BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060K06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 95,290,884 - 95,375,830
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043259
Downstream geneLOC100042843
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060K06.bB6Ng01-060K06.g
ACCDH881559DH881560
length1,1641,167
definitionDH881559|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060K06, 5' end.DH881560|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060K06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,290,884 - 95,292,051)(95,374,631 - 95,375,830)
sequence
gaattccatttgcccctgaaagtatctgaaagtacacaaggttgattcca
gaagaaactaactggacttggaatttcaagaaatacctgaggctacacat
acatagaatgaagacagaatgttctcaagagcaagacagacatcacatat
tccataaagatgacaatttggtcaagagtaggatccataatgattgactg
atattgctccccttcccttctgttactagaaatatggggagtcatgaaaa
agttgatatatgttactggggaaatagagatcccccttaaagcttattat
tcttgttaataaaattatctaagaactgactcaaaggaagatggaagata
atagtatttgctgtacatctttgcattaggttgaggaagaaggcaaagaa
aggaaagagaaaaagccataccacttgagttgagttggcatagaggtcag
ccatattgatagaaaggcagccatattgtaggaagaagaactttataaaa
agagcaaagcaaaataaaatcgatcaaatgaacatataaacaatccctct
caaactaccagaggaagcatagttatgttctagtcaacatgtgaaagaaa
aagaagaaaagaaaaaagaaaaagctatggttttctgaatcaatagtcag
cagaatagacaaactccacagaagctcatggatgctctggactgatgagc
ctagggggacagatttctggtagtaaatatgatatttcagttgagggata
attattcctcttatctctttaagattacttcacctccctgaaggatgatc
ccttagccaggtaattgaccttctcaattggattaactttaactggaagg
agacagtagcaagtagattccatttttcacagtaacacatacctatacaa
cctgccacttggggatgagatataaaagattttttaggatgttaatctgc
tgtcctgtcaaagtgctgcccctctgaataaagcagaacttaccttttta
atgatgcttctttcccccatatctaaacgggcagcagcaagctctgaatt
cccatttagctatgtttgggaggtccttaaaaggatggatggtgtttttg
cctcaatataaacttagattcctcatccgctaagttggatctctgaaggt
gtgtaggaagataa
gaattcataagactctgatcttagtctgagcaccagggactctgggggca
aacaagacttttgaaaactatattgagtagtttagggatctcaaaatttt
atttttgctttctgattaattctattcttgaaatgatttgtagagcctta
tgttgatttgacttctaatttttataaatatggtttgattctttgtgtac
tgtgctttctagttaggaattaaattactgctagagtcttaatttttttg
tattccctgtggcactatgagaaaatttgaacaaatgtttccaattagcc
agtgtgtatgagaaatgtcacatatttgtttcactcttcaataagactac
gagacaagtatcatcaccgatgtaatggggattttattaaggctctgata
ataatcaaatttcccaagcttatttaagtgtctgaatccaaatatgaacc
cacatatgttactttaccttcttgctatttttcatcccacaataactttt
atgagtctaggcaaatgatttgacaataaataagcttagtttatctaggt
taactatcaatcctgggaacaactgagtacaacatgtaagataatctgga
tagcatcagagttaagtatgccttgagtatctactgtggcctagtgagta
tattgactgatacaagaaattattagcaatatattatagaaaccactacc
ggaatacccaactcccaaatcaaacttcttctacttctactttttcattc
ttttgtcttatttcctcttgtcatttgtcttctgttcttgtcacaaacat
ctatagcactaattctaattcctatgtttaggtcatgagagatgctttat
gaaatcatcagacactttcatctcttcctccaagaactcaattatctccc
tctcataatggaatataatgtaaatctgacatgttaaaccaggagattga
cttctgattttatagctcattatgttacataagttagtcataactatggc
agtgtatacattatcaactgccatgtaatcatggatctgaaagagaactc
gaaatgtaccttgattgacttctcaactaagtcatcagattattgattag
acaatgaaatgttcattgaacatcatatccggcttaccttagcctgtata
agaaagttgacctgggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_95290884_95292051
seq2: B6Ng01-060K06.b_43_1206

seq1  GAATTCCATTTGCCCCTGAAAGTATCTGAAAGTACACAAGGTTGATTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTGCCCCTGAAAGTATCTGAAAGTACACAAGGTTGATTCCA  50

seq1  GAAGAAACTAACTGGACTTGGAATTTCAAGAAATACCTGAGGCTACACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAACTAACTGGACTTGGAATTTCAAGAAATACCTGAGGCTACACAT  100

seq1  ACATAGAATGAAGACAGAATGTTCTCAAGAGCAAGACAGACATCACATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAATGAAGACAGAATGTTCTCAAGAGCAAGACAGACATCACATAT  150

seq1  TCCATAAAGATGACAATTTGGTCAAGAGTAGGATCCATAATGATTGACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAAAGATGACAATTTGGTCAAGAGTAGGATCCATAATGATTGACTG  200

seq1  ATATTGCTCCCCTTCCCTTCTGTTACTAGAAATATGGGGAGTCATGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCTCCCCTTCCCTTCTGTTACTAGAAATATGGGGAGTCATGAAAA  250

seq1  AGTTGATATATGTTACTGGGGAAATAGAGATCCCCCTTAAAGCTTATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATATATGTTACTGGGGAAATAGAGATCCCCCTTAAAGCTTATTAT  300

seq1  TCTTGTTAATAAAATTATCTAAGAACTGACTCAAAGGAAGATGGAAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTAATAAAATTATCTAAGAACTGACTCAAAGGAAGATGGAAGATA  350

seq1  ATAGTATTTGCTGTACATCTTTGCATTAGGTTGAGGAAGAAGGCAAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATTTGCTGTACATCTTTGCATTAGGTTGAGGAAGAAGGCAAAGAA  400

seq1  AGGAAAGAGAAAAAGCCATACCACTTGAGTTGAGTTGGCATAGAGGTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAGAAAAAGCCATACCACTTGAGTTGAGTTGGCATAGAGGTCAG  450

seq1  CCATATTGATAGAAAGGCAGCCATATTGTAGGAAGAAGAACTTTATAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTGATAGAAAGGCAGCCATATTGTAGGAAGAAGAACTTTATAAAA  500

seq1  AGAGCAAAGCAAAATAAAATCGATCAAATGAACATATAAACAATCCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAAGCAAAATAAAATCGATCAAATGAACATATAAACAATCCCTCT  550

seq1  CAAACTACCAGAGGAAGCATAGTTATGTTCTAGTCAACATGTGAAAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTACCAGAGGAAGCATAGTTATGTTCTAGTCAACATGTGAAAGAAA  600

seq1  AAGAAGAAAAGAAAAAAGAAAAAGCTATGGTTTTCTGAATCAATAGTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAAAAGAAAAAAGAAAAAGCTATGGTTTTCTGAATCAATAGTCAG  650

seq1  CAGAATAGACAAACTCCACAGAAGCTCATGGATGCTCTGGACTGATGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAGACAAACTCCACAGAAGCTCATGGATGCTCTGGACTGATGAGC  700

seq1  CTAGGGGGACAGATTTCTGGTAGTAAATATGATATTTCAGTTGAGGGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGGGACAGATTTCTGGTAGTAAATATGATATTTCAGTTGAGGGATA  750

seq1  ATTATTCCTCTTATCTCTTTAAGATTACTTCACCTCCCTGAAGGATGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCCTCTTATCTCTTTAAGATTACTTCACCTCCCTGAAGGATGATC  800

seq1  CCTTAGCCAGGTAATTGACCTTCTCAATTGGATTAACTTTAACTGGAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCCAGGTAATTGACCTTCTCAATTGGATTAACTTTAACTGGAAGG  850

seq1  AGACAGTAGCAAGTAGATTCCATTTTTCACAGTAACACATACCTATACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTAGCAAGTAGATTCCATTTTTCACAGTAACACATACCTATACAA  900

seq1  CCTGCCACTTGGGGATGAGATATAAAAGATTTTTTAGGATGTTAATCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCACTTGGGGATGAGATATAAAAGATTTTTTAGGATGTTAATCTGC  950

seq1  TGTCCTGTCAAAGTGCTGCCCCTCTGAATAAAGCAGAACTTACCTTTTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGTCAAAGTGCTGCCCCTCTGAATAAAGCAGAACTTACCTTTTTA  1000

seq1  ATTGATGCTTCTTTCCACCCATATCTAAAAGGGGCAGGCAGCAAGCTCTG  1050
      | |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||
seq2  A-TGATGCTTCTTTCC-CCCATATCT-AAACGGGCA-GCAGCAAGCTCTG  1046

seq1  AATTCCCATTTTAGCTATGTTTTGGGAGGTCCTTAAAAGGATGGATGTGT  1100
      |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   
seq2  AATTCCCA-TTTAGCTATG-TTTGGGAGGTCCTTAAAAGGATGGATGGTG  1094

seq1  TTTTTGCCTCATATTAGACTTAG-TTCCTCAT-CGCTAAGATGGAATCTC  1148
      |||||||||||   || |||||| |||||||| ||||||| ||| |||||
seq2  TTTTTGCCTCAATATAAACTTAGATTCCTCATCCGCTAAGTTGG-ATCTC  1143

seq1  TGAAGGTGTGTA-GTAGATAA  1168
      |||||||||||| | ||||||
seq2  TGAAGGTGTGTAGGAAGATAA  1164

seq1: chr2_95374631_95375830
seq2: B6Ng01-060K06.g_69_1235 (reverse)

seq1  ACCCAGGTCAAACTTTCTCTTATACATGCTCTAGCGTAAGGCCCTGTAAT  50
      ||||||||| |||||  ||||||||| |  |||  |||||  || |  ||
seq2  ACCCAGGTC-AACTT--TCTTATACAGG--CTAAGGTAAG--CCGGATAT  43

seq1  GATTGTTACAATGGACATATTTTCAATTGTCTTTATCAATAATCTTTGAT  100
      || |||| ||||| |||   |||| |||||| | ||||||||||  ||||
seq2  GA-TGTT-CAATGAACA---TTTC-ATTGTC-TAATCAATAATC--TGAT  84

seq1  GACTTTTATGTTTGTGAGAGTCAATC-AGGTACATTTCTGGTTTCTTCTT  149
      ||||    |  ||| || |||||||| |||||||||||  |||   ||||
seq2  GACT----TAGTTGAGA-AGTCAATCAAGGTACATTTCGAGTT--CTCTT  127

seq1  TCAGATCCAATGAATTACATGGCAGTTGATAAATGTAATACCACTGCCAT  199
      |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||
seq2  TCAGATCC-ATG-ATTACATGGCAGTTGAT-AATGT-ATA-CACTGCCAT  172

seq1  AGTTATGACTAACTTATGTAACATAATGGGCTATAAAATCAGAAGTCAAT  249
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  AGTTATGACTAACTTATGTAACATAATGAGCTATAAAATCAGAAGTCAA-  221

seq1  TCTCCTGGTTTAAACATGTCAGAATTTACATTATATTCCCATTATGAGAG  299
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCTCCTGGTTT-AACATGTCAG-ATTTACATTATATT-CCATTATGAGAG  268

seq1  GGAGGTTAATTGAGTTCTTTGGAGGAAGGGATGAAAGTGTCTGATGATTT  349
      ||| | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGA-GATAATTGAGTTC-TTGGAGGAAGAGATGAAAGTGTCTGATGATTT  316

seq1  CATAAAGCATCTCTCATGACCTAAACATAGGAATTAGAATTAGTGCTATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGCATCTCTCATGACCTAAACATAGGAATTAGAATTAGTGCTATA  366

seq1  GATGTTTGTGACAAGAACAGAAGACAAATGACAAGAGGAAATAAGACAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTGTGACAAGAACAGAAGACAAATGACAAGAGGAAATAAGACAAA  416

seq1  AGAATGAAAAAGTAGAAGTAGAAGAAGTTTGATTTGGGAGTTGGGTATTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAAAAAGTAGAAGTAGAAGAAGTTTGATTTGGGAGTTGGGTATTC  466

seq1  CGGTAGTGGTTTCTATAATATATTGCTAATAATTTCTTGTATCAGTCAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTAGTGGTTTCTATAATATATTGCTAATAATTTCTTGTATCAGTCAAT  516

seq1  ATACTCACTAGGCCACAGTAGATACTCAAGGCATACTTAACTCTGATGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCACTAGGCCACAGTAGATACTCAAGGCATACTTAACTCTGATGCT  566

seq1  ATCCAGATTATCTTACATGTTGTACTCAGTTGTTCCCAGGATTGATAGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGATTATCTTACATGTTGTACTCAGTTGTTCCCAGGATTGATAGTT  616

seq1  AACCTAGATAAACTAAGCTTATTTATTGTCAAATCATTTGCCTAGACTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAGATAAACTAAGCTTATTTATTGTCAAATCATTTGCCTAGACTCA  666

seq1  TAAAAGTTATTGTGGGATGAAAAATAGCAAGAAGGTAAAGTAACATATGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTATTGTGGGATGAAAAATAGCAAGAAGGTAAAGTAACATATGT  716

seq1  GGGTTCATATTTGGATTCAGACACTTAAATAAGCTTGGGAAATTTGATTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCATATTTGGATTCAGACACTTAAATAAGCTTGGGAAATTTGATTA  766

seq1  TTATCAGAGCCTTAATAAAATCCCCATTACATCGGTGATGATACTTGTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGAGCCTTAATAAAATCCCCATTACATCGGTGATGATACTTGTCT  816

seq1  CGTAGTCTTATTGAAGAGTGAAACAAATATGTGACATTTCTCATACACAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGTCTTATTGAAGAGTGAAACAAATATGTGACATTTCTCATACACAC  866

seq1  TGGCTAATTGGAAACATTTGTTCAAATTTTCTCATAGTGCCACAGGGAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAATTGGAAACATTTGTTCAAATTTTCTCATAGTGCCACAGGGAAT  916

seq1  ACAAAAAAATTAAGACTCTAGCAGTAATTTAATTCCTAACTAGAAAGCAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAAATTAAGACTCTAGCAGTAATTTAATTCCTAACTAGAAAGCAC  966

seq1  AGTACACAAAGAATCAAACCATATTTATAAAAATTAGAAGTCAAATCAAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACAAAGAATCAAACCATATTTATAAAAATTAGAAGTCAAATCAAC  1016

seq1  ATAAGGCTCTACAAATCATTTCAAGAATAGAATTAATCAGAAAGCAAAAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGCTCTACAAATCATTTCAAGAATAGAATTAATCAGAAAGCAAAAA  1066

seq1  TAAAATTTTGAGATCCCTAAACTACTCAATATAGTTTTCAAAAGTCTTGT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTTGAGATCCCTAAACTACTCAATATAGTTTTCAAAAGTCTTGT  1116

seq1  TTGCCCCCAGAGTCCCTGGTGCTCAGACTAAGATCAGAGTCTTATGAATT  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCCCAGAGTCCCTGGTGCTCAGACTAAGATCAGAGTCTTATGAATT  1166

seq1  C  1200
      |
seq2  C  1167