BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061O03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 128,709,812 - 128,836,851
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1600015H20Rik, Zc3h8, LOC100043735, LOC100043736, Zc3h6
Upstream geneAcoxl, Bcl2l11, LOC100043424, LOC100043729, LOC383791, LOC100043730, Gm355, Anapc1, Mertk, Tmem87b
Downstream geneLOC668894, Ttl, LOC100043738, Rpo1-2, Chchd5, LOC545461, LOC100043431, Slc20a1, A730036I17Rik, LOC671466, Ckap2l, Il1a, Il1b, OTTMUSG00000015529, LOC668896, F830045P16Rik, Sirpa, Pdyn, Ppia-ps2_1620.1, Stk35
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061O03.bB6Ng01-061O03.g
ACCDH882442DH882443
length1,1461,028
definitionDH882442|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061O03, 5' end.DH882443|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061O03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,835,683 - 128,836,851)(128,709,812 - 128,710,838)
sequence
gaattctgtttaccatcttatttattcttatgcataattgggtacataca
tgattgaaatctgatgtattatgggaagagatataagcaataagaaagct
attatatgaactaagcaaaatagagaactaagggctgaaccaatggcaag
tagttaagggcactggctactcttccaaaggacccatcatccacgtggca
gctcacacatctgtaactctactgtaggggatctgacacacttttttttg
accctccaaggacacatgcatgagcacttattttcaatctttggataaaa
tcccaggtttttttttttttaaaaacctaatcccttgtaacattttggag
tattggtcaaagtgattttttttttagtgtcagaataaaatagattctga
tcagattaaaatattctcaaattcatagatcaataattctattttacaat
aaactgtatcaataggacaaaacctacaatagttcaatttctagctaatt
aataaaatactctttataagatatgatttaagtaaaatatgagaaaagtt
ctaacaaacttctaaccaatggtataaaaacactactcactttgtccaaa
agtttccttgtttctttagtcagatcatcatgggaaaacttacacttgtc
tccttggtagcactttgctccactatgatagaacttgcaaggaaattcac
ataaacaaaaatattaaggaacaaatcaagtaaaaccaaggctgattgtg
tgtgtgtgtgtgattgtgtgtgtgtttatctgtgtatccaccaggttgta
catgtggcagtcagagttcctctgtcattttcaaccttaatctttgagac
agactttatcatagaccccggagctcctcactcagctacactggctatca
ttgacttctagggatcagtttgtctctgtctgaccctagcactaggttca
cacacatgacactgcacccaacttgtgcatggtggcttgagctctgactc
agcttcctcaggttccagaagtactttactgactatcatctcagtcaaaa
aggaactgtaacaaagatgatactttcagcctctgctacacctaaatcac
attatagttataccttctaattgttgaaatattctcatttagactt
gaattcaaatttcttgatattgaagtagctagaatcattaaataaattaa
ttaatagacaaagtaattgatagtgaaggtgtaggagcccaagcgaaact
ccatgtctaactgtgtagaccttcactgaggtggacagagccggggcgag
gccggtgtctgagtggctgccttaagctagctgtgctatgccttatttgt
gagttggttagaataaagtgattgtatttttaaaaaatgttcaaaatggg
atcttggatattttccatctcattaagtgtaaattgggcctggatgctaa
ccctgtgctgatggaacagaatatttgtatgtcacaaccctctggaccga
catgctgctaggctcagcctctcccaggttggcatgccgtgcctgtactg
gcacccatggatgttgtgttcagccagagccccacagcaatgccagggag
ctgctattgaatcttctcaggggacagtgacagtcctgatgatatgaatg
agactcagcgttgctgagcttcagtctttcccgggaagatggtgtgacaa
gttgtcagcctgtgtgaacccgtgcgtctagggagatgacttagcaggtc
aagtgtttgctatgcaagcataggtcctgagctcggagccccacctaaaa
gcagggtgtgatggtgtgcgctacgtaagcctagcactggggagtagagg
gacaggtgggccaccagaacctgctggtcagctagtctagctaaatgaca
aactctgagttttcaaaacctaagatgaagggactgggaaagattgctca
agggatcacttgctgctcttctagaagacctggctttgatacccagcacc
cacatggtggctcacaactgtctataactccagatccaggggacccaatg
ctctattctagactccatgggcaccatacacacacatgtcatacagacaa
aacgtgcagacaaaacatcatccacatggagtaaactaatcatggatgca
gtagagatacattcagtgatgacctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_128835683_128836851
seq2: B6Ng01-061O03.b_47_1192 (reverse)

seq1  AAGTCTTAAATGAGATATATTCTCAACAATTTTTAAGAAGGTATAACATA  50
      ||||| ||||||||| ||||| |||||||||    |||||||||||| ||
seq2  AAGTC-TAAATGAGA-ATATT-TCAACAATT----AGAAGGTATAAC-TA  42

seq1  TAAATGTTGATTCTAGGTGTAGCAGATGGCTGGAAGGTAATCATCTTTGT  100
      | |||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||   |||||||||||
seq2  T-AATG-TGATT-TAGGTGTAGCAGA-GGCTGAAAG--TATCATCTTTGT  86

seq1  TACAGTTCCTTTTTTGGACTGGGGATGATGGCTCAGTAAAGTACTTCTGA  150
      ||||||||||||||  |||| | |||||| | ||||||||||||||||| 
seq2  TACAGTTCCTTTTT--GACT-GAGATGATAG-TCAGTAAAGTACTTCTG-  131

seq1  GAGCCTGAGGGAGCTGAGTTCAGAGCTCAAGCACCCATGCACAAGTTGGG  200
      || ||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  GAACCTGAGGAAGCTGAG-TCAGAGCTCAAGCCACCATGCACAAGTTGGG  180

seq1  TGCAGTGTCATGTGTGTGGAACCCTAGTGCTAGGGGTCAGACAGAGACAA  250
      ||||||||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGTCATGTGTGTG--AACCTAGTGCTA-GGGTCAGACAGAGACAA  227

seq1  ACTGATCCCTAGAAGTCACTGATAGCCAGTGTAGCTGAGTGAGGAGCTCC  300
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCCCTAGAAGTCAATGATAGCCAGTGTAGCTGAGTGAGGAGCTCC  277

seq1  GGGGTCTATGATAAAGTCTGTCTCAAAGATTAAGGTTGAAAATGACAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTATGATAAAGTCTGTCTCAAAGATTAAGGTTGAAAATGACAGAG  327

seq1  GAACTCTGACTGCCACATGTACAACCTGGTGGATACACAGATAAACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTGACTGCCACATGTACAACCTGGTGGATACACAGATAAACACAC  377

seq1  ACACAATCACACACACACACACAATCAGCCTTGGTTTTACTTGATTTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATCACACACACACACACAATCAGCCTTGGTTTTACTTGATTTGTT  427

seq1  CCTTAATATTTTTGTTTATGTGAATTTCCTTGCAAGTTCTATCATAGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATATTTTTGTTTATGTGAATTTCCTTGCAAGTTCTATCATAGTGG  477

seq1  AGCAAAGTGCTACCAAGGAGACAAGTGTAAGTTTTCCCATGATGATCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGTGCTACCAAGGAGACAAGTGTAAGTTTTCCCATGATGATCTGA  527

seq1  CTAAAGAAACAAGGAAACTTTTGGACAAAGTGAGTAGTGTTTTTATACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGAAACAAGGAAACTTTTGGACAAAGTGAGTAGTGTTTTTATACCA  577

seq1  TTGGTTAGAAGTTTGTTAGAACTTTTCTCATATTTTACTTAAATCATATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTAGAAGTTTGTTAGAACTTTTCTCATATTTTACTTAAATCATATC  627

seq1  TTATAAAGAGTATTTTATTAATTAGCTAGAAATTGAACTATTGTAGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAGAGTATTTTATTAATTAGCTAGAAATTGAACTATTGTAGGTTT  677

seq1  TGTCCTATTGATACAGTTTATTGTAAAATAGAATTATTGATCTATGAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTATTGATACAGTTTATTGTAAAATAGAATTATTGATCTATGAATT  727

seq1  TGAGAATATTTTAATCTGATCAGAATCTATTTTATTCTGACACTAAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATATTTTAATCTGATCAGAATCTATTTTATTCTGACACTAAAAAA  777

seq1  AAAATCACTTTGACCAATACTCCAAAATGTTACAAGGGATTAGGTTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCACTTTGACCAATACTCCAAAATGTTACAAGGGATTAGGTTTTTA  827

seq1  AAAAAAAAAAAACCTGGGATTTTATCCAAAGATTGAAAATAAGTGCTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAACCTGGGATTTTATCCAAAGATTGAAAATAAGTGCTCAT  877

seq1  GCATGTGTCCTTGGAGGGTCAAAAAAAAGTGTGTCAGATCCCCTACAGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTCCTTGGAGGGTCAAAAAAAAGTGTGTCAGATCCCCTACAGTA  927

seq1  GAGTTACAGATGTGTGAGCTGCCACGTGGATGATGGGTCCTTTGGAAGAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTACAGATGTGTGAGCTGCCACGTGGATGATGGGTCCTTTGGAAGAG  977

seq1  TAGCCAGTGCCCTTAACTACTTGCCATTGGTTCAGCCCTTAGTTCTCTAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGTGCCCTTAACTACTTGCCATTGGTTCAGCCCTTAGTTCTCTAT  1027

seq1  TTTGCTTAGTTCATATAATAGCTTTCTTATTGCTTATATCTCTTCCCATA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTAGTTCATATAATAGCTTTCTTATTGCTTATATCTCTTCCCATA  1077

seq1  ATACATCAGATTTCAATCATGTATGTACCCAATTATGCATAAGAATAAAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCAGATTTCAATCATGTATGTACCCAATTATGCATAAGAATAAAT  1127

seq1  AAGATGGTAAACAGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGTAAACAGAATTC  1146

seq1: chr2_128709812_128710838
seq2: B6Ng01-061O03.g_70_1097

seq1  GAATTCAAATTTCTTGATATTGAAGTAGCTAGAATCATTAAATAAATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATTTCTTGATATTGAAGTAGCTAGAATCATTAAATAAATTAA  50

seq1  TTAATAGACAAAGTAATTGATAGTGAAGGTGTAGGAGCCCAAGCGAAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGACAAAGTAATTGATAGTGAAGGTGTAGGAGCCCAAGCGAAACT  100

seq1  CCATGTCTAACTGTGTAGACCTTCACTGAGGTGGACAGAGCCGGGGCGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTCTAACTGTGTAGACCTTCACTGAGGTGGACAGAGCCGGGGCGAG  150

seq1  GCCGGTGTCTGAGTGGCTGCCTTAAGCTAGCTGTGCTATGCCTTATTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGTGTCTGAGTGGCTGCCTTAAGCTAGCTGTGCTATGCCTTATTTGT  200

seq1  GAGTTGGTTAGAATAAAGTGATTGTATTTTTAAAAAATGTTCAAAATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGTTAGAATAAAGTGATTGTATTTTTAAAAAATGTTCAAAATGGG  250

seq1  ATCTTGGATATTTTCCATCTCATTAAGTGTAAATTGGGCCTGGATGCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGATATTTTCCATCTCATTAAGTGTAAATTGGGCCTGGATGCTAA  300

seq1  CCCTGTGCTGATGGAACAGAATATTTGTATGTCACAACCCTCTGGACCGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGCTGATGGAACAGAATATTTGTATGTCACAACCCTCTGGACCGA  350

seq1  CATGCTGCTAGGCTCAGCCTCTCCCAGGTTGGCATGCCGTGCCTGTACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGCTAGGCTCAGCCTCTCCCAGGTTGGCATGCCGTGCCTGTACTG  400

seq1  GCACCCATGGATGTTGTGTTCAGCCAGAGCCCCACAGCAATGCCAGGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCATGGATGTTGTGTTCAGCCAGAGCCCCACAGCAATGCCAGGGAG  450

seq1  CTGCTATTGAATCTTCTCAGGGGACAGTGACAGTCCTGATGATATGAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATTGAATCTTCTCAGGGGACAGTGACAGTCCTGATGATATGAATG  500

seq1  AGACTCAGCGTTGCTGAGCTTCAGTCTTTCCCGGGAAGATGGTGTGACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGCGTTGCTGAGCTTCAGTCTTTCCCGGGAAGATGGTGTGACAA  550

seq1  GTTGTCAGCCTGTGTGAACCCGTGCGTCTAGGGAGATGACTTAGCAGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCAGCCTGTGTGAACCCGTGCGTCTAGGGAGATGACTTAGCAGGTC  600

seq1  AAGTGTTTGCTATGCAAGCATAGGTCCTGAGCTCGGAGCCCCACCTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTGCTATGCAAGCATAGGTCCTGAGCTCGGAGCCCCACCTAAAA  650

seq1  GCAGGGTGTGATGGTGTGCGCTACGTAAGCCTAGCACTGGGGAGTAGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGTGTGATGGTGTGCGCTACGTAAGCCTAGCACTGGGGAGTAGAGG  700

seq1  GACAGGTGGGCCACCAGAACCTGCTGGTCAGCTAGTCTAGCTAAATGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTGGGCCACCAGAACCTGCTGGTCAGCTAGTCTAGCTAAATGACA  750

seq1  AACTCTGAGTTTTCAAAACCTAAGATGAAGGGACT-GGAAAGATTGCTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AACTCTGAGTTTTCAAAACCTAAGATGAAGGGACTGGGAAAGATTGCTCA  800

seq1  AGGGATCACTTGCTGCTCTTCTAGAAGACCTGGC-TTGATACCCAGCACC  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGGGATCACTTGCTGCTCTTCTAGAAGACCTGGCTTTGATACCCAGCACC  850

seq1  CACATGGTGGCTCACAACTGTCTATAACTCCAGATCCAGGGGACCCAATG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTGGCTCACAACTGTCTATAACTCCAGATCCAGGGGACCCAATG  900

seq1  CTCTATTCTAGACTCCATGGGCACCATACACACACATGTCATACAGACAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTCTAGACTCCATGGGCACCATACACACACATGTCATACAGACAA  950

seq1  AACGTGCAGACAAAACACCATCCACATGAAGTAAACTAATCATGGATGCA  998
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGCAGACAAAACATCATCCACATGGAGTAAACTAATCATGGATGCA  1000

seq1  GTAGAGAATACATTCAGTGATGACCTCTG  1027
      |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAG-ATACATTCAGTGATGACCTCTG  1028