BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044N18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 109,834,556 - 110,020,111
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLgr4, Ccdc34
Upstream geneMett5d1, Kif18a, Bdnf, LOC100043427, Lin7c
Downstream geneLOC668797, Bbox1, 1110018M03Rik, LOC668799, Slc5a12, Muc15, LOC668802, LOC623270
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044N18.bB6Ng01-044N18.g
ACCDH870491DH870492
length1,130561
definitionDH870491|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044N18, 5' end.DH870492|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,834,556 - 109,835,697)(110,019,545 - 110,020,111)
sequence
gaattcataggaatatatatcactagtactaaattcacatttaaaaggaa
taggtagcttagtatggtctttgtcatatttaatgatacacttgatagag
gagatttgattctagtggagtagtgttggcttacttaggagtgcctttgg
gcattattaaatatacatacaaattatcatcaatgattaaaaataagcaa
tttaaacttttaaactgttttgccactgagaaactgggaaagaattttac
tctaatcaaaatacaatccaagttcctttcctgtgttatggggctgtgta
atcccgaccctgctgagagtcacaggtgtggctccctggacccttccact
ccatttgtccccatgttctcattgctctatccttctggaactatgcgacc
ttaccaagtttgtttctattgtccttgacatttgtctaaaacacctcctg
ctcaacactgtgtctgctggcccttgctatttaattcattaggctccaga
tgaaatcttatggtttgaaaggtgcctttcctgaccaggtacattccagg
gagcttctgctgcctccatggctctcagctttatcgctaccccgctgttg
acttcactgtgctttttaagcacttgggtttgctctgtaatttattagtc
tgtgcatctccaacccacagggtgcctcataccatttcatcctttatgtc
ttccaagatgctcagtttgaatgtgcaatgaattatagctagtcagatga
cctacaagtgtaattcagttacactgagtacttaatctatttgattatgg
ttaatgtctcttcccagcaatgggttccgggaggttgtgactcctatctg
tgtttgaacactttcttatctattcattaaagcagatctcctaaacagct
ctgctgaaatactagtcgctctgcatgagtcagttctagaaagcccaaag
aacaaatgtatatgggttagtgtagtggtaagcagctacttggtttccta
aaatctctcttctaagttgttgctatcagacagatgcccattagatagcc
acaagagccccttgctatcttgcccaagaaagaaaattcatggctggagc
ccagcagtttcctgagtaaagtaagtaatg
tcctgacagctgccctgcttcactgctcggccttgcccaccactcctaat
tgaacaaaggagagcctctgctttcctctcgggagaaataattacgaagc
agaatgatgcaatctgtgactctcaatggcacaggccacagagccaggcc
aggctgggatcctaaaatcatgccaggaatgcaagccaggacccttctat
cccatgaatccaagcaacctctccaccaggctgcagctcaggctcctcag
tcatgcggatctaggtcactagttctgacactgaggtgcaaaactagccg
gaagcagggactgagttcttaagaatggcttctaacaaaatgacttagtt
gaggagtaggtgtttgtggagagataaatagcattctttaagagtttatg
gggggcgcactgtcagaggtgaaagggagagtggaaggggaaggactctg
cgagggggactaggagggagggcagcatttggggtgtaaataaataaaat
aaacaatgaaaaagactattgtgtgaacatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_109834556_109835697
seq2: B6Ng01-044N18.b_48_1177

seq1  GAATTCATAGGAATATATATCACTAGTACTAAATTCACATTTAAAAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGGAATATATATCACTAGTACTAAATTCACATTTAAAAGGAA  50

seq1  TAGGTAGCTTAGTATGGTCTTTGTCATATTTAATGATACACTTGATAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGCTTAGTATGGTCTTTGTCATATTTAATGATACACTTGATAGAG  100

seq1  GAGATTTGATTCTAGTGGAGTAGTGTTGGCTTACTTAGGAGTGCCTTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTGATTCTAGTGGAGTAGTGTTGGCTTACTTAGGAGTGCCTTTGG  150

seq1  GCATTATTAAATATACATACAAATTATCATCAATGATTAAAAATAAGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTATTAAATATACATACAAATTATCATCAATGATTAAAAATAAGCAA  200

seq1  TTTAAACTTTTAAACTGTTTTGCCACTGAGAAACTGGGAAAGAATTTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACTTTTAAACTGTTTTGCCACTGAGAAACTGGGAAAGAATTTTAC  250

seq1  TCTAATCAAAATACAATCCAAGTTCCTTTCCTGTGTTATGGGGCTGTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCAAAATACAATCCAAGTTCCTTTCCTGTGTTATGGGGCTGTGTA  300

seq1  ATCCCGACCCTGCTGAGAGTCACAGGTGTGGCTCCCTGGACCCTTCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGACCCTGCTGAGAGTCACAGGTGTGGCTCCCTGGACCCTTCCACT  350

seq1  CCATTTGTCCCCATGTTCTCATTGCTCTATCCTTCTGGAACTATGCGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGTCCCCATGTTCTCATTGCTCTATCCTTCTGGAACTATGCGACC  400

seq1  TTACCAAGTTTGTTTCTATTGTCCTTGACATTTGTCTAAAACACCTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAAGTTTGTTTCTATTGTCCTTGACATTTGTCTAAAACACCTCCTG  450

seq1  CTCAACACTGTGTCTGCTGGCCCTTGCTATTTAATTCATTAGGCTCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACACTGTGTCTGCTGGCCCTTGCTATTTAATTCATTAGGCTCCAGA  500

seq1  TGAAATCTTATGGTTTGAAAGGTGCCTTTCCTGACCAGGTACATTCCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCTTATGGTTTGAAAGGTGCCTTTCCTGACCAGGTACATTCCAGG  550

seq1  GAGCTTCTGCTGCCTCCATGGCTCTCAGCTTTATCGCTACCCCGCTGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCTGCTGCCTCCATGGCTCTCAGCTTTATCGCTACCCCGCTGTTG  600

seq1  ACTTCACTGTGCTTTTTAAGCACTTGGGTTTGCTCTGTAATTTATTAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACTGTGCTTTTTAAGCACTTGGGTTTGCTCTGTAATTTATTAGTC  650

seq1  TGTGCATCTCCAACCCACAGGGTGCCTCATACCATTTCATCCTTTATGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATCTCCAACCCACAGGGTGCCTCATACCATTTCATCCTTTATGTC  700

seq1  TTCCAAGATGCTCAGTTTGAATGTGCAATGAATTATAGCTAGTCAGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGATGCTCAGTTTGAATGTGCAATGAATTATAGCTAGTCAGATGA  750

seq1  CCTACAAGTGTAATTCAGTTACACTGAGTACTTAATCTATTTGATTATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAGTGTAATTCAGTTACACTGAGTACTTAATCTATTTGATTATGG  800

seq1  TTAATGTCTCTTCCCAGCAATGGGTTCCGGGAGGTTGTGACTCCTATCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTCTCTTCCCAGCAATGGGTTCCGGGAGGTTGTGACTCCTATCTG  850

seq1  TGTTTGAACACTTTCTTATCTATTCATTAAAGCAGATCTCCTAAACAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAACACTTTCTTATCTATTCATTAAAGCAGATCTCCTAAACAGCT  900

seq1  CTGCTGAAAATACTAGTCGCTCTGCATGAGTCAGTTCTAGAAAGCCCAAA  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTG-AAATACTAGTCGCTCTGCATGAGTCAGTTCTAGAAAGCCCAAA  949

seq1  GAACAAATGTATAT-GGTTAGTGGAGTGGTAAGGCAGCTACTTGGTTTCC  999
      |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAACAAATGTATATGGGTTAGTGTAGTGGTAA-GCAGCTACTTGGTTTCC  998

seq1  TAAAATCTCTCTTCTAAGTTGTTGCTATCAGAACAGAATGCCCATTAGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  TAAAATCTCTCTTCTAAGTTGTTGCTATCAG-ACAG-ATGCCCATTAGAT  1046

seq1  AGCCACAAAGAGCCCCTTGCTAATCTGCCCCAAGAAAGAAAATTCAGTGG  1099
      |||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||   |
seq2  AGCCAC-AAGAGCCCCTTGCT-ATCTTGCCCAAGAAAGAAAATTCA--TG  1092

seq1  GCTGGGAGCCCAGCAGTTTCCTGGAGTTAAAGTTACAGTAATG  1142
      ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||   |||||||
seq2  GCT-GGAGCCCAGCAGTTTCCT-GAG-TAAAGT--AAGTAATG  1130

seq1: chr2_110019545_110020111
seq2: B6Ng01-044N18.g_69_635 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACATGTTCACACAATAGTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACATGTTCACACAATAGTCTT  50

seq1  TTTCATTGTTTATTTTATTTATTTACACCCCAAATGCTGCCCTCCCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTGTTTATTTTATTTATTTACACCCCAAATGCTGCCCTCCCTCCT  100

seq1  AGTCCCCCTCGCAGAGTCCTTCCCCTTCCACTCTCCCTTTCACCTCTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCCTCGCAGAGTCCTTCCCCTTCCACTCTCCCTTTCACCTCTGAC  150

seq1  AGTGCGCCCCCCATAAACTCTTAAAGAATGCTATTTATCTCTCCACAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCGCCCCCCATAAACTCTTAAAGAATGCTATTTATCTCTCCACAAAC  200

seq1  ACCTACTCCTCAACTAAGTCATTTTGTTAGAAGCCATTCTTAAGAACTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACTCCTCAACTAAGTCATTTTGTTAGAAGCCATTCTTAAGAACTCA  250

seq1  GTCCCTGCTTCCGGCTAGTTTTGCACCTCAGTGTCAGAACTAGTGACCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGCTTCCGGCTAGTTTTGCACCTCAGTGTCAGAACTAGTGACCTA  300

seq1  GATCCGCATGACTGAGGAGCCTGAGCTGCAGCCTGGTGGAGAGGTTGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCGCATGACTGAGGAGCCTGAGCTGCAGCCTGGTGGAGAGGTTGCTT  350

seq1  GGATTCATGGGATAGAAGGGTCCTGGCTTGCATTCCTGGCATGATTTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCATGGGATAGAAGGGTCCTGGCTTGCATTCCTGGCATGATTTTAG  400

seq1  GATCCCAGCCTGGCCTGGCTCTGTGGCCTGTGCCATTGAGAGTCACAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCAGCCTGGCCTGGCTCTGTGGCCTGTGCCATTGAGAGTCACAGAT  450

seq1  TGCATCATTCTGCTTCGTAATTATTTCTCCCGAGAGGAAAGCAGAGGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCATTCTGCTTCGTAATTATTTCTCCCGAGAGGAAAGCAGAGGCTC  500

seq1  TCCTTTGTTCAATTAGGAGTGGTGGGCAAGGCCGAGCAGTGAAGCAGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTTCAATTAGGAGTGGTGGGCAAGGCCGAGCAGTGAAGCAGGGC  550

seq1  AGCTGTCAGGAGAATTC  567
      |||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCAGGAGAATTC  567