BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072B06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 160,175,372 - 160,340,740
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMafb
Upstream geneLOC100043689, Gm826
Downstream geneLOC100043892, Top1, Plcg1, Zhx3, Lpin3, Emilin3, Chd6, LOC100043693, LOC100043694, LOC383769, LOC629655, LOC383770
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072B06.bB6Ng01-072B06.g
ACCDH889594DH889595
length1,114946
definitionDH889594|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072B06, 5' end.DH889595|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072B06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(160,175,372 - 160,176,493)(160,339,794 - 160,340,740)
sequence
gaattcctaacacggtctcaggtccgtgttggggcttgacagggcttaga
atgaagaggaggtccaggctctctccagtccctggctctggccaggaaga
catatgtcatcagaggtgtgctggcagctcccagagagcagagtccacct
accttatcaggccagcctcattctgcactacacaaagctggcctctggcc
tctgtccacttggacctgactagttccaggccatgtccccatggtttatc
ttgtggtcccaggctcagagggtcctcactgcctgcctgggaagcaagca
gattagccccactttgaagatgagaaagctaggactcaggagagctgtag
aacttctactggtatatctactttcattcgttcatttgatatttaaatgg
tatgctaataagaaccaagtattaggtaaagtgtgaggccagagaatgtg
ccagtactccagatctgctgtggccctgatgctacacaatgaccagtggt
ttaaaatgcagtgccagacttaagctctgctgctgctgctgctactgcta
ctgctatctcgaatgtctccatttaatacaaaagggcttagttttctttt
gagaatttaatacaatttatatttttataacagcgtcttactatctatag
atcagtttggcctcgaacttgctatttagcccaaggtggccttgaactct
cctcattcctcctcagtctcctgaagagtaggagtacagatttgcatcgc
cacacccagatctcattaattttgtagtaagaagctattcatttgcatta
ttccacggtgctcggcaaattatacaactagtgacatttatagttaagag
ggtgagggaagaaaataacccctgcccatggatggatgtggggagactga
atctgagcagaccttggagtattgggggctaacaatggtgagagctgggg
tactgtatcccaactagaatttagtgcactccctaagtaagtcatattat
aagctgaagtctgcagaccgacttcaggaagtggtttaaaaaaaagataa
ataaaggaaaagaggcatgaattgagggggggcagtacaggaggagttgt
aggaacgggggaga
gaattcccaatgtagaacaggctgggcttcaaactcacagagagttgtct
gcctctgcctcctaagtgctgaggttaaaggcaagtgccaccactgcctg
gtagtctgattcatctttgcatttttttgttaaccagtctcctcctccca
ctttcaataaatgccatttaattttgctttcctgatgaaggaattaaaag
ctcagagaccttgagtaactttttggaggtcacacaacttggaagttggg
tacctcgagaaacaagggtttgtttccatgtgagaaaaggaggttcttcg
ggctcacagaccatctgaagccagagctagcaagtgcaggtggtccagta
gaaaccctgctggcaggctaaccctttcgttctggataccttctctgcaa
ggaagactgtgtgttttgggttggtgacatcctagatcctggctgggtgg
agttgggatccctgagactgagggaggaagaagagcctacagattgagca
gggtaggggttcatgggccatcttctaggtccctcaatactgcctatgcc
tagttcagaggaggtagagaaagaggaagcaccagctcatgactccccct
gcccccccatctgccccaaggcattagccctttatgacttcatattaatc
tgcaggcacttattgctctgcaaggctgttttgacaaaagttcattatca
agactgctaaatgcttttaaagcattgattgggcgaattattacatcact
ggggtagacactgtgtttgaagatggatggtgttgctcagaccatttgaa
attttccttcttttaattggatcgatccccagaataaacgaagtttaatt
gaattttgaggaaaattgagcagttgtttgtgagtctctgtcgataagca
ttatttcaattacatggtgatagtgagtgggggcggggtgggggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_160175372_160176493
seq2: B6Ng01-072B06.b_46_1159

seq1  GAATTCCTAACACGGTCTCAGGTCCGTGTTGGGGCTTGACAGGGCTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAACACGGTCTCAGGTCCGTGTTGGGGCTTGACAGGGCTTAGA  50

seq1  ATGAAGAGGAGGTCCAGGCTCTCTCCAGTCCCTGGCTCTGGCCAGGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGGAGGTCCAGGCTCTCTCCAGTCCCTGGCTCTGGCCAGGAAGA  100

seq1  CATATGTCATCAGAGGTGTGCTGGCAGCTCCCAGAGAGCAGAGTCCACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTCATCAGAGGTGTGCTGGCAGCTCCCAGAGAGCAGAGTCCACCT  150

seq1  ACCTTATCAGGCCAGCCTCATTCTGCACTACACAAAGCTGGCCTCTGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATCAGGCCAGCCTCATTCTGCACTACACAAAGCTGGCCTCTGGCC  200

seq1  TCTGTCCACTTGGACCTGACTAGTTCCAGGCCATGTCCCCATGGTTTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCACTTGGACCTGACTAGTTCCAGGCCATGTCCCCATGGTTTATC  250

seq1  TTGTGGTCCCAGGCTCAGAGGGTCCTCACTGCCTGCCTGGGAAGCAAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTCCCAGGCTCAGAGGGTCCTCACTGCCTGCCTGGGAAGCAAGCA  300

seq1  GATTAGCCCCACTTTGAAGATGAGAAAGCTAGGACTCAGGAGAGCTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGCCCCACTTTGAAGATGAGAAAGCTAGGACTCAGGAGAGCTGTAG  350

seq1  AACTTCTACTGGTATATCTACTTTCATTCGTTCATTTGATATTTAAATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTACTGGTATATCTACTTTCATTCGTTCATTTGATATTTAAATGG  400

seq1  TATGCTAATAAGAACCAAGTATTAGGTAAAGTGTGAGGCCAGAGAATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTAATAAGAACCAAGTATTAGGTAAAGTGTGAGGCCAGAGAATGTG  450

seq1  CCAGTACTCCAGATCTGCTGTGGCCCTGATGCTACACAATGACCAGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACTCCAGATCTGCTGTGGCCCTGATGCTACACAATGACCAGTGGT  500

seq1  TTAAAATGCAGTGCCAGACTTAAGCTCTGCTGCTGCTGCTGCTACTGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGCAGTGCCAGACTTAAGCTCTGCTGCTGCTGCTGCTACTGCTA  550

seq1  CTGCTATCTCGAATGTCTCCATTTAATACAAAAGGGCTTAGTTTTCTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATCTCGAATGTCTCCATTTAATACAAAAGGGCTTAGTTTTCTTTT  600

seq1  GAGAATTTAATACAATTTATATTTTTATAACAGCGTCTTACTATCTATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTAATACAATTTATATTTTTATAACAGCGTCTTACTATCTATAG  650

seq1  ATCAGTTTGGCCTCGAACTTGCTATTTAGCCCAAGGTGGCCTTGAACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTTGGCCTCGAACTTGCTATTTAGCCCAAGGTGGCCTTGAACTCT  700

seq1  CCTCATTCCTCCTCAGTCTCCTGAAGAGTAGGAGTACAGATTTGCATCGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTCCTCCTCAGTCTCCTGAAGAGTAGGAGTACAGATTTGCATCGC  750

seq1  CACACCCAGATCTCATTAATTTTGTAGTAAGAAGCTATTCATTTGCATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCAGATCTCATTAATTTTGTAGTAAGAAGCTATTCATTTGCATTA  800

seq1  TTCCACGGTGCTCGGCAAATTATACAACTAGTGACATTTATAGTTAAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACGGTGCTCGGCAAATTATACAACTAGTGACATTTATAGTTAAGAG  850

seq1  GGTGAGGGAAGAAAATAACCCCTGCCCATGGATGGATGTGGGGAGACTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGGAAGAAAATAACCCCTGCCCATGGATGGATGTGGGGAGACTGA  900

seq1  ATCTGAGCAGACCTTGGAGTATTGGGGGCTAACAATGGTGAGAGCTGGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGCAGACCTTGGAGTATTGGGGGCTAACAATGGTGAGAGCTGGGG  950

seq1  TACTGTATCCCAACTAGAATTTTAGGTGCAACTCCCTAAGTAAGTCATAT  1000
      ||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTATCCCAACTAGAATTT--AGTGC-ACTCCCTAAGTAAGTCATAT  997

seq1  TAT-AGCTGAAGTCTGCAGACCGACTTCAAGAAAGTGTTTTAAAAAAAAA  1049
      ||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||  |||||||
seq2  TATAAGCTGAAGTCTGCAGACCGACTTC-AGGAAGTGGTTT--AAAAAAA  1044

seq1  AGATAAAATAAAGAAAAAGAGGCCATGAATTTGAGGGGGGCAGTACAGGA  1099
      |||| |||||||| |||||||| ||||||||   ||||||||||||||||
seq2  AGAT-AAATAAAGGAAAAGAGG-CATGAATTGAGGGGGGGCAGTACAGGA  1092

seq1  GGAGTTTGTAGGAAAGGGGGAGA  1122
      |||| ||||||||| ||||||||
seq2  GGAG-TTGTAGGAACGGGGGAGA  1114

seq1: chr2_160339794_160340740
seq2: B6Ng01-072B06.g_68_1013 (reverse)

seq1  TCCCACCACCCCGCCCCCACTCACTTATCACCATGTAATTGAAATAATGC  50
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCACCCCGCCCCCACTCAC-TATCACCATGTAATTGAAATAATGC  49

seq1  TTATCGACAGAGACTCACAAACAACTGCTCAATTTTCCTCAAAATTCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCGACAGAGACTCACAAACAACTGCTCAATTTTCCTCAAAATTCAAT  99

seq1  TAAACTTCGTTTATTCTGGGGATCGATCCAATTAAAAGAAGGAAAATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTCGTTTATTCTGGGGATCGATCCAATTAAAAGAAGGAAAATTTC  149

seq1  AAATGGTCTGAGCAACACCATCCATCTTCAAACACAGTGTCTACCCCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTCTGAGCAACACCATCCATCTTCAAACACAGTGTCTACCCCAGT  199

seq1  GATGTAATAATTCGCCCAATCAATGCTTTAAAAGCATTTAGCAGTCTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAATAATTCGCCCAATCAATGCTTTAAAAGCATTTAGCAGTCTTGA  249

seq1  TAATGAACTTTTGTCAAAACAGCCTTGCAGAGCAATAAGTGCCTGCAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAACTTTTGTCAAAACAGCCTTGCAGAGCAATAAGTGCCTGCAGAT  299

seq1  TAATATGAAGTCATAAAGGGCTAATGCCTTGGGGCAGATGGGGGGGCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGAAGTCATAAAGGGCTAATGCCTTGGGGCAGATGGGGGGGCAGG  349

seq1  GGGAGTCATGAGCTGGTGCTTCCTCTTTCTCTACCTCCTCTGAACTAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCATGAGCTGGTGCTTCCTCTTTCTCTACCTCCTCTGAACTAGGC  399

seq1  ATAGGCAGTATTGAGGGACCTAGAAGATGGCCCATGAACCCCTACCCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCAGTATTGAGGGACCTAGAAGATGGCCCATGAACCCCTACCCTGC  449

seq1  TCAATCTGTAGGCTCTTCTTCCTCCCTCAGTCTCAGGGATCCCAACTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTGTAGGCTCTTCTTCCTCCCTCAGTCTCAGGGATCCCAACTCCA  499

seq1  CCCAGCCAGGATCTAGGATGTCACCAACCCAAAACACACAGTCTTCCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCAGGATCTAGGATGTCACCAACCCAAAACACACAGTCTTCCTTG  549

seq1  CAGAGAAGGTATCCAGAACGAAAGGGTTAGCCTGCCAGCAGGGTTTCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGGTATCCAGAACGAAAGGGTTAGCCTGCCAGCAGGGTTTCTAC  599

seq1  TGGACCACCTGCACTTGCTAGCTCTGGCTTCAGATGGTCTGTGAGCCCGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCACCTGCACTTGCTAGCTCTGGCTTCAGATGGTCTGTGAGCCCGA  649

seq1  AGAACCTCCTTTTCTCACATGGAAACAAACCCTTGTTTCTCGAGGTACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTCCTTTTCTCACATGGAAACAAACCCTTGTTTCTCGAGGTACCC  699

seq1  AACTTCCAAGTTGTGTGACCTCCAAAAAGTTACTCAAGGTCTCTGAGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCAAGTTGTGTGACCTCCAAAAAGTTACTCAAGGTCTCTGAGCTT  749

seq1  TTAATTCCTTCATCAGGAAAGCAAAATTAAATGGCATTTATTGAAAGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCCTTCATCAGGAAAGCAAAATTAAATGGCATTTATTGAAAGTGG  799

seq1  GAGGAGGAGACTGGTTAACAAAAAAATGCAAAGATGAATCAGACTACCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGAGACTGGTTAACAAAAAAATGCAAAGATGAATCAGACTACCAG  849

seq1  GCAGTGGTGGCACTTGCCTTTAACCTCAGCACTTAGGAGGCAGAGGCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGTGGCACTTGCCTTTAACCTCAGCACTTAGGAGGCAGAGGCAGA  899

seq1  CAACTCTCTGTGAGTTTGAAGCCCAGCCTGTTCTACATTGGGAATTC  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTCTGTGAGTTTGAAGCCCAGCCTGTTCTACATTGGGAATTC  946