BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079L21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 108,482,518 - 108,588,168
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC623003
Upstream geneLOC100043078, LOC668790
Downstream geneLOC100043423, LOC623031, Mett5d1, Kif18a, Bdnf
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079L21.bB6Ng01-079L21.g
ACCDH895065DH895066
length1,1851,058
definitionDH895065|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079L21, 5' end.DH895066|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079L21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,586,969 - 108,588,168)(108,482,518 - 108,483,593)
sequence
gaattcaatgggcattccctgccatttatggatatgatctgtgtcttcca
attcatatgacctttagagtttatagaagtctttaacgctaatcgaatag
aaaggcaatttctctgtagaaggtgctttcaattctgccttaccattcta
ggctgctgcctggctagaaatcccactgaaacacacttgcatgacttctg
attgttccagaataagtcacgtgttcttttctttcacaaggcacagttta
tccatttacatatttaccaagcaaaatgtggttaatgatagtctatacag
tgttaaaatgagatgagcagaacaaataatttccttatgtcttggtattc
tattcattttgaatctcgtatctactctttgctttctccgttctgctctg
tgcctgggagacagacaacacctgcactcttttgcccactgcatttcaat
taggtttagccaatgagaggtagcgcaggagaagagaggggtggtggtgg
aagcttcctctttgctcaaggttataactggagaaactgtctgataagat
tttactggccttgaacttgcaatccctttgcttcagggtactaagtgcta
ggactatagtcatctttcccatgagcagagctgctgtaagggggcctctt
ccctaaggtccagaattcagtaatgccaggaattgtgttttcttcttctc
cctcttagtctaagcctgggtgtggtaattgtctgggatttactcctttc
tagatatctcagcatttgtcatcgctttcttcatggatgaagaaaaatta
atgcaagctactgattccacatagtattgttcacatggacttgtgttcag
ggctgaccacttgggattgaataaactgtcagagaactcatattgagaaa
aactgactctccctttctcagaatccatccattagctcttctctagtgag
ggatcttgtaactttagatttttctcaaccctaattttaataatggttct
taaacactttaacctccctttgtagctcaccacccaccagagatagtgaa
aagaaaaattattaggatatggggagtgggcttgctagaaatgttctttg
ggagccaattccatctattgtcagagtcagcagttcagttctatggtcag
cgagcgagctagaacactccaaaccttcatggata
gaattctcttcaaaagaaagtttactttaggaaaaagaaaatacacatgt
ttcaagtcatatataattgaactgagttatggcatttctgaattcaggag
tacacaagtctaagtaaggttagaatttttcaagtaaaatatagtatttt
aaaattataagtcttttcaaacatgataaaactatatcagatattcctgc
atgcccatcactaacattttaaaaaggattaaccttgtcatatatttcta
tatacttcataacagacatagtcaaatacatacatgatgattcattttgg
acagttcagtaaaaattttaaaggttcattcatagaacctacctgtatac
taatcttaaagacataaacaaaaggtatggggagatcaggaaaagaaaag
gaagtggtagttatggtaaagtataaagaaaacaggttagtgggaaaact
aaaaccacaagatcatcatggaagaggtttcacttttgtatctttttaaa
gaaagggcaagatatttacaggtgttaaatatctagcacaccatgggaat
tttcccagcatgtcccatgtgattatttttaaaaacaaatgaggagctgg
aggtggcttgctgatgcaagtgtctgtcatgaaagcataaggacctatat
ttgaggtccctctatccatagtgagaaataggcatgcttccatttgcgtg
tgactatagcattaaaaggatggaggcaggaggaatacagagttcctaag
tcagccagctgaagtaactgaagagctctgggcttaatgagagatactat
ttcaaaaatataggtaaagagcaacagatgcttatagcaggtaaagacct
ctgggctcaccatctgggtgaacacatatacatgtgcaactacatgtata
tatgcaaagatgcacacatacaaatataaatgtattattgatatctgcat
gatgtctagtgttgtatgcatatactatgtacacttagatacagatgtac
aataagtacaatgtttgctatctagagatctgcttatagaatgagtagac
aagaacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_108586969_108588168
seq2: B6Ng01-079L21.b_44_1228 (reverse)

seq1  TATCCATGAAGTGTTTGTGAGTGGTTCTAGCTACTGCT-GCTGACCTATG  49
      ||||||||||| ||||| |||| |||||||||   ||| |||||||   |
seq2  TATCCATGAAG-GTTTG-GAGT-GTTCTAGCT--CGCTCGCTGACCATAG  45

seq1  AACTGAACTGCTGACTTCTTGACAATGTAGATGGGATTTGCTCCC-AAGA  98
      ||||||||||||||||   ||||||  ||||||| ||| |||||| ||||
seq2  AACTGAACTGCTGACT--CTGACAA--TAGATGGAATTGGCTCCCAAAGA  91

seq1  ACATTTTCTAAACAAGCCCACTTCCCCCATATCCTAATAATTTTTCTTTT  148
      ||| ||||| | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACA-TTTCT-AGCAAGCCCACT--CCCCATATCCTAATAATTTTTCTTTT  137

seq1  CCACTATCTCTGGTGGGTGGTGAGCTACAAAGGGAGGTTAAAGTGTTTAA  198
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CACTATCTCTGGTGGGTGGTGAGCTACAAAGGGAGGTTAAAGTGTTTAA  186

seq1  GAACCATTATTAAAATTAGGGTTGAGAAAAATCTAAAGTTACAAGATCCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAACCATTATTAAAATTAGGGTTGAGAAAAATCTAAAGTTACAAGAT-CC  235

seq1  CTCACTAGAGGAAGAGCTAATGGATGGATTCTGAGAAAGGGAGAGTCAGT  298
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCACTAGA-GAAGAGCTAATGGATGGATTCTGAGAAAGGGAGAGTCAG-  283

seq1  TTTTTCTCAATATGAGTTCTCTGACAGTTTATTCAATCCCAAGTGGTCAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTCAATATGAGTTCTCTGACAGTTTATTCAATCCCAAGTGGTCAG  333

seq1  CCCTGAACACAAGTCCATGTGAACAATACTATGTGGAATCAGTAGCTTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAACACAAGTCCATGTGAACAATACTATGTGGAATCAGTAGCTTGC  383

seq1  ATTAATTTTTCTTCATCCATGAAGAAAGCGATGACAAATGCTGAGATATC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTTTCTTCATCCATGAAGAAAGCGATGACAAATGCTGAGATATC  433

seq1  TAGAAAGGAGTAAATCCCAGACAATTACCACACCCAGGCTTAGACTAAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGGAGTAAATCCCAGACAATTACCACACCCAGGCTTAGACTAAGA  483

seq1  GGGAGAAGAAGAAAACACAATTCCTGGCATTACTGAATTCTGGACCTTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAGAAGAAAACACAATTCCTGGCATTACTGAATTCTGGACCTTAG  533

seq1  GGAAGAGGCCCCCTTACAGCAGCTCTGCTCATGGGAAAGATGACTATAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGCCCCCTTACAGCAGCTCTGCTCATGGGAAAGATGACTATAGT  583

seq1  CCTAGCACTTAGTACCCTGAAGCAAAGGGATTGCAAGTTCAAGGCCAGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCACTTAGTACCCTGAAGCAAAGGGATTGCAAGTTCAAGGCCAGTA  633

seq1  AAATCTTATCAGACAGTTTCTCCAGTTATAACCTTGAGCAAAGAGGAAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTATCAGACAGTTTCTCCAGTTATAACCTTGAGCAAAGAGGAAGC  683

seq1  TTCCACCACCACCCCTCTCTTCTCCTGCGCTACCTCTCATTGGCTAAACC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACCACCACCCCTCTCTTCTCCTGCGCTACCTCTCATTGGCTAAACC  733

seq1  TAATTGAAATGCAGTGGGCAAAAGAGTGCAGGTGTTGTCTGTCTCCCAGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGAAATGCAGTGGGCAAAAGAGTGCAGGTGTTGTCTGTCTCCCAGG  783

seq1  CACAGAGCAGAACGGAGAAAGCAAAGAGTAGATACGAGATTCAAAATGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGCAGAACGGAGAAAGCAAAGAGTAGATACGAGATTCAAAATGAA  833

seq1  TAGAATACCAAGACATAAGGAAATTATTTGTTCTGCTCATCTCATTTTAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATACCAAGACATAAGGAAATTATTTGTTCTGCTCATCTCATTTTAA  883

seq1  CACTGTATAGACTATCATTAACCACATTTTGCTTGGTAAATATGTAAATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTATAGACTATCATTAACCACATTTTGCTTGGTAAATATGTAAATG  933

seq1  GATAAACTGTGCCTTGTGAAAGAAAAGAACACGTGACTTATTCTGGAACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAACTGTGCCTTGTGAAAGAAAAGAACACGTGACTTATTCTGGAACA  983

seq1  ATCAGAAGTCATGCAAGTGTGTTTCAGTGGGATTTCTAGCCAGGCAGCAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAGTCATGCAAGTGTGTTTCAGTGGGATTTCTAGCCAGGCAGCAG  1033

seq1  CCTAGAATGGTAAGGCAGAATTGAAAGCACCTTCTACAGAGAAATTGCCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAATGGTAAGGCAGAATTGAAAGCACCTTCTACAGAGAAATTGCCT  1083

seq1  TTCTATTCGATTAGCGTTAAAGACTTCTATAAACTCTAAAGGTCATATGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTCGATTAGCGTTAAAGACTTCTATAAACTCTAAAGGTCATATGA  1133

seq1  ATTGGAAGACACAGATCATATCCATAAATGGCAGGGAATGCCCATTGAAT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAGACACAGATCATATCCATAAATGGCAGGGAATGCCCATTGAAT  1183

seq1  TC  1200
      ||
seq2  TC  1185

seq1: chr2_108482518_108483593
seq2: B6Ng01-079L21.g_71_1128

seq1  GAATTCTCTTCAAAAGAAAGTTTACTTTAGGAAAAAGAAAATACACATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCAAAAGAAAGTTTACTTTAGGAAAAAGAAAATACACATGT  50

seq1  TTCAAGTCATATATAATTGAACTGAGTTATGGCATTTCTGAATTCAGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTCATATATAATTGAACTGAGTTATGGCATTTCTGAATTCAGGAG  100

seq1  TACACAAGTCTAAGTAAGGTTAGAATTTTTCAAGTAAAATATAGTATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAGTCTAAGTAAGGTTAGAATTTTTCAAGTAAAATATAGTATTTT  150

seq1  AAAATTATAAGTCTTTTCAAACATGATAAAACTATATCAGATATTCCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATAAGTCTTTTCAAACATGATAAAACTATATCAGATATTCCTGC  200

seq1  ATGCCCATCACTAACATTTTAAAAAGGATTAACCTTGTCATATATTTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCATCACTAACATTTTAAAAAGGATTAACCTTGTCATATATTTCTA  250

seq1  TATACTTCATAACAGACATAGTCAAATACATACATGATGATTCATTTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTCATAACAGACATAGTCAAATACATACATGATGATTCATTTTGG  300

seq1  ACAGTTCAGTAAAAATTTTAAAGGTTCATTCATAGAACCTACCTGTATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCAGTAAAAATTTTAAAGGTTCATTCATAGAACCTACCTGTATAC  350

seq1  TAATCTTAAAGACATAAACAAAAGGTATGGGGAGATCAGGAAAAGAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTAAAGACATAAACAAAAGGTATGGGGAGATCAGGAAAAGAAAAG  400

seq1  GAAGTGGTAGTTATGGTAAAGTATAAAGAAAACAGGTTAGTGGGAAAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGTAGTTATGGTAAAGTATAAAGAAAACAGGTTAGTGGGAAAACT  450

seq1  AAAACCACAAGATCATCATGGAAGAGGTTTCACTTTTGTATCTTTTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCACAAGATCATCATGGAAGAGGTTTCACTTTTGTATCTTTTTAAA  500

seq1  GAAAGGGCAAGATATTTACAGGTGTTAAATATCTAGCACACCATGGGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGCAAGATATTTACAGGTGTTAAATATCTAGCACACCATGGGAAT  550

seq1  TTTCCCAGCATGTCCCATGTGATTATTTTTAAAAACAAATGAGGAGCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGCATGTCCCATGTGATTATTTTTAAAAACAAATGAGGAGCTGG  600

seq1  AGGTGGCTTGCTGATGCAAGTGTCTGTCATGAAAGCATAAGGACCTATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCTTGCTGATGCAAGTGTCTGTCATGAAAGCATAAGGACCTATAT  650

seq1  TTGAGGTCCCTCTATCCATAGTGAGAAATAGGCATGCTTCCATTTGCGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTCCCTCTATCCATAGTGAGAAATAGGCATGCTTCCATTTGCGTG  700

seq1  TGACTATAGCATTAAAAGGATGGAGGCAGGAGGAATACAGAGTTCCTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATAGCATTAAAAGGATGGAGGCAGGAGGAATACAGAGTTCCTAAG  750

seq1  TCAGCCAGCTGAAGTAACTGAAGAGCTCTGGGCTTAATGAGAGATACTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCAGCTGAAGTAACTGAAGAGCTCTGGGCTTAATGAGAGATACTAT  800

seq1  TTCAAAAATATAAGGTAAAGAGCAACAGATGCTTATAGCAGGTAAAGACC  850
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAATAT-AGGTAAAGAGCAACAGATGCTTATAGCAGGTAAAGACC  849

seq1  TCTGGCCTCACCATCTGGGTGAACACATATACATGTGCAACTACATGTAT  900
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCTCACCATCTGGGTGAACACATATACATGTGCAACTACATGTAT  899

seq1  ATATGCAAAGATGCACACATACAAAATATAAATGTATTAATTGATATCTT  950
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  ATATGCAAAGATGCACACATAC-AAATATAAATGTATT-ATTGATATC-T  946

seq1  GCATGAATGTCTAGTTGTTGTATGCATTATTACTATGTTACACCTTAGAT  1000
      ||||| |||||||| ||||||||||||   ||||||| |||| |||||||
seq2  GCATG-ATGTCTAG-TGTTGTATGCAT--ATACTATG-TACA-CTTAGAT  990

seq1  ACAGATGTACAAATAAAGTACAAATGTTTGCTAATCTTAAGAAGATCTGC  1050
      ||||||||||||   |||||| |||||||||| ||||  || ||||||||
seq2  ACAGATGTACAA--TAAGTAC-AATGTTTGCT-ATCT--AG-AGATCTGC  1033

seq1  -TATAGAATAGAGTAGACAAAGAACAA  1076
       |||||||| |||||||| ||||||||
seq2  TTATAGAAT-GAGTAGAC-AAGAACAA  1058