BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072H06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 38,882,612 - 39,032,846
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGolga1, A930041I02Rik, LOC100042584
Upstream geneDennd1a, LOC100040947, Lhx2, Nek6, Psmb7, LOC674251, Nr5a1, Nr6a1, Olfml2a, LOC624652, LOC100041071, 1700123D08Rik, Rpl35, Arpc5l
Downstream genePpp6c, Vmn2r-ps2, Ppia-ps2_560.1, LOC100042604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072H06.bB6Ng01-072H06.g
ACCDH889868DH889869
length1,1821,051
definitionDH889868|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072H06, 5' end.DH889869|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,882,612 - 38,883,827)(39,031,783 - 39,032,846)
sequence
gaattctaagtcccaggccagtctgagctacatggagataccctgtctca
aaaaggcaaaccaacaagactagggatttttctgtagtaactagcttaaa
ggaggctctaggttttgccccccgccccccaatgctccaacacacacaag
atagtgagtagttacattggcatacatggccaggttaaacatagctctga
agtgcctcagagccccataagcccccaatcatactccacctgtcaagtaa
gcatggcttgtaccttgcaggacctgttaggtctcctacacatggtaact
ataacctagggttgagcatgtttactttagaggaaggtgttcagggaata
gccccccccctcccccccagacagggtttctgtgtagtcctggaactcac
tctgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatctgcctgcctctgcctc
ccaagtgctgggattaaaggcatgcgccaccactgcctgggtagcttgtt
ttaaaaaataaaaataaaccaggaatgatgatgaacatctttaatcccca
cgcttgggaagcagagacaggcagatctctgtgagttccaaaccagatgg
gaatagagagaccctctctttaaaacaacaacaacaacaacaacaacaac
aaacaaacaaaaacaaaaaacaaaacaaaaaaaaagtgctctcttcggca
gcacatatactaaaattggaacgatacagagaagattagcatggcccctg
cgcaaggatgacacgcaaattcgtgaagcattccatattaaaaaaaaaat
aaaacaacaacaacaacaacaacagcaacaacatcacagcaacaaatcct
aaagatgtgtatacatcaatttacagtcctttaaaatacatgaagacagg
aagaaggaagaaaggcagatccaggcacattagaggtttttgactcttaa
gtgaaaccaagaaccaagtagaaaaacagtaaataaaatactgatttcat
aatgctatctgcaaaggacgtcttagattgcttgtagactggctggctca
aatctgctgctctgctctctagtcagctggttctgttgatctgtgactcg
gggcattcaggaagatgggaagctgtctctgtcctcatgcaccctttaac
tggcagcagagttctgttctagtcttcatgga
gaattccttctaatgtgtctgtctgttctgagaaccctgcaagtacatac
gcccagtcaccttgtggccctgctttctgtcacatcccaggttttccaaa
gtgttccacaaccttttagagcttccatattgctagctgtgagtttcctc
ttactgcagtcggctttgaaatagtcatcttcaccacagactaagcaaaa
ggagtggtgcatggatctttgtaatactggcagctgttgtgaaaacactt
cactctaatgccaggtacctctttgtgttcttgttttggcacacttgttc
cccttcagttcttgtaccttccacaaggccttgaaagaaaatgtgcctgc
ctatcagtggactctgtccctatgataaatagctgagaatgataactagg
ttaaaaagaccaatgggtttttgtttgtttccctgctcacaggtttgctt
atttcagtctatggtcagctgtccctcttggggctgacaacatatggtgt
gattatgtgttatagcaaagctgcttaactcatggccagaaagcatgaag
gcaaagagaaagaggggtcccacagccctcctacctaaaggccttctatc
agacctaacttgacttttttttttccccccgtatagggtatcactttgta
gctctggctgtcctggaactcactagggtctggggccaggcatggtggta
tacacctttagtcccagcactcagtagtcagaggcaggaggatctcttgg
gagttcaagaccatgttggtctatgttgtaacttctaagctagccagaga
tatacaaggaaaagagacccatcttaaaaaataaacaaattaattaaatt
aaaagaccaacaccaaaactttgtcatcaactagttagagagttcttata
ttttgaattaataagaatttgttctgggcttagtggcacacacctttatt
ctagcactcagaaaacagaagacaggagatatctgatttctagcagctgt
ctagagtagtagccagcaaccagagaacccagtctcaaaatcaaacaaga
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_38882612_38883827
seq2: B6Ng01-072H06.b_46_1227

seq1  GAATTCTAAGTCCCAGGCCAGTCTGAGCTACATGGAGATACCCTGTCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGTCCCAGGCCAGTCTGAGCTACATGGAGATACCCTGTCTCA  50

seq1  AAAAGGCAAACCAACAAGACTAGGGATTTTTCTGTAGTAACTAGCTTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCAAACCAACAAGACTAGGGATTTTTCTGTAGTAACTAGCTTAAA  100

seq1  GGAGGCTCTAGGTTTTGCCCCCCGCCCCCCAATGCTCCAACACACACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTCTAGGTTTTGCCCCCCGCCCCCCAATGCTCCAACACACACAAG  150

seq1  ATAGTGAGTAGTTACATTGGCATACATGGCCAGGTTAAACATAGCTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAGTAGTTACATTGGCATACATGGCCAGGTTAAACATAGCTCTGA  200

seq1  AGTGCCTCAGAGCCCCATAAGCCCCCAATCATACTCCACCTGTCAAGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTCAGAGCCCCATAAGCCCCCAATCATACTCCACCTGTCAAGTAA  250

seq1  GCATGGCTTGTACCTTGCAGGACCTGTTAGGTCTCCTACACATGGTAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCTTGTACCTTGCAGGACCTGTTAGGTCTCCTACACATGGTAACT  300

seq1  ATAACCTAGGGTTGAGCATGTTTACTTTAGAGGAAGGTGTTCAGGGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCTAGGGTTGAGCATGTTTACTTTAGAGGAAGGTGTTCAGGGAATA  350

seq1  GCCCCCCCCCTCCCCCCCAGACAGGGTTTCTGTGTAGTCCTGGAACTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCCCCCTCCCCCCCAGACAGGGTTTCTGTGTAGTCCTGGAACTCAC  400

seq1  TCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTC  450

seq1  CCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACTGCCTGGGTAGCTTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACTGCCTGGGTAGCTTGTT  500

seq1  TTAAAAAATAAAAATAAACCAGGAATGATGATGAACATCTTTAATCCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAATAAAAATAAACCAGGAATGATGATGAACATCTTTAATCCCCA  550

seq1  CGCTTGGGAAGCAGAGACAGGCAGATCTCTGTGAGTTCCAAACCAGATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTGGGAAGCAGAGACAGGCAGATCTCTGTGAGTTCCAAACCAGATGG  600

seq1  GAATAGAGAGACCCTCTCTTTAAAACAACAACAACAACAACAACAACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGAGAGACCCTCTCTTTAAAACAACAACAACAACAACAACAACAAC  650

seq1  AAACAAACAAAAACAAAAAACAAAACAAAAAAAAAGTGCTCTCTTCGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAAAACAAAAAACAAAACAAAAAAAAAGTGCTCTCTTCGGCA  700

seq1  GCACATATACTAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCATGGCCCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATATACTAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCATGGCCCCTG  750

seq1  CGCAAGGATGACACGCAAATTCGTGAAGCATTCCATATTAAAAAAAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAAGGATGACACGCAAATTCGTGAAGCATTCCATATTAAAAAAAAAAT  800

seq1  AAAACAACAACAACAACAACAACAGCAACAACATCACAGCAACAAATCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAACAACAACAACAACAACAGCAACAACATCACAGCAACAAATCCT  850

seq1  AAAGATGTGTATACATCAATTTACAGTCCTTTAAAAATACATGAAGACAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTGTATACATCAATTTACAGTCCTTT-AAAATACATGAAGACAG  899

seq1  GAAGAAGGAAGAAAGGCAGATCCAGGCACATTAGAGGTTTTTTGAACTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  GAAGAAGGAAGAAAGGCAGATCCAGGCACATTAGAGGTTTTT--GACTCT  947

seq1  TAAGTGAGAACCAAGAACCAAGTAGAAAAAACAAGTAAATAAAATACTGA  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  TAAGTGA-AACCAAGAACCAAGTAGAAAAA--CAGTAAATAAAATACTGA  994

seq1  TTTCAATAATGCTATCCTGCAAAGGACGTCTTAGGATTTGCTTTGTAGAC  1050
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||   |||| ||||||||
seq2  TTTC-ATAATGCTAT-CTGCAAAGGACGTCTTAG--ATTGC-TTGTAGAC  1039

seq1  TGGCTGGCCTCAAAATCTGCTTGCCTCTGCCTCTCTAGGTCAGCTGGTTC  1100
      ||||||| ||| |||||||||   ||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TGGCTGG-CTC-AAATCTGCT--GCTCTG-CTCTCTA-GTCAGCTGGTTC  1083

seq1  TGTCTGATCCTGTGACTCGGGGGCATTTCAGGAAGATGGGAAAGCTGTTC  1150
      ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||  
seq2  TGT-TGAT-CTGTGACTC-GGGGCA-TTCAGGAAGATGGG-AAGCTGTCT  1128

seq1  CTTCCTGGTCCTCATGCACACCCTTTTACACTGGCAGCAGCAGTTCTGTT  1200
      ||     |||||||||  ||||||||   ||||||||||| |||||||||
seq2  CT-----GTCCTCATG--CACCCTTT--AACTGGCAGCAG-AGTTCTGTT  1168

seq1  CTAAGTCTTCCATGGA  1216
      || |||||| ||||||
seq2  CT-AGTCTT-CATGGA  1182

seq1: chr2_39031783_39032846
seq2: B6Ng01-072H06.g_67_1117 (reverse)

seq1  TTCTTGTTTTGATTTTTGAGACTGGGTTTCTCTGTGTTGCCTGGCTAACT  50
      |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||
seq2  TTCTTG-TTTGA-TTTTGAGACTGGG-TTCTCTG-GTTG-CTGGCT-ACT  44

seq1  ACTCTAGACCAGCCTGGCCTAGAAAATCAGATATTCTCCTGTC-TCTGTT  99
      |||||||| ||| |||  |||| |||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  ACTCTAGA-CAG-CTG--CTAG-AAATCAGATA-TCTCCTGTCTTCTGTT  88

seq1  TTCTGAGTGCTAGAATTAAAGGTGTGTGCCACTAAGCCCAGAACAAATTC  149
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGTGCTAGAA-TAAAGGTGTGTGCCACTAAGCCCAGAACAAATTC  137

seq1  TTATTAATTCAAAATATAAGAACTCTCTAACTAGTTGATGACAAAGTTTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAATTCAAAATATAAGAACTCTCTAACTAGTTGATGACAAAGTTTT  187

seq1  GGTGTTGGTCTTTTAATTTAATTAATTTGTTTATTTTTTTAAGATGGGTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGTGTTGGTCTTTTAATTTAATTAATTTGTTTA-TTTTTTAAGATGGGTC  236

seq1  TCTTTTCCTTGTATATCTCTGGCTAGCTTAGAAGTTACAACATAGACCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCCTTGTATATCTCTGGCTAGCTTAGAAGTTACAACATAGACCAA  286

seq1  CATGGTCTTGAACTCCCAAGAGATCCTCCTGCCTCTGACTACTGAGTGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCTTGAACTCCCAAGAGATCCTCCTGCCTCTGACTACTGAGTGCT  336

seq1  GGGACTAAAGGTGTATACCACCATGCCTGGCCCCAGACCCTAGTGAGTTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTAAAGGTGTATACCACCATGCCTGGCCCCAGACCCTAGTGAGTTC  386

seq1  CAGGACAGCCAGAGCTACAAAGTGATACCCTATACGGGGGGAAAAAAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACAGCCAGAGCTACAAAGTGATACCCTATACGGGGGGAAAAAAAAA  436

seq1  AGTCAAGTTAGGTCTGATAGAAGGCCTTTAGGTAGGAGGGCTGTGGGACC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGTTAGGTCTGATAGAAGGCCTTTAGGTAGGAGGGCTGTGGGACC  486

seq1  CCTCTTTCTCTTTGCCTTCATGCTTTCTGGCCATGAGTTAAGCAGCTTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTCTCTTTGCCTTCATGCTTTCTGGCCATGAGTTAAGCAGCTTTG  536

seq1  CTATAACACATAATCACACCATATGTTGTCAGCCCCAAGAGGGACAGCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAACACATAATCACACCATATGTTGTCAGCCCCAAGAGGGACAGCTG  586

seq1  ACCATAGACTGAAATAAGCAAACCTGTGAGCAGGGAAACAAACAAAAACC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAGACTGAAATAAGCAAACCTGTGAGCAGGGAAACAAACAAAAACC  636

seq1  CATTGGTCTTTTTAACCTAGTTATCATTCTCAGCTATTTATCATAGGGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTCTTTTTAACCTAGTTATCATTCTCAGCTATTTATCATAGGGAC  686

seq1  AGAGTCCACTGATAGGCAGGCACATTTTCTTTCAAGGCCTTGTGGAAGGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCACTGATAGGCAGGCACATTTTCTTTCAAGGCCTTGTGGAAGGT  736

seq1  ACAAGAACTGAAGGGGAACAAGTGTGCCAAAACAAGAACACAAAGAGGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAACTGAAGGGGAACAAGTGTGCCAAAACAAGAACACAAAGAGGTA  786

seq1  CCTGGCATTAGAGTGAAGTGTTTTCACAACAGCTGCCAGTATTACAAAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCATTAGAGTGAAGTGTTTTCACAACAGCTGCCAGTATTACAAAGA  836

seq1  TCCATGCACCACTCCTTTTGCTTAGTCTGTGGTGAAGATGACTATTTCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCACCACTCCTTTTGCTTAGTCTGTGGTGAAGATGACTATTTCAA  886

seq1  AGCCGACTGCAGTAAGAGGAAACTCACAGCTAGCAATATGGAAGCTCTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGACTGCAGTAAGAGGAAACTCACAGCTAGCAATATGGAAGCTCTAA  936

seq1  AAGGTTGTGGAACACTTTGGAAAACCTGGGATGTGACAGAAAGCAGGGCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGTGGAACACTTTGGAAAACCTGGGATGTGACAGAAAGCAGGGCC  986

seq1  ACAAGGTGACTGGGCGTATGTACTTGCAGGGTTCTCAGAACAGACAGACA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTGACTGGGCGTATGTACTTGCAGGGTTCTCAGAACAGACAGACA  1036

seq1  CATTAGAAGGAATTC  1064
      |||||||||||||||
seq2  CATTAGAAGGAATTC  1051