BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048P15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 104,315,757 - 104,438,007
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHipk3, LOC383735, LOC668733, Cstf3
Upstream geneCat, Abtb2, Nat10, Caprin1, LOC433458, LOC100042961, LOC100042965, Lmo2, Fbxo3, Cd59b, Cd59a, A930018P22Rik, D430041D05Rik, LOC100043349
Downstream geneTcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7, Qser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4, Ccdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356, Wt1, 0610012H03Rik, Rcn1, Pax6os1, LOC100043391
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048P15.bB6Ng01-048P15.g
ACCDH873373DH873374
length1,1431,092
definitionDH873373|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048P15, 5' end.DH873374|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048P15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,315,757 - 104,316,918)(104,436,900 - 104,438,007)
sequence
gaattccaagtgtacacaaccacacccagctctcgaatctcaggtacttt
gttctgaatatttatgtttacagactctcaaaatctgtacattgaaccaa
gcgtagtggcacactcctttaatctatgggggcagagcagggggcgcaga
ggcaggtggccctttgacttagaggcctacagagaaaccctgtcaaaaaa
gtacccgaaaccttccctccccaccaagtgtaatcctagaagctgggaag
ctgaggcagagagaatggcatgagttcaaggccagcctgagctacagagt
gagaccccatctcaaaaatacaaaggggctttggattgattaggctgtga
gtgctccctttcataagtgggaacttgactgcccctccaccaacccaagt
cacaactaggtgctgtctttggagcagagagaaagctttcaacaaatctg
gttgcatctggttgttacattggaagtctccagcctacagaatgagcaat
aaatttatgtagataggcatgggttttaccctaatcctatacttaacctg
aaattctatctaaaccctaccttgtataacaagtaaccagtaatataagc
aacacgaacatccacagatatggatttggccagccattgtgaactattac
aagacatgttctcctagtttcttcttacacataatatggggtctactaag
caaagcaggaaccacagcagaaatgctttgctaacaaattcaacttctga
aaaaatttctgtcaaacttatctatgccttatggttgaagggctaattaa
ataacgagacaaacatattaagtcaatagtttcttaaagtttccttattc
agtttccttccacttgtccaaatcatttacaaagtattcttcctttttga
aactacaatatacatatgatatatatcatatatatgtgatacatatcaga
tatatatgtatgtgtgtgtgatacatatcatatatgtatatatcactccc
ttcccaacactagcctctttgcattacaaataataagcatctctttttca
tgactcagtacacttttttttttctgtctatgaatctgattcaaaataac
ctcataactgaaccacattgctgtttagaattagaataatgtc
gaattccaggccaccacccagagctacaaagtgagactgtctcaaacaaa
caaaatactaaggtgtgaacctggtatggtattgcatacctttaatataa
gtactataaaggcagtggcaggtgcatctctgcagtctgctggggctaca
aagttagaccctgtcttagaaagctgagacaagaaaatcaggagtttctg
ggcaacatcagctacatagccagaccatgtcaaaaagtttagtatacaac
agtattattcaagcatggtggttcatgcctataacagtacttaggagact
gagtgaggcagaactgctctgagattgtgactagcctaaactacacagtt
tattctatggcaatccaggttacagagtaagaccctgtctcaccaacaag
acagaatgcatgactagtgtgtctgagaccctgagttctacccctaacac
aatggaaaacaccaaccagtatgccccattaggccaggaagcagcttccg
ttctctttctactttccccttccccatagatttttggatccccacctgga
ttccaaacttaatgcctagtattccaggcaagtactctaacatactctaa
cagcaatgctccttactgcatcatttgctcttgcacactttatttttcac
tgttttgttcaattgtgccctttagagcaacaagttaataggattctgcc
attagccattaacttacaccagtgaactcctagggtattatatgtatata
tgtatacatatattcctatctcaaaaccccatgatgtaacatatagcttg
tgtaagcatgttcactgtacaatgttcaatataatgacaaaatcaactca
ggacatcataaaacataactactatctattctattggttctaaatacttt
tccaaatatcatgagtctaaaaatatggtagtaccaaacccaatgatctt
actgaattttgctaaatagtaagaaactgcacagtacattattgaagtca
tttttctctgcactcttctaaaacatgtctacacagtagtttcaggccta
tcaggaatattagaaagattctgcctcaaagagaaaataaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_104315757_104316918
seq2: B6Ng01-048P15.b_48_1190

seq1  GAATTCCAAGTGTACACAACCACACCCAGCTCTCGAATCTCAGGTACTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTGTACACAACCACACCCAGCTCTCGAATCTCAGGTACTTT  50

seq1  GTTCTGAATATTTATGTTTACAGACTCTCAAAATCTGTACATTGAACCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAATATTTATGTTTACAGACTCTCAAAATCTGTACATTGAACCAA  100

seq1  GCGTAGTGGCACACTCCTTTAATCTATGGGGGCAGAGCAGGGGGCGCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAGTGGCACACTCCTTTAATCTATGGGGGCAGAGCAGGGGGCGCAGA  150

seq1  GGCAGGTGGCCCTTTGACTTAGAGGCCTACAGAGAAACCCTGTCAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTGGCCCTTTGACTTAGAGGCCTACAGAGAAACCCTGTCAAAAAA  200

seq1  GTACCCGAAACCTTCCCTCCCCACCAAGTGTAATCCTAGAAGCTGGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCGAAACCTTCCCTCCCCACCAAGTGTAATCCTAGAAGCTGGGAAG  250

seq1  CTGAGGCAGAGAGAATGGCATGAGTTCAAGGCCAGCCTGAGCTACAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGCAGAGAGAATGGCATGAGTTCAAGGCCAGCCTGAGCTACAGAGT  300

seq1  GAGACCCCATCTCAAAAATACAAAGGGGCTTTGGATTGATTAGGCTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCCATCTCAAAAATACAAAGGGGCTTTGGATTGATTAGGCTGTGA  350

seq1  GTGCTCCCTTTCATAAGTGGGAACTTGACTGCCCCTCCACCAACCCAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCCTTTCATAAGTGGGAACTTGACTGCCCCTCCACCAACCCAAGT  400

seq1  CACAACTAGGTGCTGTCTTTGGAGCAGAGAGAAAGCTTTCAACAAATCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTAGGTGCTGTCTTTGGAGCAGAGAGAAAGCTTTCAACAAATCTG  450

seq1  GTTGCATCTGGTTGTTACATTGGAAGTCTCCAGCCTACAGAATGAGCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATCTGGTTGTTACATTGGAAGTCTCCAGCCTACAGAATGAGCAAT  500

seq1  AAATTTATGTAGATAGGCATGGGTTTTACCCTAATCCTATACTTAACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATGTAGATAGGCATGGGTTTTACCCTAATCCTATACTTAACCTG  550

seq1  AAATTCTATCTAAACCCTACCTTGTATAACAAGTAACCAGTAATATAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTATCTAAACCCTACCTTGTATAACAAGTAACCAGTAATATAAGC  600

seq1  AACACGAACATCCACAGATATGGATTTGGCCAGCCATTGTGAACTATTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGAACATCCACAGATATGGATTTGGCCAGCCATTGTGAACTATTAC  650

seq1  AAGACATGTTCTCCTAGTTTCTTCTTACACATAATATGGGGTCTACTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATGTTCTCCTAGTTTCTTCTTACACATAATATGGGGTCTACTAAG  700

seq1  CAAAGCAGGAACCACAGCAGAAATGCTTTGCTAACAAATTCAACTTCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAGGAACCACAGCAGAAATGCTTTGCTAACAAATTCAACTTCTGA  750

seq1  AAAAATTTCTGTCAAACTTATCTATGCCTTATGGTTGAAGGGCTAATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTTCTGTCAAACTTATCTATGCCTTATGGTTGAAGGGCTAATTAA  800

seq1  ATAACGAGACAAACATATTAAGTCAATAGTTTCTTAAAGTTTCCTTATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACGAGACAAACATATTAAGTCAATAGTTTCTTAAAGTTTCCTTATTC  850

seq1  AGTTTCCTTCCACTTGTCCAAATCATTTACAAAGTA-TCTTCCTTTTTGA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  AGTTTCCTTCCACTTGTCCAAATCATTTACAAAGTATTCTTCCTTTTTG-  899

seq1  AAACTACAATATACATATGATATATATCATATATATGTGATACATATCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACAATATACATATGATATATATCATATATATGTGATACATATCAG  949

seq1  ATATATATGTATGTGTGTGTGATACATATCATATATGTATATATCACCTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  ATATATATGTATGTGTGTGTGATACATATCATATATGTATATATCACTCC  999

seq1  CCTCCCAACACTAGCCCTCTTTTGCCATTAAACAATAATAAGCCATCCTC  1049
      | |||||||||||| |||||||   ||||| | ||||||||| ||||   
seq2  CTTCCCAACACTAG-CCTCTTT--GCATTACA-AATAATAAG-CATC--T  1042

seq1  CTATGTCATGACTCAGGTAACCACCTTTTTTTTTTTCTGTTCTATGAATC  1099
      || | |||||||||| |||  |||  ||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTTTTCATGACTCA-GTA--CAC--TTTTTTTTTTCTG-TCTATGAATC  1086

seq1  TGATTTCAAAATAAACCTCATAAGTGGACCCACATTTGCCTGTTTATGAT  1149
      ||| |||||||| |||||||||| | || |||||||   ||||||| || 
seq2  TGA-TTCAAAAT-AACCTCATAACT-GAACCACATT--GCTGTTTA-GAA  1130

seq1  TTAGAATAATGTC  1162
      |||||||||||||
seq2  TTAGAATAATGTC  1143

seq1: chr2_104436900_104438007
seq2: B6Ng01-048P15.g_67_1158 (reverse)

seq1  ATTTATTTTTCTTTTGAGGCAGAATCTTTCTATATATTCCTGATAGGCCT  50
      |||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTTCTCTTTGAGGCAGAATCTTTCTA-ATATTCCTGATAGGCCT  49

seq1  GGAACTTACTGTGTAGACAATGTTTTTGGAAGAAGGTTGCAGAGAGAAAT  100
      | ||| |||||||||||| |||||||    |||||  |||||||| ||||
seq2  GAAAC-TACTGTGTAGAC-ATGTTTT----AGAAGAGTGCAGAGAAAAAT  93

seq1  GACTTCAAATATGTACTGTGCAGTTTTCTTACTATTTTAGCAAAAATTCA  150
      ||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||
seq2  GACTTCAATAATGTACTGTGCAG-TTTCTTACTA-TTTAGC-AAAATTCA  140

seq1  GTAAGGATCATTTGGGTTTGGTACTACCTTATATTTTTTAGACTCATGAT  200
      |||| ||||| ||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||
seq2  GTAA-GATCA-TTGGGTTTGGTACTACCATA---TTTTTAGACTCATGAT  185

seq1  ATTTGGAAAAGTATTTAGAACCAATAGAATAGATAGTAGTTATGTTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAAAAGTATTTAGAACCAATAGAATAGATAGTAGTTATGTTTTAT  235

seq1  GATGTCCCTGAGTTGATTTTTGTCATTATATTGAACATTGTACAGTGAAC  300
      ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGT-CCTGAGTTGA-TTTTGTCATTATATTGAACATTGTACAGTGAAC  283

seq1  ATGCTTACACAAGCTATATGTTACATCATGGGGTTTTGAGATAGGAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTACACAAGCTATATGTTACATCATGGGGTTTTGAGATAGGAATAT  333

seq1  ATGTATACATATATACATATAATA-CCTAGGAGTTCACTGGTGTAAGTTA  399
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATACATATATACATATAATACCCTAGGAGTTCACTGGTGTAAGTTA  383

seq1  ATGGCTAATGGCAGAATCCTATTAACTTGTTGCTCTAAAGGGCACAATTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTAATGGCAGAATCCTATTAACTTGTTGCTCTAAAGGGCACAATTG  433

seq1  AACAAAACAGTGAAAAATAAAGTGTGCAAGAGCAAATGATGCAGTAAGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACAGTGAAAAATAAAGTGTGCAAGAGCAAATGATGCAGTAAGGA  483

seq1  GCATTGCTGTTAGAGTATGTTAGAGTACTTGCCTGGAATACTAGGCATTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGCTGTTAGAGTATGTTAGAGTACTTGCCTGGAATACTAGGCATTA  533

seq1  AGTTTGGAATCCAGGTGGGGATCCAAAAATCTATGGGGAAGGGGAAAGTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGAATCCAGGTGGGGATCCAAAAATCTATGGGGAAGGGGAAAGTA  583

seq1  GAAAGAGAACGGAAGCTGCTTCCTGGCCTAATGGGGCATACTGGTTGGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGAACGGAAGCTGCTTCCTGGCCTAATGGGGCATACTGGTTGGTG  633

seq1  TTTTCCATTGTGTTAGGGGTAGAACTCAGGGTCTCAGACACACTAGTCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCATTGTGTTAGGGGTAGAACTCAGGGTCTCAGACACACTAGTCAT  683

seq1  GCATTCTGTCTTGTTGGTGAGACAGGGTCTTACTCTGTAACCTGGATTGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGTCTTGTTGGTGAGACAGGGTCTTACTCTGTAACCTGGATTGC  733

seq1  CATAGAATAAACTGTGTAGTTTAGGCTAGTCACAATCTCAGAGCAGTTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAATAAACTGTGTAGTTTAGGCTAGTCACAATCTCAGAGCAGTTCT  783

seq1  GCCTCACTCAGTCTCCTAAGTACTGTTATAGGCATGAACCACCATGCTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACTCAGTCTCCTAAGTACTGTTATAGGCATGAACCACCATGCTTG  833

seq1  AATAATACTGTTGTATACTAAACTTTTTGACATGGTCTGGCTATGTAGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATACTGTTGTATACTAAACTTTTTGACATGGTCTGGCTATGTAGCT  883

seq1  GATGTTGCCCAGAAACTCCTGATTTTCTTGTCTCAGCTTTCTAAGACAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTGCCCAGAAACTCCTGATTTTCTTGTCTCAGCTTTCTAAGACAGG  933

seq1  GTCTAACTTTGTAGCCCCAGCAGACTGCAGAGATGCACCTGCCACTGCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAACTTTGTAGCCCCAGCAGACTGCAGAGATGCACCTGCCACTGCCT  983

seq1  TTATAGTACTTATATTAAAGGTATGCAATACCATACCAGGTTCACACCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTACTTATATTAAAGGTATGCAATACCATACCAGGTTCACACCTT  1033

seq1  AGTATTTTGTTTGTTTGAGACAGTCTCACTTTGTAGCTCTGGGTGGTGGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTTGTTTGTTTGAGACAGTCTCACTTTGTAGCTCTGGGTGGTGGC  1083

seq1  CTGGAATTC  1108
      |||||||||
seq2  CTGGAATTC  1092