BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069G07
Chromosome2 (Build37)
Map Location 162,376,947 - 162,516,639
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprt, LOC100043895, LOC100043896
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043696, LOC497655, LOC668947, Sfrs6, L3mbtl, LOC241765, Sgk2, Ift52, Mybl2, 2410116G06Rik, LOC269389, Jph2, 3230401D17Rik, LOC100043708, Gdap1l1, D930001I22Rik, LOC100043899, Hnf4a, 5830472M02Rik, Serinc3, Pkig
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069G07.bB6Ng01-069G07.g
ACCDH887717DH887718
length1,0971,037
definitionDH887717|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069G07, 5' end.DH887718|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069G07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(162,376,947 - 162,378,053)(162,515,604 - 162,516,639)
sequence
gaattccagaggtacctaaagtcagagacaaagagatagacatttacagc
atcagctaccactatccatttccttcctacctttactgcatcctggtacc
acaccattcaactggtcccccaaaaatcaagactgctgaaccatttaagt
cctatacttcctacaaatgagaaagcacccagcctccacacaagcctcat
ttcatgcctcttctcctccctgagctttggtcttcgcccaagtccttttc
atacctcagctaaacttccaggcagcctcccaatgagactgatcacccag
agcagagttttgaacaacaggtagttttgtgtccaccccaacatggaaag
cacaggctggatctacacaaaggatgaggttcaggtagcaaggcatggct
gtaatggctggactgctctggcctttgactctctttagactataactcca
ctcaattcatagtgaaattcagcaagacttgttgaatacacacactctgg
tggtgaagtacaagaccaaggcaaacctagtattcatcacaacagaaata
cactttggctaaggccacacctaaggtttcatgtgcacatgtgtctccag
ccattgcaacagcagtgaggtaggtcttttatcaactgcagataggctgc
atagctcaagagatgacatgcaaatgtgaactcaggcagaaatagccaaa
tcaaaaacacacgcacacacatgcaagcatacatcgttgaggtgacctaa
agtatggaggtatgaatgaaaatgcctactaggcactgtttacaacacca
gcctcagccatagctaccaccacaaaaactaaaagccctttactgaaact
atgacctcagcttaagagagtccagagcacaggaagaaactggaagtcca
gtgtcagagttgcccagaccaatcccctacatggaatgtaaaacacactg
gtccagctgctgtgcccatcatccttggactacgtagagtagagggatga
taagatatccagcaactttctgttgagtcacactaacacggacaattctc
atttctccttgggctgtacctaacaccataaagtagtagcatgccaa
gaattcacatgcctctgaatctatgcctcaggctcaggtgtctaaggtcc
caagaatctcttgggaatgtgttaaaattctaggccttttccccaaggga
acgagacacagctatacagctgcattagaaagtagtttttggaattcatt
ttgaggttccccaaaccttgtctgtctaacactctcagagcttgtagcca
gagacaggcaacccttggaatgggatgaatgctagcaagaagttagccct
gcaaattatgaggtctttgtccatttaatttccactgttatttgagcctg
tgtagaaatcaaaaccagaccagtgagaagaagctgtcaactgaatgtca
tgattaaaaacagtagctggcaagacacaaagaaacattaagtgtgatca
agtaattttcctgtttagaacccttcaaagacatctcattaatttcccat
gacccaaagacccctccccctgggtctgctctcacgtcggcttcactata
aactaacctcatttgagatcccttaggtagccaccttggtaagtgctgag
tatatctgagaatgtgacttcttcgctcagggcctttgcacaagccactt
cctgttcctgcactgccctttctagccttcttgatcctctgtgactggac
ttcatcctcagagaagtggtttctcactttttagatcagaatggtgcacc
tgacaccacatcaaaggcagacgcacttgcacttcttccagctggtttac
ttggtgttgcagaacaaatgccccccaacttggcagcataaaacaagctt
ggaagtgcttcttcaggtcttgtgcacaggtctgggaaggttttagttcc
tccttcagcttgtctcccttccttcccacctgacggagtatcttctcaac
aagaactcactgaaagcatgtgattcgggaggcagagggagaagagagga
cacaggcaaacagactcaggttttttttgttgttgttcaagactaaacct
ggcccgtcattctgttggtcatgcatccttagatgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_162376947_162378053
seq2: B6Ng01-069G07.b_46_1142

seq1  GAATTCCAGAGGTACCTAAAGTCAGAGACAAAGAGATAGACATTTACAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGGTACCTAAAGTCAGAGACAAAGAGATAGACATTTACAGC  50

seq1  ATCAGCTACCACTATCCATTTCCTTCCTACCTTTACTGCATCCTGGTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTACCACTATCCATTTCCTTCCTACCTTTACTGCATCCTGGTACC  100

seq1  ACACCATTCAACTGGTCCCCCAAAAATCAAGACTGCTGAACCATTTAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATTCAACTGGTCCCCCAAAAATCAAGACTGCTGAACCATTTAAGT  150

seq1  CCTATACTTCCTACAAATGAGAAAGCACCCAGCCTCCACACAAGCCTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATACTTCCTACAAATGAGAAAGCACCCAGCCTCCACACAAGCCTCAT  200

seq1  TTCATGCCTCTTCTCCTCCCTGAGCTTTGGTCTTCGCCCAAGTCCTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCCTCTTCTCCTCCCTGAGCTTTGGTCTTCGCCCAAGTCCTTTTC  250

seq1  ATACCTCAGCTAAACTTCCAGGCAGCCTCCCAATGAGACTGATCACCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCAGCTAAACTTCCAGGCAGCCTCCCAATGAGACTGATCACCCAG  300

seq1  AGCAGAGTTTTGAACAACAGGTAGTTTTGTGTCCACCCCAACATGGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGTTTTGAACAACAGGTAGTTTTGTGTCCACCCCAACATGGAAAG  350

seq1  CACAGGCTGGATCTACACAAAGGATGAGGTTCAGGTAGCAAGGCATGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCTGGATCTACACAAAGGATGAGGTTCAGGTAGCAAGGCATGGCT  400

seq1  GTAATGGCTGGACTGCTCTGGCCTTTGACTCTCTTTAGACTATAACTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGGCTGGACTGCTCTGGCCTTTGACTCTCTTTAGACTATAACTCCA  450

seq1  CTCAATTCATAGTGAAATTCAGCAAGACTTGTTGAATACACACACTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTCATAGTGAAATTCAGCAAGACTTGTTGAATACACACACTCTGG  500

seq1  TGGTGAAGTACAAGACCAAGGCAAACCTAGTATTCATCACAACAGAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAAGTACAAGACCAAGGCAAACCTAGTATTCATCACAACAGAAATA  550

seq1  CACTTTGGCTAAGGCCACACCTAAGGTTTCATGTGCACATGTGTCTCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGGCTAAGGCCACACCTAAGGTTTCATGTGCACATGTGTCTCCAG  600

seq1  CCATTGCAACAGCAGTGAGGTAGGTCTTTTATCAACTGCAGATAGGCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCAACAGCAGTGAGGTAGGTCTTTTATCAACTGCAGATAGGCTGC  650

seq1  ATAGCTCAAGAGATGACATGCAAATGTGAACTCAGGCAGAAATAGCCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCAAGAGATGACATGCAAATGTGAACTCAGGCAGAAATAGCCAAA  700

seq1  TCAAAAACACACGCACACACATGCAAGCATACATCGTTGAGGTGACCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAACACACGCACACACATGCAAGCATACATCGTTGAGGTGACCTAA  750

seq1  AGTATGGAGGTATGAATGAAAATGCCTACTAGGCACTGTTTACAACACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGGAGGTATGAATGAAAATGCCTACTAGGCACTGTTTACAACACCA  800

seq1  GCCTCAGCCATAGCTACCACCACAAAAACTAAAAGCCCTTTACTGAAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGCCATAGCTACCACCACAAAAACTAAAAGCCCTTTACTGAAACT  850

seq1  ATGACCTCAGCTTAAGAGAGTCCAGAGCACAGGAAGAAACTGGAAGTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTCAGCTTAAGAGAGTCCAGAGCACAGGAAGAAACTGGAAGTCCA  900

seq1  GTGTCAGAGTTGCCCAGACCAATCCCCTACATGGAATGTAAAACACACTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGAGTTGCCCAGACCAATCCCCTACATGGAATGTAAAACACACTG  950

seq1  GTCCAGCTGCTGTGCCCATCATCCTTGGACTTACGTAGAGTAGAGGGATG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGCTGCTGTGCCCATCATCCTTGGAC-TACGTAGAGTAGAGGGATG  999

seq1  ATAAAGATATCCAGCAACCTTTCTGTTGAGTTCACACTAACCACTGACAA  1050
      || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||
seq2  AT-AAGATATCCAGCAA-CTTTCTGTTGAG-TCACACTAA-CACGGACAA  1045

seq1  TTCTCATTTCCTCTTGGGTCTGTAACTAAGCAACCTATAAAGGTAGTAGC  1100
      ||||||||||  |||||| ||||| |||| ||  | ||||| ||||||||
seq2  TTCTCATTTCTCCTTGGG-CTGTACCTAA-CA--CCATAAA-GTAGTAGC  1090

seq1  ATGCCAA  1107
      |||||||
seq2  ATGCCAA  1097

seq1: chr2_162515604_162516639
seq2: B6Ng01-069G07.g_73_1109 (reverse)

seq1  AGCATCTAAGGATGCATGA-CAACAGAATGACGTGGCCAAGGTTTAGTCT  49
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  AGCATCTAAGGATGCATGACCAACAGAATGACG-GGCC-AGGTTTAGTCT  48

seq1  ATGAACAACAACAAAAAAACCTTGAGTCTGTTTGCCTGTGTCCTCTCTTC  99
       |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TGAACAACAACAAAAAAAACCTGAGTCTGTTTGCCTGTGTCCTCTCTTC  97

seq1  TCCCTCTGCCTCCCGAATCACCTGC-TTCAGTGAGTTCTTGTTGAGAGGA  148
      ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCCCTCTGCCTCCCGAATCACATGCTTTCAGTGAGTTCTTGTTGAGAAGA  147

seq1  TACTCCGTCAGGTGGGAAGGAAGGGAGACAAGCTGGAGGAGGAACTAAAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TACTCCGTCAGGTGGGAAGGAAGGGAGACAAGCTGAAGGAGGAACTAAAA  197

seq1  CCTTCCCAGACCTGTGCACAAGACCTG-AGAAGCACTTCCAAGCTTGTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCAGACCTGTGCACAAGACCTGAAGAAGCACTTCCAAGCTTGTTT  247

seq1  TATGCTGCCAAGTTGGGGGGCATTTGTTCTGCAACACCAAGT-AACCAGC  296
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATGCTGCCAAGTTGGGGGGCATTTGTTCTGCAACACCAAGTAAACCAGC  297

seq1  TGGAAGAAGTGCAAGTGCGTCTGCCTTTGATGTGGTGTCAGGTGCACCAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAAGTGCAAGTGCGTCTGCCTTTGATGTGGTGTCAGGTGCACCAT  347

seq1  TCTGATCTAAAAAGTGAGAAACCACTTCTCTGAGGATGAAGTCCAGTCAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCTAAAAAGTGAGAAACCACTTCTCTGAGGATGAAGTCCAGTCAC  397

seq1  AGAGGATCAAGAAGGCTAGAAAGGGCAGTGCAGGAACAGGAAGTGGCTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATCAAGAAGGCTAGAAAGGGCAGTGCAGGAACAGGAAGTGGCTTG  447

seq1  TGCAAAGGCCCTGAGCGAAGAAGTCACATTCTCAGATATACTCAGCACTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGGCCCTGAGCGAAGAAGTCACATTCTCAGATATACTCAGCACTT  497

seq1  ACCAAGGTGGCTACCTAAGGGATCTCAAATGAGGTTAGTTTATAGTGAAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGTGGCTACCTAAGGGATCTCAAATGAGGTTAGTTTATAGTGAAG  547

seq1  CCGACGTGAGAGCAGACCCAGGGGGAGGGGTCTTTGGGTCATGGGAAATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGACGTGAGAGCAGACCCAGGGGGAGGGGTCTTTGGGTCATGGGAAATT  597

seq1  AATGAGATGTCTTTGAAGGGTTCTAAACAGGAAAATTACTTGATCACACT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGATGTCTTTGAAGGGTTCTAAACAGGAAAATTACTTGATCACACT  647

seq1  TAATGTTTCTTTGTGTCTTGCCAGCTACTGTTTTTAATCATGACATTCAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTTCTTTGTGTCTTGCCAGCTACTGTTTTTAATCATGACATTCAG  697

seq1  TTGACAGCTTCTTCTCACTGGTCTGGTTTTGATTTCTACACAGGCTCAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAGCTTCTTCTCACTGGTCTGGTTTTGATTTCTACACAGGCTCAAA  747

seq1  TAACAGTGGAAATTAAATGGACAAAGACCTCATAATTTGCAGGGCTAACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTGGAAATTAAATGGACAAAGACCTCATAATTTGCAGGGCTAACT  797

seq1  TCTTGCTAGCATTCATCCCATTCCAAGGGTTGCCTGTCTCTGGCTACAAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTAGCATTCATCCCATTCCAAGGGTTGCCTGTCTCTGGCTACAAG  847

seq1  CTCTGAGAGTGTTAGACAGACAAGGTTTGGGGAACCTCAAAATGAATTCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGAGTGTTAGACAGACAAGGTTTGGGGAACCTCAAAATGAATTCC  897

seq1  AAAAACTACTTTCTAATGCAGCTGTATAGCTGTGTCTCGTTCCCTTGGGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTACTTTCTAATGCAGCTGTATAGCTGTGTCTCGTTCCCTTGGGG  947

seq1  AAAAGGCCTAGAATTTTAACACATTCCCAAGAGATTCTTGGGACCTTAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCCTAGAATTTTAACACATTCCCAAGAGATTCTTGGGACCTTAGA  997

seq1  CACCTGAGCCTGAGGCATAGATTCAGAGGCATGTGAATTC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGAGCCTGAGGCATAGATTCAGAGGCATGTGAATTC  1037