCTGCCCATGAGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGACATCCTTATAGCAACCCAGTGCCTCTAGGTGCTGCCCATGAGC  499

seq1  AATTCCAACTTACTGCCTATGCCAAGAAGCCAGGAGTGTCCTGGACTGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAACTTACTGCCTATGCCAAGAAGCCAGGAGTGTCCTGGACTGCA  549

seq1  GGCCTGAGACCTTCCGGTGTGCTCTTGAGTAGTGGGGGGTACAGGGGTGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGAGACCTTCCGGTGTGCTCTTGAGTAGTGGGGGGTACAGGGGTGT  599

seq1  TATAAGGCTAGCTTGGGGTTCTTGCTTCCTGCCTATATCCCTGCAGGATA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGCTAGCTTGGGGTTCTTGCTTCCTGCCTATATCCCTGCAGGATA  649

seq1  CTGCTGGGTCCTGATGTGGCCCTGAGGCCAGCTACCAACCCCCAGCCCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGGTCCTGATGTGGCCCTGAGGCCAGCTACCAACCCCCAGCCCTG  699

seq1  CATGTTTAGAGCCTGTGTTTCTTCCTTTTCCATGATGTAACGAGGACATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTAGAGCCTGTGTTTCTTCCTTTTCCATGATGTAACGAGGACATT  749

seq1  GTGGGAATTC  758
      ||||||||||
seq2  GTGGGAATTC  759

seq1: chr2_27625112_27626256
seq2: B6Ng01-044C19.g_67_1198

seq1  GAATTCCTCTCATATGACATTCTAAACAGCAAAGGACGATGTCGTGCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTCATATGACATTCTAAACAGCAAAGGACGATGTCGTGCAAT  50

seq1  AAGCAAGCAAAGGGAAAATGCACTGTGAGGCAGGGGCTGCTTCAGCCGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGCAAAGGGAAAATGCACTGTGAGGCAGGGGCTGCTTCAGCCGTG  100

seq1  GCTACCATGTTGAGAAGGAAGATCAGAGACCCTGCCTGGGCACAAGAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCATGTTGAGAAGGAAGATCAGAGACCCTGCCTGGGCACAAGAGAT  150

seq1  GAACACCTGATGACTCGTTCTGTGGCAGCATCAGGACTGTGGAGGGCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACCTGATGACTCGTTCTGTGGCAGCATCAGGACTGTGGAGGGCAAC  200

seq1  TGTAGAAGCCAATAGAACAACCACCAGCTGCCTGGGAAGGGCTGAGTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAAGCCAATAGAACAACCACCAGCTGCCTGGGAAGGGCTGAGTGCA  250

seq1  GACAGGAGCGTAGCTGTCAGTAGTGCCTAGGCATTCCAGGCTTCAGGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAGCGTAGCTGTCAGTAGTGCCTAGGCATTCCAGGCTTCAGGTCT  300

seq1  GACTCTGCCGCCACGCTGGCTCTGGTGGCCACTTCCTGTTGGTGGGATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGCCGCCACGCTGGCTCTGGTGGCCACTTCCTGTTGGTGGGATCA  350

seq1  GGTATCAGCCCTGCTGGAGAGAGAGCTTTGGAAACTCCTCTACTCCCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCAGCCCTGCTGGAGAGAGAGCTTTGGAAACTCCTCTACTCCCTGT  400

seq1  CTGCCCTTTCCCTGGCAGAGACAGGCTCTTCTGTCTGCAGAAGTTTAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTTTCCCTGGCAGAGACAGGCTCTTCTGTCTGCAGAAGTTTAATA  450

seq1  GCTGGGGTGCAAATCTTGGAGCTGTCAGCAGGCTATGCTGTCTTTCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTGCAAATCTTGGAGCTGTCAGCAGGCTATGCTGTCTTTCACTT  500

seq1  CAAGCTCGACTAAAGACTGCTTTAAAAGGGAGACTTCCGTGGATTATTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCGACTAAAGACTGCTTTAAAAGGGAGACTTCCGTGGATTATTAC  550

seq1  ATCAAAATAGTTTTGAATGGAAGAGGGAATTCACAAACTATATCCTGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAATAGTTTTGAATGGAAGAGGGAATTCACAAACTATATCCTGCAA  600

seq1  CCAGATTTTCACCTTTGATGTCACTAGGGGTAGAATTCTCCCTAGACTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTTTCACCTTTGATGTCACTAGGGGTAGAATTCTCCCTAGACTCG  650

seq1  CTACAACCTTGATTTTTTTTTTTATTCCGTTTCTGTCCCAGAGAGTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAACCTTGATTTTTTTTTTTATTCCGTTTCTGTCCCAGAGAGTCTCT  700

seq1  TGTGAATTGGGTATTTGTCATACACCTGTGAACCAGGCAGGGTACACGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATTGGGTATTTGTCATACACCTGTGAACCAGGCAGGGTACACGAG  750

seq1  GCTCCCATGTACCCATATCCACCACGAGAGGGCAGCATCACCTCACTAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCATGTACCCATATCCACCACGAGAGGGCAGCATCACCTCACTAAG  800

seq1  TGCAGATCAATCACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATCAATCACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  850

seq1  ACACACACACACACCTACCAGGTCTCCTAGCAACCATTTCCTAGACCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACCTACCAGGTCTCCTAGCAACCATTTCCTAGACCCTC  900

seq1  AAGGCCCAGATGAGTTCACCTATGCTGCCCCAGACTCAGGAGGCCAAGGT  950
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  -AGGCCCAGATGAGTTCACCTATGCTGCCCCAGACTCAGGAGGCCAAG--  947

seq1  CCTGCCTGGGAATGACCTTAGAGGACAGCAGAGCCCCTGCTTGCTCCTTG  1000
       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTGGGAATGA-CTTAGAGGACAGCAGAGCCCCTGCTTGCTCCTTG  996

seq1  ATGGTGTGCAGGGCTGAAGAGTGGGAGAGGCGGGTGCTGAACAGAATAAC  1050
      ||| |||||| ||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTGCA-GGCTG-AGAGTGGGAGAG--CGGTGCTGAACAGAATAAC  1042

seq1  TTCAGCAGACCTTCTATCCTTGTGTCCTAGAGTACCAGTCCTTCAGCATG  1100
       |||||||||||||||||||||||||||| |||  || ||| ||||||||
seq2  -TCAGCAGACCTTCTATCCTTGTGTCCTAAAGTTACATTCC-TCAGCATG  1090

seq1  GTTGGAAGTGTGCTTGAAAACATTGACAGCCCCTTGCTGTCTCTG  1145
      ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||
seq2  GTTGG-AGTGTGCTTG-AAACATTGACAG-CCCTTGCGTTCTCTG  1132