BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084G20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 72,375,327 - 72,521,936
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383712, LOC635960
Upstream geneDlx1as, Dlx2, Gm1631, Itga6, Pdk1, Rapgef4, LOC100040270, B230120H23Rik, Cdca7
Downstream geneLOC100039928, 6430710C18Rik, Sp3, Hspe1-ps5, Gtpbp9, LOC620110, Sp9, 1700023B02Rik, Scrn3, Gpr155, Wipf1, Chrna1, Chn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084G20.bB6Ng01-084G20.g
ACCDH898390DH898391
length1,0851,052
definitionDH898390|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084G20, 5' end.DH898391|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084G20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,375,327 - 72,376,423)(72,520,880 - 72,521,936)
sequence
gaattcatcagtgatggtatccactgaagaagatcttcatgactcagtca
tactcattagcagcaccagctgggagccaagccctcaaatcaggagcctt
tgagaaccatcattttacatccagacaaggacacctgctatgttaccagc
ggcctttggcttgtaggattgttctctctgaaggtccacagactcaagca
aagttccagttgttgcagaaaactcaccatctcgttgattcaacgctact
gtctcctgaactccaccagagtggctcacttggggatagtgtgtgccttg
gccctggtctcttctttctataacaaacttccaatgtaatagcatgcgtg
aaaattagggtacggaaaaggagttcatgtgaaacatcactgtatcttgt
accgtgtatacatatcattgtggcttgagaggcatcaatcattgggggtc
agtccttcctatgtagactggttactgtgttgctcctttctgctgagttc
taacaggtctttgagtcattgtagcaagccagaagtgctagtatactgag
gtccatcggaatatgctgtgtttgccatctttttcagtgatatgcccaat
tacctaaaaagaagcaacttaagggaggaagtgatatggcccgtatagcc
ctgactaggggggggggcacacagacacatgtacggaaaagttggggtca
ggtggggtacagcaaccaggaacctctgcatgtgcagcacaggaggggtt
ggtctcccctagtcttagtcaggggtttctgtaggtgagcaggccaggct
ggaagagagatctgcagaggaccctgattctgctcccagcacccacaggg
cagcttataactgtctgtaatccagggaatctaacaccctcttctgacct
ctataggtaatgcacacatgtggtagtcatacataatgcagcagatactc
atatacataaagtaaatactaattttttaaaaaaattattttcccatctt
ccaggtttgacatttaaattgttttagttcatataattacttcaaaaatc
tactttaatacattgtggtgtattcaataatactg
gaattcacatacagaaacctgtgagtgactttcaaatggtctaaagacat
tcctgaatgtgcacacgtatttgggggaagaggaaaagaaacttagcttt
cactgccttcttaaaaatttaaaaagtgaaataagaattgctaacctaca
atcatctacgtaaaaataacaaaaaagtttgcatgtatttcttccttggg
aaaatgtgtaagtcaggaaaaacaactgaagtgataacctgctaccaact
gtttacacagtcacaaggattactggaattaggctgggggtggggggagt
catggggctatcaatttatccacaaggctctgattttttaaaatgataat
tcttacacattattatgttaacaaggtgaccactgtctaattgatccttc
tcatattacatctgagaaggagtccaatcatgtgacctcatagtctgcca
cacaagttgttgggagaggtgagaaatgaacctcctctggtgccctgtgg
tgctctgaaatggtttgaagagttcccaaacagtcctaaggttaattcca
ctgccagacatattttcagctaagtggattatatttatacacactcacat
atacactttatacaaaatagttttaccaataaccggaaacaccatttctt
ctttcttaagtagatgaggttgcaaaagaaactgactgaaggactggctc
acgccatgaaggcatgaggacccaagtttcacccccagcatccatctgaa
aagctggtggtacacataatcccagagttcaggaggcagagataggggat
ccatccctgagactccctggctagttagctgggccctgtctacaaaacat
aatggatagatcttgaacaatgatacttaagattgacatctgacccctac
atgtgtgtgcatacacacctacatacacactgacctatacttcactcaca
gtaaagaaaggatgctagcttggcccaggattcaaatcaggaaagcttag
agcttttgatttgactccgtaaaattgttgcattgctggggtctaaggaa
gg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_72375327_72376423
seq2: B6Ng01-084G20.b_48_1132

seq1  GAATTCATCAGTGATGGTATCCACTGAAGAAGATCTTCATGACTCAGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGTGATGGTATCCACTGAAGAAGATCTTCATGACTCAGTCA  50

seq1  TACTCATTAGCAGCACCAGCTGGGAGCCAAGCCCTCAAATCAGGAGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATTAGCAGCACCAGCTGGGAGCCAAGCCCTCAAATCAGGAGCCTT  100

seq1  TGAGAACCATCATTTTACATCCAGACAAGGACACCTGCTATGTTACCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACCATCATTTTACATCCAGACAAGGACACCTGCTATGTTACCAGC  150

seq1  GGCCTTTGGCTTGTAGGATTGTTCTCTCTGAAGGTCCACAGACTCAAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTGGCTTGTAGGATTGTTCTCTCTGAAGGTCCACAGACTCAAGCA  200

seq1  AAGTTCCAGTTGTTGCAGAAAACTCACCATCTCGTTGATTCAACGCTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCCAGTTGTTGCAGAAAACTCACCATCTCGTTGATTCAACGCTACT  250

seq1  GTCTCCTGAACTCCACCAGAGTGGCTCACTTGGGGATAGTGTGTGCCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTGAACTCCACCAGAGTGGCTCACTTGGGGATAGTGTGTGCCTTG  300

seq1  GCCCTGGTCTCTTCTTTCTATAACAAACTTCCAATGTAATAGCATGCGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGTCTCTTCTTTCTATAACAAACTTCCAATGTAATAGCATGCGTG  350

seq1  AAAATTAGGGTACGGAAAAGGAGTTCATGTGAAACATCACTGTATCTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAGGGTACGGAAAAGGAGTTCATGTGAAACATCACTGTATCTTGT  400

seq1  ACCGTGTATACATATCATTGTGGCTTGAGAGGCATCAATCATTGGGGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTGTATACATATCATTGTGGCTTGAGAGGCATCAATCATTGGGGGTC  450

seq1  AGTCCTTCCTATGTAGACTGGTTACTGTGTTGCTCCTTTCTGCTGAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTCCTATGTAGACTGGTTACTGTGTTGCTCCTTTCTGCTGAGTTC  500

seq1  TAACAGGTCTTTGAGTCATTGTAGCAAGCCAGAAGTGCTAGTATACTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGGTCTTTGAGTCATTGTAGCAAGCCAGAAGTGCTAGTATACTGAG  550

seq1  GTCCATCGGAATATGCTGTGTTTGCCATCTTTTTCAGTGATATGCCCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCGGAATATGCTGTGTTTGCCATCTTTTTCAGTGATATGCCCAAT  600

seq1  TACCTAAAAAGAAGCAACTTAAGGGAGGAAGTGATATGGCCCGTATAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAAAAAGAAGCAACTTAAGGGAGGAAGTGATATGGCCCGTATAGCC  650

seq1  CTGACTAGGGGGGGGGGCACACAGACACATGTACGGAAAAGTTGGGGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTAGGGGGGGGGGCACACAGACACATGTACGGAAAAGTTGGGGTCA  700

seq1  GGTGGGGTACAGCAACCAGGAACCTCTGCATGTGCAGCACAGGAGGGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGTACAGCAACCAGGAACCTCTGCATGTGCAGCACAGGAGGGGTT  750

seq1  GGTCTCCCCTAGTCTTAGTCAGGGGTTTCTGTAGGTGAGCAGGCCAGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCCCTAGTCTTAGTCAGGGGTTTCTGTAGGTGAGCAGGCCAGGCT  800

seq1  GGAAGAGAGATCTGCAGAGGACCCTGATTCTGCTCCCAGCACCCACAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGAGATCTGCAGAGGACCCTGATTCTGCTCCCAGCACCCACAGGG  850

seq1  CAGCTTATAACTGTCTGTAATCCAGGGAATCTAACACCCTCTTCTGACCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTATAACTGTCTGTAATCCAGGGAATCTAACACCCTCTTCTGACCT  900

seq1  CTATAGGTAATGCACACATGTGGTAGTCATACATAATGCAGGCAGATACT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTATAGGTAATGCACACATGTGGTAGTCATACATAATGCA-GCAGATACT  949

seq1  CATATACATAAAGTAAAAATAACTAATTTTTTAAAAAAAATTATTTTCCC  1000
      |||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CATATACATAAAGTAAA---TACTAATTTTTT-AAAAAAATTATTTTCCC  995

seq1  ATCCTTCCAGGTTTGACCATTTAAA-TGTTTTAGTTCATATAATTTTACT  1049
      || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||
seq2  AT-CTTCCAGGTTTGA-CATTTAAATTGTTTTAGTTCATATAA--TTACT  1041

seq1  TTTAAAAAAAATCTACTTTTAATACA-TGT-GTGTATTCAAATAATACTG  1097
      |     |||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||
seq2  T----CAAAAATCTAC-TTTAATACATTGTGGTGTATTC-AATAATACTG  1085

seq1: chr2_72520880_72521936
seq2: B6Ng01-084G20.g_70_1121 (reverse)

seq1  CCTTCATTAGACCCCAGCACTGCAACAATCTCACAGAGTTCAAAATCAAA  50
      ||||| ||||||||||||| ||||||||| | || ||||   ||||||||
seq2  CCTTCCTTAGACCCCAGCAATGCAACAATTTTACGGAGT--CAAATCAAA  48

seq1  AGCTCTAGGCTGTCCCTGACTCTGAAATCCTGGGCC-AGCTAGCATCCTT  99
      ||||||| ||| | ||||| | || ||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCTCTAAGCT-TTCCTGA-TTTG-AATCCTGGGCCAAGCTAGCATCCTT  95

seq1  TTCTTTTACTGTGAGTGTATGTATAGGTCAGTGTGTATGTAGGTGTGTAT  149
      |   ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T--CTTTACTGTGAGTG-AAGTATAGGTCAGTGTGTATGTAGGTGTGTAT  142

seq1  GCACACACATGTAGGGGTCAGATGTCAATCTTAAGTATCATTGTTCAAGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACATGTAGGGGTCAGATGTCAATCTTAAGTATCATTGTTCAAGA  192

seq1  TCTATCCATTATGTTTTGTAGACGGGGCCCAGCTAACTAGCCAGGGAGTC  249
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCCATTATGTTTTGTAGACAGGGCCCAGCTAACTAGCCAGGGAGTC  242

seq1  TCAGGGATGGATCCCCTATCTCTGCCTCCTGAACTCTGGGATTATGTGTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGATGGATCCCCTATCTCTGCCTCCTGAACTCTGGGATTATGTGTA  292

seq1  CCACCAGCTTTTCAGATGGATGCTGGGGGTGAAACTTGGGTCCTCATGCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGCTTTTCAGATGGATGCTGGGGGTGAAACTTGGGTCCTCATGCC  342

seq1  TTCATGGCCTGAGCCAGTCCTTCAGTCAGTTTCTTTTGCAACCTCATCTA  399
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGCGTGAGCCAGTCCTTCAGTCAGTTTCTTTTGCAACCTCATCTA  392

seq1  CTTAAG-AAGAAGAAATGGTGTTTCCGGTTATTGGTAAAACTATTTTGTA  448
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGAAAGAAGAAATGGTGTTTCCGGTTATTGGTAAAACTATTTTGTA  442

seq1  T-AAGTGTATATGTGAGTGTGTATAAATATAATCCACTTAGCTGAAAATA  497
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGTATATGTGAGTGTGTATAAATATAATCCACTTAGCTGAAAATA  492

seq1  TGTCTGGCAGTGGAATTAACCTTAGGACTGTTTGGGAACTCTTCAAACCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGGCAGTGGAATTAACCTTAGGACTGTTTGGGAACTCTTCAAACCA  542

seq1  TTTCAGAGCACCACAGGGCACCAGAGGAGGTTCATTTCTCACCTCTCCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAGCACCACAGGGCACCAGAGGAGGTTCATTTCTCACCTCTCCCA  592

seq1  ACAACTTGTGTGGCAGACTATGAGGTCACATGATTGGACTCCTTCTCAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTGTGTGGCAGACTATGAGGTCACATGATTGGACTCCTTCTCAGA  642

seq1  TGTAATATGAGAAGGATCAATTAGACAGTGGTCACCTTGTTAACATAATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATATGAGAAGGATCAATTAGACAGTGGTCACCTTGTTAACATAATA  692

seq1  ATGTGTAAGAATTATCATTTTAAAAAATCAGAGCCTTGTGGATAAATTGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTAAGAATTATCATTTTAAAAAATCAGAGCCTTGTGGATAAATTGA  742

seq1  TAGCCCCATGACTCCCCCCACCCCCAGCCTAATTCCAGTAATCCTTGTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCCATGACTCCCCCCACCCCCAGCCTAATTCCAGTAATCCTTGTGA  792

seq1  CTGTGTAAACAGTTGGTAGCAGGTTATCACTTCAGTTGTTTTTCCTGACT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAAACAGTTGGTAGCAGGTTATCACTTCAGTTGTTTTTCCTGACT  842

seq1  TACACATTTTCCCAAGGAAGAAATACATGCAAACTTTTTTGTTATTTTTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATTTTCCCAAGGAAGAAATACATGCAAACTTTTTTGTTATTTTTA  892

seq1  CGTAGATGATTGTAGGTTAGCAATTCTTATTTCACTTTTTAAATTTTTAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGATGATTGTAGGTTAGCAATTCTTATTTCACTTTTTAAATTTTTAA  942

seq1  GAAGGCAGTGAAAGCTAAGTTTCTTTTCCTCTTCCCCCAAATACGTGTGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAGTGAAAGCTAAGTTTCTTTTCCTCTTCCCCCAAATACGTGTGC  992

seq1  ACATTCAGGAATGTCTTTAGACCATTTGAAAGTCACTCACAGGTTTCTGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAGGAATGTCTTTAGACCATTTGAAAGTCACTCACAGGTTTCTGT  1042

seq1  ATGTGAATTC  1057
      ||||||||||
seq2  ATGTGAATTC  1052