BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077K08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 152,696,929 - 152,846,888
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTpx2, Mylk2, Fkhl18, Dusp15, Ttll9, Pdrg1
Upstream geneRspo4, Angpt4, 5430432M24Rik, 2310046K01Rik, Scrt2, Srxn1, Tcf15, LOC100043843, Csnk2a1, Tbc1d20, Rbck1, Trib3, LOC628060, Nrsn2, Sox12, Zcchc3, 6820408C15Rik, EG629114, LOC668930, 9230107O10Rik, 9230002F21Rik, EG654457, OTTMUSG00000015852, Defb29, 4930525K10Rik, Defb19, OTTMUSG00000015859, Defb36, OTTMUSG00000015862, Rem1, H13, Mcts2, Id1, LOC629170, Cox4i2, Bcl2l1
Downstream geneXkr7, BC020535, Hck, Tm9sf4, Tspyl3, Plagl2, Pofut1, Kif3b, 2500004C02Rik, Asxl1, 8430427H17Rik, Commd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1, EG329541, LOC100043869, Spag4l, Bpil1, Bpil3, Rya3, LOC100043870, Gm1006, EG545477, Psp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077K08.bB6Ng01-077K08.g
ACCDH893564DH893565
length970947
definitionDH893564|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077K08, 5' end.DH893565|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077K08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,845,905 - 152,846,888)(152,696,929 - 152,697,730)
sequence
gaattccatcctcagaatccgtgtaaaggtggatctaagctggacttctt
catacagacctagaatctcaactgagcaatgttacccaaaatggtaagag
caggatcctaagtgcaaggtctgcctgggctgtccagtgagttcaaggct
agcctgagcctcttagttagacctactctcaaaataaaaagtagaaagct
gaagctcagtggtagggtgcttgctcagcatgtaagtttcagtcctggag
gacagctgttaggctataatcacagaatttaacagaataaatttaggatt
gagttcatagtaaagatttgctccccgaggcctgcaatttgttctggact
cacactcttttggggtcatttaagatgtttcaagtcaagccacagagcca
tctgttgcctgttgaaaatctatgcagggggaattggagacatgccccca
cctggtgtctccatctggctgcattacctcagggggatcccacccccttt
cctggccttaatgtcctcatctgcccaatgggaatcatatttctgcgtta
tccagggacgtgggaggatgaagcaagggcacaggagacacatgaatgca
agggattatgctccgggtcatggggggagaggaagggaggcctctctgcc
acctgccaaacccacagaggaaggagagggaggagcaggggaccacccag
gccagcaactcacattcatggcgagcgcaggggtgtgggcacctgtacta
tccatggacccgagctggtgagtcagccacccaagctgtttgaagcattc
ggacactgatacagagctctgctgtgctctccacccccaatgcagctgca
gctggtcacctctttaaggttagtatcaagctccactcctaacaatgcac
cctcacagtcagtgacactggcctcctcagcctacatccaccgagtcagg
aagggtcttctccggctgac
gaattcatacatgcatactttctttttataattagttttttttaaaaaat
gtatgaatgttttgcttgcatgtgtgtatatgtacccgtggaattcagag
gaggccatcggaatccctgaagctagagttacagatgactgaaccacaat
gtgggtgccaagaattgaactcagatcctcccaaagaacaacaaacctac
ccaaccgctgagccatctcttcagccccatatatgatctaatcaaatcta
tctcctatcctctcccttctgacttctcctctgtccctcccatcattatt
gcaattgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggtttacc
atgtcttaagacagggtttctctgtgtagccctggctgtccaggaactct
ctttgtagaccaggctggccttgaactcagatccacctgcttctgcctct
caagtgctgggattaagggcatcagtgtaggaccatctactggagcatcc
ctgtagaaaactgactttcactctcccaacaaccattggttgccaatagt
tccttagctagggaaggttcttcatgacccattttcccatccatgttggg
attttgtgtggcttgatctttgtctcaatctctggtgcataaaatcctag
ctactagaagttcatgtgctctgacatagctggataaatgctggctcact
atcgtcttttcactacccatggctctctccgccctcttattctctgatga
tccctgggcctttagaggaagtggtgtgatgccccatttagatctgaaca
atctacaatctcttatgctctacacaattgatcagttttaactctctgtg
ttaattgtcacctactgcaaaaagaacctctctgagtttaggtgaggcag
tacctatggatataaagatcaatagagggcaatttatccacgtcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_152845905_152846888
seq2: B6Ng01-077K08.b_45_1014 (reverse)

seq1  GTCAGCCTGGGAGAGGACCCTTCCCTGACTCTGGTGGGATGGTAGGCTGA  50
      |||||||  ||||| ||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||
seq2  GTCAGCC--GGAGAAGACCCTT-CCTGACTC-GGT-GGAT-GTAGGCTGA  44

seq1  GGAGGGCAAGTGGTCATCTGAACTGTGATGGGTGCATTGTTAGGGGTGGG  100
      ||| ||| ||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| || ||
seq2  GGA-GGCCAGT-GTCA-CTG-ACTGTGA-GGGTGCATTGTTAGGAGT-GG  88

seq1  AGCTTGATACCTAACCCTTAAAGAGGTGACCAGCTGCAGCTGCATTGGGG  150
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGATA-CTAA-CCTTAAAGAGGTGACCAGCTGCAGCTGCATTGGGG  136

seq1  GTGGAGAGCACAGCAGAGCTCTGTATCAGTGTCCGAATGCTTCAAACAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAGCACAGCAGAGCTCTGTATCAGTGTCCGAATGCTTCAAACAGC  186

seq1  TTGGGTGGCTGCCTCACCAGCTCGGGTCCATGGCTAGTCCAGGTGCCCAC  250
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TTGGGTGGCTGACTCACCAGCTCGGGTCCATGGATAGTACAGGTGCCCAC  236

seq1  ACCCCTGCGCTCGCCCTGAATGTGAGTTGCTGGCCTGGGTGGTCCCCTGC  300
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGCGCTCGCCATGAATGTGAGTTGCTGGCCTGGGTGGTCCCCTGC  286

seq1  TCCTCCCTCTCCTTCCTCTGTGGGTTTGGCAGGTGGCAGAGAGGCCTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCTCTCCTTCCTCTGTGGGTTTGGCAGGTGGCAGAGAGGCCTCCC  336

seq1  TTCCTCTCCCCCCATGACCCGGAGCATAATCCCTTGCATTCATGTGTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCCCCCCATGACCCGGAGCATAATCCCTTGCATTCATGTGTCTC  386

seq1  CTGTGCCCTTGCTTCATCCTCCCACGTCCCTGGATAACGCAGAAATATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCTTGCTTCATCCTCCCACGTCCCTGGATAACGCAGAAATATGA  436

seq1  TTCCCATTGGGCAGATGAGGACATTAAGGCCAGGAAAGGGGGTGGGATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATTGGGCAGATGAGGACATTAAGGCCAGGAAAGGGGGTGGGATCC  486

seq1  CCCTGAGGTAATGCAGCCAGATGGAGACACCAGGTGGGGGCATGTCTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGGTAATGCAGCCAGATGGAGACACCAGGTGGGGGCATGTCTCCA  536

seq1  ATTCCCCCTGCATAGATTTTCAACAGGCAACAGATGGCTCTGTGGCTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCCCTGCATAGATTTTCAACAGGCAACAGATGGCTCTGTGGCTTGA  586

seq1  CTTGAAACATCTTAAATGACCCCAAAAGAGTGTGAGTCCAGAACAAATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAACATCTTAAATGACCCCAAAAGAGTGTGAGTCCAGAACAAATTG  636

seq1  CAGGCCTCGGGGAGCAAATCTTTACTATGAACTCAATCCTAAATTTATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCTCGGGGAGCAAATCTTTACTATGAACTCAATCCTAAATTTATTC  686

seq1  TGTTAAATTCTGTGATTATAGCCTAACAGCTGTCCTCCAGGACTGAAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAATTCTGTGATTATAGCCTAACAGCTGTCCTCCAGGACTGAAACT  736

seq1  TACATGCTGAGCAAGCACCCTACCACTGAGCTTCAGCTTTCTACTTTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTGAGCAAGCACCCTACCACTGAGCTTCAGCTTTCTACTTTTTA  786

seq1  TTTTGAGAGTAGGTCTAACTAAGAGGCTCAGGCTAGCCTTGAACTCACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGAGTAGGTCTAACTAAGAGGCTCAGGCTAGCCTTGAACTCACTG  836

seq1  GACAGCCCAGGCAGACCTTGCACTTAGGATCCTGCTCTTACCATTTTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCCAGGCAGACCTTGCACTTAGGATCCTGCTCTTACCATTTTGGG  886

seq1  TAACATTGCTCAGTTGAGATTCTAGGTCTGTATGAAGAAGTCCAGCTTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTGCTCAGTTGAGATTCTAGGTCTGTATGAAGAAGTCCAGCTTAG  936

seq1  ATCCACCTTTACACGGATTCTGAGGATGGAATTC  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCTTTACACGGATTCTGAGGATGGAATTC  970

seq1: chr2_152696929_152697730
seq2: B6Ng01-077K08.g_69_871

seq1  GAATTCATACATGCATACTTTCTTTTTATAATTAGTTTTTTTTAAAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACATGCATACTTTCTTTTTATAATTAGTTTTTTTTAAAAAAT  50

seq1  GTATGAATGTTTTGCTTGCATGTGTGTATATGTACCCGTGGAATTCAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAATGTTTTGCTTGCATGTGTGTATATGTACCCGTGGAATTCAGAG  100

seq1  GAGGCCATCGGAATCCCTGAAGCTAGAGTTACAGATGACTGAACCACAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCATCGGAATCCCTGAAGCTAGAGTTACAGATGACTGAACCACAAT  150

seq1  GTGGGTGCCAAGAATTGAACTCAGATCCTCCCAAAGAACAACAAACCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGCCAAGAATTGAACTCAGATCCTCCCAAAGAACAACAAACCTAC  200

seq1  CCAACCGCTGAGCCATCTCTTCAGCCCCATATATGATCTAATCAAATCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCGCTGAGCCATCTCTTCAGCCCCATATATGATCTAATCAAATCTA  250

seq1  TCTCCTATCCTCTCCCTTCTGACTTCTCCTCTGTCCCTCCCATCATTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTATCCTCTCCCTTCTGACTTCTCCTCTGTCCCTCCCATCATTATT  300

seq1  GCAATTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTTTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTTTACC  350

seq1  ATGTCTTAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCAGGAACTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCAGGAACTCT  400

seq1  CTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGATCCACCTGCTTCTGCCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGATCCACCTGCTTCTGCCTCT  450

seq1  CAAGTGCTGGGATTAAGGGCATCAGTGTAGGACCATCTACTGGAGCATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCTGGGATTAAGGGCATCAGTGTAGGACCATCTACTGGAGCATCC  500

seq1  CTGTAGAAAACTGACTTTCACTCTCCCAACAACCATTGGTTGCCAATAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAAAACTGACTTTCACTCTCCCAACAACCATTGGTTGCCAATAGT  550

seq1  TCCTTAGCTAGGGAAGGTTCTTCATGACCCATTTTCCCATCCATGTTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGCTAGGGAAGGTTCTTCATGACCCATTTTCCCATCCATGTTGGG  600

seq1  ATTTTGTGTGGCTTGATCTTTGTCTCAATCTCTGGTGCATAAAATCCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTGTGGCTTGATCTTTGTCTCAATCTCTGGTGCATAAAATCCTAG  650

seq1  CTACTAGAAGTTCATGTGCTCTGACATAGCTGGATAAATGCTGGCTCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGAAGTTCATGTGCTCTGACATAGCTGGATAAATGCTGGCTCACT  700

seq1  ATCGTCTTTTCACTACCCATGGCTCTCTCCGCCCTCTTATTCTCTGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTCTTTTCACTACCCATGGCTCTCTCCGCCCTCTTATTCTCTGATGA  750

seq1  TCCCTGGGCC-TTAGAGGAAGTGGTGTGATGCCCCATTTAGATCTGAACA  799
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGGCCTTTAGAGGAAGTGGTGTGATGCCCCATTTAGATCTGAACA  800

seq1  ATC  802
      |||
seq2  ATC  803