BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065E14
Chromosome2 (Build37)
Map Location 68,167,781 - 68,209,178
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk39
Upstream geneCmya3, LOC621171, LOC227995, B3galt1
Downstream geneLOC100039683, Gm1323, 4933409G03Rik, 4932414N04Rik, LOC667443, Lass6, Nostrin, Spc25, G6pc2, Abcb11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065E14.bB6Ng01-065E14.g
ACCDH884802DH884803
length1,0981,126
definitionDH884802|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065E14, 5' end.DH884803|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065E14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,167,781 - 68,168,896)(68,208,049 - 68,209,178)
sequence
gaattcttttttgaaaatagttaactgagtccgtctatgaaggacctaaa
gggaagaatagaatttagtatttatttgggactgtgtaatcttcatgtta
tagaatgtttttagtgcttgtatgaactgtgcaagtgagctttactgatt
tatgatttgcaagatggatcctactagataatcgtctatttcacattttt
gttaattataacccatgcatctgaatctaccgtgtaaaacaatattaaga
aaatgaaccaatttaccctattataatatttttatcaaatatattaaatt
agaatgctacattttataggctcccaaacatatgtgacattttatatttt
actgtgcaaatcagtaatcagagtaagtgagtgctgcaaagaaaggaagg
gctatgaagggaccactctcattcttagcctgcatctgctcactgctgcc
accatacaaaccaaatggtgcaggcttttccctacctattccttcccttt
tctcccctttcctgttatttaaaacatgattgttgtgctattttcaagaa
ggaactctccgttgtttgagtgggtcagcctcaagatgagcctggcgggg
ctgggttgtacacacagaggcatgagagagcaacaaaacggctgtcactg
agttggctgagtgtggggggagagtgacgccacagcagtggtcagtagaa
catagggaaacatgccagagcatgcatgatcgtccaccgagtggagtcac
cgagccacaaggagcttcgtcaacctggagagccaaccggctcattcgct
tttggaaggcttattacttggaggtgatttctgtgcacacactggacacg
gtgcagtgctggtagacacggtgcagtgctggaaggcatcctcaaatgaa
gagcatccttataagcctagttagcactgaaacctaattttcagaaagct
tccagctcattatactttttgctatataacaggatgactcattttatgcc
tataggcactaaatttatttaattaaattaaacgtgggttgtgcctgttg
ataactctgtctctatctacttctacataccccctcctccctttttat
gaattctctgttgaatttcatgtgggaaatagaagttaaattaaaattta
tatttttaaaagccttagaatagtcagtcatgggtaacaggtacttacaa
atgacagttcacttgattcctctgtgagccactgtggtatagtcatccaa
agaatttcagagtaggctctgtatatgtaaattaaattgtatggcatttt
ttcgaaatataacttacattcattattaacatgcaagtagcagtgtatca
aatatgccatttcctaattttcagttcatttgcttgtaactgatgtcctg
ctgggagatgaatatgtttaactgtaactaaagccaacatatttgtactt
atggggctagttacagtcttactaaattatgctgctgtgcaacagtgccg
gaggtctaaagcaaacccccatatgcccttggtgtgggtttgtacttgag
gtagttctttgtaagtcctgacagtcaacaaagggaaccagcagaagaga
atccggtcagagcagcgttgccatgatcatactgcagagtatcctgcgat
gtgtgttggcttgcacccttttttggcagacagagtcttactatgtagcc
ctggctggcctgtgcctccaagtgttggggttaaaggcatgtattgctac
actctgacctttctatctaccacttcactctctggggattcttgatgtga
ctgttacgcaagaagtaagtattctagtcctgagtagttggcaccttaat
ttataacttgcttttactcaatatgcaaaaatgtaaatgaggatgcatgc
attaataagcagcagctgttcactgctgtcagctatagaagtactttgca
gattggtctatatgcatatctagtataccaaagtaatctcacacacaaat
ttctaatacgcaatggttttgggagagtttgatgttttgggcaggtgtga
cagctccctggttaaagtgatgtctcctagcctgaggaatgagtctgatc
gctgagtccggttgagagcccataggaagatccagtgagaagctgcaagt
ctgcggcttgccagggaccggttgctctagccctgcaagacagccttgat
ctgggaaatggtaagcaatgtggaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_68167781_68168896
seq2: B6Ng01-065E14.b_47_1144

seq1  GAATTCTTTTTTGAAAATAGTTAACTGAGTCCGTCTATGAAGGACCTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTTGAAAATAGTTAACTGAGTCCGTCTATGAAGGACCTAAA  50

seq1  GGGAAGAATAGAATTTAGTATTTATTTGGGACTGTGTAATCTTCATGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAATAGAATTTAGTATTTATTTGGGACTGTGTAATCTTCATGTTA  100

seq1  TAGAATGTTTTTAGTGCTTGTATGAACTGTGCAAGTGAGCTTTACTGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGTTTTTAGTGCTTGTATGAACTGTGCAAGTGAGCTTTACTGATT  150

seq1  TATGATTTGCAAGATGGATCCTACTAGATAATCGTCTATTTCACATTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTTGCAAGATGGATCCTACTAGATAATCGTCTATTTCACATTTTT  200

seq1  GTTAATTATAACCCATGCATCTGAATCTACCGTGTAAAACAATATTAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTATAACCCATGCATCTGAATCTACCGTGTAAAACAATATTAAGA  250

seq1  AAATGAACCAATTTACCCTATTATAATATTTTTATCAAATATATTAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAACCAATTTACCCTATTATAATATTTTTATCAAATATATTAAATT  300

seq1  AGAATGCTACATTTTATAGGCTCCCAAACATATGTGACATTTTATATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCTACATTTTATAGGCTCCCAAACATATGTGACATTTTATATTTT  350

seq1  ACTGTGCAAATCAGTAATCAGAGTAAGTGAGTGCTGCAAAGAAAGGAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCAAATCAGTAATCAGAGTAAGTGAGTGCTGCAAAGAAAGGAAGG  400

seq1  GCTATGAAGGGACCACTCTCATTCTTAGCCTGCATCTGCTCACTGCTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGAAGGGACCACTCTCATTCTTAGCCTGCATCTGCTCACTGCTGCC  450

seq1  ACCATACAAACCAAATGGTGCAGGCTTTTCCCTACCTATTCCTTCCCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACAAACCAAATGGTGCAGGCTTTTCCCTACCTATTCCTTCCCTTT  500

seq1  TCTCCCCTTTCCTGTTATTTAAAACATGATTGTTGTGCTATTTTCAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCTTTCCTGTTATTTAAAACATGATTGTTGTGCTATTTTCAAGAA  550

seq1  GGAACTCTCCGTTGTTTGAGTGGGTCAGCCTCAAGATGAGCCTGGCGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCTCCGTTGTTTGAGTGGGTCAGCCTCAAGATGAGCCTGGCGGGG  600

seq1  CTGGGTTGTACACACAGAGGCATGAGAGAGCAACAAAACGGCTGTCACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTGTACACACAGAGGCATGAGAGAGCAACAAAACGGCTGTCACTG  650

seq1  AGTTGGCTGAGTGT-GGGGGAGAGTGACGCCACAGCAGTGGTCAGTAGAA  699
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCTGAGTGTGGGGGGAGAGTGACGCCACAGCAGTGGTCAGTAGAA  700

seq1  CATAGGGAAACATGCCAGAGCATGCATGATCGTCCACCGAGTGGAGTCAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGGAAACATGCCAGAGCATGCATGATCGTCCACCGAGTGGAGTCAC  750

seq1  CGAGCCACAAGGAGCTTCGTCAACCTGGAGAGCCAACCGGCTCATTCGCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCCACAAGGAGCTTCGTCAACCTGGAGAGCCAACCGGCTCATTCGCT  800

seq1  TTTGGAAGGCTTATTACTTGGAGGTGATTTCTGTGCACACACTGGACACG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAGGCTTATTACTTGGAGGTGATTTCTGTGCACACACTGGACACG  850

seq1  GTGCAGTGCTGGTAGACACGGTGCAGTGCTGGAAGGCATCCTCAAATGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTGCTGGTAGACACGGTGCAGTGCTGGAAGGCATCCTCAAATGAA  900

seq1  GAGCATCCTTATAAGCCTAGTTAGCACTGAAACCTAATTTTCAGAAAGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATCCTTATAAGCCTAGTTAGCACTGAAACCTAATTTTCAGAAAGCT  950

seq1  TCCAGCTCATTATACTTTTTGCTAATATAACAGGATGACTCAATTTTAAT  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||
seq2  TCCAGCTCATTATACTTTTTGCT-ATATAACAGGATGACTCA--TTTTAT  997

seq1  GCCTTATCAGGCACTAAATTTTATTTAATTTAAATTAACAACGTGGGTTT  1049
      ||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||| ||
seq2  GCC-TAT-AGGCACTAAA-TTTATTTAA-TTAAATTA--AACGTGGG-TT  1040

seq1  GTGCCTGTTGATAACTTCTGTCTCCCTATCTACCTTCTACTATCCCCCTT  1099
      ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||| || |||| |
seq2  GTGCCTGTTGATAAC-TCTGTCT--CTATCTA-CTTCTAC-ATACCCCCT  1085

seq1  CCTTCCCCTCTTTTTAT  1116
      |||    | ||||||||
seq2  CCT----CCCTTTTTAT  1098

seq1: chr2_68208049_68209178
seq2: B6Ng01-065E14.g_69_1194 (reverse)

seq1  CTTCCACAGT----------------ATCAAGGCTGCTTCTGCAGTGCTA  34
      |||||||| |                |||||||||| |  ||||| ||||
seq2  CTTCCACATTGCTTACCATTTCCCAGATCAAGGCTG-TCTTGCAGGGCTA  49

seq1  GAGACTACAGCTCCCTGGCAAGCCGCAGACTTGCAAGCTTTCCTCACTGG  84
      ||| | || | ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |
seq2  GAG-CAACCGGTCCCTGGCAAGCCGCAGACTTGC-AGCTT--CTCACT-G  94

seq1  GATCTTCCTATGGGGCTCTCAACCGTGACTTCCAGCGATCAGACTCATAT  134
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| |
seq2  GATCTTCCTAT-GGGCTCTCAACCG-GACT--CAGCGATCAGACTCAT-T  139

seq1  CCTTCAGGCTTAGGAGACAATCACTTTTACCCAGGGAGCTGTCACACTGG  184
      || |||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||  |
seq2  CC-TCAGGC-TAGGAGAC-ATCAC-TTTAACCAGGGAGCTGTCACACCTG  185

seq1  CCAAAAACATCAAACTCTTCCCAAAACCCATTGCGTATTAGAAATTTGGT  234
      || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  CCCAAAACATCAAACTC-TCCCAAAA-CCATTGCGTATTAGAAATTT-GT  232

seq1  GTGTGAGATTACTTTGGTATACTAGATATGCATATAGACCAATCTGCAAA  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGTGAGATTACTTTGGTATACTAGATATGCATATAGACCAATCTGC-AA  281

seq1  AGTAACTTCTATAGCTGACAGCAGTGAACAGCTGCTGCTTATTAATGCAT  334
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGT-ACTTCTATAGCTGACAGCAGTGAACAGCTGCTGCTTATTAATGCAT  330

seq1  GCATCCTCATTTACATTTTTGCATATTGAGTAAAAGCAAGTTATAAATTA  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTCATTTACATTTTTGCATATTGAGTAAAAGCAAGTTATAAATTA  380

seq1  AGGTGCCAACTACTCAGGACTAGAATACTTACTTCTTGCGTAACAGTCAC  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCCAACTACTCAGGACTAGAATACTTACTTCTTGCGTAACAGTCAC  430

seq1  ATCAAGAATCCCCAGAGAGTGAAGTGGTAGATAGAAAGGTCAGAGTGTAG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAATCCCCAGAGAGTGAAGTGGTAGATAGAAAGGTCAGAGTGTAG  480

seq1  CAATACATGCCTTTAACCCCAACACTTGGAGGCACAGGCCAGCCAGGGCT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACATGCCTTTAACCCCAACACTTGGAGGCACAGGCCAGCCAGGGCT  530

seq1  ACATAGTAAGACTCTGTCTGCCAAAAAAGGGTGCAAGCCAACACACATCG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTAAGACTCTGTCTGCCAAAAAAGGGTGCAAGCCAACACACATCG  580

seq1  CAGGATACTCTGCAGTATGATCATGGCAACGCTGCTCTGACCGGATTCTC  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATACTCTGCAGTATGATCATGGCAACGCTGCTCTGACCGGATTCTC  630

seq1  TTCTGCTGGTTCCCTTTGTTGACTGTCAGGACTTACAAAGAACTACCTCA  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGGTTCCCTTTGTTGACTGTCAGGACTTACAAAGAACTACCTCA  680

seq1  AGTACAAACCCACACCAAGGGCATATGGGGGTTTGCTTTAGACCTCCGGC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAACCCACACCAAGGGCATATGGGGGTTTGCTTTAGACCTCCGGC  730

seq1  ACTGTTGCACAGCAGCATAATTTAGTAAGACTGTAACTAGCCCCATAAGT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGCACAGCAGCATAATTTAGTAAGACTGTAACTAGCCCCATAAGT  780

seq1  ACAAATATGTTGGCTTTAGTTACAGTTAAACATATTCATCTCCCAGCAGG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATATGTTGGCTTTAGTTACAGTTAAACATATTCATCTCCCAGCAGG  830

seq1  ACATCAGTTACAAGCAAATGAACTGAAAATTAGGAAATGGCATATTTGAT  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGTTACAAGCAAATGAACTGAAAATTAGGAAATGGCATATTTGAT  880

seq1  ACACTGCTACTTGCATGTTAATAATGAATGTAAGTTATATTTCGAAAAAA  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCTACTTGCATGTTAATAATGAATGTAAGTTATATTTCGAAAAAA  930

seq1  TGCCATACAATTTAATTTACATATACAGAGCCTACTCTGAAATTCTTTGG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATACAATTTAATTTACATATACAGAGCCTACTCTGAAATTCTTTGG  980

seq1  ATGACTATACCACAGTGGCTCACAGAGGAATCAAGTGAACTGTCATTTGT  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTATACCACAGTGGCTCACAGAGGAATCAAGTGAACTGTCATTTGT  1030

seq1  AAGTACCTGTTACCCATGACTGACTATTCTAAGGCTTTTAAAAATATAAA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACCTGTTACCCATGACTGACTATTCTAAGGCTTTTAAAAATATAAA  1080

seq1  TTTTAATTTAACTTCTATTTCCCACATGAAATTCAACAGAGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATTTAACTTCTATTTCCCACATGAAATTCAACAGAGAATTC  1126