BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078C17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 44,623,527 - 44,756,606
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGtdc1
Upstream geneArhgap15
Downstream geneZeb2, LOC100042661, LOC100041337, LOC666604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078C17.bB6Ng01-078C17.g
ACCDH893945DH893946
length1,132966
definitionDH893945|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078C17, 5' end.DH893946|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078C17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,623,527 - 44,624,673)(44,755,636 - 44,756,606)
sequence
gaattctgggagaaaagagtaaaaacaaaaatttggatgagacagttaca
actgggaactgaaggtgaagagagacaagaagaaaaagactagtgttaat
ccctctaatttaaaggatgaggaatttatgttcaactgaaaagaatcagg
aacgcaaacagataaagtcaactccaagaattaccaacaaatgggtttga
aaactggctccggtaatgtatgagccctacccagtaggtaggggcatcag
tgggcctgagtatatccaacagaagaaaataagaaacaagatgtggaaga
agggacagaatacattaaaaaataaaactgtttcctattcaagattgatg
tacatggcatacattataaagtaagcgtagaatgttagatgtggatttat
gaaaaacagatatctagtattctatgctcgtcgtgggattcaatcctaat
attaagaaatgggttatgatggcacttggaagactgagtcatgagaacta
ctgtggtttccagaccagccaggaaaactgatatgaattcagagctagct
ggggctatcgtgtacatctttcataaagaagatagaccgacaggtaggca
ggcagtcaggtacatagactgatgaatggatggatggagagataaatgat
agacagacagacaggcaggcaggcagacaatgtagcttgcatccaagtta
gatgactgtcttagtcaggatttctattcctggacaaaacatcatgacaa
aaaagcaagttggggaggaaagggtttattcagcttaacttccatactgc
tgttcatcaccaaaggaagtcaggactggaactcaagcagtcagaaagca
gagctgatgcagaggccatggaggaatgttctttactggcttgcttccct
ggcttgctcagcctactctctatagaaccaagactgccagcccagagatg
gcaccacccacagggacactcccccccccccaccttgatcactaatcaga
aaatgccttacagctggatctcatggagcatttcaaaactgaaactcctt
ctctgtggataactcagctgtgtcacatgatcacaaaactagcagtacag
tttgatccctgaagtcagtggtgaatgaaaga
gaattcacagagatcctcctgcctttctttcccagtgctgggattaatgc
tcagattcagttagcttttttataaacctcagggccatatgtctaggaca
gtgttttctacagtaggataggaccttctacactcaaaactttgacccct
cagaccttaggccaatctgaactaggcaatttttcagttgcaatttccac
ctgactctaggttgtgtcaatttgacaataaaaactaaccagggttcaca
tgtgtgtgtgtgtgtgcacgctcaaacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacgtttatttatttatgtatgcttgttttattgca
tagctgtcttgttttctgtaatggcatttaaatctaagaaatggcatatt
ggaattattttatagtcttattttttcactaagatttgaacattggcatc
ataattgctttaaaaattttttctctttcagtgtactgccctttaataaa
cagatggtcacattaaatgctgtataactggaagtgtcttagattaaaat
ttgcaatatttgggaaagaaatgtaattagttctccaaattctttttggc
tctctggttcagggagcaaagcattaattagcttccttacttgcaaacac
accagttatttggataataccattttaaaagtttccaccattgtcttaag
ccccattcccatcttttactccctaccacaccagcatcccctaataagat
ccccaatttcataattgttatatatgagagaaatatttgtatattatatg
tattttatcttcagcctttgcttttctcccccaacctgatgctgtcttta
cttttgctaagtgtcttttgatcatatttaagttatgcagacagtgatcc
ctgggtgcttcccgttcagacagacagtgcatggtgtgcatcttctcagt
cagggtagtctcttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_44623527_44624673
seq2: B6Ng01-078C17.b_41_1172

seq1  GAATTCTGGGAGAAAAGAGTAAAAACAAAAATTTGGATGAGACAGTTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGAGAAAAGAGTAAAAACAAAAATTTGGATGAGACAGTTACA  50

seq1  ACTGGGAACTGAAGGTGAAGAGAGACAAGAAGAAAAAGACTAGTGTTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGAACTGAAGGTGAAGAGAGACAAGAAGAAAAAGACTAGTGTTAAT  100

seq1  CCCTCTAATTTAAAGGATGAGGAATTTATGTTCAACTGAAAAGAATCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTAATTTAAAGGATGAGGAATTTATGTTCAACTGAAAAGAATCAGG  150

seq1  AACGCAAACAGATAAAGTCAACTCCAAGAATTACCAACAAATGGGTTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCAAACAGATAAAGTCAACTCCAAGAATTACCAACAAATGGGTTTGA  200

seq1  AAACTGGCTCCGGTAATGTATGAGCCCTACCCAGTAGGTAGGGGCATCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGCTCCGGTAATGTATGAGCCCTACCCAGTAGGTAGGGGCATCAG  250

seq1  TGGGCCTGAGTATATCCAACAGAAGAAAATAAGAAACAAGATGTGGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTGAGTATATCCAACAGAAGAAAATAAGAAACAAGATGTGGAAGA  300

seq1  AGGGACAGAATACATTAAAAAATAAAACTGTTTCCTATTCAAGATTGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAGAATACATTAAAAAATAAAACTGTTTCCTATTCAAGATTGATG  350

seq1  TACATGGCATACATTATAAAGTAAGCGTAGAATGTTAGATGTGGATTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGCATACATTATAAAGTAAGCGTAGAATGTTAGATGTGGATTTAT  400

seq1  GAAAAACAGATATCTAGTATTCTATGCTCGTCGTGGGATTCAATCCTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACAGATATCTAGTATTCTATGCTCGTCGTGGGATTCAATCCTAAT  450

seq1  ATTAAGAAATGGGTTATGATGGCACTTGGAAGACTGAGTCATGAGAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGAAATGGGTTATGATGGCACTTGGAAGACTGAGTCATGAGAACTA  500

seq1  CTGTGGTTTCCAGACCAGCCAGGAAAACTGATATGAATTCAGAGCTAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTTTCCAGACCAGCCAGGAAAACTGATATGAATTCAGAGCTAGCT  550

seq1  GGGGCTATCGTGTACATCTTTCATAAAGAAGATAGACCGACAGGTAGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTATCGTGTACATCTTTCATAAAGAAGATAGACCGACAGGTAGGCA  600

seq1  GGCAGTCAGGTACATAGACTGATGAATGGATGGATGGAGAGATAAATGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCAGGTACATAGACTGATGAATGGATGGATGGAGAGATAAATGAT  650

seq1  AGACAGACAGACAGGCAGGCAGGCAGACAATGTAGCTTGCATCCAAGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACAGACAGGCAGGCAGGCAGACAATGTAGCTTGCATCCAAGTTA  700

seq1  GATGACTGTCTTAGTCAGGATTTCTATTCCTGGACAAAACATCATGACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTGTCTTAGTCAGGATTTCTATTCCTGGACAAAACATCATGACAA  750

seq1  AAAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTAACTTCCATACTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTAACTTCCATACTGC  800

seq1  TGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  TGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCA-GTCAGAAAGC  849

seq1  AGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGAATGTTCTTTACTGGCTTGCTTCC  900
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  A-GAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGAATGTTCTTTACTGGCTTGCTT-C  897

seq1  CCTGGCTTGCTCAGCCTACTCTCTTATAGAACCAAGACTGCCAGCCCAGA  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTTGCTCAGCCTACTCTC-TATAGAACCAAGACTGCCAGCCCAGA  946

seq1  GATGGCACCACCCACAAGGGGACACTCCCCCCCCCCCACCTTGATCACTA  1000
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCACCACCCACA--GGGACACTCCCCCCCCCCCACCTTGATCACTA  994

seq1  ATCAAGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCAAAACTG  1050
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  ATC-AGAAAATGCCTTACAGCTGGATCTCATGGA-GCATTT-CAAAACTG  1041

seq1  AAACTCCTTTCTCTGT-GATAACTCCAGCTGTGTCACATTGACACAAAAC  1099
      ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||   ||||||||
seq2  AAACTCC-TTCTCTGTGGATAACT-CAGCTGTGTCACATGATCACAAAAC  1089

seq1  TAGCCAGTACAAGTTTGATCCCTGGGAGTCATGTGGTGGAATGAAAGA  1147
      ||| |||||| |||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||
seq2  TAG-CAGTAC-AGTTTGATCCCT-GAAGTCA-GTGGT-GAATGAAAGA  1132

seq1: chr2_44755636_44756606
seq2: B6Ng01-078C17.g_69_1034 (reverse)

seq1  ACAAGAGACTACCCTGACTGAGAAGATGCACACCATGCACTGTCTGTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGACTACCCTGACTGAGAAGATGCACACCATGCACTGTCTGTCTG  50

seq1  ATACGGGAAGCAACCCAGGGATCCACTGTCTGCATAACTTAAATATGAAT  100
      | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  A-ACGGGAAGC-ACCCAGGGAT-CACTGTCTGCATAACTTAAATATG-AT  96

seq1  CAAAAGACACTTAGCAAAAGTAAAGACAGCATCAGGTTGGGGGAGAAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGACACTTAGCAAAAGTAAAGACAGCATCAGGTTGGGGGAGAAAAG  146

seq1  CAAAGGCTGAAGATAAAATACATATAATATTACAAATATTTCTCTCATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCTGAAGATAAAATACATATAATA-TACAAATATTTCTCTCATAT  195

seq1  ATAACAAATTATGAAATTGGGGATCTTATTAGGGGATGCTGGTGTGGTAG  250
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAC-AATTATGAAATTGGGGATCTTATTAGGGGATGCTGGTGTGGTAG  244

seq1  GGAGTAAAAGATGGGAATGGGGCTTAAGACAATGGTGGAAACTTTTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAAAAGATGGGAATGGGGCTTAAGACAATGGTGGAAACTTTTAAAA  294

seq1  TGGTATTATCCAAATAACTGGTGTGTTTGCAAGTAAGGAAGCTAATTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTATCCAAATAACTGGTGTGTTTGCAAGTAAGGAAGCTAATTAAT  344

seq1  GCTTTGCTCCCTGAACCAGAGAGCC-AAAAGAATTTGGAGAACTAATTAC  399
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCTCCCTGAACCAGAGAGCCAAAAAGAATTTGGAGAACTAATTAC  394

seq1  ATTTCTTTCCCAAATATTGCAAATTTTAATCTAAGACACTTCCAGTTATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTCCCAAATATTGCAAATTTTAATCTAAGACACTTCCAGTTATA  444

seq1  CAGCATTTAATGTGACCATCTGTTTATTAAAGGGCAGTACACTGAAAGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTTAATGTGACCATCTGTTTATTAAAGGGCAGTACACTGAAAGAG  494

seq1  AAAAAATTTTTAAAGCAATTATGATGCCAATGTTCAAATCTTAGTGAAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTTTTAAAGCAATTATGATGCCAATGTTCAAATCTTAGTGAAAA  544

seq1  AATAAGACTATAAAATAATTCCAATATGCCATTTCTTAGATTTAAATGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGACTATAAAATAATTCCAATATGCCATTTCTTAGATTTAAATGCC  594

seq1  ATTACAGAAAACAAGACAGCTATGCAATAAAACAAGCATACATAAATAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGAAAACAAGACAGCTATGCAATAAAACAAGCATACATAAATAAA  644

seq1  TAAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTG  694

seq1  AGCGTGCACACACACACACACATGTGAACCCTGGTTAGTTTTTATTGTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTGCACACACACACACACATGTGAACCCTGGTTAGTTTTTATTGTCA  744

seq1  AATTGACACAACCTAGAGTCAGGTGGAAATTGCAACTGAAAAATTGCCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACACAACCTAGAGTCAGGTGGAAATTGCAACTGAAAAATTGCCTA  794

seq1  GTTCAGATTGGCCTAAGGTCTGAGGGGTCAAAGTTTTGAGTGTAGAAGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGATTGGCCTAAGGTCTGAGGGGTCAAAGTTTTGAGTGTAGAAGGT  844

seq1  CCTATCCTACTGTAGAAAACACTGTCCTAGACATATGGCCCTGAGGTTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCTACTGTAGAAAACACTGTCCTAGACATATGGCCCTGAGGTTTA  894

seq1  TAAAAAAGCTAACTGAATCTGAGCATTAATCCCAGCACTGGGAAAGAAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAGCTAACTGAATCTGAGCATTAATCCCAGCACTGGGAAAGAAAG  944

seq1  GCAGGAGGATCTCTGTGAATTC  971
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGGATCTCTGTGAATTC  966