BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-045I12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 148,147,785 - 148,352,278
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSstr4, Thbd, Cd93
Upstream genePax1, LOC640914, A530006G24Rik, LOC100043820, Foxa2, LOC383752
Downstream geneNxt1, Gzf1, Napb, Cstl1, Cst11, 8030411F24Rik, Cst12, Cst8, Cst13, Cst9, 9230104L09Rik, Cst3, OTTMUSG00000015744, Gm1330, EG668921, LOC433483, LOC383754, LOC100043593, LOC241715, Cst10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-045I12.bB6Ng01-045I12.g
ACCDH870963DH870964
length1,022825
definitionDH870963|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045I12, 5' end.DH870964|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045I12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,351,248 - 148,352,278)(148,147,785 - 148,148,571)
sequence
gaattccagatggaccacagactttaaggtattctaataaatttcacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacaggcgtgtgcatgag
cacacgcatgtgtgttcatggacacactcatttttttctataaattctgt
tcctctagagaaccctgacttagacacagcctatttattgttctgctctg
ttagtttgaagttagtattctatctcatagatatacttagagcagtggct
ctcaatcttcctaatgctgtcacccccagatacagttcctcatgttgtga
tgaccccaaccataaaattattttcattgctatttcataactataacttg
gctactgttatgaatcttaatgtaaatatctgtattttctgatggtctta
ggtgacccctgtagaaaggttgttggaccccaaaggtctgacttagagga
aggttctggagtttatggtgtatctgatgaaatctccagctctatctcat
ccctgagccttaccctgcaggttgtatcttctttccatattaacttcaaa
aggtcaattccagagtatttcaaaactctgagttaaagttccaagtgcac
tacatctatatttctttttttccttttcaaaaataacaatttagaaaagc
caccaaagatggcctatgccctaaatgcttaaattttgttcctgatgaaa
tgcaaaaacggctcaagcattacctaagagggacatgattaattgcttat
agccaagacatatatgccttcaaaatgaaatgcttaaacctttagtcacc
atctatgcttgaggagaggggctggaatgcctcattcctccatgggacgc
ctgtggtgacgcctgtgacacaggggccagtgctctgattcagacatgct
attttctgctggtcttggctaagttgcttcagtcacgtaccatagtcact
gggtatcgcaatgtggtctccttcccattaggatgcagatctacctcaaa
gtgacgccacccactatgacaa
gaattcttttcttcaggatgacaacattcaacacccccattatcttccca
tgtggcagagaggaagtacttagtcctttccttgtttttatgatgctatc
atgatagagttatcaactttgtagcttatctaatgctagcacccaaagta
cctccccagaagcctctcttcaattatcaccctgttatggattggggctt
ccatataaaacttcatggagcacaaaactttaattcataacagccacatg
ctctcttcaaaggtctgttatatcttccattaatatggactggtgggtaa
aattcggtatcagtttcactagattagttgatatttaggcaaacagggat
ggtgttggttctgggtagatctgaaaggataagtcctaggtgaggtgtgg
ggtacactggttggtaaggatttgccttcatcaagggtggcaccatccag
ttggctgaagactaataaagaactaggtgataggataaagcttcattcac
tgtctgtttcctggagccatggcaccattttcttcttacccttagacttt
aaaacagattctgtgcccttagggactgggggacttgtacctatgcccac
ccctcattctgaagttctcagcctaagagtaacatctttggtttcttggg
ttctgaaatcttttgaacttggagtgatccacactaaaagtgctcctagt
ctccttcagctcttagaagacagactataggatttctcagccccacaact
aagtgggcaattctctaacaaatctactcttcacctgtctgtctgtccat
ctatccatatatctgtctattcatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_148351248_148352278
seq2: B6Ng01-045I12.b_42_1063 (reverse)

seq1  TTGTCATAGTGTGTGTGCGTCACCTTTGAGGTAGATCTTGCATCCTAATG  50
      ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGTCATAGTGGGTG-GCGTCA-CTTTGAGGTAGATC-TGCATCCTAATG  47

seq1  GGGAATGGAGAACACCATTGCGATAACCCCAGTGACTATGGTACGTGACC  100
      ||  | ||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |
seq2  GG--AAGGAGACCA-CATTGCGATA--CCCAGTGACTATGGTACGTGA-C  91

seq1  TGAAGCCACTTAGCCAAGACCAGCAGAAAATAGCATGTCTGAATCAGAAG  150
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGAAGCAACTTAGCCAAGACCAGCAGAAAATAGCATGTCTGAATCAG-AG  140

seq1  CACTGGCCCCTGTGTCACAGGCGTCACCACAGGCGTCCCATGGAGGAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCCCCTGTGTCACAGGCGTCACCACAGGCGTCCCATGGAGGAATG  190

seq1  AGGCATTCCAGCCCCTCTCCTCAAGCATAGATGGTGACTAAAGGTGTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGGCATTCCAGCCCCTCTCCTCAAGCATAGATGGTGACTAAAGGTTTAAG  240

seq1  CATTTCATTTTG-AGGCATATATGTCTTGGCTAATAAGC-ATTAATCATG  298
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  CATTTCATTTTGAAGGCATATATGTCTTGGCT-ATAAGCAATTAATCATG  289

seq1  TCCCTCTTAGGTAATGCTTGAGCCGTTTTCTGCATTTCATCAGGAACAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTTAGGTAATGCTTGAGCCGTTTT-TGCATTTCATCAGGAACAAA  338

seq1  ATTTAAGCATTTAGGGCATAGGCCATCTTTGGTGGCTTTTCTAAATTGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGCATTTAGGGCATAGGCCATCTTTGGTGGCTTTTCTAAATTGTT  388

seq1  ATTTTTGAAAAGGAAAAAAAGAAATATAGATGTAGTGCACTTGGAAC-TT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATTTTTGAAAAGGAAAAAAAGAAATATAGATGTAGTGCACTTGGAACTTT  438

seq1  AACTCAGAGTTTTGAAATACTCTGGAATTGACCTTTTGAAGTTAATATGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGAGTTTTGAAATACTCTGGAATTGACCTTTTGAAGTTAATATGG  488

seq1  AAAGAAGATACAACCTGCAGGGTAAGGCTCAGGGATGAGATAGAGCTGGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGATACAACCTGCAGGGTAAGGCTCAGGGATGAGATAGAGCTGGA  538

seq1  GATTTCATCAGATACACCATAAACTCCAGAACCTTCCTCTAAGTCAGACC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCATCAGATACACCATAAACTCCAGAACCTTCCTCTAAGTCAGACC  588

seq1  TTTGGGGTCCAACAACCTTTCTACAGGGGTCACCTAAGACCATCAGAAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGTCCAACAACCTTTCTACAGGGGTCACCTAAGACCATCAGAAAA  638

seq1  TACAGATATTTACATTAAGATTCATAACAGTAGCCAAGTTATAGTTATGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATATTTACATTAAGATTCATAACAGTAGCCAAGTTATAGTTATGA  688

seq1  AATAGCAATGAAAATAATTTTATGGTTGGGGTCATCACAACATGAGGAAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCAATGAAAATAATTTTATGGTTGGGGTCATCACAACATGAGGAAC  738

seq1  TGTATCTGGGGGTGACAGCATTAGGAAGATTGAGAGCCACTGCTCTAAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTGGGGGTGACAGCATTAGGAAGATTGAGAGCCACTGCTCTAAGT  788

seq1  ATATCTATGAGATAGAATACTAACTTCAAACTAACAGAGCAGAACAATAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTATGAGATAGAATACTAACTTCAAACTAACAGAGCAGAACAATAA  838

seq1  ATAGGCTGTGTCTAAGTCAGGGTTCTCTAGAGGAACAGAATTTATAGAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTGTGTCTAAGTCAGGGTTCTCTAGAGGAACAGAATTTATAGAAA  888

seq1  AAAATGAGTGTGTCCATGAACACACATGCGTGTGCTCATGCACACGCCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGTGTGTCCATGAACACACATGCGTGTGCTCATGCACACGCCTG  938

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAATTTATTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAATTTATTA  988

seq1  GAATACCTTAAAGTCTGTGGTCCATCTGGAATTC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACCTTAAAGTCTGTGGTCCATCTGGAATTC  1022

seq1: chr2_148147785_148148571
seq2: B6Ng01-045I12.g_67_852

seq1  GAATTCTTTTCTTCAGGATGACAACATTCAACACCCCCATTATCTTCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTTCAGGATGACAACATTCAACACCCCCATTATCTTCCCA  50

seq1  TGTGGCAGAGAGGAAGTACTTAGTCCTTTCCTTGTTTTTATGATGCTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCAGAGAGGAAGTACTTAGTCCTTTCCTTGTTTTTATGATGCTATC  100

seq1  ATGATAGAGTTATCAACTTTGTAGCTTATCTAATGCTAGCACCCAAAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGAGTTATCAACTTTGTAGCTTATCTAATGCTAGCACCCAAAGTA  150

seq1  CCTCCCCAGAAGCCTCTCTTCAATTATCACCCTGTTATGGATTGGGGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCAGAAGCCTCTCTTCAATTATCACCCTGTTATGGATTGGGGCTT  200

seq1  CCATATAAAACTTCATGGAGCACAAAACTTTAATTCATAACAGCCACATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATAAAACTTCATGGAGCACAAAACTTTAATTCATAACAGCCACATG  250

seq1  CTCTCTTCAAAGGTCTGTTATATCTTCCATTAATATGGACTGGTGGGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTCAAAGGTCTGTTATATCTTCCATTAATATGGACTGGTGGGTAA  300

seq1  AATTCGGTATCAGTTTCACTAGATTAGTTGATATTTAGGCAAACAGGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCGGTATCAGTTTCACTAGATTAGTTGATATTTAGGCAAACAGGGAT  350

seq1  GGTGTTGGTTCTGGGTAGATCTGAAAGGATAAGTCCTAGGTGAGGTGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTGGTTCTGGGTAGATCTGAAAGGATAAGTCCTAGGTGAGGTGTGG  400

seq1  GGTACACTGGTTGGTAAGGATTTGCCTTCATCAAGGGTGGCACCATCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACACTGGTTGGTAAGGATTTGCCTTCATCAAGGGTGGCACCATCCAG  450

seq1  TTGGCTGAAGACTAATAAAGAACTAGGTGATAGGATAAAGCTTCATTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGAAGACTAATAAAGAACTAGGTGATAGGATAAAGCTTCATTCAC  500

seq1  TGTCTGTTTCCTGGAGCCATGGCACCATTTTCTTCTTACCCTTAGACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTTCCTGGAGCCATGGCACCATTTTCTTCTTACCCTTAGACTTT  550

seq1  AAAACAGATTCTGTGCCCTTAGGGACT-GGGGACTTGTACCTATGCCCAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGATTCTGTGCCCTTAGGGACTGGGGGACTTGTACCTATGCCCAC  600

seq1  CCCTCATTCTGAAGTTCTCAGCCTAAGAGTAACATCTTTGGTTTCTTGGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATTCTGAAGTTCTCAGCCTAAGAGTAACATCTTTGGTTTCTTGGG  650

seq1  TTCTGAAATC-TTTGAACTTGGAGTGATCCACACTAAAAGTGCTCCTAGT  698
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAATCTTTTGAACTTGGAGTGATCCACACTAAAAGTGCTCCTAGT  700

seq1  CTCCTCCAGCTCTTTAGAAGACAGACTATAGGATTTCTCAGCCTCCACAA  748
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCCTTCAGCTC-TTAGAAGACAGACTATAGGATTTCTCAGCC-CCACAA  748

seq1  CTAAGTGGGCCAATTCTCTTAACAAATCTACTC-TCACCT  787
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CTAAGTGGG-CAATTCTC-TAACAAATCTACTCTTCACCT  786