BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083H11
Chromosome2 (Build37)
Map Location 106,258,992 - 106,383,196
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9330126M15
Upstream genePax6os1, LOC100043391, Pax6, Elp4, LOC100043394, Immp1l, LOC100043402, Dph4, LOC668765, Dcdc5
Downstream geneC130023O10Rik, LOC677260, 2700007P21Rik, LOC383739, Fshb, Kcna4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083H11.bB6Ng01-083H11.g
ACCDH897722DH897723
length1,162537
definitionDH897722|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083H11, 5' end.DH897723|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083H11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,258,992 - 106,260,175)(106,382,654 - 106,383,196)
sequence
gaattcctgctgggaactgaacctagagctttgtatatgcaatgttttag
aacaggactacactacatgcccctttcacaaaccatagtcagagagttga
acataaggctttcatcttattcaaattttaattcaggagaaggaagcagt
cagtggcagtggcagctgaaagtgaagaaccgccatgctctaggcttcag
tgctcccagaggattctgggagtccctttgttgtcatcaaatatgatatg
gggagcatcaatgtcccctccttggatttttactctcattattaagagaa
tttaagaatggactcaaattgaatataattttattagcattttaaaagaa
aaacctagggcgggcaaactgtaaataacaccagttgagaagatggagcc
ttgtgattctcaacagtaaagggaaagtgctctgtgtaccctaaggcaga
ggattatatcatgcttatgacattcatttgactgagtattgaggctataa
tagtattgtctagctctggaccaaatacacttctagctctcttggacact
gctatcctagttaaagcataagttcaatcagaagagcagctgacaagtag
gtaagcggtgtagttggaagtatctgccaaagtctcatcagttaaaggtc
cactctccagcctgtgatgctactggaaggtgagggaacctttaaaattc
atgtctcaatggaagtcctagaaggaggcaattacaagatgagaacctaa
aaggaagtactcagatcctgtccacttcatcttgtctttcctttatggcc
tcattgaagtaagcagtcttccttgcttgtcttcttcacctgcttctgtc
tcttcaagaccctggaacagctcagctaactaaccatggactcacccccc
tggagcaatgctccagaataaacttctacctttttaaaccaatttgtcgc
agtgatagaaaccagcacagcacttggtcccagaactgtagctgttgatg
cgactacactgacattgcagttgaaaagacttttattgatttgtgaccag
gatcagaaaatgttgagagcagatcacagagtttccagctgtatcagcta
tggttaccctagagaagtcaagactaaatgggggaaaggagatggaacag
agtgattctggt
cttgactctgttcatacttctatgagcagatacttcattaaagccttgta
gacatgtgaagtagattctgttttctgatggggtttctgctggttcacaa
gcaaaaggagcgcctgtttccttgacttcccctcagttgctaagtcttct
ggtgctctgttttgctttttgtatttggacagattctattctattaggtc
agatgctttgtgaagtttcacctatagtggcctaggttccatacccgggt
gtcctttgtgctgtttctttcaatttgtgtgtgcagatgtgtgatgtatg
tgtgtgatgcatagtgtgtgcgtgtgtgtgtatgtttaatatatataggc
aatacttatgcaaatgtcagaagagggtgccagatgttctgctctgttgc
tctctaccttattcccctgtatctctgaacctgaagccaactggcttagt
ccttactggtggaaagcaagccccagtgatccctgttttcacctcagaga
tcaccagggttacagctctgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_106258992_106260175
seq2: B6Ng01-083H11.b_44_1205

seq1  GAATTCCTGCTGGGAACTGAACCTAGAGCTTTGTATATGCAATGTTTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCTGGGAACTGAACCTAGAGCTTTGTATATGCAATGTTTTAG  50

seq1  AACAGGACTACACTACATGCCCCTTTCACAAACCATAGTCAGAGAGTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGACTACACTACATGCCCCTTTCACAAACCATAGTCAGAGAGTTGA  100

seq1  ACATAAGGCTTTCATCTTATTCAAATTTTAATTCAGGAGAAGGAAGCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGGCTTTCATCTTATTCAAATTTTAATTCAGGAGAAGGAAGCAGT  150

seq1  CAGTGGCAGTGGCAGCTGAAAGTGAAGAACCGCCATGCTCTAGGCTTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCAGTGGCAGCTGAAAGTGAAGAACCGCCATGCTCTAGGCTTCAG  200

seq1  TGCTCCCAGAGGATTCTGGGAGTCCCTTTGTTGTCATCAAATATGATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCAGAGGATTCTGGGAGTCCCTTTGTTGTCATCAAATATGATATG  250

seq1  GGGAGCATCAATGTCCCCTCCTTGGATTTTTACTCTCATTATTAAGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCATCAATGTCCCCTCCTTGGATTTTTACTCTCATTATTAAGAGAA  300

seq1  TTTAAGAATGGACTCAAATTGAATATAATTTTATTAGCATTTTAAAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAATGGACTCAAATTGAATATAATTTTATTAGCATTTTAAAAGAA  350

seq1  AAACCTAGGGCGGGCAAACTGTAAATAACACCAGTTGAGAAGATGGAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAGGGCGGGCAAACTGTAAATAACACCAGTTGAGAAGATGGAGCC  400

seq1  TTGTGATTCTCAACAGTAAAGGGAAAGTGCTCTGTGTACCCTAAGGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATTCTCAACAGTAAAGGGAAAGTGCTCTGTGTACCCTAAGGCAGA  450

seq1  GGATTATATCATGCTTATGACATTCATTTGACTGAGTATTGAGGCTATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATATCATGCTTATGACATTCATTTGACTGAGTATTGAGGCTATAA  500

seq1  TAGTATTGTCTAGCTCTGGACCAAATACACTTCTAGCTCTCTTGGACACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTGTCTAGCTCTGGACCAAATACACTTCTAGCTCTCTTGGACACT  550

seq1  GCTATCCTAGTTAAAGCATAAGTTCAATCAGAAGAGCAGCTGACAAGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCTAGTTAAAGCATAAGTTCAATCAGAAGAGCAGCTGACAAGTAG  600

seq1  GTAAGCGGTGTAGTTGGAAGTATCTGCCAAAGTCTCATCAGTTAAAGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCGGTGTAGTTGGAAGTATCTGCCAAAGTCTCATCAGTTAAAGGTC  650

seq1  CACTCTCCAGCCTGTGATGCTACTGGAAGGTGAGGGAACCTTTAAAATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCCAGCCTGTGATGCTACTGGAAGGTGAGGGAACCTTTAAAATTC  700

seq1  ATGTCTCAATGGAAGTCCTAGAAGGAGGCAATTACAAGATGAGAACCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCAATGGAAGTCCTAGAAGGAGGCAATTACAAGATGAGAACCTAA  750

seq1  AAGGAAGTACTCAGATCCTGTCCACTTCATCTTGTCTTTCCTTTATGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTACTCAGATCCTGTCCACTTCATCTTGTCTTTCCTTTATGGCC  800

seq1  TCATTGAAGTAAGCAGTCTTCCTTGCTTGTCTTCTTCACCTGCTTCTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGAAGTAAGCAGTCTTCCTTGCTTGTCTTCTTCACCTGCTTCTGTC  850

seq1  TCTTCAAGACCCTGGAACAGCTCAGCTAACTAACCATGGACTCACCCCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAGACCCTGGAACAGCTCAGCTAACTAACCATGGACTCACCCCCC  900

seq1  TGGAGCAATGCTCCAGAATAAACTTCTACCTTTTTAAACCAATTTGTCGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCAATGCTCCAGAATAAACTTCTACCTTTTTAAACCAATTTGTCGC  950

seq1  AGTGATAGAAAACCAGCACAAGCACTTGGTCCCAGAACTGTAGCTGTTGA  1000
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATAG-AAACCAGCAC-AGCACTTGGTCCCAGAACTGTAGCTGTTGA  998

seq1  TGCGACTACACCTGACATTGCAGTTGAAAAGACTTTTTAATTGATTTGTG  1050
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  TGCGACTACA-CTGACATTGCAGTTGAAAAGACTTTT--ATTGATTTGTG  1045

seq1  ACCAGAATCCAGAAAATGTTGAAGAAGCAGATCACAGGAGGTTTCACAGC  1100
      ||||| || |||||||||||||   ||||||||||||   ||||| ||||
seq2  ACCAGGAT-CAGAAAATGTTGA--GAGCAGATCACAG--AGTTTC-CAGC  1089

seq1  TGTAATCAAAGCCTAATGGGTAACCCTAGAGAAGGGCCAAAAGACTAAAA  1150
      ||| ||||    |||   ||| ||||||||||||      ||||||||| 
seq2  TGT-ATCA---GCTA--TGGTTACCCTAGAGAAG----TCAAGACTAAAT  1129

seq1  TGTGGAGAGGAAGATGGACCAGAGTGATTCTGGT  1184
       | ||| ||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  GGGGGAAAGG-AGATGGAACAGAGTGATTCTGGT  1162

seq1: chr2_106382654_106383196
seq2: B6Ng01-083H11.g_70_612 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACAGAGCTGTAACCCTGGTGATCTCTGAGGTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACAGAGCTGTAACCCTGGTGATCTCTGAGGTGAA  50

seq1  AACAGGGATCACTGGGGCTTGCTTTCCACCAGTAAGGACTAAGCCAGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGATCACTGGGGCTTGCTTTCCACCAGTAAGGACTAAGCCAGTTG  100

seq1  GCTTCAGGTTCAGAGATACAGGGGAATAAGGTAGAGAGCAACAGAGCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGGTTCAGAGATACAGGGGAATAAGGTAGAGAGCAACAGAGCAGA  150

seq1  ACATCTGGCACCCTCTTCTGACATTTGCATAAGTATTGCCTATATATATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGGCACCCTCTTCTGACATTTGCATAAGTATTGCCTATATATATT  200

seq1  AAACATACACACACACGCACACACTATGCATCACACACATACATCACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATACACACACACGCACACACTATGCATCACACACATACATCACACA  250

seq1  TCTGCACACACAAATTGAAAGAAACAGCACAAAGGACACCCGGGTATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACACACAAATTGAAAGAAACAGCACAAAGGACACCCGGGTATGGA  300

seq1  ACCTAGGCCACTATAGGTGAAACTTCACAAAGCATCTGACCTAATAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGCCACTATAGGTGAAACTTCACAAAGCATCTGACCTAATAGAAT  350

seq1  AGAATCTGTCCAAATACAAAAAGCAAAACAGAGCACCAGAAGACTTAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTGTCCAAATACAAAAAGCAAAACAGAGCACCAGAAGACTTAGCA  400

seq1  ACTGAGGGGAAGTCAAGGAAACAGGCGCTCCTTTTGCTTGTGAACCAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGGGAAGTCAAGGAAACAGGCGCTCCTTTTGCTTGTGAACCAGCA  450

seq1  GAAACCCCATCAGAAAACAGAATCTACTTCACATGTCTACAAGGCTTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCCATCAGAAAACAGAATCTACTTCACATGTCTACAAGGCTTTAA  500

seq1  TGAAGTATCTGCTCATAGAAGTATGAACAGAGTCAAGGAATTC  543
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTATCTGCTCATAGAAGTATGAACAGAGTCAAGGAATTC  543