BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-045E01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 109,954,914 - 110,103,975
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668797
Upstream geneMett5d1, Kif18a, Bdnf, LOC100043427, Lin7c, Lgr4, Ccdc34
Downstream geneBbox1, 1110018M03Rik, LOC668799, Slc5a12, Muc15, LOC668802, LOC623270, LOC623301, 4930430A15Rik, Olfr1275, Olfr1276
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-045E01.bB6Ng01-045E01.g
ACCDH870764DH870765
length1,0381,039
definitionDH870764|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045E01, 5' end.DH870765|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045E01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,954,914 - 109,955,955)(110,102,931 - 110,103,975)
sequence
gaattctttgtagaagagaatgcttttactaaaatgttattttttaaggg
gcatgggagaagaaactgaccagctttagtaataaagagggctctttgaa
ctagaaaatggagcgaaaggatgatggacagtctcaggattgctgtatgt
gatagatgaagagagctggcctggtgtggcttccccagaaggaactgctt
ttgatcacatcccatccagtgggaactctgaggtgaactagtattgcctc
ttgtgcactgacccctcctggtgatggtcacaagtttcagagacaaggct
gcagcttttgaggcagttgagatattctttgctgtgtagacacgtaggag
aaaaactaacagctgttctaccctcaagagctgtgatggctattctttct
tgtcaatttgatttaatctataattaactgaaatcctaaatggaggacac
atcactgaggaatctttttttcttagtttgaaggtggaagatccactttt
gatctagattttgagtcagaaagacacacttttaatctgggcctatctaa
gggcatggaagaaggaagcctttgttatttgcctgctttccttcaccctg
ctagcagacctatcctttcattggcattatagtcaacttctttgagattt
caccatctactgaagaccagctaagacatgcaacctcacggattgagcat
caactagattcttggactttgtgtccgtagctgtactgtaacctgtaagt
cattctcaaaacccccatgtatgcgtgtgcgtgtgtggctagatgcttgg
aaataatactgttaatacagagtcagaccacttgccttgcatgcttggca
gactaggttcgatccctagttccatatataaatttttaatgaaaatgaag
tatgaatagaatttaagggaacaagaataacaaatggagggattcctgaa
agagttttataacctttcaatcagttaggacagccaaaagactggcagag
tgtaaagagatccaagctgtacaatgtaaaaaagatgg
gaattcagcagttgcagtcctgatcatgggacatgtctgtgtgtagggac
atcaataacatctcctcctctagagaggtctacagaagtgatttactggt
aaaaagctccaagccgtacagtaaacagtgatgaacactataaatagtag
gggcctatacatgcagtttatgggactatttagatcctagtgcagtaatc
tttttccaggctacaagtgaccatgatggcactccacatggcatgtgcag
acagcctctggcactcttgtttatttggtccatctccaaacctctgctaa
gtgagtgttccagtggccctttgtctgcagtggtcccttgtgagtttttc
taagtttttgaaaagtcaacaatactgatatctactaccccatcttcact
atcacctgactgcagcactgctttttaaaagctacataattaacaataac
tgatgagtgaaagcagataatatctaatactgtcctacctaagaaaatgt
agcttggattatgattctttttttttactatttaattcctatggaaattc
ctatcactataggtatggcttcttcaagatagatatcaggttggacttag
attcctggaaaggagagagattagtccccaccattaatactttggattgt
gaccagaaataaggacaagactgtttagagatcaataactgatcgctatc
acaagtgatttcaatgtcattcaagtgccccaacatggtaaatacacagc
ctaaaatctgaaagcaattttgaacatgggggagaatagaaattgggaaa
tatattctcttttcatgtgcatatttagatccactgaattcttttcttca
tgtgcctttgcctcaccagtggagagtgagtgtgagatctttccaatgta
tgatatatttcaaattaactaagtgtaagaattgcagtttttatagtgtg
taacaagaataagacttatggtgtctaaattaaatatatgttaatggtta
tttgacctcttctgtactctgtggccccacatcaaacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_109954914_109955955
seq2: B6Ng01-045E01.b_42_1079

seq1  GAATTCTTTGTAGAAGAGAATGCTTTTACTAAAATGTTATTTTTTAAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTAGAAGAGAATGCTTTTACTAAAATGTTATTTTTTAAGGG  50

seq1  GCATGGGAGAAGAAACTGACCAGCTTTAGTAATAAAGAGGGCTCTTTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGGAGAAGAAACTGACCAGCTTTAGTAATAAAGAGGGCTCTTTGAA  100

seq1  CTAGAAAATGGAGCGAAAGGATGATGGACAGTCTCAGGATTGCTGTATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAATGGAGCGAAAGGATGATGGACAGTCTCAGGATTGCTGTATGT  150

seq1  GATAGATGAAGAGAGCTGGCCTGGTGTGGCTTCCCCAGAAGGAACTGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATGAAGAGAGCTGGCCTGGTGTGGCTTCCCCAGAAGGAACTGCTT  200

seq1  TTGATCACATCCCATCCAGTGGGAACTCTGAGGTGAACTAGTATTGCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCACATCCCATCCAGTGGGAACTCTGAGGTGAACTAGTATTGCCTC  250

seq1  TTGTGCACTGACCCCTCCTGGTGATGGTCACAAGTTTCAGAGACAAGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCACTGACCCCTCCTGGTGATGGTCACAAGTTTCAGAGACAAGGCT  300

seq1  GCAGCTTTTGAGGCAGTTGAGATATTCTTTGCTGTGTAGACACGTAGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTTTGAGGCAGTTGAGATATTCTTTGCTGTGTAGACACGTAGGAG  350

seq1  AAAAACTAACAGCTGTTCTACCCTCAAGAGCTGTGATGGCTATTCTTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTAACAGCTGTTCTACCCTCAAGAGCTGTGATGGCTATTCTTTCT  400

seq1  TGTCAATTTGATTTAATCTATAATTAACTGAAATCCTAAATGGAGGACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAATTTGATTTAATCTATAATTAACTGAAATCCTAAATGGAGGACAC  450

seq1  ATCACTGAGGAATCTTTTTTTCTTAGTTTGAAGGTGGAAGATCCACTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGAGGAATCTTTTTTTCTTAGTTTGAAGGTGGAAGATCCACTTTT  500

seq1  GATCTAGATTTTGAGTCAGAAAGACACACTTTTAATCTGGGCCTATCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAGATTTTGAGTCAGAAAGACACACTTTTAATCTGGGCCTATCTAA  550

seq1  GGGCATGGAAGAAGGAAGCCTTTGTTATTTGCCTGCTTTCCTTCACCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATGGAAGAAGGAAGCCTTTGTTATTTGCCTGCTTTCCTTCACCCTG  600

seq1  CTAGCAGACCTATCCTTTCATTGGCATTATAGTCAACTTCTTTGAGATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAGACCTATCCTTTCATTGGCATTATAGTCAACTTCTTTGAGATTT  650

seq1  CACCATCTACTGAAGACCAGCTAAGACATGCAACCTCACGGATTGAGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCTACTGAAGACCAGCTAAGACATGCAACCTCACGGATTGAGCAT  700

seq1  CAACTAGATTCTTGGACTTTGTGTCCGTAGCTGTACTGTAACCTGTAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAGATTCTTGGACTTTGTGTCCGTAGCTGTACTGTAACCTGTAAGT  750

seq1  CATTCTCAAAACCCCCATGTATGCGTGTGCGTGTGTGGCTAGATGCTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCAAAACCCCCATGTATGCGTGTGCGTGTGTGGCTAGATGCTTGG  800

seq1  AAATAATACTGTTAATACAGAGTCAGACCACTTGCCTTGCATGCTTGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATACTGTTAATACAGAGTCAGACCACTTGCCTTGCATGCTTGGCA  850

seq1  GACTAGGTTCGATCCCTAGTTCCATATATAAATTTTTAAATGAAAAATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  GACTAGGTTCGATCCCTAGTTCCATATATAAATTTTT-AATG-AAAATGA  898

seq1  AGTATGAATAGAA-TTAAGGGAACAAGAATAACAAATGGAGGGAATCCCT  949
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||
seq2  AGTATGAATAGAATTTAAGGGAACAAGAATAACAAATGGAGGG-ATTCCT  947

seq1  GAAAGAGTTATTATAACCTTTCAACCAGTTAGGACAAGCACAAAGACTGG  999
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||
seq2  GAAAGAGTT-TTATAACCTTTCAATCAGTTAGGAC-AGCCAAAAGACTGG  995

seq1  CAGAGTTGAAAGAAGATCCAAGCTGTAC-ATGTAAGAGAGATGG  1042
      ||||||  |||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||
seq2  CAGAGTGTAAAG-AGATCCAAGCTGTACAATGTAAAAAAGATGG  1038

seq1: chr2_110102931_110103975
seq2: B6Ng01-045E01.g_67_1105 (reverse)

seq1  TTGTTTGATGGTGGGGCCACAG-GTACAGAAGA-GTC-AATAAACATTAA  47
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||
seq2  TTGTTTGAT-GTGGGGCCACAGAGTACAGAAGAGGTCAAATAACCATTAA  49

seq1  CATAATATTTTATTTTAGGACA-CATAAGTCTTATTCTTTGTTTAACACA  96
      ||| |||||| ||||   |||| |||||||||||||| |||||  |||||
seq2  CAT-ATATTTAATTT--AGACACCATAAGTCTTATTC-TTGTT--ACACA  93

seq1  CCTATAAAAACCTGCAATTCTTACCACCTTAGTTAATTTGAAATATATCA  146
       ||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  -CTATAAAAA-CTGCAATTCTTAC--ACTTAGTTAATTTGAAATATATCA  139

seq1  TACA-TGGAAAGATCTCACACTCACTCTCCACTGGTGAGGCAAAGGCACA  195
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGGAAAGATCTCACACTCACTCTCCACTGGTGAGGCAAAGGCACA  189

seq1  TGAAGAAAAGAATTCAGTGGATCTAAATATGCACATGAAAAGAGAATATA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAAAGAATTCAGTGGATCTAAATATGCACATGAAAAGAGAATATA  239

seq1  TTTCCCAATTTCTATTCTCCCCCATGTTCAAAATTGCTTTCAGATTTTAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAATTTCTATTCTCCCCCATGTTCAAAATTGCTTTCAGATTTTAG  289

seq1  GCTGTGTATTTACCATGTTGGGGCACTTGAATGACATTGAAATCACTTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTATTTACCATGTTGGGGCACTTGAATGACATTGAAATCACTTGT  339

seq1  GATAGCGATCAGTTATTGATCTCTAAACAGTCTTGTCCTTATTTCTGGTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCGATCAGTTATTGATCTCTAAACAGTCTTGTCCTTATTTCTGGTC  389

seq1  ACAATCCAAAGTATTAATGGTGGGGACTAATCTCTCTCCTTTCCAGGAAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCCAAAGTATTAATGGTGGGGACTAATCTCTCTCCTTTCCAGGAAT  439

seq1  CTAAGTCCAACCTGATATCTATCTTGAAGAAGCCATACCTATAGTGATAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTCCAACCTGATATCTATCTTGAAGAAGCCATACCTATAGTGATAG  489

seq1  GAATTTCCATAGGAATTAAATAGTAAAAAAAAAGAATCATAATCCAAGCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCCATAGGAATTAAATAGTAAAAAAAAAGAATCATAATCCAAGCT  539

seq1  ACATTTTCTTAGGTAGGACAGTATTAGATATTATCTGCTTTCACTCATCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCTTAGGTAGGACAGTATTAGATATTATCTGCTTTCACTCATCA  589

seq1  GTTATTGTTAATTATGTAGCTTTTAAAAAGCAGTGCTGCAGTCAGGTGAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGTTAATTATGTAGCTTTTAAAAAGCAGTGCTGCAGTCAGGTGAT  639

seq1  AGTGAAGATGGGGTAGTAGATATCAGTATTGTTGACTTTTCAAAAACTTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGATGGGGTAGTAGATATCAGTATTGTTGACTTTTCAAAAACTTA  689

seq1  GAAAAACTCACAAGGGACCACTGCAGACAAAGGGCCACTGGAACACTCAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACTCACAAGGGACCACTGCAGACAAAGGGCCACTGGAACACTCAC  739

seq1  TTAGCAGAGGTTTGGAGATGGACCAAATAAACAAGAGTGCCAGAGGCTGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAGAGGTTTGGAGATGGACCAAATAAACAAGAGTGCCAGAGGCTGT  789

seq1  CTGCACATGCCATGTGGAGTGCCATCATGGTCACTTGTAGCCTGGAAAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACATGCCATGTGGAGTGCCATCATGGTCACTTGTAGCCTGGAAAAA  839

seq1  GATTACTGCACTAGGATCTAAATAGTCCCATAAACTGCATGTATAGGCCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACTGCACTAGGATCTAAATAGTCCCATAAACTGCATGTATAGGCCC  889

seq1  CTACTATTTATAGTGTTCATCACTGTTTACTGTACGGCTTGGAGCTTTTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTATTTATAGTGTTCATCACTGTTTACTGTACGGCTTGGAGCTTTTT  939

seq1  ACCAGTAAATCACTTCTGTAGACCTCTCTAGAGGAGGAGATGTTATTGAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTAAATCACTTCTGTAGACCTCTCTAGAGGAGGAGATGTTATTGAT  989

seq1  GTCCCTACACACAGACATGTCCCATGATCAGGACTGCAACTGCTGAATTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTACACACAGACATGTCCCATGATCAGGACTGCAACTGCTGAATTC  1039