BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059D04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 153,965,378 - 154,096,564
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlunc, 2310021H06Rik, U46068, BC018465, 5430413K10Rik
Upstream geneHck, Tm9sf4, Tspyl3, Plagl2, Pofut1, Kif3b, 2500004C02Rik, Asxl1, 8430427H17Rik, Commd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1, EG329541, LOC100043869, Spag4l, Bpil1, Bpil3, Rya3, LOC100043870, Gm1006, EG545477, Psp, LOC100043652, 1700058C13Rik
Downstream geneOTTMUSG00000015915, Cdk5rap1, Snta1, Cbfa2t2, Apba2bp, 1700003F12Rik, E2f1, Pxmp4, Zfp341, Chmp4b, LOC668936, LOC435692, Raly, Eif2s2, a, Ahcy, Itch, LOC100043877, LOC668931, Dynlrb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059D04.bB6Ng01-059D04.g
ACCDH880547DH880548
length1,1641,065
definitionDH880547|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059D04, 5' end.DH880548|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059D04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,965,378 - 153,966,568)(154,095,484 - 154,096,564)
sequence
gaattcactgttatctatttgttacctactcaaaattgaatgctgatttc
catcctaatccatcacaagttgaagataaatgtcacacatattaataata
gtaatatgggctagagagatggctccatggttaagagtgcttactactct
tccagaggtcccagtttcagatcccagcacccacagtatgtggcccacaa
ctgcgtgaagttccagctctaggagaatccggtgccttcttccagcttcc
atgggcatacgtgtggtatatatacacatacacaaataaaaataaatctt
taaaaataagtaagcactcgacaagtcttccacatctgattaaatgcctc
accagcaaccccgtgacatacaaaactgtcacccagtttacacatgaacg
ttctgaaagaagaagctatttgcctaaatcacacagaaaggaactggtct
cgtcagccctgctaacattaatcgtatgcccattaatcatatgcagacag
gtagatcacaaagctcacactcttaattgtgaacccccaccccaaggtgt
ccccttcttccctcccttctaagacctcccctcgacttcccttccaccca
aggggaatatgatgaaatcggttcagtggaactgagaagctcaaacaagg
aagtgtcaactgctcagagatgagaagagggccagagaacttcttgtctc
catctttcaattcaaactccctaatccgaaatgcttcaccggggatttgc
aaccctagacaccatgatcctgaacattccacttgatagcctttggctta
cagggttcttcctgctcttgagtcaaagagcaaacacaggagggctaggc
cacaaggctgtctgcttccttgggggatagcgtttgtctgcatttctctt
ggcactatctgggttgtcttaagggctcatcaagatgcctctttgtgttt
ccattctcttggcaccttctgggttgtcttaaggctcatcaggatgcttc
ttgtgtttcattctgtcttcatattagattcacagagtcagagatctagc
atcacacttgcttccaaaaagcttgtttggatacaggcctctgatgctct
tgggtccacatggaggatgcttaaacgatgtaattcgaatgccggacttt
gtccatgactacct
gaattctctggcaagaggggatccatgcagtcgaggtcgggatcacacag
agacagcaggcttactacactgactcttgtgttcacaagatctggaatga
agcacctgctggcactggcaccatgctggctgtttaggaactgtactgtt
tactgctatgacataacctactgtgggctgtgtgtctgctcactgagcta
tagctcagatgtcattcatctggtctgttccctgatcaaggctggcttgt
ggtaatggctgctgataggttccatataaaagaatgggagtatgaagagc
ccttgtggacaactgctgacattccctcagtcaggcactgtaggaattga
tttaggctcagctgtagggaagtatggggtccaggacagcttaaggtttg
ccactatttctgagtcacgtttcatactgcttgttcgggtgcaagaatat
gtgcaaggtcctggatttgaggcaaagcaaagcaaagcaaaagaaacaaa
caaagaaaagaactgtatttctgttacttactgatttcatcaatttgaca
tcggagttctttaaagtatgtgaagacacacctacaggaatgttcatttt
tttatacgtttctgaaaaaagaaatatcacctcgtgacgggagttaaggg
aaatgacaacctgactgatttgtttgaccacagtcacatgtgggatctct
gaccagtggccctaggaggggtcactgtcacactcattctacgtggtggc
atgaatactgtccatctcagctatagaatggtgtgttggaagagaggccc
ccaaagcaggtggggacctggtggtctcctaacactgatgactagcgatg
gattgcctcagcacaggacatgaccgcatggcacactcatttgagggtca
gtgcactatgtggaactacagtagattaccagggatgtgtataccttgca
tcgcacatcatcatgtgtgcatgagtgtgaaatagccttcaagtgtttac
cctaatgtctagaggtgtgatgaccaaggtccacttgccgcgtattgctg
aatgtccggtaccaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_153965378_153966568
seq2: B6Ng01-059D04.b_48_1211

seq1  GAATTCACTGTTATCTATTTGTTACCTACTCAAAATTGAATGCTGATTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTTATCTATTTGTTACCTACTCAAAATTGAATGCTGATTTC  50

seq1  CATCCTAATCCATCACAAGTTGAAGATAAATGTCACACATATTAATAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAATCCATCACAAGTTGAAGATAAATGTCACACATATTAATAATA  100

seq1  GTAATATGGGCTAGAGAGATGGCTCCATGGTTAAGAGTGCTTACTACTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATGGGCTAGAGAGATGGCTCCATGGTTAAGAGTGCTTACTACTCT  150

seq1  TCCAGAGGTCCCAGTTTCAGATCCCAGCACCCACAGTATGTGGCCCACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGGTCCCAGTTTCAGATCCCAGCACCCACAGTATGTGGCCCACAA  200

seq1  CTGCGTGAAGTTCCAGCTCTAGGAGAATCCGGTGCCTTCTTCCAGCTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGTGAAGTTCCAGCTCTAGGAGAATCCGGTGCCTTCTTCCAGCTTCC  250

seq1  ATGGGCATACGTGTGGTATATATACACATACACAAATAAAAATAAATCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCATACGTGTGGTATATATACACATACACAAATAAAAATAAATCTT  300

seq1  TAAAAATAAGTAAGCACTCGACAAGTCTTCCACATCTGATTAAATGCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATAAGTAAGCACTCGACAAGTCTTCCACATCTGATTAAATGCCTC  350

seq1  ACCAGCAACCCCGTGACATACAAAACTGTCACCCAGTTTACACATGAACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAACCCCGTGACATACAAAACTGTCACCCAGTTTACACATGAACG  400

seq1  TTCTGAAAGAAGAAGCTATTTGCCTAAATCACACAGAAAGGAACTGGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAAGAAGAAGCTATTTGCCTAAATCACACAGAAAGGAACTGGTCT  450

seq1  CGTCAGCCCTGCTAACATTAATCGTATGCCCATTAATCATATGCAGACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAGCCCTGCTAACATTAATCGTATGCCCATTAATCATATGCAGACAG  500

seq1  GTAGATCACAAAGCTCACACTCTTAATTGTGAACCCCCACCCCAAGGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATCACAAAGCTCACACTCTTAATTGTGAACCCCCACCCCAAGGTGT  550

seq1  CCCCTTCTTCCCTCCCTTCTAAGACCTCCCCTCGACTTCCCTTCCACCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCTTCCCTCCCTTCTAAGACCTCCCCTCGACTTCCCTTCCACCCA  600

seq1  AGGGGAATATGATGAAATCGGTTCAGTGGAACTGAGAAGCTCAAACAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAATATGATGAAATCGGTTCAGTGGAACTGAGAAGCTCAAACAAGG  650

seq1  AAGTGTCAACTGCTCAGAGATGAGAAGAGGGCCAGAGAACTTCTTGTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCAACTGCTCAGAGATGAGAAGAGGGCCAGAGAACTTCTTGTCTC  700

seq1  CATCTTTCAATTCAAACTCCCTAATCCGAAATGCTTCACCGGGGATTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCAATTCAAACTCCCTAATCCGAAATGCTTCACCGGGGATTTGC  750

seq1  AACCCTAGACACCATGATCCTGAACATTCCACTTGATAGCCTTTGGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTAGACACCATGATCCTGAACATTCCACTTGATAGCCTTTGGCTTA  800

seq1  CAGGGTTCTTCCTGCTCTTGAGTCAAAGAGCAAACACAGGAGGGCTAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTCTTCCTGCTCTTGAGTCAAAGAGCAAACACAGGAGGGCTAGGC  850

seq1  CACAAGGCTGTCTGCTTCCTTGGGGGATAGCGTTTGTCTGCATTCCTCTT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CACAAGGCTGTCTGCTTCCTTGGGGGATAGCGTTTGTCTGCATTTCTCTT  900

seq1  GGCACTATCTGGGTTGTCTTAAGGGCTCCATCAAGATGCCTCTTTGTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  GGCACTATCTGGGTTGTCTTAAGGGCT-CATCAAGATGCCTCTTTGTG-T  948

seq1  TTCCAATTCCTCTTGGCACCTTCTGGGTTGTCTTAAGGGCTCCATCAAGA  1000
      |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||
seq2  TTCCA--TTCTCTTGGCACCTTCTGGGTTGTCTTAA-GGCT-CATCAGGA  994

seq1  TGCTTCTTTGTGTTTTCCAATTCTGTCTTCATATTAAGATTCACAGAGCC  1050
      |||||| ||||||||    |||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  TGCTTC-TTGTGTTT---CATTCTGTCTTCATATT-AGATTCACAGAGTC  1039

seq1  AGAGACCCAGCCATCACACTTGCTCCCAGAAGAGCTTGTTTGGATACAGA  1100
      ||||| | || ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||  |
seq2  AGAGATCTAG-CATCACACTTGCTTCCA-AAAAGCTTGTTTGGATAC--A  1085

seq1  GCCCTCTGATGCTCTTGGGGTCCACAGTGAGGGATGCTTAAAACAGAAAT  1150
      | |||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||      ||
seq2  GGCCTCTGATGCTCTT-GGGTCCACA-TGGAGGATGCTTAAA----CGAT  1129

seq1  GTAATTCCCAAATAGTCAGGACTTTTGTCCATGACCTACCT  1191
      ||||||  | |||   | |||| ||||||||||| ||||||
seq2  GTAATT--CGAAT--GCCGGAC-TTTGTCCATGA-CTACCT  1164

seq1: chr2_154095484_154096564
seq2: B6Ng01-059D04.g_69_1133 (reverse)

seq1  TTGGTACCGCGACCATCAGCATATACAGCGGCAAAGTGGACCTGGGTCAC  50
      ||||||||| |||  |||||| |||| ||||| |||||||||| ||||| 
seq2  TTGGTACCG-GACATTCAGCA-ATAC-GCGGC-AAGTGGACCTTGGTCA-  45

seq1  TCACACCTCTAGACATTAGGGTTATAACACTTGAAGGCTATGTCACACCT  100
      ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||| ||
seq2  TCACACCTCTAGACATTAGGGT--AAACACTTGAAGGCTATTTCACA-CT  92

seq1  CATTGCACAACAATGATGATGGTGCCAATGCCAGGTATACACATCCCTGG  150
      || ||||||   |||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||
seq2  CA-TGCACA--CATGATGAT-GTG-CGATGCAAGGTATACACATCCCTGG  137

seq1  TTAATTCTACTGTAGTTCCACATAGTGCACTGACCCTCAAATGAGTGTGC  200
      |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T--AATCTACTGTAGTTCCACATAGTGCACTGACCCTCAAATGAGTGTGC  185

seq1  CATGCGGTCATGTCCTGTGCTGAGGCAATCCATCGCTAGTCATCAGTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCGGTCATGTCCTGTGCTGAGGCAATCCATCGCTAGTCATCAGTGTT  235

seq1  AGGAGACCACCAGGTCCCCACCTGCTTTGGGGGCCTCTCTTCCAACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACCACCAGGTCCCCACCTGCTTTGGGGGCCTCTCTTCCAACACAC  285

seq1  CATTCTATAGCCTGAGATGGACAGTATTCATGCCACCACGTAGAATGAGT  350
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTATAG-CTGAGATGGACAGTATTCATGCCACCACGTAGAATGAGT  334

seq1  GTGACAGTGACCCCTCCTAGGGCCACTGGTCAGAGATCCCACATGTGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGTGACCCCTCCTAGGGCCACTGGTCAGAGATCCCACATGTGACT  384

seq1  GTGGTCAAACAAATCAGTCAGGTTGTCATTTCCCTTAACTCCCGTCACGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCAAACAAATCAGTCAGGTTGTCATTTCCCTTAACTCCCGTCACGA  434

seq1  GGTGATATTTCTTTTTTCAGAAACGTATAAAAAAATGAACATTCCTGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATATTTCTTTTTTCAGAAACGTATAAAAAAATGAACATTCCTGTAG  484

seq1  GTGTGTCTTCACATACTTTAAAGAACTCCGATGTCAAATTGATGAAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCTTCACATACTTTAAAGAACTCCGATGTCAAATTGATGAAATCA  534

seq1  GTAAGTAACAGAAATACAGTTCTTTTCTTTGTTTGTTTCTTTTGCTTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTAACAGAAATACAGTTCTTTTCTTTGTTTGTTTCTTTTGCTTTGC  584

seq1  TTTGCTTTGCCTCAAATCCAGGACCTTGCACATATTCTTGCACCCGAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTGCCTCAAATCCAGGACCTTGCACATATTCTTGCACCCGAACA  634

seq1  AGCAGTATGAAACGTGACTCAGAAATAGTGGCAAACCTTAAGCTGTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTATGAAACGTGACTCAGAAATAGTGGCAAACCTTAAGCTGTCCTG  684

seq1  GACCCCATACTTCCCTACAGCTGAGCCTAAATCAATTCCTACAGTGCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCATACTTCCCTACAGCTGAGCCTAAATCAATTCCTACAGTGCCTG  734

seq1  ACTGAGGGAATGTCAGCAGTTGTCCACAAGGGCTCTTCATACTCCCATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGGAATGTCAGCAGTTGTCCACAAGGGCTCTTCATACTCCCATTC  784

seq1  TTTTATATGGAACCTATCAGCAGCCATTACCACAAGCCAGCCTTGATCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATGGAACCTATCAGCAGCCATTACCACAAGCCAGCCTTGATCAG  834

seq1  GGAACAGACCAGATGAATGACATCTGAGCTATAGCTCAGTGAGCAGACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGACCAGATGAATGACATCTGAGCTATAGCTCAGTGAGCAGACAC  884

seq1  ACAGCCCACAGTAGGTTATGTCATAGCAGTAAACAGTACAGTTCCTAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCACAGTAGGTTATGTCATAGCAGTAAACAGTACAGTTCCTAAAC  934

seq1  AGCCAGCATGGTGCCAGTGCCAGCAGGTGCTTCATTCCAGATCTTGTGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCATGGTGCCAGTGCCAGCAGGTGCTTCATTCCAGATCTTGTGAA  984

seq1  CACAAGAGTCAGTGTAGTAAGCCTGCTGTCTCTGTGTGATCCCGACCTCG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGAGTCAGTGTAGTAAGCCTGCTGTCTCTGTGTGATCCCGACCTCG  1034

seq1  ACTGCATGGATCCCCTCTTGCCAGAGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATGGATCCCCTCTTGCCAGAGAATTC  1065