BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080D20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 57,894,237 - 58,016,308
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGalnt5, A330104H05Rik, LOC667026, Pscdbp
Upstream geneLOC227920, Nr4a2, LOC100041900, LOC100042910, Gpd2, LOC271788
Downstream geneLOC100042926, Acvr1c, LOC667062, Acvr1, LOC674940, Upp2, BC062650, Pkp4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080D20.bB6Ng01-080D20.g
ACCDH895432DH895433
length1,1651,167
definitionDH895432|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080D20, 5' end.DH895433|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080D20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,894,237 - 57,895,420)(58,015,139 - 58,016,308)
sequence
gaattctttgctaggaggatggggcttcacatttccttgacttggcttag
gttattgccgtttctaagaaacatgccgacatgtcttgtcaacttgaaca
cagaatagccttgctaatatttgacagaactaatttgatcaaaataccga
cttcctgaacactgaaagtacttcctcacccttcagcatacacagcagct
ttctcttttcaacacttatgcagagctccccccctcctttcccgtgggat
gacacagctgttgttgctacagtgctgttttatcacgagcgtcaaatttt
ctcagttctgcttgctgacattcaattatctgtcattcagaggactgcaa
aaccaccctgtgccatgatcgcaatgcatcattagcttcccccatattac
attggaagcatgcttgtagatgtcagaaaaccttctctctagtgttggct
taaggataagatagggtcatggacatcacttacaatggataagactctag
cattcccagcctgtccttatttcatgaatggcttacaatgattttcaagg
agctcttaggcaagataatgaggttgagacaagccaggcagcaccgcctt
gttgttaaatacttctttttcttaaatacttctccttttacattgaacac
agccaagaagtcacatctcctacaatgaccttaataacatgtataaaatg
cacaaaactataagaaagaaaagaaaaagagagaataattatcatggaat
gcttacactctcctaggttttgtgcatgctcatcttattggcttgtgtac
atctttcttccctccacatgatgaggatggtgtctgtccctcccttacac
caaggaaggatatgatcatcccatcaataatagacaaacctagtgtccat
tctatctgatgctccccaaagtattccactagagcatgcctcatcatttg
ttttaaagtaataggttatcaatgtagtgagctcagtaagcctggataca
gattactgctttaagataagaaatgagtttggtaaaaaaaaaacgttatg
tcttctcatgatgttttcatagcagaagtcacgttagaacctctctattg
agcagctgagttagatgtctgtgacaacccctcatagactgaatgatgga
tttacagcctggatg
gaattcctcctcatgcaagtgaggcattcccagcccccaaccccagccaa
tgatggccactcatgctgagagcccctattcacccccaaaggcttaagta
gctcctctctaacaaactgaaacagttcttcaaagctgttggttccctgc
acactcaccactgaagaccaagatcctgcctgcacccacctgcctggcca
tgcttccttccctccagtccagcctgctgtgcaatgagcctggttgccca
gagggggaagcagacatggggtgacaaggaggagtgcagaaatgttacaa
gaactggctctaacagtactttgtgagtacatctgtttgagttaactaca
gggactgcacgttttctagctttacactctgggagggtgatgagagactc
tgctgcacatgtggacactgggtagttgacaggcaagttcatagggaact
taggttgtttcctttgaagggttcccttctgagttcttactacttaaaac
caaactcagcagtaatagctgattttgtatagtatgttaaacatagacgc
ttacgtctgttccttctaaatgccatgtttatatacgtggagactgagca
tacatgaatcctatgtagagtgtgtgaatcagctcaggctgctggaaaat
agacaaagcgtaacaagtcccatagtataggacgcaccattcactggttg
gctgtacacacaagacatttgtattttcaggatcctggaggcttccaagt
ccaagatcaaagtgcagaatgattcatctggaatatcctcctaccttcag
acggctgctccctcgtgtcctcacgtggaaagagacatctctgatgtctt
ttagaagggatatacagtcccttagatcacggcgcagccctttgacctca
tctaaccttgactacctctttatccaatagcagtctacactggaagttag
ggcataacatattcacactgtgaaacacatattaatctgtattcttaaag
cagaggcaggattagaatctcgaagcctctgtcagacagaggatccatat
tcttggtatttcatggacggtagggatggtttaacaggttggccacagtt
tcttggagacttaatattccctggttttctgggactcagcaagtctgttt
accgtgcctctactaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_57894237_57895420
seq2: B6Ng01-080D20.b_45_1209

seq1  GAATTCTTTGCTAGGAGGATGGGGCTTCACATTTCCTTGACTTGGCTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCTAGGAGGATGGGGCTTCACATTTCCTTGACTTGGCTTAG  50

seq1  GTTATTGCCGTTTCTAAGAAACATGCCGACATGTCTTGTCAACTTGAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGCCGTTTCTAAGAAACATGCCGACATGTCTTGTCAACTTGAACA  100

seq1  CAGAATAGCCTTGCTAATATTTGACAGAACTAATTTGATCAAAATACCGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAGCCTTGCTAATATTTGACAGAACTAATTTGATCAAAATACCGA  150

seq1  CTTCCTGAACACTGAAAGTACTTCCTCACCCTTCAGCATACACAGCAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGAACACTGAAAGTACTTCCTCACCCTTCAGCATACACAGCAGCT  200

seq1  TTCTCTTTTCAACACTTATGCAGAGCTCCCCCCCTCCTTTCCCGTGGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTTCAACACTTATGCAGAGCTCCCCCCCTCCTTTCCCGTGGGAT  250

seq1  GACACAGCTGTTGTTGCTACAGTGCTGTTTTATCACGAGCGTCAAATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGCTGTTGTTGCTACAGTGCTGTTTTATCACGAGCGTCAAATTTT  300

seq1  CTCAGTTCTGCTTGCTGACATTCAATTATCTGTCATTCAGAGGACTGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTCTGCTTGCTGACATTCAATTATCTGTCATTCAGAGGACTGCAA  350

seq1  AACCACCCTGTGCCATGATCGCAATGCATCATTAGCTTCCCCCATATTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCCTGTGCCATGATCGCAATGCATCATTAGCTTCCCCCATATTAC  400

seq1  ATTGGAAGCATGCTTGTAGATGTCAGAAAACCTTCTCTCTAGTGTTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAGCATGCTTGTAGATGTCAGAAAACCTTCTCTCTAGTGTTGGCT  450

seq1  TAAGGATAAGATAGGGTCATGGACATCACTTACAATGGATAAGACTCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATAAGATAGGGTCATGGACATCACTTACAATGGATAAGACTCTAG  500

seq1  CATTCCCAGCCTGTCCTTATTTCATGAATGGCTTACAATGATTTTCAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCAGCCTGTCCTTATTTCATGAATGGCTTACAATGATTTTCAAGG  550

seq1  AGCTCTTAGGCAAGATAATGAGGTTGAGACAAGCCAGGCAGCACCGCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTAGGCAAGATAATGAGGTTGAGACAAGCCAGGCAGCACCGCCTT  600

seq1  GTTGTTAAATACTTCTTTTTCTTAAATACTTCTCCTTTTACATTGAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTAAATACTTCTTTTTCTTAAATACTTCTCCTTTTACATTGAACAC  650

seq1  AGCCAAGAAGTCACATCTCCTACAATGACCTTAATAACATGTATAAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGAAGTCACATCTCCTACAATGACCTTAATAACATGTATAAAATG  700

seq1  CACAAAACTATAAGAAAGAAAAGAAAAAGAGAGAATAATTATCATGGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAACTATAAGAAAGAAAAGAAAAAGAGAGAATAATTATCATGGAAT  750

seq1  GCTTACACTCTCCTAGGTTTTGTGCATGCTCATCTTATTGGCTTGTGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACACTCTCCTAGGTTTTGTGCATGCTCATCTTATTGGCTTGTGTAC  800

seq1  ATCTTTCTTCCCTCCACATGATGAGGATGGTGTCTGTCCCTCCCTTACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCTTCCCTCCACATGATGAGGATGGTGTCTGTCCCTCCCTTACAC  850

seq1  CAAGGAAGGATATGATCATCCCATCAATAATAGACAAACCTAGTGTCCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAGGATATGATCATCCCATCAATAATAGACAAACCTAGTGTCCAT  900

seq1  TCTATCTGATGCTCCCCAAAGTATTTCCACTAGAGCATGCCTCAATCATT  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
seq2  TCTATCTGATGCTCCCCAAAGTA-TTCCACTAGAGCATGCCTC-ATCA-T  947

seq1  TTGTTTTAAAGTAATAGGGTTATCAATGTAGGTGAGCTCAGGTAAGGCCC  1000
      |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  ||
seq2  TTGTTTTAAAGTAATA-GGTTATCAATGTA-GTGAGCTCA-GTAAG--CC  992

seq1  TGGATTACAGATTACTGCTTTAAAGATAAGGAAATGAGTTTGGGTAAAAA  1050
      |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  TGGA-TACAGATTACTGCTTT-AAGATAA-GAAATGAGTTT-GGTAAAAA  1038

seq1  AAAAACGTTATGGTCTCTCATGAATGTTTCATAGGCAGAAAGTCAACGTT  1100
      ||||||||||||   ||||||||   ||||||| |||| ||||| |||||
seq2  AAAAACGTTATGTCTTCTCATGATGTTTTCATA-GCAG-AAGTC-ACGTT  1085

seq1  AG-ACCTCTCTAATTGAGCAGCTGAAGTGTAGATGTCTGTGACAA-CCCT  1148
      || |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||
seq2  AGAACCTCTCT-ATTGAGCAGCTG-AGT-TAGATGTCTGTGACAACCCCT  1132

seq1  CATAGGACTTGTAATGATGGATTTACAGCCTTGATG  1184
      |||| ||||   ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATA-GACT--GAATGATGGATTTACAGCCTGGATG  1165

seq1: chr2_58015139_58016308
seq2: B6Ng01-080D20.g_69_1235 (reverse)

seq1  TTTAGTAGAGGCA-GGTAAACAGGATGTGCTGAGT-CCAGAAAACAGGGG  48
      ||||||||||||| |||||||| ||  |||||||| |||||||||   ||
seq2  TTTAGTAGAGGCACGGTAAACA-GACTTGCTGAGTCCCAGAAAAC-CAGG  48

seq1  GAATGATAAGTTCTTCAAGAAACTGTGGCCAACCTGTT-AACCATCCTAA  97
      ||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |
seq2  GAATATTAAG-TCTCCAAGAAACTGTGGCCAACCTGTTAAACCATCCCTA  97

seq1  CCGTCCATGAAAATACCAAGAATATTGATTCCTCTGGTCTGACAGAGGCT  147
      ||||||||| ||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||
seq2  CCGTCCATG-AAATACCAAGAATATGGA-TCCTCT-GTCTGACAGAGGCT  144

seq1  TCGAGATTCTAATCCTGGCTCTGCTTTAAGAATACAGATTAATATGTGTT  197
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGATTCTAATCCTGCCTCTGCTTTAAGAATACAGATTAATATGTGTT  194

seq1  TCACAGTGTGAATATGTTAATGCCCTAACTTCCAGTGTAGACTGCTATTG  247
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTGTGAATATGTT-ATGCCCTAACTTCCAGTGTAGACTGCTATTG  243

seq1  GATAAAGAGGTAGTCAAGGTTAGATGAGGTCAAAGGGCTGCGCCGTGATC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGAGGTAGTCAAGGTTAGATGAGGTCAAAGGGCTGCGCCGTGATC  293

seq1  TAAGGGACTGTATAT-CCTTCTAAAAGACATCAGAGATGTCTCTTTCCAC  346
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGACTGTATATCCCTTCTAAAAGACATCAGAGATGTCTCTTTCCAC  343

seq1  GTGAGGACACGAGGGAGCAGCCGTCTGAAGGTAGGAGGATATTCCAGATG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGACACGAGGGAGCAGCCGTCTGAAGGTAGGAGGATATTCCAGATG  393

seq1  AATCATTCTGCACTTTGATCTTGGACTTGGAAGCCTCCAGGATCCTGAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTCTGCACTTTGATCTTGGACTTGGAAGCCTCCAGGATCCTGAAA  443

seq1  ATACAAATGTCTTGTGTGTACAGCCAACCAGTGAATGGTGCGTCCTATAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATGTCTTGTGTGTACAGCCAACCAGTGAATGGTGCGTCCTATAC  493

seq1  TATGGGACTTGTTACGCTTTGTCTATTTTCCAGCAGCCTGAGCTGATTCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGACTTGTTACGCTTTGTCTATTTTCCAGCAGCCTGAGCTGATTCA  543

seq1  CACACTCTACATAGGATTCATGTATGCTCAGTCTCCACGTATATAAACAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCTACATAGGATTCATGTATGCTCAGTCTCCACGTATATAAACAT  593

seq1  GGCATTTAGAAGGAACAGACGTAAGCGTCTATGTTTAACATACTATACAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTAGAAGGAACAGACGTAAGCGTCTATGTTTAACATACTATACAA  643

seq1  AATCAGCTATTACTGCTGAGTTTGGTTTTAAGTAGTAAGAACTCAGAAGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCTATTACTGCTGAGTTTGGTTTTAAGTAGTAAGAACTCAGAAGG  693

seq1  GAACCCTTCAAAGGAAACAACCTAAGTTCCCTATGAACTTGCCTGTCAAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTTCAAAGGAAACAACCTAAGTTCCCTATGAACTTGCCTGTCAAC  743

seq1  TACCCAGTGTCCACATGTGCAGCAGAGTCTCTCATCACCCTCCCAGAGTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGTGTCCACATGTGCAGCAGAGTCTCTCATCACCCTCCCAGAGTG  793

seq1  TAAAGCTAGAAAACGTGCAGTCCCTGTAGTTAACTCAAACAGATGTACTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCTAGAAAACGTGCAGTCCCTGTAGTTAACTCAAACAGATGTACTC  843

seq1  ACAAAGTACTGTTAGAGCCAGTTCTTGTAACATTTCTGCACTCCTCCTTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTACTGTTAGAGCCAGTTCTTGTAACATTTCTGCACTCCTCCTTG  893

seq1  TCACCCCATGTCTGCTTCCCCCTCTGGGCAACCAGGCTCATTGCACAGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCATGTCTGCTTCCCCCTCTGGGCAACCAGGCTCATTGCACAGCA  943

seq1  GGCTGGACTGGAGGGAAGGAAGCATGGCCAGGCAGGTGGGTGCAGGCAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGACTGGAGGGAAGGAAGCATGGCCAGGCAGGTGGGTGCAGGCAGG  993

seq1  ATCTTGGTCTTCAGTGGTGAGTGTGCAGGGAACCAACAGCTTTGAAGAAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGTCTTCAGTGGTGAGTGTGCAGGGAACCAACAGCTTTGAAGAAC  1043

seq1  TGTTTCAGTTTGTTAGAGAGGAGCTACTTAAGCCTTTGGGGGTGAATAGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAGTTTGTTAGAGAGGAGCTACTTAAGCCTTTGGGGGTGAATAGG  1093

seq1  GGCTCTCAGCATGAGTGGCCATCATTGGCTGGGGTTGGGGGCTGGGAATG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCAGCATGAGTGGCCATCATTGGCTGGGGTTGGGGGCTGGGAATG  1143

seq1  CCTCACTTGCATGAGGAGGAATTC  1170
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTTGCATGAGGAGGAATTC  1167