BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055K11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 73,037,637 - 73,138,365
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGtpbp9, Sp9, 1700023B02Rik
Upstream geneRapgef4, B230120H23Rik, Cdca7, LOC383712, LOC635960, LOC100039928, 6430710C18Rik, Sp3, Hspe1-ps5, LOC620110
Downstream geneScrn3, Gpr155, Wipf1, Chrna1, Chn1, Atf2, Atp5g3, LOC667729, LOC100040172
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055K11.bB6Ng01-055K11.g
ACCDH878039DH878040
length3561,055
definitionDH878039|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055K11, 5' end.DH878040|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055K11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,037,637 - 73,037,986)(73,137,302 - 73,138,365)
sequence
tccaaacatttcacatagattaactatttgcttcttgaaacaaagtttgg
aacgtacataataataacaacaaattaatagccccccatataaaaaaaaa
ctttctttaagctgtgtcttcttttacttactacattattacttgtgtgg
gggtacggtgggggtgtgcatgtgtcacagctcactctggaggtcagaga
acaaactgcagaagtcagtcctctccccccactatgtgggtcctggggat
ggaatttaggttaggcctcatggcagcctcctttacctactgagtcatct
cactggtcctctagattatgtgtgtgtgtgtgtaaaaaaaaaaatatgtg
tgtgtg
gaattcattcttgcctcagcctttatagaaatatggtattagggaaattt
ccatttgcactttttccttccaaattgacaagatgaaagtacaagaataa
atacatagagactttgattctgtgtgtcatgtagactaagattgtctgaa
ggcactaactgattaaatgaagataagaatagagtaggatgtttcccctc
tttgctccgattacatgaactaacgcaagttcccagtggcattgactggg
catgcctaggttatgccagttcctgaggagctgaggcagaaagatcgagc
tgcatagtgagactctgaaggagagtcctgatctgtgcctgacgcattgt
caaggttgagaaccatttgcttaaaccacatataagaacgattgagattc
aacatgatcatatttatttctattttcttaatttgcagaatttataaaaa
tcatcaatttttatcctaaggaaataatcatgaatatgtcattaaaattt
ttgtattgtgcagagcaaaaatgcctaagtatgccataacaaggtattaa
gtgaataaatgtgggtattaataccatggcttatttactgtgcagcaatt
aaaatgacaggaagaaacctggcttgctggtgcatgctttgatctcaaca
cttaggagggaaaggtgatcagatctctgtaagttcaaggccagccaggg
atgaacagtgggaccctgtccagataaatgatgacacaaagatttcttag
tgatatggatattgtttacaacatttagtcagataaaaagacaggttata
atacattaagaacagagttcagtggtagaggccttgcctacactgtatga
ggccctgcatttgagccctagcaccactgcacttgtaattaattacttaa
ttaagcagtagttaaactgtatttctcttcataagcttggaatgaaatgc
ataatttagaaaacgtgttggaagaaaatagatcaaatgtacattgctat
attgactgatagaatgcttaagatactttgccctatacatctctttttat
atctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_73037637_73037986
seq2: B6Ng01-055K11.b_49_410

seq1  GAATTCTCCAAACATTTCACATAGATTAACTATTTGCTTCTTGAAACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAAACATTTCACATAGATTAACTATTTGCTTCTTGAAACAAA  50

seq1  GTTTGGAACGTACATAATAATAACAACAAATTAATAGCCCCCCATATAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAACGTACATAATAATAACAACAAATTAATAGCCCCCCATATAAA  100

seq1  AAAAAACTTTCTTTAAGCTGTGTCTTCTTTTACTTACTACATTATTACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACTTTCTTTAAGCTGTGTCTTCTTTTACTTACTACATTATTACTT  150

seq1  GTGTGGGGGTACGGTGGGGGTGTGCATGTGTCACAGCTCACTCTGGAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGGGTACGGTGGGGGTGTGCATGTGTCACAGCTCACTCTGGAGGT  200

seq1  CAGAGAACAAACTGCAGAAGTCAGTCCTCTCCCCCCACTATGTGGGTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAACAAACTGCAGAAGTCAGTCCTCTCCCCCCACTATGTGGGTCCT  250

seq1  GGGGATGGAATTTAGGTTAGGCCTCATGGCAGCCTCCTTTACCTACTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGGAATTTAGGTTAGGCCTCATGGCAGCCTCCTTTACCTACTGAG  300

seq1  TCATCTCACTGGTCCTCTAGATTATGTGTGTGTGTGTG------------  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
seq2  TCATCTCACTGGTCCTCTAGATTATGTGTGTGTGTGTGTAAAAAAAAAAA  350

seq1  TGTGTGTGTGTG  350
      | ||||||||||
seq2  TATGTGTGTGTG  362

seq1: chr2_73137302_73138365
seq2: B6Ng01-055K11.g_66_1120 (reverse)

seq1  GAGATATAAAAAAGAAGATGTATAGGGCAAAGTATCTTAGGCAATTCTAT  50
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| || |||||||
seq2  GAGATATAAAAA--GAGATGTATAGGGCAAAGTATCTTAAGC-ATTCTAT  47

seq1  CAGTCAAATAATAGCAATGTTAACATTTTGATCTATTTTCTTCCAACACG  100
      |||||||   ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAA--TATAGCAATGT--ACA-TTTGATCTATTTTCTTCCAACACG  92

seq1  TTTTCTAAATTATGCATTTCATTCCAAGCTTATGAAGAAGAAATACAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTTCTAAATTATGCATTTCATTCCAAGCTTATGAAG-AGAAATACAGTT  141

seq1  TAACTACTGCTTAATTAAGTAATTAATTACAAGTGCAGTGGTGCTAGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACTGCTTAATTAAGTAATTAATTACAAGTGCAGTGGTGCTAGGGC  191

seq1  TCAAATGCAGGGCCTCATACAGTGTAGGCAAGGCCTCTACCACTGAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGCAGGGCCTCATACAGTGTAGGCAAGGCCTCTACCACTGAACTC  241

seq1  TGTTCTTAATGTATTATAACCTGTCTTTTTATCTGACTAAATGTTGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTAATGTATTATAACCTGTCTTTTTATCTGACTAAATGTTGTAAA  291

seq1  CAATATCCATATCACTAAGAAATCTTTGTGTCATCATTTATCTGGACAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATCCATATCACTAAGAAATCTTTGTGTCATCATTTATCTGGACAGG  341

seq1  GTCCCACTGTTCATCCCTGGCTGGCCTTGAACTTACAGAGATCTGATCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACTGTTCATCCCTGGCTGGCCTTGAACTTACAGAGATCTGATCAC  391

seq1  CTTTCCCTCCTAAGTGTTGAGATCAAAGCATGCACCAGCAAGCCAGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCTCCTAAGTGTTGAGATCAAAGCATGCACCAGCAAGCCAGGTTT  441

seq1  CTTCCTGTCATTTTAATTGCTGCACAGTAAATAAGCCATGGTATTAATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTCATTTTAATTGCTGCACAGTAAATAAGCCATGGTATTAATAC  491

seq1  CCACATTTATTCACTTAATACCTTGTTATGGCATACTTAGGCATTTTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTTATTCACTTAATACCTTGTTATGGCATACTTAGGCATTTTTGC  541

seq1  TCTGCACAATACAAAAATTTTAATGACATATTCATGATTATTTCCTTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACAATACAAAAATTTTAATGACATATTCATGATTATTTCCTTAGG  591

seq1  ATAAAAATTGATGATTTTTATAAATTCTGCAAATTAAGAAAATAGAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATTGATGATTTTTATAAATTCTGCAAATTAAGAAAATAGAAATA  641

seq1  AATATGATCATGTTGAATCTCAATCGTTCTTATATGTGGTTTAAGCAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGATCATGTTGAATCTCAATCGTTCTTATATGTGGTTTAAGCAAAT  691

seq1  GGTTCTCAACCTTGACAATGCGTCAGGCACAGATCAGGACTCTCCTTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCAACCTTGACAATGCGTCAGGCACAGATCAGGACTCTCCTTCAG  741

seq1  AGTCTCACTATGCAGCTCGATCTTTCTGCCTCAGCTCCTCAGGAACTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCACTATGCAGCTCGATCTTTCTGCCTCAGCTCCTCAGGAACTGGC  791

seq1  ATAACCTAGGCATGCCCAGTCAATGCCACTGGGAACTTGCGTTAGTTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCTAGGCATGCCCAGTCAATGCCACTGGGAACTTGCGTTAGTTCAT  841

seq1  GTAATCGGAGCAAAGAGGGGAAACATCCTACTCTATTCTTATCTTCATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCGGAGCAAAGAGGGGAAACATCCTACTCTATTCTTATCTTCATTT  891

seq1  AATCAGTTAGTGCCTTCAGACAATCTTAGTCTACATGACACACAGAATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTTAGTGCCTTCAGACAATCTTAGTCTACATGACACACAGAATCA  941

seq1  AAGTCTCTATGTATTTATTCTTGTACTTTCATCTTGTCAATTTGGAAGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCTATGTATTTATTCTTGTACTTTCATCTTGTCAATTTGGAAGGA  991

seq1  AAAAGTGCAAATGGAAATTTCCCTAATACCATATTTCTATAAAGGCTGAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGCAAATGGAAATTTCCCTAATACCATATTTCTATAAAGGCTGAG  1041

seq1  GCAAGAATGAATTC  1064
      ||||||||||||||
seq2  GCAAGAATGAATTC  1055