BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059F04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 108,118,156 - 108,282,965
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKcna4
Downstream geneLOC100043078, LOC668790, LOC623003, LOC100043423, LOC623031, Mett5d1, Kif18a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059F04.bB6Ng01-059F04.g
ACCDH880640DH880641
length9431,044
definitionDH880640|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059F04, 5' end.DH880641|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059F04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,282,021 - 108,282,965)(108,118,156 - 108,119,203)
sequence
gaattctctattaacagatgtgattcatgccagaagtatactattgagaa
cgttatcataattataatcataatatatattaagaatatatgatatatat
gcatatatatatatatgttcattaatagaagtttttaatatgggtttaaa
catggacatcaagagagagaaaaggaaagaaacagaagacagagaaacaa
acttatggaagagacagtacacctccaagatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatacatatatatatcac
aatataaggatatacttactgatttattaacaatagccatggttatagtt
actatctgtgatatatattggtattaggagacaacatgaccaaggcaatt
cttataaaataaagcatttaattgggggttttgcttacagtttcagtggt
tagttcattatcattatgtcaggaagggtggtggcaagcaagcagacatg
atgctgcataaataactgagaacttacatctgatctacaaatagcaagca
gaaagagacacaggccctgtcatgaggttttgaaaccctaagtcctactc
ttaatacacaaagcctctatgaagactccatcctcatccttcataaactg
tttatccactgagaaataagcattcacatatatctgactacggggccatt
ttcattcaaaccacccccaatttgcatatacaaatttggtcaatttaaat
tatttctgagaaatgggacatttctttgttgtttgctttgctttgactat
aaacacaacaatattctttaaagatttttcaatggcaaagcacaggtttg
tcagcagtggaggcacaggtcaaactcagatatcatgcaacaaagataaa
agggatctctgtgtgtatgtgtgtgaatgtgtgtgtgtgtgtg
gaattcctccttaacatctattggcaagtagcattaagtatttgttcatt
tatgaatcattatcatctatgacattgcctgaaatgtgacagacttctga
gtttccaactcttgctatcaaatgaaaggacaaagtttccatatgaaagc
tatgtgcttacatgtagtcagaagctagaatgcacttacatgcttgaata
cactctagttactatgttcatgtactggcaatgaattttccatcctaatg
gtaaagatgctgaaactaagcccacattaaatgtttctaaaatacataaa
aaagctagcagtttcagggtcaaaattgtgttcctggaagttcaaaacag
agggttaacacagtgggtttgatattgagggccaggtatattgtggtgct
atagcatttttgtttcaggctttcatctatgacagaaatatttaacaagg
ctcattttctgaagtataaattatgagtgatgtatacttcacatggtcat
agtcatgtgtaaatttcataactcatgacagtgtttcacataacctctat
catatggaatagcttgataacaggcatagtgccttgtcttatcgctctta
cagagatgtaacctgtgcagaagagggagcattaactgacagaatgctac
ttgagagatttacattgttttgcatcttttgatctaatgtattaaatata
atgcattactatacattcttctgttctgaaaggttaacttgaatctctct
gattagaaagtagattgccttagttatcactatctaccttcttctcttta
tcctcattaaaaacagctaattgcctgttaaacagattttttaattctgg
tttcagaatcagtttctcatgttaaaaaatagtttagtacagctttcgaa
tttcactaggtttccaaagatagaccagcaattataactattggaggaat
tgtttatatcatcgtgtatgacctaacaacagttcctctaactcaactag
ggattcatccttggtgcttttacttattattaatatcaatgata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_108282021_108282965
seq2: B6Ng01-059F04.b_50_992 (reverse)

seq1  CACACACACACACACATACACACACATACACACAGAGATCCCTTTTATCT  50
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACATTCACACACATACACACAGAGATCCCTTTTATCT  50

seq1  TTGTTGCATGATATCTGAGTTTGACCTGTGCCTCCACTGCTGACAAACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCATGATATCTGAGTTTGACCTGTGCCTCCACTGCTGACAAACCT  100

seq1  GTGCTTTGCCATTGAAAAATCTTTAAAGAATATTGTTGTGTTTATAGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTGCCATTGAAAAATCTTTAAAGAATATTGTTGTGTTTATAGTCA  150

seq1  AAGC-AAGCAAACAACAAAGAAATGT-CCATTTCTCAGAAATAATTTAAA  198
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAGCAAACAACAAAGAAATGTCCCATTTCTCAGAAATAATTTAAA  200

seq1  TTGACCAAATTTGTATATGCAAATTTGGGGTGGTTTGAATGAAAATGGCC  248
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCAAATTTGTATATGCAAATTGGGGGTGGTTTGAATGAAAATGGCC  250

seq1  CCGTAGTCAGATATATGTGAATGCTTATTTCTCAGTGGATAAACAGTTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTAGTCAGATATATGTGAATGCTTATTTCTCAGTGGATAAACAGTTTA  300

seq1  TGAAGGATGAGGATGGAGTCTTCATAGAGGCTTTGTGTATTAAGAGTAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGATGAGGATGGAGTCTTCATAGAGGCTTTGTGTATTAAGAGTAGG  350

seq1  ACTTAGGGTTTCAAAACCTCATGACAGGGCCTGTGTCTCTTTCTGCTTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGGTTTCAAAACCTCATGACAGGGCCTGTGTCTCTTTCTGCTTGC  400

seq1  TATTTGTAGATCAGATGTAAGTTCTCAGTTATTTATGCAGCATCATGTCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTAGATCAGATGTAAGTTCTCAGTTATTTATGCAGCATCATGTCT  450

seq1  GCTTGCTTGCCACCACCCTTCCTGACATAATGATAATGAACTAACCACTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTTGCCACCACCCTTCCTGACATAATGATAATGAACTAACCACTG  500

seq1  AAACTGTAAGCAAAACCCCCAATTAAATGCTTTATTTTATAAGAATTGCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTAAGCAAAACCCCCAATTAAATGCTTTATTTTATAAGAATTGCC  550

seq1  TTGGTCATGTTGTCTCCTAATACCAATATATATCACAGATAGTAACTATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCATGTTGTCTCCTAATACCAATATATATCACAGATAGTAACTATA  600

seq1  ACCATGGCTATTGTTAATAAATCAGTAAGTATATCCTTCTATTGTGATAT  648
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACCATGGCTATTGTTAATAAATCAGTAAGTATATCCTTATATTGTGATAT  650

seq1  ATATATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  698
      |||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATG----TATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  696

seq1  ATATATATATATATATATCTTGGAGGTGTACTGTCTCTTCCATAAGTTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATCTTGGAGGTGTACTGTCTCTTCCATAAGTTTG  746

seq1  TTTCTCTGTCTTCTGTTTCTTTCCTTTTCTCTCTCTTGATGTCCATGTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGTCTTCTGTTTCTTTCCTTTTCTCTCTCTTGATGTCCATGTTT  796

seq1  AAACCCATATTAAAAACTTCTATTAATGAACATATATATATATATGCATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCATATTAAAAACTTCTATTAATGAACATATATATATATATGCATA  846

seq1  TATATCATATATTCTTAATATATATTATGATTATAATTATGATAACGTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCATATATTCTTAATATATATTATGATTATAATTATGATAACGTTC  896

seq1  TCAATAGTATACTTCTGGCATGAATCACATCTGTTAATAGAGAATTC  945
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAGTATACTTCTGGCATGAATCACATCTGTTAATAGAGAATTC  943

seq1: chr2_108118156_108119203
seq2: B6Ng01-059F04.g_68_1111

seq1  GAATTCCTCCTTAACATCTATTGGCAAGTAGCATTAAGTATTTGTTCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTTAACATCTATTGGCAAGTAGCATTAAGTATTTGTTCATT  50

seq1  TATGAATCATTATCATCTATGACATTGCCTGAAATGTGACAGACTTCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATCATTATCATCTATGACATTGCCTGAAATGTGACAGACTTCTGA  100

seq1  GTTTCCAACTCTTGCTATCAAATGAAAGGACAAAGTTTCCATATGAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAACTCTTGCTATCAAATGAAAGGACAAAGTTTCCATATGAAAGC  150

seq1  TATGTGCTTACATGTAGTCAGAAGCTAGAATGCACTTACATGCTTGAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCTTACATGTAGTCAGAAGCTAGAATGCACTTACATGCTTGAATA  200

seq1  CACTCTAGTTACTATGTTCATGTACTGGCAATGAATTTTCCATCCTAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTAGTTACTATGTTCATGTACTGGCAATGAATTTTCCATCCTAATG  250

seq1  GTAAAGATGCTGAAACTAAGCCCACATTAAATGTTTCTAAAATACATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGATGCTGAAACTAAGCCCACATTAAATGTTTCTAAAATACATAAA  300

seq1  AAAGCTAGCAGTTTCAGGGTCAAAATTGTGTTCCTGGAAGTTCAAAACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAGCAGTTTCAGGGTCAAAATTGTGTTCCTGGAAGTTCAAAACAG  350

seq1  AGGGTTAACACAGTGGGTTTGATATTGAGGGCCAGGTATATTGTGGTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTAACACAGTGGGTTTGATATTGAGGGCCAGGTATATTGTGGTGCT  400

seq1  ATAGCATTTTTGTTTCAGGCTTTCATCTATGACAGAAATATTTAACAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATTTTTGTTTCAGGCTTTCATCTATGACAGAAATATTTAACAAGG  450

seq1  CTCATTTTCTGAAGTATAAATTATGAGTGATGTATACTTCACATGGTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTTCTGAAGTATAAATTATGAGTGATGTATACTTCACATGGTCAT  500

seq1  AGTCATGTGTAAATTTCATAACTCATGACAGTGTTTCACATAACCTCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGTGTAAATTTCATAACTCATGACAGTGTTTCACATAACCTCTAT  550

seq1  CATATGGAATAGCTTGATAACAGGCATAGTGCCTTGTCTTATCGCTCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGAATAGCTTGATAACAGGCATAGTGCCTTGTCTTATCGCTCTTA  600

seq1  CAGAGATGTAACCTGTGCAGAAGAGGGAGCATTAACTGACAGAATGCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATGTAACCTGTGCAGAAGAGGGAGCATTAACTGACAGAATGCTAC  650

seq1  TTGAGAGATTTACATTGTTTTGCATCTTTTGATCTAATGTATTAAATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGATTTACATTGTTTTGCATCTTTTGATCTAATGTATTAAATATA  700

seq1  ATGCATTACTATACATTCTTCTGTTCTGAAAGGTTAACTTGAATCTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTACTATACATTCTTCTGTTCTGAAAGGTTAACTTGAATCTCTCT  750

seq1  GATTAGAAAGTAGATTGCCTTAGTTATCACTATCTACCTTCTTCTCTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGAAAGTAGATTGCCTTAGTTATCACTATCTACCTTCTTCTCTTTA  800

seq1  TCCTCATTAAAAACAGCTAATTGCCTGTTAAACAGATTTTTTAATTCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATTAAAAACAGCTAATTGCCTGTTAAACAGATTTTTTAATTCTGG  850

seq1  TTTCAGAATCAGTTTCTCATGTTAAAAAATAGTTTAGTACAGCTTTCGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAATCAGTTTCTCATGTTAAAAAATAGTTTAGTACAGCTTTCGAA  900

seq1  TTTACACTAGGTTTCCAAAGATAGACCAGCAAATATAACTA-TGGAAGAA  949
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||
seq2  TTT-CACTAGGTTTCCAAAGATAGACCAGCAATTATAACTATTGGAGGAA  949

seq1  ATGTTTTAATATCCATCGTGTATGACCTACAAACAGTCCTCCTAACTCAA  999
       |||||  |||| ||||||||||||||||  |||||| |  |||||||||
seq2  TTGTTT--ATAT-CATCGTGTATGACCTAACAACAGTTCCTCTAACTCAA  996

seq1  CTAGGGATTCATCCTT-GTGCTTTTAACTTATTAATAAATATCAATGATA  1048
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||
seq2  CTAGGGATTCATCCTTGGTGCTTTT-ACTTATT-ATTAATATCAATGATA  1044