BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062K05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 27,675,258 - 27,832,920
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol5a1
Upstream geneAbo, Surf6, Surf5-ps, Surf5, Rpl7a, Surf1, Surf2, Surf4, Gm711, Rexo4, Adamts13, 5930434B04Rik, Slc2a6, LOC665315, 1110002H13Rik, Adamtsl2, C630035N08Rik, Dbh, Sardh, Vav2, D2Bwg1423e, Brd3, Wdr5, Rxra
Downstream geneFcnb, Olfm1, Gm347, 1700007K13Rik, Mrps2, LOC665412, Gbgt1, Ralgds, Cel, Gtf3c5, Gfi1b, Tsc1, 1700026L06Rik, 1190002A17Rik, LOC665643, Gtf3c4, Ddx31, Barhl1, LOC100033452, 1700101E01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062K05.bB6Ng01-062K05.g
ACCDH882973DH882974
length8421,008
definitionDH882973|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062K05, 5' end.DH882974|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062K05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,675,258 - 27,676,040)(27,831,912 - 27,832,920)
sequence
gaattccaagttcgaggctccagttgggaatttagcgagactctgtctcc
aaataaaaagcaagaggaaggctggtggtatatcacagcggaaggggctt
gcttagcgcacatgagaccctaaattcaatccctggcctctgaggtttgc
ttgagcccactgtggcatctaaaggcagaggaaatctcagcagcctcttg
ctgacaatgtggatggagcctcactatgtgccagccccacgaacattcat
actacagccatatagtgtgtggggtataaaccccgctttttttttcaaga
cagggtttctctgtgtagccttgactgtcctggaactcacttgtagatca
ggctggcctcgaactcaaaaatccgcctgcctctgcctcccaagtgctgg
gattaaagatgtgtgccaccactgcccggctcaggccttaacttttaata
gggttcttaaatgctttaatctcccttctagcccaccatccatcagaagt
ggtggaaaagaaaggttcttaggattctagggaagtggacctgttaagaa
attgctcttccaagcaaatcccatctgtgttgtcaggatataagcagcag
ttcagttcaccatattcagtagaggcagctcgctccactcacaaatactt
cacaaatacaccagctatccagttcagtagtgttgggatagcaaacatga
atcagcaatggtggaactgcttagcagagatagccagtcctcagcagagt
cggtacggtacgagtcagcagggagggaccaggactagcagggacaccag
gagcagtttatttgccgtgcctctctccaagaagtgggagat
gaattccaggccagaaccagccaggtctatggaggccagagacatgtctg
gttatggaaagggtatagctgctctcctccctgcagacgatatgcgacac
tgcagtagacctccatctgtggtcatcacctacaggaaacagacactagg
aagccatggtcctgtgatgagtgatggccaatggggatggatggagccat
ctacttgccaattccctgacctcaatgtctattagaaaatatgtcattga
cacaacatgaaataaatgacaattaaaagggcagaaatgatacactggga
aataccaatcacttagctcccaaactcccccgcatgtccacatgggagtg
ggggtgactaaacttatttgctcaggctaaccaaagacggtctggggtct
gggattcactgggccatgtgacccttgtggagtggaggtgacagctgatg
gagaaccatccccagcatgttagcacactcaacattcccatttagttctt
tttctttatatgtttgcatgtgagtgtataatgtacacatgtgtgtacaa
tgtatgtttacatgtaaacacatgtatgtgtgcatgaggacacggaggct
tgagacttatgtcaggagtcatccttggtcactgtctcattcacagaccc
agagattgccactgtaactagtcttgccagccagcttgctgtggtgagtc
ccctatctctgctttccagatagtatgtgcacaccatgaccacccagcat
ttcatggggtctatggacctgaactctggtcctcacatttgtgctgcaat
cccttccgtgcccctggggcattttctcagccccccccccgagctacccc
ctgcatttacgttttaatggtgttattaaaatataaatgaaactgtcata
aataatttcatgtatctcatcttgccttctgagtagattctttgagttca
ctaaaccacaaaagagcacacgaagtgggaaagggaaggggggaattgga
agggtgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_27675258_27676040
seq2: B6Ng01-062K05.b_42_825

seq1  GAATTCCAAGTTCGAGGCTCCAGTTGGGAATTTAGCGAGACTCTGTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTTCGAGGCTCCAGTTGGGAATTTAGCGAGACTCTGTCTCC  50

seq1  AAATAAAAAGCAAGAGGAAGGCTGGTGGTATATCACAGCGGAAGGGGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAAAGCAAGAGGAAGGCTGGTGGTATATCACAGCGGAAGGGGCTT  100

seq1  GCTTAGCGCACATGAGACCCTAAATTCAATCCCTGGCCTCTGAGGTTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGCGCACATGAGACCCTAAATTCAATCCCTGGCCTCTGAGGTTTGC  150

seq1  TTGAGCCCACTGTGGCATCTAAAGGCAGAGGAAATCTCAGCAGCCTCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCCCACTGTGGCATCTAAAGGCAGAGGAAATCTCAGCAGCCTCTTG  200

seq1  CTGACAATGTGGATGGAGCCTCACTATGTGCCAGCCCCACGAACATTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAATGTGGATGGAGCCTCACTATGTGCCAGCCCCACGAACATTCAT  250

seq1  ACTACAGCCATATAGTGTGTGGGGTATAAACCCCGCTTTTTTTTTCAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGCCATATAGTGTGTGGGGTATAAACCCCGCTTTTTTTTTCAAGA  300

seq1  CAGGGTTTCTCTGTGTAGCCTTGACTGTCCTGGAACTCACTTGTAGATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTTCTCTGTGTAGCCTTGACTGTCCTGGAACTCACTTGTAGATCA  350

seq1  GGCTGGCCTCGAACTCAAAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCCTCGAACTCAAAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGG  400

seq1  GATTAAAGATGTGTGCCACCACTGCCCGGCTCAGGCCTTAACTTTTAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAGATGTGTGCCACCACTGCCCGGCTCAGGCCTTAACTTTTAATA  450

seq1  GGGTTCTTAAATGCTTTAATCTCCCTTCTAGCCCACCATCCATCAGAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTTAAATGCTTTAATCTCCCTTCTAGCCCACCATCCATCAGAAGT  500

seq1  GGTGGAAAAGAAAGGTTCTTAGGATTCTAGGGAAGTGGACCTGTTAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAAAAGAAAGGTTCTTAGGATTCTAGGGAAGTGGACCTGTTAAGAA  550

seq1  ATTGCTCTTCCAAGCAAATCCCATCTGTGTTGTCAGGATATAAGCAGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCTTCCAAGCAAATCCCATCTGTGTTGTCAGGATATAAGCAGCAG  600

seq1  TTCAGTTCACCATATTCAGTAGAGGCAGCTCGCTCCACTCACAAATACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCACCATATTCAGTAGAGGCAGCTCGCTCCACTCACAAATACTT  650

seq1  CACAAATACACCAGCTATCCAGTTCAGTAGTGTTGGGATAGCAAACATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATACACCAGCTATCCAGTTCAGTAGTGTTGGGATAGCAAACATGA  700

seq1  ATCAGCAATGGTGGAACTGCTTAGCAGAGATAGCCAGTCCTCAGCAGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAATGGTGGAACTGCTTAGCAGAGATAGCCAGTCCTCAGCAGAGT  750

seq1  CGGTACGGTACGAGTCAGCA-GGAGGGACCAGGA  783
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CGGTACGGTACGAGTCAGCAGGGAGGGACCAGGA  784

seq1: chr2_27831912_27832920
seq2: B6Ng01-062K05.g_67_1074 (reverse)

seq1  TTCACCCCTCCAATTTCTCCCCTCCCTTTCCCACTTCGTGTGCTCTTTTG  50
      ||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCTTCCAATTCCCCCCTTCCCTTTCCCACTTCGTGTGCTCTTTTG  50

seq1  T-GTTTAGTGAAACTCAAAGAATCTATCTCAGAAGGCAAGATGAGATACA  99
      | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAGTG-AACTCAAAGAATCTA-CTCAGAAGGCAAGATGAGATACA  98

seq1  TG-AATTATTTATGACAGTTTCATTTATTATTTTAATAACACCATTAAAA  148
      || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTATTTATGACAGTTTCATTTA-TATTTTAATAACACCATTAAAA  147

seq1  CGTAAATGCAGGGGGTAGCTCGGGGGGGGGGCTGAGAAAATGCCCCAGGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAAATGCAGGGGGTAGCTCGGGGGGGGGGCTGAGAAAATGCCCCAGGG  197

seq1  GCACGGAAGGGATTGCAGCACAAATGTGAGGACCAGAGTTCAGGTCCATA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGGAAGGGATTGCAGCACAAATGTGAGGACCAGAGTTCAGGTCCATA  247

seq1  GACCCCATGAAATGCTGGGTGGTCATGGTGTGCACATACTATCTGGAAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCATGAAATGCTGGGTGGTCATGGTGTGCACATACTATCTGGAAAG  297

seq1  CAGAGATAGGGGACTCACCACAGCAAGCTGGCTGGCAAGACTAGTTACAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATAGGGGACTCACCACAGCAAGCTGGCTGGCAAGACTAGTTACAG  347

seq1  TGGCAATCTCTGGGTCTGTGAATGAGACAGTGACCAAGGATGACTCCTGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATCTCTGGGTCTGTGAATGAGACAGTGACCAAGGATGACTCCTGA  397

seq1  CATAAGTCTCAAGCCTCCGTGTCCTCATGCACACATACATGTGTTTACAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGTCTCAAGCCTCCGTGTCCTCATGCACACATACATGTGTTTACAT  447

seq1  GTAAACATACATTGTACACACATGTGTACATTATACACTCACATGCAAAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACATACATTGTACACACATGTGTACATTATACACTCACATGCAAAC  497

seq1  ATATAAAGAAAAAGAACTAAATGGGAATGTTGAGTGTGCTAACATGCTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAGAAAAAGAACTAAATGGGAATGTTGAGTGTGCTAACATGCTGG  547

seq1  GGATGGTTCTCCATCAGCTGTCACCTCCACTCCACAAGGGTCACATGGCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTTCTCCATCAGCTGTCACCTCCACTCCACAAGGGTCACATGGCC  597

seq1  CAGTGAATCCCAGACCCCAGACCGTCTTTGGTTAGCCTGAGCAAATAAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAATCCCAGACCCCAGACCGTCTTTGGTTAGCCTGAGCAAATAAGT  647

seq1  TTAGTCACCCCCACTCCCATGTGGACATGCGGGGGAGTTTGGGAGCTAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCACCCCCACTCCCATGTGGACATGCGGGGGAGTTTGGGAGCTAAG  697

seq1  TGATTGGTATTTCCCAGTGTATCATTTCTGCCCTTTTAATTGTCATTTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGTATTTCCCAGTGTATCATTTCTGCCCTTTTAATTGTCATTTAT  747

seq1  TTCATGTTGTGTCAATGACATATTTTCTAATAGACATTGAGGTCAGGGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTTGTGTCAATGACATATTTTCTAATAGACATTGAGGTCAGGGAA  797

seq1  TTGGCAAGTAGATGGCTCCATCCATCCCCATTGGCCATCACTCATCACAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAAGTAGATGGCTCCATCCATCCCCATTGGCCATCACTCATCACAG  847

seq1  GACCATGGCTTCCTAGTGTCTGTTTCCTGTAGGTGATGACCACAGATGGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGGCTTCCTAGTGTCTGTTTCCTGTAGGTGATGACCACAGATGGA  897

seq1  GGTCTACTGCAGTGTCGCATATCGTCTGCAGGGAGGAGAGCAGCTATACC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTACTGCAGTGTCGCATATCGTCTGCAGGGAGGAGAGCAGCTATACC  947

seq1  CTTTCCATAACCAGACATGTCTCTGGCCTCCATAGACCTGGCTGGTTCTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCATAACCAGACATGTCTCTGGCCTCCATAGACCTGGCTGGTTCTG  997

seq1  GCCTGGAATTC  1009
      |||||||||||
seq2  GCCTGGAATTC  1008