BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068C09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 75,947,683 - 76,090,301
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde11a
Upstream geneA330043C09Rik, LOC667739, LOC545423, LOC100040324, LOC667828, Hnrpa3, Nfe2l2, E030042O20Rik, LOC623453, Agps, Ttc30b, Ttc30a2, Ttc30a1
Downstream geneCyct, Drbp1, Osbpl6, Prkra, Dfnb59, Fkbp7, Plekha3, Ttn, 2610301F02Rik, Sestd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068C09.bB6Ng01-068C09.g
ACCDH886820DH886821
length1,0991,007
definitionDH886820|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C09, 5' end.DH886821|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068C09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,089,196 - 76,090,301)(75,947,683 - 75,948,701)
sequence
gaattctgcaacaggtaaatttagaccatttctcctatcgactcccttgc
cctgctgaccaaggaaccagctttcaactgagtgtggtaaggacaggggc
tggcacataagagggaagaaaagcttgttgtgttatcctgagaggataaa
ggatttgtttattgtattaattttgatgaaatactgtaaaaagctttaaa
tcatacgtatagccaggtcgtggtggtgcacaacttcaatcccagcactt
gggaggcagaggtaagtggatctccatgagtctgaggtcagcctggtcta
cacagtgagttccagggcagccaacagtctcaaaacaaatcatgattata
gctggaaaagagaggtagtttgtgaaaagagctccgaggctgagcaggca
ggatccaacagcgtagactccagtgatttgggtacaaaatgctttccaaa
gcctcatacattaaagacttgttctccaatgcgattttgagaggcgaggc
tttggggaagtgattggaccatgaaagccctgatctaataaatggataat
ggattaatggagtgatgggaccagtccataatggagtcacccactaatgg
tcgataacaccacggaaggcaggctctgacgggaggaaatgagtcagcag
aggcttgtcttttgaagtatatattctgttcgcagcctctccttgctgtt
tcctgaactccctgagatgagcagtctcctctatctcacccccccacccc
catccatcatgataatctacctcgcctcagacctaaggcaagggagtcat
ccgaccttggacttaagcctgtgaaacggtgtgacaaaatgagccgtctt
ctttatattgtctgctcagatattttgttagaggaaaaggacatagacta
cacaattcatctatgtgaccatgcttcccatcgctgctcagcagcttcag
tgtattatattagttccctttctctggctggatagagagccctgactaaa
gcaagttagaaagagggtttattctggctcacagctgcagagggggacag
attcatcattacaaggaggcatgacattccgagctgtggggcgcggggc
gaattcttcttaacaagacaagtaggaggaatcagaataaaggaaatcac
agatagaatcaggtgaagcaatgtgaaacagaaccagcaggcacgaggac
agactgcagctttatctcatgtgcagttggctcccctctcggccacgccc
tctatgtgtataaacggctataaactacgagtaaggaagggcacagatct
cactctccactctctgtagtactggtgctcgctcacactgctgactgagg
tcttcagaatgtgccttcccagtccttacccagcagcctctccacctgca
ctgtccttcccagcccttgatgtcaccctggcaggaatgcgtccctgctc
tgctctgcagtgaagcttttggtctctgatgtgtgcagatggccctctgg
aggctgagatatctgaagtcgggcataagcagaaaccatcctagccatca
ggctttcgcttccgctcacgttcgcagctaagaacaaggacccatgggtg
gctgaggggcgagacagatccaagagctgtctcgaatgctgagcctggac
tcgtgcagatagggaggcatgtgaactcgcttccactagaacactagtga
ttagaaaggctcttagactcatgtacatggccacatcttgctggtctctg
ggacatttctgcatctagggcttcttttgagacctgtcatttgcctgtgt
gtatctgagctccagatcttttctaacaccagataattaaataatatctt
cccaaactctggggtcatcgctgattcactgagcactggtccagctaagt
agagtgaacattaggactattctttaactatcttttaactatcctttaac
tcaggaaatctatgggataacactgattccagatttaaatcctctatgct
gttaaaagaaattatgctactttcaaatgcactaaagatatatgtcacac
acagtgtattatatgtgtctgtctgttatatggtgaaataagtacttatc
attattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_76089196_76090301
seq2: B6Ng01-068C09.b_42_1140 (reverse)

seq1  GCCCCGCTGGCCCCAC-GCTCGGGATGTCATGCCTTCCTTGCTATGATGG  49
      |||||||  ||||||| |||||| |||||||||| ||||||  ||||| |
seq2  GCCCCGC--GCCCCACAGCTCGGAATGTCATGCC-TCCTTGTAATGAT-G  46

seq1  AATCTGTCCCCCTCTGCAGCTGTGAGCCAGAATAAACCCCTTCTCTTCTA  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||
seq2  AATCTGTCCCCCTCTGCAGCTGTGAGCCAGAATAAACCC--TCT-TTCTA  93

seq1  ACTTGCTTTAGTCAGGGCTCTCTATTCCAGCCAGAGAAAGGGAACTAATA  149
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTTTAGTCAGGGCTCTCTA-TCCAGCCAGAGAAAGGGAACTAATA  142

seq1  TAATACACTGAAGCTGCTGAGCAGCGTTGGGAAGCATGGTCACATAGATG  199
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACACTGAAGCTGCTGAGCAGCGATGGGAAGCATGGTCACATAGATG  192

seq1  AATTGTGTTAGTCTATGTCCTTTTCCTCTAACAAAATATCTGAGCAGACA  249
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTG-TAGTCTATGTCCTTTTCCTCTAACAAAATATCTGAGCAGACA  241

seq1  ATATAAAGAAGACGGCTCATTTTGTCACACCGTTTCACAGGCTTAAGTCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAGAAGACGGCTCATTTTGTCACACCGTTTCACAGGCTTAAGTCC  291

seq1  AAGGTCGGATGACTCCCTTGCCTTAGGTCTGAGGCGAGGTAGATTATCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCGGATGACTCCCTTGCCTTAGGTCTGAGGCGAGGTAGATTATCAT  341

seq1  GATGGATGGGGGTGGGGGGGTGAGATAGAGGAGACTGCTCATCTCAGGGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATGGGGGTGGGGGGGTGAGATAGAGGAGACTGCTCATCTCAGGGA  391

seq1  GTTCAGGAAACAGCAAGGAGAGGCTGCGAACAGAATATATACTTC-AAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTCAGGAAACAGCAAGGAGAGGCTGCGAACAGAATATATACTTCAAAAG  441

seq1  ACAAGCCTCTGCTGACTCATTTCCTCCCGTCAGAGCCTGCCTTCCGTGGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCCTCTGCTGACTCATTTCCTCCCGTCAGAGCCTGCCTTCCGTGGT  491

seq1  GTTATCGACCATTAGTGGGTGACTCCATTATGGACTGGTCCCATCACTCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCGACCATTAGTGGGTGACTCCATTATGGACTGGTCCCATCACTCC  541

seq1  ATTAATCCATTATCCATTTATTAGATCAGGGCTTTCATGGTCCAATCACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCCATTATCCATTTATTAGATCAGGGCTTTCATGGTCCAATCACT  591

seq1  TCCCCAAAGCCTCGCCTCTCAAAATCGCATTGGAGAACAAGTCTTTAATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAAGCCTCGCCTCTCAAAATCGCATTGGAGAACAAGTCTTTAATG  641

seq1  TATGAGGCTTTGGAAAGCATTTTGTACCCAAATCACTGGAGTCTACGCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGCTTTGGAAAGCATTTTGTACCCAAATCACTGGAGTCTACGCTG  691

seq1  TTGGATCCTGCCTGCTCAGCCTCGGAGCTCTTTTCACAAACTACCTCTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATCCTGCCTGCTCAGCCTCGGAGCTCTTTTCACAAACTACCTCTCT  741

seq1  TTTCCAGCTATAATCATGATTTGTTTTGAGACTGTTGGCTGCCCTGGAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGCTATAATCATGATTTGTTTTGAGACTGTTGGCTGCCCTGGAAC  791

seq1  TCACTGTGTAGACCAGGCTGACCTCAGACTCATGGAGATCCACTTACCTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGTAGACCAGGCTGACCTCAGACTCATGGAGATCCACTTACCTC  841

seq1  TGCCTCCCAAGTGCTGGGATTGAAGTTGTGCACCACCACGACCTGGCTAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCCAAGTGCTGGGATTGAAGTTGTGCACCACCACGACCTGGCTAT  891

seq1  ACGTATGATTTAAAGCTTTTTACAGTATTTCATCAAAATTAATACAATAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATGATTTAAAGCTTTTTACAGTATTTCATCAAAATTAATACAATAA  941

seq1  ACAAATCCTTTATCCTCTCAGGATAACACAACAAGCTTTTCTTCCCTCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCCTTTATCCTCTCAGGATAACACAACAAGCTTTTCTTCCCTCTT  991

seq1  ATGTGCCAGCCCCTGTCCTTACCACACTCAGTTGAAAGCTGGTTCCTTGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCAGCCCCTGTCCTTACCACACTCAGTTGAAAGCTGGTTCCTTGG  1041

seq1  TCAGCAGGGCAAGGGAGTCGATAGGAGAAATGGTCTAAATTTACCTGTTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGGGCAAGGGAGTCGATAGGAGAAATGGTCTAAATTTACCTGTTG  1091

seq1  CAGAATTC  1106
      ||||||||
seq2  CAGAATTC  1099

seq1: chr2_75947683_75948701
seq2: B6Ng01-068C09.g_70_1076

seq1  GAATTCTTCTTAACAAGACAAGTAGGAGGAATCAGAATAAAGGAAATCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTAACAAGACAAGTAGGAGGAATCAGAATAAAGGAAATCAC  50

seq1  AGATAGAATCAGGTGAAGCAATGTGAAACAGAACCAGCAGGCACGAGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAATCAGGTGAAGCAATGTGAAACAGAACCAGCAGGCACGAGGAC  100

seq1  AGACTGCAGCTTTATCTCATGTGCAGTTGGCTCCCCTCTCGGCCACGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCAGCTTTATCTCATGTGCAGTTGGCTCCCCTCTCGGCCACGCCC  150

seq1  TCTATGTGTATAAACGGCTATAAACTACGAGTAAGGAAGGGCACAGATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTGTATAAACGGCTATAAACTACGAGTAAGGAAGGGCACAGATCT  200

seq1  CACTCTCCACTCTCTGTAGTACTGGTGCTCGCTCACACTGCTGACTGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCCACTCTCTGTAGTACTGGTGCTCGCTCACACTGCTGACTGAGG  250

seq1  TCTTCAGAATGTGCCTTCCCAGTCCTTACCCAGCAGCCTCTCCACCTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGAATGTGCCTTCCCAGTCCTTACCCAGCAGCCTCTCCACCTGCA  300

seq1  CTGTCCTTCCCAGCCCTTGATGTCACCCTGGCAGGAATGCGTCCCTGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTTCCCAGCCCTTGATGTCACCCTGGCAGGAATGCGTCCCTGCTC  350

seq1  TGCTCTGCAGTGAAGCTTTTGGTCTCTGATGTGTGCAGATGGCCCTCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGCAGTGAAGCTTTTGGTCTCTGATGTGTGCAGATGGCCCTCTGG  400

seq1  AGGCTGAGATATCTGAAGTCGGGCATAAGCAGAAACCATCCTAGCCATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAGATATCTGAAGTCGGGCATAAGCAGAAACCATCCTAGCCATCA  450

seq1  GGCTTTCGCTTCCGCTCACGTTCGCAGCTAAGAACAAGGACCCATGGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCGCTTCCGCTCACGTTCGCAGCTAAGAACAAGGACCCATGGGTG  500

seq1  GCTGAGGGGCGAGACAGATCCAAGAGCTGTCTCGAATGCTGAGCCTGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGGGCGAGACAGATCCAAGAGCTGTCTCGAATGCTGAGCCTGGAC  550

seq1  TCGTGCAGATAGGGAGGCATGTGAACTCGCTTCCACTAGAACACTAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGCAGATAGGGAGGCATGTGAACTCGCTTCCACTAGAACACTAGTGA  600

seq1  TTAGAAAGGCTCTTAGACTCATGTACATGGCCACATCTTGCTGGTCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAAGGCTCTTAGACTCATGTACATGGCCACATCTTGCTGGTCTCTG  650

seq1  GGACATTTCTGCATCTAGGGCTTCTTTTGAGACCTGTCATTTGCCTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTTCTGCATCTAGGGCTTCTTTTGAGACCTGTCATTTGCCTGTGT  700

seq1  GTATCTGAGCTCCAGATCTTTTCTAACACCAGATAATTAAATAATATCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGAGCTCCAGATCTTTTCTAACACCAGATAATTAAATAATATCTT  750

seq1  CCCAAACTCTGGGGTCATCGCTGATTCACTGAGCACTGGTCCAGCTAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACTCTGGGGTCATCGCTGATTCACTGAGCACTGGTCCAGCTAAGT  800

seq1  AGAGTGAACATTAGGACTATTCTTTAACTATCTTTTAACTATCCTTTAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAACATTAGGACTATTCTTTAACTATCTTTTAACTATCCTTTAAC  850

seq1  TCAGGAAATCTAT-GGATAACACTGATTCCAGATTTAAAT-CTCTATGCT  898
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCAGGAAATCTATGGGATAACACTGATTCCAGATTTAAATCCTCTATGCT  900

seq1  GTTTAAAAGAAAATTATGCATACTTTCAAATGCACTAAAGATAATATGTC  948
      | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  G-TTAAAAG-AAATTATGC-TACTTTCAAATGCACTAAAGAT-ATATGTC  946

seq1  ACAACACAGTTGTATGTATATGTGTCTTGTCTGTATATACTGGTGAAAAT  998
      || |||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||  
seq2  AC-ACACAG-TGTAT-TATATGTGTC-TGTCTGT-TATA-TGGTGAAA--  988

seq1  AAAGTACTTATTCAGTTATTT  1019
       ||||||||| ||| ||||||
seq2  TAAGTACTTA-TCA-TTATTT  1007