BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071M13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 109,595,175 - 109,671,873
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043427
Upstream geneLOC100043423, LOC623031, Mett5d1, Kif18a, Bdnf
Downstream geneLin7c, Lgr4, Ccdc34, LOC668797, Bbox1, 1110018M03Rik, LOC668799, Slc5a12, Muc15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071M13.bB6Ng01-071M13.g
ACCDH889384DH889385
length1,1141,211
definitionDH889384|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071M13, 5' end.DH889385|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071M13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,670,755 - 109,671,873)(109,595,175 - 109,596,382)
sequence
gaattcagtgagttggggatcagtacactgagtgcagtgcagtagagtcg
agttaattcatgagttcttgcagttcagtgcaggttagcagaggcagaga
ataagaaggaaccagttagaagactagaacaaattgccagggttagtttg
aagccaagcagagtgagaggccgagagaagccagattgaatcactcagct
tggagagacttttgagccagaacagatagttaaaccagccagccagagtt
cagaaagagctagaaaggataagtttattcagcggtaagtccccaagatt
acagttatatcagacaaataaaagttacagttacagtcagcactgctgct
tcttcatttgggagtattagaacagagctctttgtgtatggccattgagg
atggaagttagctttgccagtgccccaagcttggcgtcactaccactatc
atcttccatacttctggatccacaactatactgatagaccaagagtcaac
acagatgtttgtggaaagcaaagccttactcttactatccaccttccttc
gtcttcctttgtataagaaaatgtcactcttaacagttaacagaaacatc
tctgagaattccacacctagagtttcagcccaaatggcccaactgaaaga
gaggaagccctccatttttctgatccagggacagaaaactgactctggag
accaacctattgttgactttatttttttaaacaggatgtcattggaacaa
gccacacatgttgacttacattttgcttataaattctttcacactatagt
gtcagatttggtagatcatgatggagctaaagacttagacagctgtgaag
tccaaaatactactggaatctgtgcagataactttttgaattttttgttg
ttgttgttgttttttgagacagggtttctctatgtaggcctggctgtcct
ggaactcactctgtagaccaggctggcctccactcagaaatccacctgcc
tcttgcctcccaagtgctgggattaaaggggtgcaccacacgcccggctg
caataactttttttgtagacacttatctagtctataaaccatgtaggcag
agaattgttgaaaa
gaattctttacacagtggagtttttaagaggtaaattgatgcatactttg
gggtggtgattttgttttgtgggtttttgctacctctgctagtgcttacc
agattgcaccagttttagcatccatttgtctaccaccatctagccagtta
cctgttctggatccagatgttacatacacttgtctattttgaggttctcc
agagagacaaaagcaaatgtatatagttctctctatatatttctgtttga
gtgggtatatgcaatagaaaggaagagggggagggagagcaaaaagaggg
ggtattaatgaactagcctatgtatttataggatctatcaagtccaactc
tgtacagcaaactagcaggctaaaattttgcacaacagttgatgttgctg
tcatctttcatctaaaatcgatagtacatgcagctagccaggacaggaac
ttagacaagaattcatacaagcatgatgttctggatatatactttttttc
aactgacacaagctagggtcatctgggataagaggatctcaattgagaaa
atgcttcccatcaaactggcctgtaggcaagcctggggtgtggactcttg
attaatagatgtgagagggaccaaccagctatgaatggtggtgctcctgc
caaggtggtcctgagttgtataggatggcagactgagaaaatgacgagaa
gcaagccagtaagcagcatccctctgtagtctccgtttcagttcctgact
ccagatttgtgccttaagttcctgccttggcttccttaaaagatgaactg
tgactggaagcctaataaatctctcccagttgatcaagttgcttttgttc
atgatgttatattacaataatagaaacttaactaagacagatggtagaga
tggaacaaaacaggagatgccagtggtgtggggagccacacaagcacata
atgaacatgtgtgaagttgtgagagaacaaaatttacttttactatttta
taatgaataatagagttcttactaggatgtaacctttagaactactcttt
gctaatcatcatatcaactatcataaagcatcagtagggataaatttgtt
aagaagttcactgaggccattttttgttagcctcttagattaactctatt
cgaacatgacaaataatcaaacattcatagaaccacaatgtgtcctctct
ggaacccctac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_109670755_109671873
seq2: B6Ng01-071M13.b_46_1159 (reverse)

seq1  TTTTCAAACAATTCTCTGCCTACATGGTTTTATAGACTAGATAAGTGTCT  50
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTC-AACAATTCTCTGCCTACATGG-TTTATAGACTAGATAAGTGTCT  48

seq1  ACAAAAAAAGTTATTTGCAGCCGGGCGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCC  100
      ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  ACAAAAAAAGTTA-TTGCAGCCGGGCGT-GTGGTGCACCCCTTTAATCCC  96

seq1  AGCACTTGGGAGGC-AGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTGGAGGCCAGCCT  149
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCACTTGGGAGGCAAGAGGCAGGTGGATTTCTGAG-TGGAGGCCAGCCT  145

seq1  GGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGCCTACATAGAGAAACCCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGCCTACATAGAGAAACCCTG  195

seq1  TCTCAAAAAAACAACAACAACAACAAAAAATTCAAAAAGTTATCTGCACA  249
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTC-AAAAAACAACAACAACAACAAAAAATTCAAAAAGTTATCTGCACA  244

seq1  GATTCCAGTAGTATTTTGGACTTCACAGCTGTCTAAGTCTTTAGCTCCAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCAGTAGTATTTTGGACTTCACAGCTGTCTAAGTCTTTAGCTCCAT  294

seq1  CATGATCTACCAAATCTGACACTATAGTGTGAAAGAATTTATAAGCAAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCTACCAAATCTGACACTATAGTGTGAAAGAATTTATAAGCAAAA  344

seq1  TGTAAGTCAACATGTGTGGCTTGTTCCAATGACATCCTGTTTAAAAAAAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTCAACATGTGTGGCTTGTTCCAATGACATCCTGTTTAAAAAAAT  394

seq1  AAAGTCAACAATAGGTTGGTCTCCAGAGTCAGTTTTCTGTCCCTGGATCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAACAATAGGTTGGTCTCCAGAGTCAGTTTTCTGTCCCTGGATCA  444

seq1  GAAAAATGGAGGGCTTCCTCTCTTTCAGTTGGGCCATTTGGGCTGAAACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATGGAGGGCTTCCTCTCTTTCAGTTGGGCCATTTGGGCTGAAACT  494

seq1  CTAGGTGTGGAATTCTCAGAGATGTTTCTGTTAACTGTTAAGAGTGACAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTGTGGAATTCTCAGAGATGTTTCTGTTAACTGTTAAGAGTGACAT  544

seq1  TTTCTTATACAAAGGAAGACGAAGGAAGGTGGATAGTAAGAGTAAGGCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTATACAAAGGAAGACGAAGGAAGGTGGATAGTAAGAGTAAGGCTT  594

seq1  TGCTTTCCACAAACATCTGTGTTGACTCTTGGTCTATCAGTATAGTTGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCCACAAACATCTGTGTTGACTCTTGGTCTATCAGTATAGTTGTG  644

seq1  GATCCAGAAGTATGGAAGATGATAGTGGTAGTGACGCCAAGCTTGGGGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAGAAGTATGGAAGATGATAGTGGTAGTGACGCCAAGCTTGGGGCA  694

seq1  CTGGCAAAGCTAACTTCCATCCTCAATGGCCATACACAAAGAGCTCTGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAAAGCTAACTTCCATCCTCAATGGCCATACACAAAGAGCTCTGTT  744

seq1  CTAATACTCCCAAATGAAGAAGCAGCAGTGCTGACTGTAACTGTAACTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATACTCCCAAATGAAGAAGCAGCAGTGCTGACTGTAACTGTAACTTT  794

seq1  TATTTGTCTGATATAACTGTAATCTTGGGGACTTACCGCTGAATAAACTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTCTGATATAACTGTAATCTTGGGGACTTACCGCTGAATAAACTT  844

seq1  ATCCTTTCTAGCTCTTTCTGAACTCTGGCTGGCTGGTTTAACTATCTGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTCTAGCTCTTTCTGAACTCTGGCTGGCTGGTTTAACTATCTGTT  894

seq1  CTGGCTCAAAAGTCTCTCCAAGCTGAGTGATTCAATCTGGCTTCTCTCGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCAAAAGTCTCTCCAAGCTGAGTGATTCAATCTGGCTTCTCTCGG  944

seq1  CCTCTCACTCTGCTTGGCTTCAAACTAACCCTGGCAATTTGTTCTAGTCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCACTCTGCTTGGCTTCAAACTAACCCTGGCAATTTGTTCTAGTCT  994

seq1  TCTAACTGGTTCCTTCTTATTCTCTGCCTCTGCTAACCTGCACTGAACTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTGGTTCCTTCTTATTCTCTGCCTCTGCTAACCTGCACTGAACTG  1044

seq1  CAAGAACTCATGAATTAACTCGACTCTACTGCACTGCACTCAGTGTACTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACTCATGAATTAACTCGACTCTACTGCACTGCACTCAGTGTACTG  1094

seq1  ATCCCCAACTCACTGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAACTCACTGAATTC  1114

seq1: chr2_109595175_109596382
seq2: B6Ng01-071M13.g_67_1277

seq1  GAATTCTTTACACAGTGGAGTTTTTAAGAGGTAAATTGATGCATACTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTACACAGTGGAGTTTTTAAGAGGTAAATTGATGCATACTTTG  50

seq1  GGGTGGTGATTTTGTTTTGTGGGTTTTTGCTACCTCTGCTAGTGCTTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTGATTTTGTTTTGTGGGTTTTTGCTACCTCTGCTAGTGCTTACC  100

seq1  AGATTGCACCAGTTTTAGCATCCATTTGTCTACCACCATCTAGCCAGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCACCAGTTTTAGCATCCATTTGTCTACCACCATCTAGCCAGTTA  150

seq1  CCTGTTCTGGATCCAGATGTTACATACACTTGTCTATTTTGAGGTTCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCTGGATCCAGATGTTACATACACTTGTCTATTTTGAGGTTCTCC  200

seq1  AGAGAGACAAAAGCAAATGTATATAGTTCTCTCTATATATTTCTGTTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGACAAAAGCAAATGTATATAGTTCTCTCTATATATTTCTGTTTGA  250

seq1  GTGGGTATATGCAATAGAAAGGAAGAGGGGGAGGGAGAGCAAAAAGAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTATATGCAATAGAAAGGAAGAGGGGGAGGGAGAGCAAAAAGAGGG  300

seq1  GGTATTAATGAACTAGCCTATGTATTTATAGGATCTATCAAGTCCAACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTAATGAACTAGCCTATGTATTTATAGGATCTATCAAGTCCAACTC  350

seq1  TGTACAGCAAACTAGCAGGCTAAAATTTTGCACAACAGTTGATGTTGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGCAAACTAGCAGGCTAAAATTTTGCACAACAGTTGATGTTGCTG  400

seq1  TCATCTTTCATCTAAAATCGATAGTACATGCAGCTAGCCAGGACAGGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTTCATCTAAAATCGATAGTACATGCAGCTAGCCAGGACAGGAAC  450

seq1  TTAGACAAGAATTCATACAAGCATGATGTTCTGGATATATACTTTTTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACAAGAATTCATACAAGCATGATGTTCTGGATATATACTTTTTTTC  500

seq1  AACTGACACAAGCTAGGGTCATCTGGGATAAGAGGATCTCAATTGAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGACACAAGCTAGGGTCATCTGGGATAAGAGGATCTCAATTGAGAAA  550

seq1  ATGCTTCCCATCAAACTGGCCTGTAGGCAAGCCTGGGGTGTGGACTCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCCCATCAAACTGGCCTGTAGGCAAGCCTGGGGTGTGGACTCTTG  600

seq1  ATTAATAGATGTGAGAGGGACCAACCAGCTATGAATGGTGGTGCTCCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAGATGTGAGAGGGACCAACCAGCTATGAATGGTGGTGCTCCTGC  650

seq1  CAAGGTGGTCCTGAGTTGTATAGGATGGCAGACTGAGAAAATGACGAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGGTCCTGAGTTGTATAGGATGGCAGACTGAGAAAATGACGAGAA  700

seq1  GCAAGCCAGTAAGCAGCATCCCTCTGTAGTCTCCGTTTCAGTTCCTGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCAGTAAGCAGCATCCCTCTGTAGTCTCCGTTTCAGTTCCTGACT  750

seq1  CCAGATTTGTGCCTTAAGTTCCTGCCTTGGCTTCCTTAAAAGATGAACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTTGTGCCTTAAGTTCCTGCCTTGGCTTCCTTAAAAGATGAACTG  800

seq1  TGACTGGAAGCCTAATAAATCTCTCCCAGTTGATCAAGTTGCTTTTGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGAAGCCTAATAAATCTCTCCCAGTTGATCAAGTTGCTTTTGTTC  850

seq1  ATGATGTTATATTACAATAATAGAAACTTAACTAAGACAGATGGTAGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTTATATTACAATAATAGAAACTTAACTAAGACAGATGGTAGAGA  900

seq1  TGGAACAAAACAGGAGATGCCAGTGGTGTGGGGAGCCACACAAGCACATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAAAACAGGAGATGCCAGTGGTGTGGGGAGCCACACAAGCACATA  950

seq1  ATGAACATGTGTGAAGTTGTGAGAGAACAAAATTTACTTTTACTA-TTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGAACATGTGTGAAGTTGTGAGAGAACAAAATTTACTTTTACTATTTTA  1000

seq1  TAATGAATAAATAAGAGTTCTTACTAGGAATGTAACC-TTAGAACTACTC  1048
      ||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TAATGAATAA--TAGAGTTCTTACTAGG-ATGTAACCTTTAGAACTACTC  1047

seq1  TTTGCTAATCATCATATCAACTATCATAAAGCATCAGTAGGGATAAA-TT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTGCTAATCATCATATCAACTATCATAAAGCATCAGTAGGGATAAATTT  1097

seq1  GTTAAG-AGTTCCAACTGAAGTCAATTTTTG-TAG-CTC-TAGATTTAAC  1143
      |||||| |||||  ||||| | || |||||| ||| ||| |||| |||||
seq2  GTTAAGAAGTTC--ACTGAGGCCATTTTTTGTTAGCCTCTTAGA-TTAAC  1144

seq1  TC-ATTCGAACCATGACAAATAATCAAACATTCATTAGACCACAAT-TGT  1191
      || ||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||
seq2  TCTATTCGAA-CATGACAAATAATCAAACATTCATAGAACCACAATGTGT  1193

seq1  CTCTCTCTG--ACCCCTAC  1208
      | |||||||  ||||||||
seq2  C-CTCTCTGGAACCCCTAC  1211