BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049M05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 102,790,516 - 102,924,155
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdhx, Apip
Upstream geneLdlrad3, LOC674202, Trim44, Fjx1, E430002G05Rik, Slc1a2, Cd44
Downstream geneEhf, Elf5, Cat, Abtb2, Nat10, Caprin1, LOC433458, LOC100042961, LOC100042965, Lmo2, Fbxo3, Cd59b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049M05.bB6Ng01-049M05.g
ACCDH873932DH873933
length1,1211,033
definitionDH873932|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049M05, 5' end.DH873933|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049M05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,923,021 - 102,924,155)(102,790,516 - 102,791,573)
sequence
gaattcttatatccacagctgtctaagctgttgactaagtcacattttgc
tatttcccactgttgaattaatatttcatgaaggacactgtaatttggag
cagatgaaattccaaagtcattattttgtgggaaggagtaaaattccttt
tgtttaagatgttctgattttattttacaacctatttcctattataaaat
gcagattccttgacggatacatacacatacatatatgtacatgtatacac
atgcataccatgtacacatacactcagcatataaatattttagtgatcca
actttgctaaagaaaaaaggtgaattagaatacagaataaaaccccgcct
ccagcaacaggactcctacatttcagggggaagacatcaacccacttcag
caagccctgggagaaggaggcttgcttcctccagcttactcctcatctgc
ttgaccacaagacactcactgaactcagtgagcaacagaaaatgagtcct
tctgttttaaacccagtgcctcaaaggagtagatagtagcattgctgggc
ctgttaatcatgatatctctgctcaaaaacagcacatggcctgttttgaa
cttagtaaatatggatttttgaacttaattagaatttaatgattaataat
ttctatttaagtgacttttaaatatttctttgaacttttgaaataagtct
tcaactacttttcttacctgtgatgttccagagaggaccaaattatccca
gttaacaactgggaatttattgtgcttgttgcttctgctccttggctcca
ccaggctatgcagacatccaccgatcatttagaaagtatccggcttcagt
cccgcactaaactgactatcagctgggtctggacacagccctgagcctgc
taaaatagaactcccacagctgcgatcagccaggaactacccatgcttca
agctgattccccctccagtgccgtgacccagccagatggtaaacttgttt
ggcaaagtctggatcatgaatcggggtgctcttgtcttgaaaagaagatg
atgattgcaatgactctaagattggccctccacccggcactccttaatcg
ttagaaatgaagttacttaat
gaattctcaggtactgctccaacaccatgtctgcctgcctgcctgcctgc
tgctatgctccccaccacgatgatgatggacttttatcactcggaactgt
aagtcccaaataaagtcttccttctataagctgctctggtcatgttcttt
taccacagcaatataatagtaacgaatacagaccatatatacgcataaac
ctgcctttactaaaataggccataatttgctacctcacattttaaatgat
cctgtaaccctaccctctctgatgagtgattccacttacacataaaagag
gacttcttggtgaagaggagccccatttttttttacttgataagatattg
gtgggctcttcatgctcccaccagacaccaattctgttttgctgtcttga
cagtttggtcttgagcttggcagtcccagcctctgaggtaggacatcatg
gcttgaggcagatcacacccaagtaaggcagaatatgtctttgcttccat
cgttatcactggaatccatcctctttctttctacaagcatcaccttggga
gcagacttagtggacaatacctaggttggaagttgcccctgctttggatg
tctatacaggggaccctcatttgcctatcatagctgtggatgcctctaca
taggaccctcatggtctatcactgttgatgggatccctttgcagagaagt
caatcagaccacccacctgtgtgggggatggtttgccttatgacaactat
gaattgtgagaaatatttctgagatgactaaataatatgcagaactaaac
aaaggcatctgggacatggcttcggggatacaattgaagtggtttagtag
cagaaaactaacataaattggaaagcctgcttttaatagtatatatgaaa
gactttgttatgtgtgaaatgaaacaatttacaacacacacacacacata
catcaagagagagaggtggctatattcatttattacagacaaaataactg
gaaaactaatgaataatcccaatttaaattttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_102923021_102924155
seq2: B6Ng01-049M05.b_43_1163 (reverse)

seq1  ATTAAGTAAATCCATTTCTAACGATTAAGGAAGTGCCAGCTGGAGTGCAC  50
      ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||  
seq2  ATTAAGTAACTTCATTTCTAACGATTAAGG-AGTGCCGGGTGGAGGGCCA  49

seq1  AACTTTAAGAGTCATTTGCAAATCATCATCTTCTCTTTCAGGACAAGGAG  100
      | |||  ||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||
seq2  ATCTT--AGAGTCA-TTGC-AATCATCATCTTCT-TTTCAAGACAA-GAG  93

seq1  CACCCCCGATTCCTGATCCCAGAACTTTG-CAAACAGTTTTACCATCTGG  149
      || ||||||||| |||| |||| |||||| ||||||  |||||||||| |
seq2  CA-CCCCGATTCATGAT-CCAG-ACTTTGCCAAACAAGTTTACCATCT-G  139

seq1  GCTGGGTCACCGGCACTGGAGGGGGAATCAGCTTGAAGCATGGGTAAGTT  199
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCTGGGTCA-CGGCACTGGAGGGGGAATCAGCTTGAAGCATGGGT-AGTT  187

seq1  CCTGGCTGATCGCAGCTGTGGGAGTTCTTATTTTAGCAGGCCTCAGGGCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  CCTGGCTGATCGCAGCTGTGGGAGTTC-TATTTTAGCAGG-CTCAGGGCT  235

seq1  GTGTCCAGACCCAGCTGATAGTCAGTTTAGTGCGGGACTGAAGCCGGATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCAGACCCAGCTGATAGTCAGTTTAGTGCGGGACTGAAGCCGGATA  285

seq1  CTTTCTAAATGATCGGTGGATGTCTGCATAGCCTGGTGGAGCCAAGGAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTAAATGATCGGTGGATGTCTGCATAGCCTGGTGGAGCCAAGGAGC  335

seq1  AGAAGCAACAAGCACAATAAATTCCCAGTTGTTAACTGGGATAATTTGGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAACAAGCACAATAAATTCCCAGTTGTTAACTGGGATAATTTGGT  385

seq1  CCTCTCTGGAACATCACAGGTAAGAAAAGTAGTTGAAGACTTATTTCAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTGGAACATCACAGGTAAGAAAAGTAGTTGAAGACTTATTTCAAA  435

seq1  AGTTCAAAGAAATATTTAAAAGTCACTTAAATAGAAATTATTAATCATTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAAGAAATATTTAAAAGTCACTTAAATAGAAATTATTAATCATTA  485

seq1  AATTCTAATTAAGTTCAAAAATCCATATTTACTAAGTTCAAAACAGGCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAATTAAGTTCAAAAATCCATATTTACTAAGTTCAAAACAGGCCA  535

seq1  TGTGCTGTTTTTGAGCAGAGATATCATGATTAACAGGCCCAGCAATGCTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTTTTTGAGCAGAGATATCATGATTAACAGGCCCAGCAATGCTA  585

seq1  CTATCTACTCCTTTGAGGCACTGGGTTTAAAACAGAAGGACTCATTTTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTACTCCTTTGAGGCACTGGGTTTAAAACAGAAGGACTCATTTTCT  635

seq1  GTTGCTCACTGAGTTCAGTGAGTGTCTTGTGGTCAAGCAGATGAGGAGTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTCACTGAGTTCAGTGAGTGTCTTGTGGTCAAGCAGATGAGGAGTA  685

seq1  AGCTGGAGGAAGCAAGCCTCCTTCTCCCAGGGCTTGCTGAAGTGGGTTGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAGGAAGCAAGCCTCCTTCTCCCAGGGCTTGCTGAAGTGGGTTGA  735

seq1  TGTCTTCCCCCTGAAATGTAGGAGTCCTGTTGCTGGAGGCGGGGTTTTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCCCCCTGAAATGTAGGAGTCCTGTTGCTGGAGGCGGGGTTTTAT  785

seq1  TCTGTATTCTAATTCACCTTTTTTCTTTAGCAAAGTTGGATCACTAAAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTCTAATTCACCTTTTTTCTTTAGCAAAGTTGGATCACTAAAAT  835

seq1  ATTTATATGCTGAGTGTATGTGTACATGGTATGCATGTGTATACATGTAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATATGCTGAGTGTATGTGTACATGGTATGCATGTGTATACATGTAC  885

seq1  ATATATGTATGTGTATGTATCCGTCAAGGAATCTGCATTTTATAATAGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTATGTGTATGTATCCGTCAAGGAATCTGCATTTTATAATAGGA  935

seq1  AATAGGTTGTAAAATAAAATCAGAACATCTTAAACAAAAGGAATTTTACT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGTTGTAAAATAAAATCAGAACATCTTAAACAAAAGGAATTTTACT  985

seq1  CCTTCCCACAAAATAATGACTTTGGAATTTCATCTGCTCCAAATTACAGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCACAAAATAATGACTTTGGAATTTCATCTGCTCCAAATTACAGT  1035

seq1  GTCCTTCATGAAATATTAATTCAACAGTGGGAAATAGCAAAATGTGACTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCATGAAATATTAATTCAACAGTGGGAAATAGCAAAATGTGACTT  1085

seq1  AGTCAACAGCTTAGACAGCTGTGGATATAAGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAACAGCTTAGACAGCTGTGGATATAAGAATTC  1121

seq1: chr2_102790516_102791573
seq2: B6Ng01-049M05.g_68_1100

seq1  GAATTCTCAGGTACTGCTCCAACACCATGTCTGCCTGCCTGCCTGCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGTACTGCTCCAACACCATGTCTGCCTGCCTGCCTGCCTGC  50

seq1  TGCTATGCTCCCCACCACGATGATGATGGACTTTTATCACTCGGAACTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGCTCCCCACCACGATGATGATGGACTTTTATCACTCGGAACTGT  100

seq1  AAGTCCCAAATAAAGTCTTCCTTCTATAAGCTGCTCTGGTCATGTTCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCAAATAAAGTCTTCCTTCTATAAGCTGCTCTGGTCATGTTCTTT  150

seq1  TACCACAGCAATATAATAGTAACGAATACAGACCATATATACGCATAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACAGCAATATAATAGTAACGAATACAGACCATATATACGCATAAAC  200

seq1  CTGCCTTTACTAAAATAGGCCATAATTTGCTACCTCACATTTTAAATGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTTACTAAAATAGGCCATAATTTGCTACCTCACATTTTAAATGAT  250

seq1  CCTGTAACCCTACCCTCTCTGATGAGTGATTCCACTTACACATAAAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAACCCTACCCTCTCTGATGAGTGATTCCACTTACACATAAAAGAG  300

seq1  GACTTCTTGGTGAAGAGGAGCCCCATTTTTTTTTACTTGATAAGATATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTTGGTGAAGAGGAGCCCCATTTTTTTTTACTTGATAAGATATTG  350

seq1  GTGGGCTCTTCATGCTCCCACCAGACACCAATTCTGTTTTGCTGTCTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTCTTCATGCTCCCACCAGACACCAATTCTGTTTTGCTGTCTTGA  400

seq1  CAGTTTGGTCTTGAGCTTGGCAGTCCCAGCCTCTGAGGTAGGACATCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGGTCTTGAGCTTGGCAGTCCCAGCCTCTGAGGTAGGACATCATG  450

seq1  GCTTGAGGCAGATCACACCCAAGTAAGGCAGAATATGTCTTTGCTTCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAGGCAGATCACACCCAAGTAAGGCAGAATATGTCTTTGCTTCCAT  500

seq1  CGTTATCACTGGAATCCATCCTCTTTCTTTCTACAAGCATCACCTTGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTATCACTGGAATCCATCCTCTTTCTTTCTACAAGCATCACCTTGGGA  550

seq1  GCAGACTTAGTGGACAATACCTAGGTTGGAAGTTGCCCCTGCTTTGGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTTAGTGGACAATACCTAGGTTGGAAGTTGCCCCTGCTTTGGATG  600

seq1  TCTATACAGGGGACCCTCATTTGCCTATCATAGCTGTGGATGCCTCTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATACAGGGGACCCTCATTTGCCTATCATAGCTGTGGATGCCTCTACA  650

seq1  TAGGACCCTCATGGTCTATCACTGTTGATGGGATCCCTTTGCAGAGAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACCCTCATGGTCTATCACTGTTGATGGGATCCCTTTGCAGAGAAGT  700

seq1  CAATCAGACCACCCACCTGTGTGGGGGATGGTTTGCCTTATGACAACTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGACCACCCACCTGTGTGGGGGATGGTTTGCCTTATGACAACTAT  750

seq1  GAATTGTGAGAAAATATTTCTGAGATGACTAAAATAATATGCAGAACTAA  800
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTGAG-AAATATTTCTGAGATGACT-AAATAATATGCAGAACTAA  798

seq1  ACAAAAGGCATCTGGGACATGGCTTCGGGGATACAATTGAAGTGGTTTAG  850
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-AAAGGCATCTGGGACATGGCTTCGGGGATACAATTGAAGTGGTTTAG  847

seq1  TAGCAGAAAAACTAACATAAATTGGAAAGCCTGCTTTTTAATAGTAATTA  900
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||
seq2  TAGCAG-AAAACTAACATAAATTGGAAAGCCTGC-TTTTAATAGTA--TA  893

seq1  TATGAAAGACTTTGTTATGGTGTGAAAATGGAAAACAAATTTTACACACA  950
      |||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||  |||||| |||
seq2  TATGAAAGACTTTGTTAT-GTGTG-AAATG--AAACAA--TTTACA-ACA  936

seq1  CACACACCACACATACACACAGAGAGAGAAAGTGTGCCTATATTCATTTA  1000
      |||||| ||||||||||   |||||||||    ||| |||||||||||||
seq2  CACACA-CACACATACATCAAGAGAGAGA---GGTGGCTATATTCATTTA  982

seq1  TTCACAAGGACAAAGATTACTTGGAAAACTAATGAATAAATTCCCAAATT  1050
      || |||  |||||| || || ||||||||||||||||||  |||||| ||
seq2  TT-ACA--GACAAA-ATAAC-TGGAAAACTAATGAATAA--TCCCAATTT  1025

seq1  AAAATTTT  1058
      ||| ||||
seq2  AAATTTTT  1033