BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-076E20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 170,499,601 - 170,659,622
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDok5
Upstream geneTshz2, LOC100043737, LOC100043910, Zfp217, Silg111, LOC100043739, Bcas1, LOC228916, Cyp24a1, Pfdn4, 4930470P17Rik
Downstream geneLOC668955, LOC100043743
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-076E20.bB6Ng01-076E20.g
ACCDH892608DH892609
length1,170455
definitionDH892608|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076E20, 5' end.DH892609|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076E20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(170,499,601 - 170,500,792)(170,659,162 - 170,659,622)
sequence
gaattcagtgcggtgcgttcataatgacgaatgttctgcagttacctaaa
cttagttttctctgtttataaggggctgtccacagcggtactaaaacaaa
agagcaagtttaacgtgtagcttattacgtggtagaatggcacttaacaa
acaaaaccatatctaaaaatttgtagacgctggttaaaacagaaagaggt
gggcagtgttctctactggtccgactagaatattgcttcatgtttagaat
tagaaactgtaagtttgttcttgtttttaatttccgtttcttacatggaa
gaaatgaaacgcgaggtaaatcgtatccaatttttaatccgatgttaagt
gttaatttttatatatttaactgtgtctcttgcgagtccagctgtatctt
gctcgggcttgctatgcctaactgtatcttttacatgctgaactctgctt
ttggtgtgtggaacactttccagcacgtgaagaggtcggccctggagggc
agagtccttgtctcctcactcccagtctccatcacagagcaggtgacaag
aacacaaacacgatgtattgagttgggcagttgagaatccagagagagca
gagggttgacacgaggtacggaggtcaggaccacccacagcagacagatc
catcaccatccccccaccccccacccccgttgctgtgatcaaatgccaaa
caagaaacgacttgaagatggaacagtttatcttggctcacagtttacag
ggatacatcataccatggtgcagaagccgggcaacaggaacaggaagtgg
ttggccacactgaatcttcagaaagaagcagagagagaattgaatcctgc
atggttcctcactctctcccttttattcaattccatgggaccctagcccg
tgactggtgccactcaactttgaggggaggtctccttctcatggatataa
aagcaccttcatagacatagtcaggaatgtgtccatggtgattttcgatc
agaaaagcttgcgttagatagcatcaccaggattttgagagcatagcaag
aagaaattgacatttttcacatgatttagatttgacgcaacccgtgggca
acttaacattttgggctgtcctccattacagaatgggtgactgggtcgac
ttccgatcagcctgacattt
catccgacatattttgatgctcttaactcttagtcctccccatctcctcc
cagattcatgcccagtgccctgtctcccaaccagcacccaactttgtgtc
tccagcattgtccgttcggtgtttggttttttaaataacccatcatccag
tttgtgctgtttatatgctcatgggtgtaaggccgtcctctggcataggg
tccacctaccagaagccacacccttagtgaaaactgactctacctccccc
aaagccatggagtatccacaattcctcagttggggttcaggtttgtgaaa
ccctccctattccatgctagagtgttgaatattggatggactcctgcttc
ttaaaactcgagtctcttgaaagttcaaaacacaagaggtggctgtgtta
ggtgcctttacaaggaaactaaactcttggggaggaagagtgggggtggg
gaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_170499601_170500792
seq2: B6Ng01-076E20.b_45_1214

seq1  GAATTCAGTGCGGTGCGTTCATAATGACGAATGTTCTGCAGTTACCTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCGGTGCGTTCATAATGACGAATGTTCTGCAGTTACCTAAA  50

seq1  CTTAGTTTTCTCTGTTTATAAGGGGCTGTCCACAGCGGTACTAAAACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTTTCTCTGTTTATAAGGGGCTGTCCACAGCGGTACTAAAACAAA  100

seq1  AGAGCAAGTTTAACGTGTAGCTTATTACGTGGTAGAATGGCACTTAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAGTTTAACGTGTAGCTTATTACGTGGTAGAATGGCACTTAACAA  150

seq1  ACAAAACCATATCTAAAAATTTGTAGACGCTGGTTAAAACAGAAAGAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCATATCTAAAAATTTGTAGACGCTGGTTAAAACAGAAAGAGGT  200

seq1  GGGCAGTGTTCTCTACTGGTCCGACTAGAATATTGCTTCATGTTTAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGTGTTCTCTACTGGTCCGACTAGAATATTGCTTCATGTTTAGAAT  250

seq1  TAGAAACTGTAAGTTTGTTCTTGTTTTTAATTTCCGTTTCTTACATGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACTGTAAGTTTGTTCTTGTTTTTAATTTCCGTTTCTTACATGGAA  300

seq1  GAAATGAAACGCGAGGTAAATCGTATCCAATTTTTAATCCGATGTTAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGAAACGCGAGGTAAATCGTATCCAATTTTTAATCCGATGTTAAGT  350

seq1  GTTAATTTTTATATATTTAACTGTGTCTCTTGCGAGTCCAGCTGTATCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTTTTATATATTTAACTGTGTCTCTTGCGAGTCCAGCTGTATCTT  400

seq1  GCTCGGGCTTGCTATGCCTAACTGTATCTTTTACATGCTGAACTCTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGGGCTTGCTATGCCTAACTGTATCTTTTACATGCTGAACTCTGCTT  450

seq1  TTGGTGTGTGGAACACTTTCCAGCACGTGAAGAGGTCGGCCCTGGAGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTGTGGAACACTTTCCAGCACGTGAAGAGGTCGGCCCTGGAGGGC  500

seq1  AGAGTCCTTGTCTCCTCACTCCCAGTCTCCATCACAGAGCAGGTGACAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCTTGTCTCCTCACTCCCAGTCTCCATCACAGAGCAGGTGACAAG  550

seq1  AACACAAACACGATGTATTGAGTTGGGCAGTTGAGAATCCAGAGAGAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAACACGATGTATTGAGTTGGGCAGTTGAGAATCCAGAGAGAGCA  600

seq1  GAGGGTTGACACGAGGTACGGAGGTCAGGACCACCCACAGCAGACAGATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTGACACGAGGTACGGAGGTCAGGACCACCCACAGCAGACAGATC  650

seq1  CATCACCAT-------CCCCCCACCCCCGTTGCTGTGATCAAATGCCAAA  693
      |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCATCCCCCCACCCCCCACCCCCGTTGCTGTGATCAAATGCCAAA  700

seq1  CAAGAAACGACTTGAAGATGGAACAGTTTATCTTGGCTCACAGTTTACAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAACGACTTGAAGATGGAACAGTTTATCTTGGCTCACAGTTTACAG  750

seq1  GGATACATCATACCATGGTGCAGAAGGCCGGGCAACAGGAACAGGAAGTG  793
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACATCATACCATGGTGCAGAA-GCCGGGCAACAGGAACAGGAAGTG  799

seq1  GTTGGCCACACTGAATCTTCAGAAAGAAGCAGAGAGAGAATTGAATCCTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCCACACTGAATCTTCAGAAAGAAGCAGAGAGAGAATTGAATCCTG  849

seq1  CATGGTTCCTCACTCTCTCCCTTTTATTCAATTCCATGGGACCCTAGCCC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTCCTCACTCTCTCCCTTTTATTCAATTCCATGGGACCCTAGCCC  899

seq1  GTGGACTGGTGCCACTCAACTTTGAGGGGAGGTCTTCCTTCCTCATGGAT  943
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  GT-GACTGGTGCCACTCAACTTTGAGGGGAGGTC-TCCTT-CTCATGGAT  946

seq1  ATAAAAGCACCTTCATAGACATAGTCAGGGATATGTGTCCATGGTGATTT  993
      |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGCACCTTCATAGACATAGTCAGG--AATGTGTCCATGGTGATTT  994

seq1  TCGATTCAGACAAGCTGGCAGTTAAGATTAGCCATCACCAGGATTTTGAG  1043
      |||| ||||| ||||| || ||| ||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  TCGA-TCAGAAAAGCTTGC-GTT-AGA-TAG-CATCACCAGGATTTTGAG  1039

seq1  AAGCAATAGCAAAGAAGAAAATGAACATTATCCACATGATTTAGAATTTG  1093
       ||| ||||| ||||||||| || ||||| | |||||||||||| |||||
seq2  -AGC-ATAGC-AAGAAGAAATTG-ACATTTTTCACATGATTTAG-ATTTG  1084

seq1  ACGCAACCACCGTTGGGCAAACCTAACCATTTTGTGCTGTCTCCTCATTT  1143
      |||||||  ||| |||||||  || | ||||||| ||||  |||||  ||
seq2  ACGCAAC--CCG-TGGGCAA--CTTAACATTTTGGGCTG--TCCTCCATT  1127

seq1  ACAGAACATGGGTGACATGGGTCAGACTTCTCAGTCAGCCCTGACATTT  1192
      |||||  ||||||||| |||||| |||||| |  |||| ||||||||||
seq2  ACAGA--ATGGGTGAC-TGGGTC-GACTTC-CGATCAG-CCTGACATTT  1170

seq1: chr2_170659162_170659622
seq2: B6Ng01-076E20.g_68_528 (reverse)

seq1  ACCTCCCCACCCCCACTCTTCCTCCCCAAGAGTTTAGTTTCCTTGTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCCACCCCCACTCTTCCTCCCCAAGAGTTTAGTTTCCTTGTAAAG  50

seq1  GCACCTAACACAGCCACCTCTTGTGTTTTGAACTTTCAAGAGACTCGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTAACACAGCCACCTCTTGTGTTTTGAACTTTCAAGAGACTCGAGT  100

seq1  TTTAAGAAGCAGGAGTCCATCCAATATTCAACACTCTAGCATGGAATAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAAGCAGGAGTCCATCCAATATTCAACACTCTAGCATGGAATAGG  150

seq1  GAGGGTTTCACAAACCTGAACCCCAACTGAGGAATTGTGGATACTCCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTTCACAAACCTGAACCCCAACTGAGGAATTGTGGATACTCCATG  200

seq1  GCTTTGGGGGAGGTAGAGTCAGTTTTCACTAAGGGTGTGGCTTCTGGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGGGGAGGTAGAGTCAGTTTTCACTAAGGGTGTGGCTTCTGGTAG  250

seq1  GTGGACCCTATGCCAGAGGACGGCCTTACACCCATGAGCATATAAACAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACCCTATGCCAGAGGACGGCCTTACACCCATGAGCATATAAACAGC  300

seq1  ACAAACTGGATGATGGGTTATTTAAAAAACCAAACACCGAACGGACAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTGGATGATGGGTTATTTAAAAAACCAAACACCGAACGGACAATG  350

seq1  CTGGAGACACAAAGTTGGGTGCTGGTTGGGAGACAGGGCACTGGGCATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGACACAAAGTTGGGTGCTGGTTGGGAGACAGGGCACTGGGCATGA  400

seq1  ATCTGGGAGGAGATGGGGAGGACTAAGAGTTAAGAGCATCAAAATATGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGAGGAGATGGGGAGGACTAAGAGTTAAGAGCATCAAAATATGTC  450

seq1  GGATGGAATTC  461
      |||||||||||
seq2  GGATGGAATTC  461