BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054L08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 20,665,225 - 20,684,692
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEtl4
Upstream geneLOC100041302, LOC433406, LOC654360, LOC667609
Downstream geneArhgap21, LOC433408, LOC675912, C130046B21Rik, 4933434I06Rik, Thnsl1, Gpr158
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054L08.bB6Ng01-054L08.g
ACCDH877381DH877382
length1,2051,238
definitionDH877381|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054L08, 5' end.DH877382|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054L08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,665,225 - 20,666,455)(20,683,433 - 20,684,692)
sequence
gaattccttacgggggcagccgtccaatggctattcctggcaatgccacc
atccccagggacagactctcgagcctgccagtatccagatccatctcccc
aagccccagcgccattttggaaagaagagatgtcaaaccggatgaagaca
tgagcagcaaaaacctggttatgttcagaaatgagggtttctatgccgac
ccttacctctatcatgaaggacgaatgagcatagcctcatcccatggcgg
ccaccctttggatgtcccagatcatgtcattgcgtatcaccgcacagcga
tccggtcagcgagtgcttactgtagcccttccttgcaagcagaaatgcat
atggagcagtcgttatacagacaaaagtcaaggaaataccctgatagcca
tttgcctaccttgggctccaaaacgcccccagcctctccacaccgtgtgg
gtgacttaagaatgatagacctgcacccgcatcttaacacacatgggccc
cctcacactctgcagccagaccgggcctcccccagtcgccagtcctttaa
aaaggaacccggcaccctggtgtacatcgaaaagccacgaaacacttcag
gattatccagccttgtagacctggggcctcctctagttgagaagcaaggt
tttgcttacagcaccactacaatccccaaagacagagaaaccaggtaaga
caaaggggtggctgaggatggtttgtcctggtgtgttgctgaaagctgtt
ttctagataccaagccagaaaacacaattctgagtatcagggaagactaa
ccttccctgaagagttcctggatgagtgggttcaggtaaatgaggtccac
cagtgaccatgtgaaaggagacagaggaataacaaaggccaccagcccta
cctgtccctagactctggtccttacagaattgtcattaaagtaacttgga
actattgggaagaaaatggtgattgatgggaaaccacgcagatagcagat
ggaagaatcataattgcctgccatagaaaatgaagactagcctaactgtg
gtcacgcatctgtgtctgctaacaatgcagtttcaattctcatctgtttg
tggagatgaaaagaatgagtttgcatgaatggatgttggtcaaatccatc
caggagtgggctggatagtagagcttgagtataatactgaatgaatggat
ggaga
gaattcatcttggttagttacatcttaaacttatcatcatcatgatgtat
gtgttgggaactcgaggagtgcatatgacttagcatgcagtcgcaggtca
cagaacactctgcagtcagttctctctttctagctttatgtgggggcctg
aggattgtaatcaacaggcttgtccaagtaactttatccactgagagctc
tcactggcccctagttagatctcagtaggaatcttaacaagtgtgtgtac
gaggtgaacttaatgtaccttgttgtgatagaactaatactggagtgagg
aggttaggaaggctgactgccattggctgggggactctgagcatcttaac
ttactgtgagaatatttctctccatataagatatgaatagcaggctgggt
gtggtggcgcacacctttagtcccagcactcaggaggcagaggcaggcgg
atttctgagttcgagccagcctggtctacaaagtgaattccaggatagcc
agggctatacagagaaaccccgtcttgaaaaactaaaaaaaaaagtgggg
ggggctggagagatggctcagtggttaagagcactgactactcttccaaa
ggtcctgagttcaattcccagcaaccacatggtggctcacaaccatccat
tccgagatctggcaccctcttctggagtgtctgaatacagctacagtgta
tttgcatcaaataaataaataaataaataaataataaatagatagataga
tagatagatagatagatagatagatagataaaagatgcgaatagcagcat
cattctcatagggctaggtgtggtagctgagataataaacactgtagcat
acacgcatacaccgtatgcctcagagtaggagatacttcctgcttcctca
tgtctaacttaaatacacattttcagaaagtctggatttcatttgtgtta
gtgaccttggccaaatgagttccttgggattctatataagtctgtttttc
tgttttacacagggataataatctgctttcccttatagttacttcctagg
aatatggaagattaatataccttgtgcactgtgcagctgctatgggaaac
taaccccatgggcattctagcttgatactcataagaaggaaaaacttact
gggtgaggattactggacgaaatccctcatgccatggcattgccactcct
agctcagaacgtgtgtggtcaccatacaccgtctgtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_20665225_20666455
seq2: B6Ng01-054L08.b_44_1248

seq1  GAATTCCTTACGGGGGCAGCCGTCCAATGGCTATTCCTGGCAATGCCACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTACGGGGGCAGCCGTCCAATGGCTATTCCTGGCAATGCCACC  50

seq1  ATCCCCAGGGACAGACTCTCGAGCCTGCCAGTATCCAGATCCATCTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAGGGACAGACTCTCGAGCCTGCCAGTATCCAGATCCATCTCCCC  100

seq1  AAGCCCCAGCGCCATTTTGGAAAGAAGAGATGTCAAACCGGATGAAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCAGCGCCATTTTGGAAAGAAGAGATGTCAAACCGGATGAAGACA  150

seq1  TGAGCAGCAAAAACCTGGTTATGTTCAGAAATGAGGGTTTCTATGCCGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGCAAAAACCTGGTTATGTTCAGAAATGAGGGTTTCTATGCCGAC  200

seq1  CCTTACCTCTATCATGAAGGACGAATGAGCATAGCCTCATCCCATGGCGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACCTCTATCATGAAGGACGAATGAGCATAGCCTCATCCCATGGCGG  250

seq1  CCACCCTTTGGATGTCCCAGATCATGTCATTGCGTATCACCGCACAGCGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTTTGGATGTCCCAGATCATGTCATTGCGTATCACCGCACAGCGA  300

seq1  TCCGGTCAGCGAGTGCTTACTGTAGCCCTTCCTTGCAAGCAGAAATGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGTCAGCGAGTGCTTACTGTAGCCCTTCCTTGCAAGCAGAAATGCAT  350

seq1  ATGGAGCAGTCGTTATACAGACAAAAGTCAAGGAAATACCCTGATAGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCAGTCGTTATACAGACAAAAGTCAAGGAAATACCCTGATAGCCA  400

seq1  TTTGCCTACCTTGGGCTCCAAAACGCCCCCAGCCTCTCCACACCGTGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTACCTTGGGCTCCAAAACGCCCCCAGCCTCTCCACACCGTGTGG  450

seq1  GTGACTTAAGAATGATAGACCTGCACCCGCATCTTAACACACATGGGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTAAGAATGATAGACCTGCACCCGCATCTTAACACACATGGGCCC  500

seq1  CCTCACACTCTGCAGCCAGACCGGGCCTCCCCCAGTCGCCAGTCCTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACACTCTGCAGCCAGACCGGGCCTCCCCCAGTCGCCAGTCCTTTAA  550

seq1  AAAGGAACCCGGCACCCTGGTGTACATCGAAAAGCCACGAAACACTTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAACCCGGCACCCTGGTGTACATCGAAAAGCCACGAAACACTTCAG  600

seq1  GATTATCCAGCCTTGTAGACCTGGGGCCTCCTCTAGTTGAGAAGCAAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATCCAGCCTTGTAGACCTGGGGCCTCCTCTAGTTGAGAAGCAAGGT  650

seq1  TTTGCTTACAGCACCACTACAATCCCCAAAGACAGAGAAACCAGGTAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTACAGCACCACTACAATCCCCAAAGACAGAGAAACCAGGTAAGA  700

seq1  CAAAGGGGTGGCTGAGGATGGTTTGTCCTGGTGTGTTGCTGAAAGCTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGGTGGCTGAGGATGGTTTGTCCTGGTGTGTTGCTGAAAGCTGTT  750

seq1  TTCTAGATACCAAGCCAGAAAACACAATTCTGAGTATCAGGGAAGACTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGATACCAAGCCAGAAAACACAATTCTGAGTATCAGGGAAGACTAA  800

seq1  CCTTCCCTGAAGAGTTCCTGGATGAGTGGGTTCAGGTAAATGAGGTCCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCTGAAGAGTTCCTGGATGAGTGGGTTCAGGTAAATGAGGTCCAC  850

seq1  CAGTGACCATGTGAAAGGAGACAGAGGAATAACAAAGGCCACCAGCCCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACCATGTGAAAGGAGACAGAGGAATAACAAAGGCCACCAGCCCTA  900

seq1  CCTGTCCCTAGACTCTGGTCCTTACAGAATTGTCATTAAGGTAACTTGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTGTCCCTAGACTCTGGTCCTTACAGAATTGTCATTAAAGTAACTTGGA  950

seq1  ACTATTGGGAAGAAAATGGTGATTGAT-GGAAACCACGCAGATAGCAGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTGGGAAGAAAATGGTGATTGATGGGAAACCACGCAGATAGCAGAT  1000

seq1  GGAAGAATCATAATTGCCTGCCATAGAAAATGAAGACTAGCCTAACTGTT  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGAAGAATCATAATTGCCTGCCATAGAAAATGAAGACTAGCCTAACTG-T  1049

seq1  GGTCACCGCCATCTGTGTTCCTGCCTATACAATGCAGTTTCAATTTCTCA  1099
      ||||||   |||||||||  ||| ||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  GGTCAC--GCATCTGTGT--CTG-CTA-ACAATGCAGTTTCAA-TTCTCA  1092

seq1  TCTGGTTTTGTGAGATGAAAAGAATGAGTTTGCATGATATTGGATGGTTG  1149
      |||| || || |||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||
seq2  TCTGTTTGTG-GAGATGAAAAGAATGAGTTTGCATG--AATGGAT-GTTG  1138

seq1  GGTTTAATACTCATTCAGGAGTGGAGTTGGAATAGGTAGAGTTTTTGAGT  1199
      |   | | |  ||| ||||||||| | ||| ||| |||||| |      |
seq2  G---TCAAATCCATCCAGGAGTGG-GCTGG-ATA-GTAGAGCT------T  1176

seq1  GAATAAAATACTCTGAAATGAATGGATGGAGA  1231
      || || ||||||    ||||||||||||||||
seq2  GAGTATAATACT---GAATGAATGGATGGAGA  1205

seq1: chr2_20683433_20684692
seq2: B6Ng01-054L08.g_67_1304 (reverse)

seq1  GGACAGACGGTG-GTAGTGGCCACGTGTTTTCTGAGAAGCTAGGAGACTG  49
      ||||||||||||  | ||| ||||     |||||   |||||||||  ||
seq2  GGACAGACGGTGTATGGTGACCACACACGTTCTG---AGCTAGGAG--TG  45

seq1  GCAATGCCATTGGCAATGTGAGTGATTTTCGCTCCTGTATCTCTC-CCCA  98
      ||||||||| |||||   |||| || ||||| ||| |||   ||| ||||
seq2  GCAATGCCA-TGGCA---TGAGGGA-TTTCG-TCCAGTAATCCTCACCCA  89

seq1  GTTTAGTTTTCTCCTTCTAATGAATGTATCAAGGCTAGACATTGCCCACT  148
      | | |||||| ||||||| ||||  ||||||| |||||  | |||||| |
seq2  G-TAAGTTTT-TCCTTCTTATGA--GTATCAA-GCTAG--AATGCCCA-T  131

seq1  GGGGTTTAGTTT-CCATAGCAGCCTGCACAGTGCACAAAGTATATTAATT  197
      |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  GGGG-TTAGTTTCCCATAGCAG-CTGCACAGTGCACAAGGTATATTAA-T  178

seq1  CTTCCATAATCCTAGGAAGTAAACTATAA-GGAAAGCAGTATTATTATCC  246
      |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  CTTCCATATTCCTAGGAAGT-AACTATAAGGGAAAGCAG-ATTATTATCC  226

seq1  CTGTGTAAAGACAG-AAAACAGACTTATATAGAAT-CCAAGGAACTCATT  294
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGTGTAAA-ACAGAAAAACAGACTTATATAGAATCCCAAGGAACTCATT  275

seq1  TGGGCAAAGGTCAACTAACACAAATGAAATCCAGACTTTCTGAAAATGTG  344
      | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GGCCAAGGTC-ACTAACACAAATGAAATCCAGACTTTCTGAAAATGTG  323

seq1  TAATTTAAGTTAGACATGAGGAAGCAGGAAGTATCTCCTACTCTGAGGCA  394
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-ATTTAAGTTAGACATGAGGAAGCAGGAAGTATCTCCTACTCTGAGGCA  372

seq1  TACGGTGTATGCGTGTATGCTACAGTGTTTATTATCTCAGCTACCACACC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGTGTATGCGTGTATGCTACAGTGTTTATTATCTCAGCTACCACACC  422

seq1  TAGCCCTATGAGAATGATGCTGCTATTCGCATCTTTTATCTATCTATCTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTATGAGAATGATGCTGCTATTCGCATCTTTTATCTATCTATCTA  472

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATTTATTATTTATTTATTTATTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATTTATTATTTATTTATTTATTT  522

seq1  ATTTATTTGATGCAAATACACTGTAGCTGTATTCAGACACTCCAGAAGAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTGATGCAAATACACTGTAGCTGTATTCAGACACTCCAGAAGAG  572

seq1  GGTGCCAGATCTCGGAATGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCAGATCTCGGAATGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGG  622

seq1  AATTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGTAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGTAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAG  672

seq1  CCATCTCTCCAGCCCCCCCCACTTTTTTTTTTAGTTTTTCAAGACGGGGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCTCCAGCCCCCCCCACTTTTTTTTTTAGTTTTTCAAGACGGGGT  722

seq1  TTCTCTGTATAGCCCTGGCTATCCTGGAATTCACTTTGTAGACCAGGCTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTATAGCCCTGGCTATCCTGGAATTCACTTTGTAGACCAGGCTG  772

seq1  GCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGACTAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGACTAA  822

seq1  AGGTGTGCGCCACCACACCCAGCCTGCTATTCATATCTTATATGGAGAGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGCGCCACCACACCCAGCCTGCTATTCATATCTTATATGGAGAGA  872

seq1  AATATTCTCACAGTAAGTTAAGATGCTCAGAGTCCCCCAGCCAATGGCAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCTCACAGTAAGTTAAGATGCTCAGAGTCCCCCAGCCAATGGCAG  922

seq1  TCAGCCTTCCTAACCTCCTCACTCCAGTATTAGTTCTATCACAACAAGGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTTCCTAACCTCCTCACTCCAGTATTAGTTCTATCACAACAAGGT  972

seq1  ACATTAAGTTCACCTCGTACACACACTTGTTAAGATTCCTACTGAGATCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAGTTCACCTCGTACACACACTTGTTAAGATTCCTACTGAGATCT  1022

seq1  AACTAGGGGCCAGTGAGAGCTCTCAGTGGATAAAGTTACTTGGACAAGCC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGGGGCCAGTGAGAGCTCTCAGTGGATAAAGTTACTTGGACAAGCC  1072

seq1  TGTTGATTACAATCCTCAGGCCCCCACATAAAGCTAGAAAGAGAGAACTG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATTACAATCCTCAGGCCCCCACATAAAGCTAGAAAGAGAGAACTG  1122

seq1  ACTGCAGAGTGTTCTGTGACCTGCGACTGCATGCTAAGTCATATGCACTC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGAGTGTTCTGTGACCTGCGACTGCATGCTAAGTCATATGCACTC  1172

seq1  CTCGAGTTCCCAACACATACATCATGATGATGATAAGTTTAAGATGTAAC  1244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAGTTCCCAACACATACATCATGATGATGATAAGTTTAAGATGTAAC  1222

seq1  TAACCAAGATGAATTC  1260
      ||||||||||||||||
seq2  TAACCAAGATGAATTC  1238