BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083I03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 92,269,408 - 92,394,788
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCry2, Slc35c1, LOC100042775
Upstream gene1110051M20Rik, Lrp4, LOC619941, Ckap5, F2, Zfp408, Arhgap1, D2Ertd391e, LOC100043179, D230010M03Rik, D030051N19Rik, Chrm4, Mdk, Dgkz, Creb3l1, Phf21a, Gyltl1b, Pex16, 1700029I15Rik, Mapk8ip1
Downstream geneLOC100043205, Chst1, Syt13, LOC100042784, Trp53i11, C230071H18Rik, Tspan18, LOC100042789, LOC639658, Cd82
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083I03.bB6Ng01-083I03.g
ACCDH897752DH897753
length9961,104
definitionDH897752|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083I03, 5' end.DH897753|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083I03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,269,408 - 92,270,403)(92,393,678 - 92,394,788)
sequence
gaattcacttgttcataaaaactcaagaagttccactgtggcatgcactt
caacttgacctcaatattggtactctgtacatttttgtttcaactttgct
tttactgggttctacctcaacccctaagaaacttttaactagtggggtgg
tagtggcccttgcctttaatcccagcccttgggaggcagaggcaggcgga
tctctatgagccagcatggtctatagcgtgagtttcaggacagacaaact
acagtgaaaccatctcaagctccaaccaccaccacgaaagggcaatgctg
agctacttccaccatggtccccaggatggacccagaacagcttcccagga
ggcaataggaaggagacagggagatccctgagtagtttccagcccccagg
cagccacagacagggaggccactgccatgacatcaccttttgtatctgct
gctctgcaaagcaccgaaagaactggagctagctgctcctggagagtgcc
caccagacaggcctaggctgtcttagccagggagaactggcctttccctc
tgtgctcccttcgagccctcctctgcccctgctcacttctctttacttaa
ggaggggggaacgcaaaggaaaacaggtgagcactggaagggttggcgtc
ggggctgatcgtcacgcttgctccaaggggagatcacagggccacagtgc
agagcacaccccctgagggagcagtcacagaccctaagggtgcggccaga
gctccaccttttgaatagtccttgctccagaattacgtaagttccctgga
gccaggggagacagaactggagaaaaccaaattgggatttccaaaaatac
agggaaaactgtcatccagcaactctaggaggcgatcccttcagaacaag
tgagttcatacttccactcagagagatcttttggggggacagaagtggct
tttgttgagaaacacttgatttatctgttaatggagtggagggtag
gaattcaatgtgggggtgtaaagaaaggcaaaccaggagggacccaaatc
aaggactgttcaggttcagacactaggaacaaatggtggtccagttacca
agtggggaagagtgaagtggaaacaacttaaagaggaggcagaaagaacg
ccccaagggcagtgttttacagcagagagcctgtgaaatgcctgtcatag
acaggaaatccagtgctcaacctagacctcacagagacctgaggttagag
acaccaaactgaactgaatgggagaagatccttaacacatgctctaaact
catgtgtctgagtaagagagggtggagatgcaaagtaaaaagccctagga
cccagcctgtcctgcagaggtcaccgagacatgacgaatgggatatatag
tacgcagcacccagccctgccatctcctcagcttcatgaacatcctgttc
tacacaacaacaactgaaggctcagggctgtctcagggtcattgtgacac
ccgcagcacagccctgaccctctaagcatgtacagctaagggaactaaga
catgactcccagaaaaatggaacacttgaaattcagctccacctctcagc
cgtgaggacatccatccactcacggcagcacagcagaggagaggaacaaa
ccgctgataaaaactaacgacaccaggaaaaaaaaccacatatatatatg
tatgtatgtataaactagtagtctatgtgaagatcagtggatctttaatg
tacatgggctgcatgagatcctgcctacctgccagcttattgaatgtgta
tcctaatcaacttctgagagtctccaagtcttccaaggggttatcatttg
tccagtgacatttaacagccccgtgtaaaccaccctgaatgttgagaggt
aagagaggaggaggatgtaatgaatcacctatgatattacacactggcgt
ccctctatcaaatgctattaagaacaagtagatgaacatcttgtggcaca
gagtcatgagaaaggagatactctgaggctcactagatcgaatgaagata
gcatggctgatatcttcatagtatgacaggacgagagaacgggttcacat
gggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_92269408_92270403
seq2: B6Ng01-083I03.b_45_1040

seq1  GAATTCACTTGTTCATAAAAACTCAAGAAGTTCCACTGTGGCATGCACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGTTCATAAAAACTCAAGAAGTTCCACTGTGGCATGCACTT  50

seq1  CAACTTGACCTCAATATTGGTACTCTGTACATTTTTGTTTCAACTTTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGACCTCAATATTGGTACTCTGTACATTTTTGTTTCAACTTTGCT  100

seq1  TTTACTGGGTTCTACCTCAACCCCTAAGAAACTTTTAACTAGTGGGGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGGGTTCTACCTCAACCCCTAAGAAACTTTTAACTAGTGGGGTGG  150

seq1  TAGTGGCCCTTGCCTTTAATCCCAGCCCTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGCCCTTGCCTTTAATCCCAGCCCTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGA  200

seq1  TCTCTATGAGCCAGCATGGTCTATAGCGTGAGTTTCAGGACAGACAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATGAGCCAGCATGGTCTATAGCGTGAGTTTCAGGACAGACAAACT  250

seq1  ACAGTGAAACCATCTCAAGCTCCAACCACCACCACGAAAGGGCAATGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAAACCATCTCAAGCTCCAACCACCACCACGAAAGGGCAATGCTG  300

seq1  AGCTACTTCCACCATGGTCCCCAGGATGGACCCAGAACAGCTTCCCAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTTCCACCATGGTCCCCAGGATGGACCCAGAACAGCTTCCCAGGA  350

seq1  GGCAATAGGAAGGAGACAGGGAGATCCCTGAGTAGTTTCCAGCCCCCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATAGGAAGGAGACAGGGAGATCCCTGAGTAGTTTCCAGCCCCCAGG  400

seq1  CAGCCACAGACAGGGAGGCCACTGCCATGACATCACCTTTTGTATCTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACAGACAGGGAGGCCACTGCCATGACATCACCTTTTGTATCTGCT  450

seq1  GCTCTGCAAAGCACCGAAAGAACTGGAGCTAGCTGCTCCTGGAGAGTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCAAAGCACCGAAAGAACTGGAGCTAGCTGCTCCTGGAGAGTGCC  500

seq1  CACCAGACAGGCCTAGGCTGTCTTAGCCAGGGAGAACTGGCCTTTCCCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGACAGGCCTAGGCTGTCTTAGCCAGGGAGAACTGGCCTTTCCCTC  550

seq1  TGTGCTCCCTTCGAGCCCTCCTCTGCCCCTGCTCACTTCTCTTTACTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCCCTTCGAGCCCTCCTCTGCCCCTGCTCACTTCTCTTTACTTAA  600

seq1  GGAGGGGGGAACGCAAAGGAAAACAGGTGAGCACTGGAAGGGTTGGCGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGGGAACGCAAAGGAAAACAGGTGAGCACTGGAAGGGTTGGCGTC  650

seq1  GGGGCTGATCGTCACGCTTGCTCCAAGGGGAGATCACAGGGCCACAGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGATCGTCACGCTTGCTCCAAGGGGAGATCACAGGGCCACAGTGC  700

seq1  AGAGCACACCCCCTGAGGGAGCAGTCACAGACCCTAAGGGTGCGGCCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACACCCCCTGAGGGAGCAGTCACAGACCCTAAGGGTGCGGCCAGA  750

seq1  GCTCCACCTTTTGAATAGTCCTTGCTCCAGAATTACGTAAGTTCCCTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACCTTTTGAATAGTCCTTGCTCCAGAATTACGTAAGTTCCCTGGA  800

seq1  GCCAGGGGAGACAGAACTGGAGAAAACCAAATTGGGATTTCCAAAAATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGGAGACAGAACTGGAGAAAACCAAATTGGGATTTCCAAAAATAC  850

seq1  AGGGAAAACTGTCATCCAGCAACTCTAGGAGGCGATCCCTTCAGAACAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAACTGTCATCCAGCAACTCTAGGAGGCGATCCCTTCAGAACAAG  900

seq1  TGAGTTCCATACTTCCACTCAGAGAGATCTTTTGGGGGGACAGAAGTGGC  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTT-CATACTTCCACTCAGAGAGATCTTTTGGGGGGACAGAAGTGGC  949

seq1  -TGTGTTGAGAAACACTTGATTTATCTGTTAATGGAGTGGAGGGTAG  996
       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTGAGAAACACTTGATTTATCTGTTAATGGAGTGGAGGGTAG  996

seq1: chr2_92393678_92394788
seq2: B6Ng01-083I03.g_66_1169 (reverse)

seq1  ACCCATGTGACACCGTTCTCTCGTCCCTGTCATTACTATGAAGATAACTC  50
      ||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||
seq2  ACCCATGTGAACCCGTTCTCTCGT-CCTGTCA-TACTATGAAGATA--TC  46

seq1  AGCCATGCTTATCTTCATTCGATCCTAGTGAGCCTCAGAGTATCTCCTTT  100
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGC-TATCTTCATTCGAT-CTAGTGAGCCTCAGAGTATCTCCTTT  94

seq1  CTCATGACTCTGTTGCCACAAGATGTTCATCTACTTGTTCTTAATAGCAT  150
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGACTCTG-TGCCACAAGATGTTCATCTACTTGTTCTTAATAGCAT  143

seq1  TTGATAGAGGGACGCCAGTGTGTAATATCATAGGTGATTCATTACATCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGAGGGACGCCAGTGTGTAATATCATAGGTGATTCATTACATCCT  193

seq1  CCTCCTCTCTTACCTCTCAACATTCAGGGTGGTTTACACGGGGCTGTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCTCTTACCTCTCAACATTCAGGGTGGTTTACACGGGGCTGTTAA  243

seq1  ATGTCACTGGACAAATGATAACCCCTTGGAAGACTTGGAGACTCTCAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACTGGACAAATGATAACCCCTTGGAAGACTTGGAGACTCTCAGAA  293

seq1  GTTGATTAGGATACACATTCAATAAGCTGGCAGGTAGGCAGGATCTCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTAGGATACACATTCAATAAGCTGGCAGGTAGGCAGGATCTCATG  343

seq1  CAGCCCATGTACATTAAAGATCCACTGATCTTCACATAGACTACTAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCATGTACATTAAAGATCCACTGATCTTCACATAGACTACTAGTTT  393

seq1  ATACATACATACATATATATATGTGGTTTTTTTTCCTGGTGTCGTTAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACATACATATATATATGTGGTTTTTTTTCCTGGTGTCGTTAGTT  443

seq1  TTTATCAGCGGTTTGTTCCTCTCCTCTGCTGTGCTGCCGTGAGTGGATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCAGCGGTTTGTTCCTCTCCTCTGCTGTGCTGCCGTGAGTGGATGG  493

seq1  ATGTCCTCACGGCTGAGAGGTGGAGCTGAATTTCAAGTGTTCCATTTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTCACGGCTGAGAGGTGGAGCTGAATTTCAAGTGTTCCATTTTTC  543

seq1  TGGGAGTCATGTCTTAGTTCCCTTAGCTGTACATGCTTAGAGGGTCAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTCATGTCTTAGTTCCCTTAGCTGTACATGCTTAGAGGGTCAGGG  593

seq1  CTGTGCTGCGGGTGTCACAATGACCCTGAGACAGCCCTGAGCCTTCAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTGCGGGTGTCACAATGACCCTGAGACAGCCCTGAGCCTTCAGTT  643

seq1  GTTGTTGTGTAGAACAGGATGTTCATGAAGCTGAGGAGATGGCAGGGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTGTAGAACAGGATGTTCATGAAGCTGAGGAGATGGCAGGGCTG  693

seq1  GGTGCTGCGTACTATATATCCCATTCGTCATGTCTCGGTGACCTCTGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGCGTACTATATATCCCATTCGTCATGTCTCGGTGACCTCTGCAG  743

seq1  GACAGGCTGGGTCCTAGGGCTTTTTACTTTGCATCTCCACCCTCTCTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGCTGGGTCCTAGGGCTTTTTACTTTGCATCTCCACCCTCTCTTAC  793

seq1  TCAGACACATGAGTTTAGAGCATGTGTTAAGGATCTTCTCCCATTCAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACACATGAGTTTAGAGCATGTGTTAAGGATCTTCTCCCATTCAGTT  843

seq1  CAGTTTGGTGTCTCTAACCTCAGGTCTCTGTGAGGTCTAGGTTGAGCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGGTGTCTCTAACCTCAGGTCTCTGTGAGGTCTAGGTTGAGCACT  893

seq1  GGATTTCCTGTCTATGACAGGCATTTCACAGGCTCTCTGCTGTAAAACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCCTGTCTATGACAGGCATTTCACAGGCTCTCTGCTGTAAAACAC  943

seq1  TGCCCTTGGGGCGTTCTTTCTGCCTCCTCTTTAAGTTGTTTCCACTTCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTGGGGCGTTCTTTCTGCCTCCTCTTTAAGTTGTTTCCACTTCAC  993

seq1  TCTTCCCCACTTGGTAACTGGACCACCATTTGTTCCTAGTGTCTGAACCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCCACTTGGTAACTGGACCACCATTTGTTCCTAGTGTCTGAACCT  1043

seq1  GAACAGTCCTTGATTTGGGTCCCTCCTGGTTTGCCTTTCTTTACACCCCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTCCTTGATTTGGGTCCCTCCTGGTTTGCCTTTCTTTACACCCCC  1093

seq1  ACATTGAATTC  1111
      |||||||||||
seq2  ACATTGAATTC  1104