BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068H10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 54,510,538 - 54,670,759
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGalnt13
Upstream geneLOC207933, Rprm, LOC666913, LOC626563, LOC100041792, LOC100042878
Downstream geneLOC666936, Kcnj3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068H10.bB6Ng01-068H10.g
ACCDH887043DH887044
length1,0351,070
definitionDH887043|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068H10, 5' end.DH887044|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068H10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,670,016 - 54,670,759)(54,510,538 - 54,511,618)
sequence
gaattctaccactgtgaaaccattatagcctctgtgtagcataatcaccc
ttcataatgagccctacccttgccagttgaacaagcaagtctattgctca
gccggaccccagaacaaaagttcaggatatcacatatcattcctttggat
acttgtctattgtcgattttgaaacatttttacttttctattaattgaga
tattttttcttaattaaataatttcaattgagaaagcccatatttgatta
ggaacattacaggtaagtgtacaagaatttaaaccagcagcatggatact
ctggcaagagatcacatccaaaaacctaggtctttataatctggctaaaa
tacagacacacccttaatacataccttaatctcaaaactatgctgtctga
ttgaggatcagacgaagtaataagtcagagaaatatttgacagaaatgac
tcagagctaggatatacccaactctcatgaggacaggaaaaagaggctac
ttaaaatcaattcaaggacggagtgaagaggagtttagttgagttcagtg
ccattcagttgaatggcaggtaggtcagttgaagtctgtacaattgaatt
gaatgtgcataggttcagtttagttcttgcagttctcttacacgcattct
cgcaactggccaggaaagacacaacaaaccggaatcttctgaggcaaaac
ctttattgcttacatcttcaggagcaagagagcaagagagagaatggaga
aaccctgtcccttttaaggagaattatcctccgcctaggacgtgtcgctc
cctgattggctgcagcccatcggccgagttgtcgtcacagggaaggcaga
gcacatggagtggagaactacccttggcacatgcgcagattatttgttta
ccacttagaacacaggatgtcagcgccatcttgtaacggtgaatgtgagg
tggctccccacacagttccacctgtctcttctgtaagtatagtcagtgca
gttcattttgtgtcagagtcagaggcagttttcca
gaattcctatgtcatagttatccccataatgtctcaacaacatgactact
taaacatgagctgaacaagggtgacactagtggacctgctaacatgaatg
gggaaaagatcaaagagtgacaactctatacaaagaactacaggaaaata
aagaatgctgaaagaaagagacataggcttcctcagggaagaacacacca
actggttctctaataacaattgcttagttccgaaaatatatgtgtatgag
taatattataaacggagaggttgtagttatatattaaagaacacatattt
ttattactttcctctttttgcatatataagatgctaagcatttgctctag
acatatttcacataccattgttggacaaatgtaatattggagtattgttt
taattggggtttctatcgctgtgatgaaaaatcatagccaaacagcaagt
tgggaaggataacatatactgggtttacccttcacagtgtaggccatcaa
tgaagtaagcccttacagagaccccaatatggcaggaacccagtggcaga
atctgatagagatgaaattgaggggtgctgcttactatcttgctccaagt
tacttgctcagcctgctttcctatagacaccaggaacatcagtccaggga
tggacgtggactggatgctctaacatcaagaactaacatccacaatggac
tggatgctctaacatcaagaactaacaacaaaattgttctacaggttgac
caacatccaaatcttctgttggcattttctcagttgagaggttttgtcct
ctcagatgactacaagtttttgctaattggcagaaatatagataggacac
gcatgcattccagtcctgtcgattaactttttgcagactgataattttta
cctgttttcttaattataaaatgtgaaaccttaaaactctcacaagttag
actatttatatctcctgataaaatgtgtgacttctcttattggtgtggga
gatgaatatgactgctattataacagtagagaatatctgtatctgtggtc
ctcttcatggatgaaataca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_54670016_54670759
seq2: B6Ng01-068H10.b_47_790 (reverse)

seq1  TTCTCTCTCTTGCTCTCTTGCTCCTGAAGATGTAAGCAATAAAGGTTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTCTTGCTCTCTTGCTCCTGAAGATGTAAGCAATAAAGGTTTTG  50

seq1  CCTCAGAAGATTCCGGTTTGTTGTGTCTTTCCTGGCCAGTTGCGAGAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAAGATTCCGGTTTGTTGTGTCTTTCCTGGCCAGTTGCGAGAATG  100

seq1  CGTGTAAGAGAACTGCAAGAACTAAACTGAACCTATGCACATTCAATTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTAAGAGAACTGCAAGAACTAAACTGAACCTATGCACATTCAATTCA  150

seq1  ATTGTACAGACTTCAACTGACCTACCTGCCATTCAACTGAATGGCACTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACAGACTTCAACTGACCTACCTGCCATTCAACTGAATGGCACTGA  200

seq1  ACTCAACTAAACTCCTCTTCACTCCGTCCTTGAATTGATTTTAAGTAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAACTAAACTCCTCTTCACTCCGTCCTTGAATTGATTTTAAGTAGCC  250

seq1  TCTTTTTCCTGTCCTCATGAGAGTTGGGTATATCCTAGCTCTGAGTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTCCTGTCCTCATGAGAGTTGGGTATATCCTAGCTCTGAGTCATT  300

seq1  TCTGTCAAATATTTCTCTGACTTATTACTTCGTCTGATCCTCAATCAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCAAATATTTCTCTGACTTATTACTTCGTCTGATCCTCAATCAGAC  350

seq1  AGCATAGTTTTGAGATTAAGGTATGTATTAAGGGTGTGTCTGTATTTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGTTTTGAGATTAAGGTATGTATTAAGGGTGTGTCTGTATTTTAG  400

seq1  CCAGATTATAAAGACCTAGGTTTTTGGATGTGATCTCTTGCCAGAGTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTATAAAGACCTAGGTTTTTGGATGTGATCTCTTGCCAGAGTATC  450

seq1  CATGCTGCTGGTTTAAATTCTTGTACACTTACCTGTAATGTTCCTAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGCTGGTTTAAATTCTTGTACACTTACCTGTAATGTTCCTAATCA  500

seq1  AATATGGGCTTTCTCAATTGAAATTATTTAATTAAGAAAAAATATCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGGCTTTCTCAATTGAAATTATTTAATTAAGAAAAAATATCTCAA  550

seq1  TTAATAGAAAAGTAAAAATGTTTCAAAATCGACAATAGACAAGTATCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGAAAAGTAAAAATGTTTCAAAATCGACAATAGACAAGTATCCAA  600

seq1  AGGAATGATATGTGATATCCTGAACTTTTGTTCTGGGGTCCGGCTGAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGATATGTGATATCCTGAACTTTTGTTCTGGGGTCCGGCTGAGCA  650

seq1  ATAGACTTGCTTGTTCAACTGGCAAGGGTAGGGCTCATTATGAAGGGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTTGCTTGTTCAACTGGCAAGGGTAGGGCTCATTATGAAGGGTGA  700

seq1  TTATGCTACACAGAGGCTATAATGGTTTCACAGTGGTAGAATTC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTACACAGAGGCTATAATGGTTTCACAGTGGTAGAATTC  744

seq1: chr2_54510538_54511618
seq2: B6Ng01-068H10.g_70_1139

seq1  GAATTCCTATGTCATAGTTATCCCCATAATGTCTCAACAACATGACTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATGTCATAGTTATCCCCATAATGTCTCAACAACATGACTACT  50

seq1  TAAACATGAGCTGAACAAGGGTGACACTAGTGGACCTGCTAACATGAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATGAGCTGAACAAGGGTGACACTAGTGGACCTGCTAACATGAATG  100

seq1  GGGAAAAGATCAAAGAGTGACAACTCTATACAAAGAACTACAGGAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAGATCAAAGAGTGACAACTCTATACAAAGAACTACAGGAAAATA  150

seq1  AAGAATGCTGAAAGAAAGAGACATAGGCTTCCTCAGGGAAGAACACACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGCTGAAAGAAAGAGACATAGGCTTCCTCAGGGAAGAACACACCA  200

seq1  ACTGGTTCTCTAATAACAATTGCTTAGTTCCGAAAATATATGTGTATGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTCTCTAATAACAATTGCTTAGTTCCGAAAATATATGTGTATGAG  250

seq1  TAATATTATAAACGGAGAGGTTGTAGTTATATATTAAAGAACACATATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTATAAACGGAGAGGTTGTAGTTATATATTAAAGAACACATATTT  300

seq1  TTATTACTTTCCTCTTTTTGCATATATAAGATGCTAAGCATTTGCTCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTTTCCTCTTTTTGCATATATAAGATGCTAAGCATTTGCTCTAG  350

seq1  ACATATTTCACATACCATTGTTGGACAAATGTAATATTGGAGTATTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTCACATACCATTGTTGGACAAATGTAATATTGGAGTATTGTTT  400

seq1  TAATTGGGGTTTCTATCGCTGTGATGAAAAATCATAGCCAAACAGCAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGGGTTTCTATCGCTGTGATGAAAAATCATAGCCAAACAGCAAGT  450

seq1  TGGGAAGGATAACATATACTGGGTTTACCCTTCACAGTGTAGGCCATCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGGATAACATATACTGGGTTTACCCTTCACAGTGTAGGCCATCAA  500

seq1  TGAAGTAAGCCCTTACAGAGACCCCAATATGGCAGGAACCCAGTGGCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTAAGCCCTTACAGAGACCCCAATATGGCAGGAACCCAGTGGCAGA  550

seq1  ATCTGATAGAGATGAAATTGAGGGGTGCTGCTTACTATCTTGCTCCAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATAGAGATGAAATTGAGGGGTGCTGCTTACTATCTTGCTCCAAGT  600

seq1  TACTTGCTCAGCCTGCTTTCCTATAGACACCAGGAACATCAGTCCAGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGCTCAGCCTGCTTTCCTATAGACACCAGGAACATCAGTCCAGGGA  650

seq1  TGGACGTGGACTGGATGCTCTAACATCAAGAACTAACATCCACAATGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACGTGGACTGGATGCTCTAACATCAAGAACTAACATCCACAATGGAC  700

seq1  TGGATGCTCTAACATCAAGAACTAACAACAAAATTGTTCTACAGGTTGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCTCTAACATCAAGAACTAACAACAAAATTGTTCTACAGGTTGAC  750

seq1  CAACATCCAAATCTTCTGTTGGCATTTTCTCAGTTGAGAGGTTTTGTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATCCAAATCTTCTGTTGGCATTTTCTCAGTTGAGAGGTTTTGTCCT  800

seq1  CTCAGATGACTACAAGTTTTTGCTAAATTGGCAGAAATATAGATAGGACA  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATGACTACAAGTTTTTGCT-AATTGGCAGAAATATAGATAGGACA  849

seq1  CGCATGCATTCCAGTCCTGTCGATTAACTTTTTGCAGACTGATAAATTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CGCATGCATTCCAGTCCTGTCGATTAACTTTTTGCAGACTGAT-AATTTT  898

seq1  TACCTGTTTTCTTAATTATAAAATGTGAAACCTTAAAAACTCTCACAAGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TACCTGTTTTCTTAATTATAAAATGTGAAACCTT-AAAACTCTCACAAGT  947

seq1  TAGACTATTTATATCTCCTGATAAAATGTGTGACTTCTCTTTATGTGTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||
seq2  TAGACTATTTATATCTCCTGATAAAATGTGTGACTTCTC-TTATTGGTGT  996

seq1  GGGAGATGAATTAATGACTGCTATTATTACAGTGAGAGAATATCTGTAAT  1050
      |||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||
seq2  GGGAGATGAAT--ATGACTGCTATTATAACAGT-AGAGAATATCTGT-AT  1042

seq1  CTGTGGTCCTCTTTCATATGGATGAAATACA  1081
      |||||||||||||    ||||||||||||||
seq2  CTGTGGTCCTCTT---CATGGATGAAATACA  1070