BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077L20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 33,518,005 - 33,632,051
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2610528K11Rik
Upstream geneEng, Fpgs, Cdk9, Sh2d3c, Tor2a, Ttc16, Ptrh1, 1700019L03Rik, Stxbp1, 9130404D14Rik, Lrsam1, Snora65, Slc2a8, Garnl3, Ralgps1, Angptl2, Zbtb34, Zbtb43, LOC676764, Lmx1b, LOC100041918
Downstream geneLOC100041931, Pbx3, LOC665948, Mapkap1, LOC623448, LOC623269, Gapvd1, Hspa5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077L20.bB6Ng01-077L20.g
ACCDH893634DH893635
length9041,120
definitionDH893634|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077L20, 5' end.DH893635|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077L20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,631,151 - 33,632,051)(33,518,005 - 33,519,142)
sequence
gaattcctcgagaggtgacatcattgttaataattttaacggtaagattt
ctttacataaaaacgaattgactttttttaacaagctgacagtatacttg
gctggggcttttactaacttagcccccccaccctccacttcctgtctaga
gtgttcaaagtgtaggctgggtggacaagcctgctgggagccaggtggga
aagaaatcgtcatactgtggccatcgtgagcttggaagcaaaggcacaag
gcccatgtagccacagccagtcacctccaaggacaggaagtgctcctcca
atggcagactctgccatggcctgcaccacctctgagaatgtcctctgtgc
catccgtcctctgtcctctgacatcttcataccacaagctcctgtccctc
acagaagtctccctgactcaccccttacaagggagcccagtgtgctccag
acagcagtccagtctcccctcacctcagaccccatttatcacacgtccac
ccaaggccctccttgttcttaggccctggagatcccctcacctcatcagt
agcattagctattggccctttgatattcattctctctctctctctctctc
tctctctctctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtatgagtgtgtgtatacatatacgtacgtgtgcactcaat
cctgtgaggatgctcgtgtatatctgctatggaatatgtggaagtgatag
ggcaaccactggtgttagtccctcgccatcctatcgtgaatcaggatctc
ttatgtctgctttgcccactgcgtaacccagaataggtggccgttgaggc
ctctgaagtgtctcccgtctcaactccctatggctaccacatcgggctct
gagg
gaattcagacccttctgctttggtggaaggctcttatccaagatttggat
cttgaagaatttcagagctcagattttcagattagacatatccagcctcc
actacatgtgctataaaatgctctaaaaatccacaaagggaacagaaagc
ttttggggtggtgtctgacacccagaaaatgcttaataaatggatgttat
ttatacttttatgaatttaactgtagaaaaatgagagaaaataaagatta
agtgggtttggaaaatggacttttaaaaaaatcatacctttaagtatttt
gaaatatttgtctgtcagacattttcagaccacaaaaatgtgtgtgtttg
tgtgccaaaatgaaaccagtgttacaatttaagcatgttgggccaatgcg
atggctcagagggtggaaaagcttgctgattaggtcaaggacctgagttc
aattcccgggacccacaaggcagaaggaaagaactgacctttgtaagtgt
ttttttgacctctacacacttgcagtaatatgcatgtatgcgcccctcca
aataaatgacttcaagaattaaaacaatcaaacacatcatgaagatgtct
gtagttcattgtgctggccacgggcaactctttgttggctattcagatgc
tcttagttattttgtacaaatggctctttattgcgtagctgatggctgac
ccgaactgttacaaaagcagggtcttgtgtagtccaggaagactctgact
tctgatcttcctcccttttctcaatgtacaccaccatgcacttcaagatc
agtgagagactttgtctcaaaaataaagtggagaaccatagaagactata
ctcagtgttcctgcatgtatacacacacactcacacactcacacacacac
acacacacacacacacacacacacagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagacgagactagaaacgacaatggctgatagatgactc
gtgggttaaagggatgctgctagcctgagacagagttcaagccaaaccat
gtgctggaaggagagaaccagtcccacgagtatttctgaacctcaaatgt
ataaatgagattctatgtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_33631151_33632051
seq2: B6Ng01-077L20.b_46_949 (reverse)

seq1  CCTCAGAGCCC-ATGTAGAAGCCTATAGGGAGTTGGAGACAGGAGACACT  49
      ||||||||||| |||| | |||| |||||||||| ||||| |||||||||
seq2  CCTCAGAGCCCGATGTGGTAGCC-ATAGGGAGTT-GAGACGGGAGACACT  48

seq1  TCAGAGG-CTCAACGGCCAGCTATCCTGGGGTACTCAGTGGG-AAAGCA-  96
      ||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||| |||||| 
seq2  TCAGAGGCCTCAACGGCCACCTATTCTGGGTTACGCAGTGGGCAAAGCAG  98

seq1  ACA-AAGAGACCCTGATTCAAGATAAGGAAGGCGA-GGACTAATACTTGT  144
      ||| |||||| ||||||||| ||| |||| ||||| ||||||| ||  ||
seq2  ACATAAGAGATCCTGATTCACGAT-AGGATGGCGAGGGACTAACACCAGT  147

seq1  GGTTGCCCTCTGACCTCCACATATACCATAGCATGTATACACCTGCATCC  194
      ||||||||| | || ||||||||| ||||||||  |||||||  ||||||
seq2  GGTTGCCCTATCACTTCCACATATTCCATAGCAGATATACACGAGCATCC  197

seq1  ACACAGGACTGTGTGCACACGTACCTATATGTATACACACACTCATACAC  244
       ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGATTGAGTGCACACGTACGTATATGTATACACACACTCATACAC  247

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAG  297

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGAATATCAAAGGGCCAATAGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGAATATCAAAGGGCCAATAGC  347

seq1  TAATGCTACTGATGAGGTGAGGGGATCTCCAGGGCCTAAGAACAAGGAGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTACTGATGAGGTGAGGGGATCTCCAGGGCCTAAGAACAAGGAGG  397

seq1  GCCTTGGGTGGACGTGTGATAAATGGGGTCTGAGGTGAGGGGAGACTGGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGGTGGACGTGTGATAAATGGGGTCTGAGGTGAGGGGAGACTGGA  447

seq1  CTGCTGTCTGGAGCACACTGGGCTCCCTTGTAAGGGGTGAGTCAGGGAGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTCTGGAGCACACTGGGCTCCCTTGTAAGGGGTGAGTCAGGGAGA  497

seq1  CTTCTGTGAGGGACAGGAGCTTGTGGTATGAAGATGTCAGAGGACAGAGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTGAGGGACAGGAGCTTGTGGTATGAAGATGTCAGAGGACAGAGG  547

seq1  ACGGATGGCACAGAGGACATTCTCAGAGGTGGTGCAGGCCATGGCAGAGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGATGGCACAGAGGACATTCTCAGAGGTGGTGCAGGCCATGGCAGAGT  597

seq1  CTGCCATTGGAGGAGCACTTCCTGTCCTTGGAGGTGACTGGCTGTGGCTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATTGGAGGAGCACTTCCTGTCCTTGGAGGTGACTGGCTGTGGCTA  647

seq1  CATGGGCCTTGTGCCTTTGCTTCCAAGCTCACGATGGCCACAGTATGACG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCCTTGTGCCTTTGCTTCCAAGCTCACGATGGCCACAGTATGACG  697

seq1  ATTTCTTTCCCACCTGGCTCCCAGCAGGCTTGTCCACCCAGCCTACACTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTCCCACCTGGCTCCCAGCAGGCTTGTCCACCCAGCCTACACTT  747

seq1  TGAACACTCTAGACAGGAAGTGGAGGGTGGGGGGGCTAAGTTAGTAAAAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACTCTAGACAGGAAGTGGAGGGTGGGGGGGCTAAGTTAGTAAAAG  797

seq1  CCCCAGCCAAGTATACTGTCAGCTTGTTAAAAAAAGTCAATTCGTTTTTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCCAAGTATACTGTCAGCTTGTTAAAAAAAGTCAATTCGTTTTTA  847

seq1  TGTAAAGAAATCTTACCGTTAAAATTATTAACAATGATGTCACCTCTCGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGAAATCTTACCGTTAAAATTATTAACAATGATGTCACCTCTCGA  897

seq1  GGAATTC  901
      |||||||
seq2  GGAATTC  904

seq1: chr2_33518005_33519142
seq2: B6Ng01-077L20.g_67_1186

seq1  GAATTCAGACCCTTCTGCTTTGGTGGAAGGCTCTTATCCAAGATTTGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACCCTTCTGCTTTGGTGGAAGGCTCTTATCCAAGATTTGGAT  50

seq1  CTTGAAGAATTTCAGAGCTCAGATTTTCAGATTAGACATATCCAGCCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGAATTTCAGAGCTCAGATTTTCAGATTAGACATATCCAGCCTCC  100

seq1  ACTACATGTGCTATAAAATGCTCTAAAAATCCACAAAGGGAACAGAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATGTGCTATAAAATGCTCTAAAAATCCACAAAGGGAACAGAAAGC  150

seq1  TTTTGGGGTGGTGTCTGACACCCAGAAAATGCTTAATAAATGGATGTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGGTGGTGTCTGACACCCAGAAAATGCTTAATAAATGGATGTTAT  200

seq1  TTATACTTTTATGAATTTAACTGTAGAAAAATGAGAGAAAATAAAGATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTTTTATGAATTTAACTGTAGAAAAATGAGAGAAAATAAAGATTA  250

seq1  AGTGGGTTTGGAAAATGGACTTTTAAAAAAATCATACCTTTAAGTATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTTTGGAAAATGGACTTTTAAAAAAATCATACCTTTAAGTATTTT  300

seq1  GAAATATTTGTCTGTCAGACATTTTCAGACCACAAAAATGTGTGTGTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTTGTCTGTCAGACATTTTCAGACCACAAAAATGTGTGTGTTTG  350

seq1  TGTGCCAAAATGAAACCAGTGTTACAATTTAAGCATGTTGGGCCAATGCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCAAAATGAAACCAGTGTTACAATTTAAGCATGTTGGGCCAATGCG  400

seq1  ATGGCTCAGAGGGTGGAAAAGCTTGCTGATTAGGTCAAGGACCTGAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAGAGGGTGGAAAAGCTTGCTGATTAGGTCAAGGACCTGAGTTC  450

seq1  AATTCCCGGGACCCACAAGGCAGAAGGAAAGAACTGACCTTTGTAAGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCGGGACCCACAAGGCAGAAGGAAAGAACTGACCTTTGTAAGTGT  500

seq1  TTTTTTGACCTCTACACACTTGCAGTAATATGCATGTATGCGCCCCTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGACCTCTACACACTTGCAGTAATATGCATGTATGCGCCCCTCCA  550

seq1  AATAAATGACTTCAAGAATTAAAACAATCAAACACATCATGAAGATGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGACTTCAAGAATTAAAACAATCAAACACATCATGAAGATGTCT  600

seq1  GTAGTTCATTGTGCTGGCCACGGGCAACTCTTTGTTGGCTATTCAGATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTCATTGTGCTGGCCACGGGCAACTCTTTGTTGGCTATTCAGATGC  650

seq1  TCTTAGTTATTTTGTACAAATGGCTCTTTATTGCGTAGCTGATGGCTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTTATTTTGTACAAATGGCTCTTTATTGCGTAGCTGATGGCTGAC  700

seq1  CCGAACTGTTACAAAAGCAGGGTCTTGTGTAGTCCAGGAAGACTCTGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAACTGTTACAAAAGCAGGGTCTTGTGTAGTCCAGGAAGACTCTGACT  750

seq1  TCTGATCTTCCTCCCTTTTCTCAATGTACACCACCATGCACTTCAAGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCTTCCTCCCTTTTCTCAATGTACACCACCATGCACTTCAAGATC  800

seq1  AGTGAGAGACTTTGTCTCAAAAATAAAGTGGAGAACCATAGAAGACTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGACTTTGTCTCAAAAATAAAGTGGAGAACCATAGAAGACTATA  850

seq1  CTCAGTGTTCCTGCATGTATACACACACACTCACACACTCACACACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGTTCCTGCATGTATACACACACACTCACACACTCACACACACAC  900

seq1  ACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  950

seq1  AGAGAGAGAGGAGAGACAGAGACTAAGAAAAGGACAAAGGGCTGATAAGA  1000
      ||||||||| ||||||| |||||||   ||| ||| || ||||||| |||
seq2  AGAGAGAGA-GAGAGAC-GAGACTA--GAAACGAC-AATGGCTGAT-AGA  994

seq1  TGACTCAGTGGGTTAAAGGGATTGCTGCTAAGCCTGAAGACCAGAGTTCA  1050
      |||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||
seq2  TGACTC-GTGGGTTAAAGGGA-TGCTGCT-AGCCTG-AGA-CAGAGTTCA  1039

seq1  AGGCCCAGAACCCATGTGCTGGAAGGAGAGAACCAGTTCCCACGAGTTAT  1100
      || |    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   
seq2  AGCC----AAACCATGTGCTGGAAGGAGAGAACCAG-TCCCACGAGT--A  1082

seq1  TTTCTG-ACCTCAACATGTAT-AATGAGATACTATTGTGC  1138
      |||||| ||||||| |||||| |||||||| ||| |||||
seq2  TTTCTGAACCTCAA-ATGTATAAATGAGATTCTA-TGTGC  1120