BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-053J12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 19,497,293 - 19,612,325
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041244, Otud1, LOC667564
Upstream geneLOC625815, Commd3, Bmi1, EG667477, LOC100041448, BC061194, LOC667493, LOC100041479, Pip5k2a, 4930426L09Rik, LOC667521, Armc3, Msrb2, LOC100041196, Ptf1a, LOC100041534, 4921504E06Rik
Downstream geneLOC100041302, LOC433406, LOC654360, LOC667609, Etl4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-053J12.bB6Ng01-053J12.g
ACCDH876597DH876598
length6101,104
definitionDH876597|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-053J12, 5' end.DH876598|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-053J12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,497,293 - 19,497,902)(19,611,201 - 19,612,325)
sequence
gaattcaggacctctggaagaatactcagtgaactgaggcatcttaacca
ttgagctatttctctgggccaagcatattcaaaacatcacagagccatag
acaagaagaatagttttggaggtactataacaaattatattacagagtta
caaagccagcagtccacaaagagtgagctagaccagaggacccagaaata
tcccacacagttacaatcacctaattttagacaaagattcaaataatgta
ctggataaccacagggagacaatgaaactagatccctcttccttgctttg
agcaacataaatgaattaaagatttttaagtaagacctgacactctgaag
ctgctaatagaaaacaaaagcaaaatgctgcaggatgtaggtattggatc
ctaacagtgggctgtctctgactcttttgcctacttttgagaccattttc
ctcccactgggctgccttgtctagctttgatatgatggtatgtgcctggt
cttattgtagcttgttatgctgtgttaggctgatatccatgaaagacctg
ctcatttctgaggtggtagagggagatgcaccaaggagaggagaggttgg
aggggggggg
gaattctctgattcaagtaatgtggttatcagcatagtctctggagtaga
cacccactcaatatcctgcttgtgatgtaggaaaccccagtacgcattct
agtgccctgatgagttagtctgtcatagtttagagattcttttttacaaa
aagctctcgttttaaaatgaaaatcagcgagagatacctagatactaatg
ttccacacggctcggtgtggaaaacaagggtcagtaaaaaaggcctttca
tcggtgcttcagcgtgccgtgccgaagctgagctcactgataaccacaga
gaagcaattctggttttgttccaactctgctaaggtcgtagagcaatgac
ctccatgtcagcttacttggcaaacatatgaacaccaccagccctcaaca
gtggaacatgcctttatctttcggcttgggtcgctctcatccgctttagt
gtaagcggaagggagataaagcaaaacaaccagggctcgctggagaccac
agcatggcaccgcccatagattcattctaggaccgaatgctggggcttta
actgtgagcctttggcatggtgtaaatgaaaatgatagaaatgcagaaga
ctgagagcgggaaagaggagcagcaacatggatggggaagaggagccatt
taagcagtgcaggtgatctctcccagggagctgtgcggcctatagagaac
ttaagggggtctaaaacaaaacccctgtcaccgcccccatcccaaagatc
caggagttcccaaataacttaatccaagtaactttcctcacctgctcctt
tgcataagtgttgctgtagaacacccacccaatacacacacacacacaca
cacacacacacacatacacaaacaggttgccatttaagttcagcttggca
actgagtctctactgctcctaaacagtcccatccatgaaaagatcttcat
attttaaaattattagaattttttgtcacaaatgtaactgctcatcatgt
gatcaaggaagtacccatgggcctggcctccacatgcatgtgcacatggt
cccatgccattaatcataatgcccccacagatacatcctatgcaaactac
tcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_19497293_19497902
seq2: B6Ng01-053J12.b_47_656

seq1  GAATTCAGGACCTCTGGAAGAATACTCAGTGAACTGAGGCATCTTAACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACCTCTGGAAGAATACTCAGTGAACTGAGGCATCTTAACCA  50

seq1  TTGAGCTATTTCTCTGGGCCAAGCATATTCAAAACATCACAGAGCCATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTATTTCTCTGGGCCAAGCATATTCAAAACATCACAGAGCCATAG  100

seq1  ACAAGAAGAATAGTTTTGGAGGTACTATAACAAATTATATTACAGAGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAGAATAGTTTTGGAGGTACTATAACAAATTATATTACAGAGTTA  150

seq1  CAAAGCCAGCAGTCCACAAAGAGTGAGCTAGACCAGAGGACCCAGAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCAGCAGTCCACAAAGAGTGAGCTAGACCAGAGGACCCAGAAATA  200

seq1  TCCCACACAGTTACAATCACCTAATTTTAGACAAAGATTCAAATAATGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACACAGTTACAATCACCTAATTTTAGACAAAGATTCAAATAATGTA  250

seq1  CTGGATAACCACAGGGAGACAATGAAACTAGATCCCTCTTCCTTGCTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATAACCACAGGGAGACAATGAAACTAGATCCCTCTTCCTTGCTTTG  300

seq1  AGCAACATAAATGAATTAAAGATTTTTAAGTAAGACCTGACACTCTGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACATAAATGAATTAAAGATTTTTAAGTAAGACCTGACACTCTGAAG  350

seq1  CTGCTAATAGAAAACAAAAGCAAAATGCTGCAGGATGTAGGTATTGGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAATAGAAAACAAAAGCAAAATGCTGCAGGATGTAGGTATTGGATC  400

seq1  CTAACAGTGGGCTGTCTCTGACTCTTTTGCCTACTTTTGAGACCATTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGTGGGCTGTCTCTGACTCTTTTGCCTACTTTTGAGACCATTTTC  450

seq1  CTCCCACTGGGCTGCCTTGTCTAGCTTTGATATGATGGTATGTGCCTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACTGGGCTGCCTTGTCTAGCTTTGATATGATGGTATGTGCCTGGT  500

seq1  CTTATTGTAGCTTGTTATGCTGTGTTAGGCTGATATCCATGAAAGACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGTAGCTTGTTATGCTGTGTTAGGCTGATATCCATGAAAGACCTG  550

seq1  CTCATTTCTGAGGTGGTAGAGGGAGATGCACCAAGGAGAGGAGAGGTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTCTGAGGTGGTAGAGGGAGATGCACCAAGGAGAGGAGAGGTTGG  600

seq1  AGGGGGGGGG  610
      ||||||||||
seq2  AGGGGGGGGG  610

seq1: chr2_19611201_19612325
seq2: B6Ng01-053J12.g_69_1172 (reverse)

seq1  GTGAGTTAAGTTTGCATATGCATGTATCTGTGGTGTGCATTTATGTTTAT  50
      ||||||  |||||||||| | |||||||||||| | ||| ||||| ||| 
seq2  GTGAGT--AGTTTGCATA-GGATGTATCTGTGG-GGGCA-TTATGATTAA  45

seq1  GTGCATGGGTGACCATGTGCACATGCATGTGGAGGCCAGGCCCATGGGGT  100
        ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGCATGG--GACCATGTGCACATGCATGTGGAGGCCAGGCCCAT-GGGT  92

seq1  ACCTTCCTTGATCACATTGATGAGCAGTTTACATTTGTGACAAAAAAATT  150
      | |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |
seq2  A-CTTCCTTGATCACA-TGATGAGCAG-TTACATTTGTGACAAAAAA--T  137

seq1  TCTAATAATTTTAAAATATGGAAGAATTCTTTTCATTGGATGGGACTGTT  200
      ||||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTAATAATTTTAAAATAT-GAAGA--TCTTTTCA-TGGATGGGACTGTT  183

seq1  TAGGAGGCAGTAGGAGACTCAGTTGCCAAGCTGAACTTAAATGGCAACCT  250
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGA-GCAGTA-GAGACTCAGTTGCCAAGCTGAACTTAAATGGCAACCT  231

seq1  GTTTTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTGGGTGG  300
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TTTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTGGGTGG  280

seq1  GTGTTCTAACAGCAACACTTATGCAAAGGAGCAGGTGAGGAAAGTTACTT  350
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCT-ACAGCAACACTTATGCAAAGGAGCAGGTGAGGAAAGTTACTT  329

seq1  GGATTAAGTTATTTGGGAACTCCTGGATCTTTGGGATGGGGGCGGTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAAGTTATTTGGGAACTCCTGGATCTTTGGGATGGGGGCGGTGACA  379

seq1  GGGGTTTTGTTTTAGACCCCCTTAAGTTCTCTATAGGCCGCACAGCTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTTGTTTTAGACCCCCTTAAGTTCTCTATAGGCCGCACAGCTCCC  429

seq1  TGGGAGAGATCACCTGCACTGCTTAAATGGCTCCTCTTCCCCATCCATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAGATCACCTGCACTGCTTAAATGGCTCCTCTTCCCCATCCATGT  479

seq1  TGCTGCTCCTCTTTCCCGCTCTCAGTCTTCTGCATTTCTATCATTTTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTCCTCTTTCCCGCTCTCAGTCTTCTGCATTTCTATCATTTTCAT  529

seq1  TTACACCATGCCAAAGGCTCACAGTTAAAGCCCCAGCATTCGGTCCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACCATGCCAAAGGCTCACAGTTAAAGCCCCAGCATTCGGTCCTAGA  579

seq1  ATGAATCTATGGGCGGTGCCATGCTGTGGTCTCCAGCGAGCCCTGGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATCTATGGGCGGTGCCATGCTGTGGTCTCCAGCGAGCCCTGGTTGT  629

seq1  TTTGCTTTATCTCCCTTCCGCTTACACTAAAGCGGATGAGAGCGACCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTATCTCCCTTCCGCTTACACTAAAGCGGATGAGAGCGACCCAA  679

seq1  GCCGAAAGATAAAGGCATGTTCCACTGTTGAGGGCTGGTGGTGTTCATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAAAGATAAAGGCATGTTCCACTGTTGAGGGCTGGTGGTGTTCATAT  729

seq1  GTTTGCCAAGTAAGCTGACATGGAGGTCATTGCTCTACGACCTTAGCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCCAAGTAAGCTGACATGGAGGTCATTGCTCTACGACCTTAGCAGA  779

seq1  GTTGGAACAAAACCAGAATTGCTTCTCTGTGGTTATCAGTGAGCTCAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAACAAAACCAGAATTGCTTCTCTGTGGTTATCAGTGAGCTCAGCT  829

seq1  TCGGCACGGCACGCTGAAGCACCGATGAAAGGCCTTTTTTACTGACCCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCACGGCACGCTGAAGCACCGATGAAAGGCCTTTTTTACTGACCCTT  879

seq1  GTTTTCCACACCGAGCCGTGTGGAACATTAGTATCTAGGTATCTCTCGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCACACCGAGCCGTGTGGAACATTAGTATCTAGGTATCTCTCGCT  929

seq1  GATTTTCATTTTAAAACGAGAGCTTTTTGTAAAAAAGAATCTCTAAACTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCATTTTAAAACGAGAGCTTTTTGTAAAAAAGAATCTCTAAACTA  979

seq1  TGACAGACTAACTCATCAGGGCACTAGAATGCGTACTGGGGTTTCCTACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGACTAACTCATCAGGGCACTAGAATGCGTACTGGGGTTTCCTACA  1029

seq1  TCACAAGCAGGATATTGAGTGGGTGTCTACTCCAGAGACTATGCTGATAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGCAGGATATTGAGTGGGTGTCTACTCCAGAGACTATGCTGATAA  1079

seq1  CCACATTACTTGAATCAGAGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTACTTGAATCAGAGAATTC  1104