BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066J13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 28,985,385 - 29,147,066
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSetx, Ntng2
Upstream geneOlfm1, Gm347, 1700007K13Rik, Mrps2, LOC665412, Gbgt1, Ralgds, Cel, Gtf3c5, Gfi1b, Tsc1, 1700026L06Rik, 1190002A17Rik, LOC665643, Gtf3c4, Ddx31, Barhl1, LOC100033452, 1700101E01Rik, LOC100039666, Ttf1
Downstream geneCrsp8, Rapgef1, LOC433415, OTTMUSG00000012686, Trub2, Coq4, Slc27a4, Urm1, LOC100041002, Ceecam1, Odf2, Gle1l, Spna2, LOC665532, Wdr34, Set, Pkn3, Zdhhc12, Zer1, LOC100041114, Tbc1d13, Slc39a1-ps, Endog, D2Wsu81e, Ccbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066J13.bB6Ng01-066J13.g
ACCDH885731DH885732
length1,1201,113
definitionDH885731|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066J13, 5' end.DH885732|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066J13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,145,936 - 29,147,066)(28,985,385 - 28,986,509)
sequence
gaattcattttgcaaggaaagttgtgtaatacattatggcaaatgtttta
ataaaacctaatcttatcactctccacccttcctcccgtatctgtggact
cagcagaagagggaacaagcttaggtgacttgtttactttctgtagaaac
gggcagttcatggtctccaggacaccagctgagtttccttgaatatctct
gtattccttggttgatcaatcaagggcatgcgttaaatatctatgcatgc
agtcttcctctttttctgggaggacgtgtcaaagtggaaaacacggttgt
gttagctcattttctgttgtaactaaacactcaaggtactgagagcaaga
aagagatgggggttgttatagttagccagcagccttaaggactgtaagat
catctggtggcagctgcattgatgtggcctgtggtggacaatccatggca
aagacgtcatggtggcaatatgtataaggagatcactcagtgagacagga
agtcggcaagtgaacaagcaaatcaagagtcagactcacccggcggtggt
ggcgcacacctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggcagctttc
tgagttcgaggccagcctggtctacagagtgagttccaggacagccaggg
atacacagagaaaccctgtctcaaaaaaataaaaaaagaaaagaaaagaa
aaaaaagaatcagactcactcctttgtagcagcttcctgtggtgagctgg
ggtcctcagagacctcccttcatccattctcagaataatgtccccagtga
cttatgacctcccactacacccctcctcttggggatcccaccacctcagc
cctaccccacacgaactcttagagattgcatgcaaagcacagctaaggcc
catgttctcaagaacttcacagtcccacttagccaaagggggtgttcttg
ccacagaattggagcacaaagaacaggagaaaactcagatctatgtaagc
agacaaaatcagaggcaggccacactaaatattcaagcatagtttgttta
tttggttgtttgtttacttgactttgttcaacatgcacacatcggggtgg
gatctccttctctctcctct
gaattcaaacattaggtgagacctcagtactcactgccttgctaaccttt
agttccaagttatgtctgtgtgatgggtgctactttaagcttctcatttc
ttcaagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactgt
agaccaggcttcccttgaactcacagagatcctcctgcctctgcttcctg
agtgctgggagtaaaagtacacgccagcacctccaggcagttttccatag
gaaagattcacacatagcgtattttgttaggataaaaaatattgcctgtt
ttcatccttctgcaggttttatgggagctagaaaccttacgcctcgtaag
tcactttgagaagtccatgaaggcagaagctgaagatgacgatgatttat
atatagtagacaacaatggagaggaacagctgtttgactgtagtggccaa
gattttgaaaataagcttcgagttcctctttttgaaatactgaagtaccc
ttacttgcttctgcatgagcgtgttagtgagtatcttgggtgtataagtt
taagagttggagttgagactgaagaaatgctatagcatttaagagcatga
cagctcttccaaaggatctgggttcaatttccagcacctacatggtggta
cacacctggtgcacaaacttatacatacaaaaacttatacacataaaata
tttaaacgtaattggggtctgttgggcctggagacatggcctggtggtta
agacacctactacttttgcagaagacctgggtttgatcaccagccacata
tctcataactacagctccaggagatttaatgccctcttgtggcttatatg
ggcatatatcacagtcatgtgatatacataaacatatgtacttggttata
tatactggtacacacacaaacacataaataatacatgtaaaaactagtct
gagtatagcttaatgcagaagtactaaatagcttgtattttgtgaagcct
ttgtaaaaaaaacattttttttaaatttgttatctgagatgaatcattcg
cttaaataatagttagaaatccccaattttggtgggactgagagaagtgt
ccaggggttagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_29145936_29147066
seq2: B6Ng01-066J13.b_46_1165 (reverse)

seq1  -----AGAGAGAGAGAGA-CCCACACAGGATGTGTGCATGTTGAACACAT  44
           |||||||  |||| ||||| |  ||||||||||||||||  ||| 
seq2  AGAGGAGAGAGAAGGAGATCCCAC-CCCGATGTGTGCATGTTGA--ACAA  47

seq1  AGTTCAAAGTAAAACAAAACAAAACAAAATAAAACAAAACTATGCTTGAA  94
      |||   |||| ||||||   | ||| |||||||   ||||||||||||||
seq2  AGT--CAAGT-AAACAA---ACAACCAAATAAA--CAAACTATGCTTGAA  89

seq1  TATTTTAGTGTGGCCTGCCTCTGATTTTGTTCTGCTTTACATAGAATCTG  144
      || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
seq2  TA-TTTAGTGTGGCCTGCCTCTGATTTTG-TCTGC-TTACATAG-ATCTG  135

seq1  AGTTTTCTCCTGTTCTTTGTGCCTCCAATTCTGTGGGCAAGAACA-CCCC  193
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  AGTTTTCTCCTGTTCTTTGTG-CTCCAATTCTGT-GGCAAGAACACCCCC  183

seq1  TTTGGCTAAGTGGGACTGTGAAGTTCTTGAGAACATGGGCCTTAGCTGTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTAAGTGGGACTGTGAAGTTCTTGAGAACATGGGCCTTAGCTGTG  233

seq1  CTTTGCATGCAATCTCTAAGAGTTCGTGTGGGGTAGGGCTGAGGTGGTGG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCATGCAATCTCTAAGAGTTCGTGTGGGGTAGGGCTGAGGTGGTGG  283

seq1  GATCCCCAAGAGGAGGGGTGTAGTGGGAGGTCATTAAGTCACTGGGGACA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GATCCCCAAGAGGAGGGGTGTAGTGGGAGGTCA-TAAGTCACTGGGGACA  332

seq1  TTATTCTGAGAATGGATGAAGGGAGGTCTCTGAGGACCCCAGCTCACCAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTGAGAATGGATGAAGGGAGGTCTCTGAGGACCCCAGCTCACCAC  382

seq1  AGGAAGCTGCTACAAAGGAGTGAGTCTGATTCTTTTTTTTCTTTTCTTTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTGCTACAAAGGAGTGAGTCTGATTCTTTTTTTTCTTTTCTTTT  432

seq1  CTTTTTTTATTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTATCCCTGGCTGTCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTTATTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTATCCCTGGCTGTCC  482

seq1  TGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAGCTGCCTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAGCTGCCTG  532

seq1  CCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCACCGCCGGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCACCGCCGGG  582

seq1  TGAGTCTGACTCTTGATTTGCTTGTTCACTTGCCGACTTCCTGTCTCACT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTGACTCTTGATTTGCTTGTTCACTTGCCGACTTCCTGTCTCACT  632

seq1  GAGTGATCTCCTTATACATATTGCCACCATGACGTCTTTGCCATGGATTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATCTCCTTATACATATTGCCACCATGACGTCTTTGCCATGGATTG  682

seq1  TCCACCACAGGCCACATCAATGCAGCTGCCACCAGATGATCTTACAGTCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCACAGGCCACATCAATGCAGCTGCCACCAGATGATCTTACAGTCC  732

seq1  TTAAGGCTGCTGGCTAACTATAACAACCCCCATCTCTTTCTTGCTCTCAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCTGCTGGCTAACTATAACAACCCCCATCTCTTTCTTGCTCTCAG  782

seq1  TACCTTGAGTGTTTAGTTACAACAGAAAATGAGCTAACACAACCGTGTTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGAGTGTTTAGTTACAACAGAAAATGAGCTAACACAACCGTGTTT  832

seq1  TCCACTTTGACACGTCCTCCCAGAAAAAGAGGAAGACTGCATGCATAGAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTTGACACGTCCTCCCAGAAAAAGAGGAAGACTGCATGCATAGAT  882

seq1  ATTTAACGCATGCCCTTGATTGATCAACCAAGGAATACAGAGATATTCAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACGCATGCCCTTGATTGATCAACCAAGGAATACAGAGATATTCAA  932

seq1  GGAAACTCAGCTGGTGTCCTGGAGACCATGAACTGCCCGTTTCTACAGAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTCAGCTGGTGTCCTGGAGACCATGAACTGCCCGTTTCTACAGAA  982

seq1  AGTAAACAAGTCACCTAAGCTTGTTCCCTCTTCTGCTGAGTCCACAGATA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACAAGTCACCTAAGCTTGTTCCCTCTTCTGCTGAGTCCACAGATA  1032

seq1  CGGGAGGAAGGGTGGAGAGTGATAAGATTAGGTTTTATTAAAACATTTGC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGGAAGGGTGGAGAGTGATAAGATTAGGTTTTATTAAAACATTTGC  1082

seq1  CATAATGTATTACACAACTTTCCTTGCAAAATGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGTATTACACAACTTTCCTTGCAAAATGAATTC  1120

seq1: chr2_28985385_28986509
seq2: B6Ng01-066J13.g_70_1182

seq1  GAATTCAAACATTAGGTGAGACCTCAGTACTCACTGCCTTGCTAACCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACATTAGGTGAGACCTCAGTACTCACTGCCTTGCTAACCTTT  50

seq1  AGTTCCAAGTTATGTCTGTGTGATGGGTGCTACTTTAAGCTTCTCATTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAAGTTATGTCTGTGTGATGGGTGCTACTTTAAGCTTCTCATTTC  100

seq1  TTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTGT  150

seq1  AGACCAGGCTTCCCTTGAACTCACAGAGATCCTCCTGCCTCTGCTTCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGGCTTCCCTTGAACTCACAGAGATCCTCCTGCCTCTGCTTCCTG  200

seq1  AGTGCTGGGAGTAAAAGTACACGCCAGCACCTCCAGGCAGTTTTCCATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGGGAGTAAAAGTACACGCCAGCACCTCCAGGCAGTTTTCCATAG  250

seq1  GAAAGATTCACACATAGCGTATTTTGTTAGGATAAAAAATATTGCCTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATTCACACATAGCGTATTTTGTTAGGATAAAAAATATTGCCTGTT  300

seq1  TTCATCCTTCTGCAGGTTTTATGGGAGCTAGAAACCTTACGCCTCGTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCTTCTGCAGGTTTTATGGGAGCTAGAAACCTTACGCCTCGTAAG  350

seq1  TCACTTTGAGAAGTCCATGAAGGCAGAAGCTGAAGATGACGATGATTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTGAGAAGTCCATGAAGGCAGAAGCTGAAGATGACGATGATTTAT  400

seq1  ATATAGTAGACAACAATGGAGAGGAACAGCTGTTTGACTGTAGTGGCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTAGACAACAATGGAGAGGAACAGCTGTTTGACTGTAGTGGCCAA  450

seq1  GATTTTGAAAATAAGCTTCGAGTTCCTCTTTTTGAAATACTGAAGTACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGAAAATAAGCTTCGAGTTCCTCTTTTTGAAATACTGAAGTACCC  500

seq1  TTACTTGCTTCTGCATGAGCGTGTTAGTGAGTATCTTGGGTGTATAAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTGCTTCTGCATGAGCGTGTTAGTGAGTATCTTGGGTGTATAAGTT  550

seq1  TAAGAGTTGGAGTTGAGACTGAAGAAATGCTATAGCATTTAAGAGCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTTGGAGTTGAGACTGAAGAAATGCTATAGCATTTAAGAGCATGA  600

seq1  CAGCTCTTCCAAAGGATCTGGGTTCAATTTCCAGCACCTACATGGTGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTTCCAAAGGATCTGGGTTCAATTTCCAGCACCTACATGGTGGTA  650

seq1  CACACCTGGTGCACAAACTTATACATACAAAAACTTATACACATAAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTGGTGCACAAACTTATACATACAAAAACTTATACACATAAAATA  700

seq1  TTTAAACGTAATTGGGGTCTGTTGGGCCTGGAGACATGGCCTGGTGGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACGTAATTGGGGTCTGTTGGGCCTGGAGACATGGCCTGGTGGTTA  750

seq1  AGACACCTACTACTTTTGCAGAAGACCTGGGTTTGATCACCAGCCACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACCTACTACTTTTGCAGAAGACCTGGGTTTGATCACCAGCCACATA  800

seq1  TCTCATAACTACAGCTCCAGGAGATTTAATGCCCTCTTGTGGCTTATATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAACTACAGCTCCAGGAGATTTAATGCCCTCTTGTGGCTTATATG  850

seq1  GGCATATATCACAGTCATGTGATATACATAAACATATGTACTTGGGTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGCATATATCACAGTCATGTGATATACATAAACATATGTACTTGGTTATA  900

seq1  TATACTGGTACACACACAAACACATAAAATAATACATGTAAAAAACTAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  TATACTGGTACACACACAAACACAT-AAATAATACATGT-AAAAACTAGT  948

seq1  CTGAGTATAGCTTAATGGCAG-AGTACTTAATTAGCTTGGTATATGTGTG  999
      |||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||| |||| | ||||
seq2  CTGAGTATAGCTTAAT-GCAGAAGTAC-TAAATAGCTT-GTAT-TTTGTG  994

seq1  AGGCCTTTGGTACAAAAAACATTTTTTTTAAATTTGTTTATCTGAGATGA  1049
      | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  AAGCCTTT-GTAAAAAAAACATTTTTTTTAAATTTG-TTATCTGAGATG-  1041

seq1  AAATCATTTGGCTTTAATATATAGTTAGAATACTCCATATTTTGTGGGAA  1099
       ||||| || |||| |||| ||||||||||  | ||| ||||||  || |
seq2  -AATCA-TTCGCTTAAATA-ATAGTTAGAAATCCCCA-ATTTTGGTGGGA  1087

seq1  CTGGAGAGATG-GTTCAGGGGTTAGGA  1125
      || |||||| | || ||||||||||||
seq2  CT-GAGAGAAGTGTCCAGGGGTTAGGA  1113