BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-084L01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 105,518,361 - 105,671,066
singlet/doubletdoublet
Overlap genePax6, Elp4, LOC100043394
Upstream geneTcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7, Qser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4, Ccdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356, Wt1, 0610012H03Rik, Rcn1, Pax6os1, LOC100043391
Downstream geneImmp1l, LOC100043402, Dph4, LOC668765, Dcdc5, 9330126M15, C130023O10Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-084L01.bB6Ng01-084L01.g
ACCDH898570DH898571
length1,174967
definitionDH898570|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084L01, 5' end.DH898571|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-084L01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,669,891 - 105,671,066)(105,518,361 - 105,519,333)
sequence
gaattctgaactctgcagttaaacacatacacacatgcacacacaaacat
gtacacaaaagtggtaatacctacattcaaaggtatttcctctgaatcag
aattgtgtgttggctgtaattctatactgttttgttcatagcatgctcag
ctttataaatgtgatatatgagctgaggccatagtccagtggtggagtgc
ttgcttagcataaatttaatccctatcatttcaaaataaaataaagcata
tattaagaatagaataatttaacaaaatattactttataatttgaaacag
gtttgtttcaaagaataaacatttttataccagaaaatatgaggttttta
ttcattctttcaggtaaaggaaagaagtcaactttacttaaatgctcctt
tcaggagggggactgttcatatatttaaccatagcctatttattcaattc
taccaacagccctgtgagctgagtaatgtcacagtttatggggacttgag
gtcagagatgctagacaaatttactgttgcaaattataagtcgttaaagc
agtggttctcaacctgtggtttgtgacccctttgggggtcaaatgacctt
ttcacagaggaagcatatcagatattctgtatatcatatacttacattaa
gattcataacagaatcacaatggtagttatgaagtagcaacaaaaataat
cttatggttggaggtcagcacagcatgaaaatctgtattaaaggctcaca
gcaaccactggactaaggttacacccaaaatcatgtttgtaaaacctccg
tgttgcaggaaatgtgcagctcaccaaactgagggaccaaaagactatac
tttgatgaactgtgaggatgtagtcaaatggtctttaaaacgtgtaattg
ctggaatgttttttgaaagctagcagatttacacagaataggaaaattta
tagattttaattaccaaggcagtatttcatttcatagtagttaactgaaa
attcatttatttcatattaaacttaaatgcttaattaatgtaattaaatt
taaacatgtaattaaattaatttggaatatgagtaccttaccatgtgaga
tttattttaattatgaaaagggtatgctcatttcactgacatgaactttg
cctgggttcattataaaacaataa
gaattctccacacacacacacacacacaccctccacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacaccctccatacacacaccctccacatac
acctgctatcctttgcagcttgagtcatatatatatatatatatatatat
atatatatatatatatatgatggacattttgttctatgtgaggtatctgt
tcgcgacatgatatagattcaggaactggcctatagacaggaaggagact
gtacgagttaaccgcaatgatggtatctagtccttggctatgttcagtca
ttaaacagacactgagaaagtcctcatcctagacttaggtcttatggatt
taagttgcctctcagttacttaaaagttaaatcataaaaggccttaaaga
gaaaactattccctggaattctttgcagggtggcaaaattaatcatcatc
acagctaaaacaaaacaaaacggggggggggaatgatttcttggggtaaa
actaaatgagatgctgtgactatttcaatattttaaccctcccccttttt
cctgggcaatcctcttgaatgggctctttattggaactccccctttccaa
ttgagctccccacggtgcccttgtatctttttgagcccctaacaactcac
accagtaacacaattacctccagatatttataacaagaaattactttact
atttttctccacctcactcccatcaaccctctttttcagggaaagctctt
tatgactggacgccttgaggggcgctgtggcaagtgagtacttcagtgag
tggagtcctcattttttcgttgcgagttgcagacttgttggattctttgc
ttggacctgactatctgggttgagatctggtcttttcagactcggtgcgt
ggatatcagagaataaaagcactgttggagtatggagactttgtccaccc
ccccttcccgtttgtac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_105669891_105671066
seq2: B6Ng01-084L01.b_48_1221 (reverse)

seq1  TTATTGTTTTATAAATGAACC--AGCAAAGTTCATGTCAGTGAAATGAGC  48
      |||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTTTTAT-AATGAACCCAGGCAAAGTTCATGTCAGTGAAATGAGC  49

seq1  ATACACTTTTCATAAATTAAAATAAATCTCACATGGTAAAGTACTCATAT  98
      |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATACCCTTTTCAT-AATTAAAATAAATCTCACATGGTAAGGTACTCATAT  98

seq1  TCAAAATTAATTTAATTACATGTTTAAAATTTAATTACATTTAATTAAGC  148
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCCAAATTAATTTAATTACATGTTT-AAATTTAATTACA-TTAATTAAGC  146

seq1  ATTTAAGTTTAATATGAAATAAATGAATTATCAGTTAACTACTATGAAAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGTTTAATATGAAATAAATGAATTTTCAGTTAACTACTATGAAAT  196

seq1  GAAATACTGCCTTGGTAATTAAAATCTATAAATTTTCCTATTCTGTGTAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACTGCCTTGGTAATTAAAATCTATAAATTTTCCTATTCTGTGTAA  246

seq1  ATCTGCTAGCTTTCAAAAAACATTCCAGCAATTACACGTTTTAAAGACCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTAGCTTTCAAAAAACATTCCAGCAATTACACGTTTTAAAGACCA  296

seq1  TTTGACTACATCCTCACAGTTCATCAAAGTATAGTCTTTTGGTCCCTCAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTACATCCTCACAGTTCATCAAAGTATAGTCTTTTGGTCCCTCAG  346

seq1  TTTGGTGAGCTGCACATTTCCTGCAACACGGAGGTTTTACAAACATGATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGAGCTGCACATTTCCTGCAACACGGAGGTTTTACAAACATGATT  396

seq1  TTGGGTGTAACCTTAGTCCAGTGGTTGCTGTGAGCCTTTAATACAGATTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGTAACCTTAGTCCAGTGGTTGCTGTGAGCCTTTAATACAGATTT  446

seq1  TCATGCTGTGCTGACCTCCAACCATAAGATTATTTTTGTTGCTACTTCAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTGTGCTGACCTCCAACCATAAGATTATTTTTGTTGCTACTTCAT  496

seq1  AACTACCATTGTGATTCTGTTATGAATCTTAATGTAAGTATATGATATAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACCATTGTGATTCTGTTATGAATCTTAATGTAAGTATATGATATAC  546

seq1  AGAATATCTGATATGCTTCCTCTGTGAAAAGGTCATTTGACCCCCAAAGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATCTGATATGCTTCCTCTGTGAAAAGGTCATTTGACCCCCAAAGG  596

seq1  GGTCACAAACCACAGGTTGAGAACCACTGCTTTAACGACTTATAATTTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAAACCACAGGTTGAGAACCACTGCTTTAACGACTTATAATTTGC  646

seq1  AACAGTAAATTTGTCTAGCATCTCTGACCTCAAGTCCCCATAAACTGTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAAATTTGTCTAGCATCTCTGACCTCAAGTCCCCATAAACTGTGA  696

seq1  CATTACTCAGCTCACAGGGCTGTTGGTAGAATTGAATAAATAGGCTATGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTCAGCTCACAGGGCTGTTGGTAGAATTGAATAAATAGGCTATGG  746

seq1  TTAAATATATGAACAGTCCCCCTCCTGAAAGGAGCATTTAAGTAAAGTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATATATGAACAGTCCCCCTCCTGAAAGGAGCATTTAAGTAAAGTTG  796

seq1  ACTTCTTTCCTTTACCTGAAAGAATGAATAAAAACCTCATATTTTCTGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTTCCTTTACCTGAAAGAATGAATAAAAACCTCATATTTTCTGGT  846

seq1  ATAAAAATGTTTATTCTTTGAAACAAACCTGTTTCAAATTATAAAGTAAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATGTTTATTCTTTGAAACAAACCTGTTTCAAATTATAAAGTAAT  896

seq1  ATTTTGTTAAATTATTCTATTCTTAATATATGCTTTATTTTATTTTGAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTTAAATTATTCTATTCTTAATATATGCTTTATTTTATTTTGAAA  946

seq1  TGATAGGGATTAAATTTATGCTAAGCAAGCACTCCACCACTGGACTATGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGGATTAAATTTATGCTAAGCAAGCACTCCACCACTGGACTATGG  996

seq1  CCTCAGCTCATATATCACATTTATAAAGCTGAGCATGCTATGAACAAAAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTCATATATCACATTTATAAAGCTGAGCATGCTATGAACAAAAC  1046

seq1  AGTATAGAATTACAGCCAACACACAATTCTGATTCAGAGGAAATACCTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGAATTACAGCCAACACACAATTCTGATTCAGAGGAAATACCTTT  1096

seq1  GAATGTAGGTATTACCACTTTTGTGTACATGTTTGTGTGTGCATGTGTGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTAGGTATTACCACTTTTGTGTACATGTTTGTGTGTGCATGTGTGT  1146

seq1  ATGTGTTTAACTGCAGAGTTCAGAATTC  1176
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTTAACTGCAGAGTTCAGAATTC  1174

seq1: chr2_105518361_105519333
seq2: B6Ng01-084L01.g_69_1035

seq1  GAATTCTCCACACACACACACACACACACCCTCCACACACACACACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCACACACACACACACACACACCCTCCACACACACACACACAC  50

seq1  ACACACACACACACACACACACACCCTCCATACACACACCCTCCACATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACCCTCCATACACACACCCTCCACATAC  100

seq1  ACCTGCTATCCTTTGCAGCTTGAGTCATATATATATATATATATATATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTATCCTTTGCAGCTTGAGTCATATATATATATATATATATATAT  150

seq1  ATATATATATATATATATGATGGACATTTTGTTCTAGGTGAGGTATCTGT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATGATGGACATTTTGTTCTATGTGAGGTATCTGT  200

seq1  TCGCGACATGATATAGATTCAGGAACTGGCCTAGAGACAGGAAGGAGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCGCGACATGATATAGATTCAGGAACTGGCCTATAGACAGGAAGGAGACT  250

seq1  GTAGGAGTTAACCGCAATGATGGTATCTAGTCCTTGGCTATGTTCAGTCA  300
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGAGTTAACCGCAATGATGGTATCTAGTCCTTGGCTATGTTCAGTCA  300

seq1  TTAAACAGACACTGAGAAAGTCCTCATCCTAGACTTAGGTCTTATGGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACAGACACTGAGAAAGTCCTCATCCTAGACTTAGGTCTTATGGATT  350

seq1  TAAGTTGCCTCTCAGTTACTTAAAAGTTAAATCATAAAAGGCCTTAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGCCTCTCAGTTACTTAAAAGTTAAATCATAAAAGGCCTTAAAGA  400

seq1  GAAAACTATTCCCTGGAATTCTTTGCAGGGTGGCAAAATTAATCATCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTATTCCCTGGAATTCTTTGCAGGGTGGCAAAATTAATCATCATC  450

seq1  ACAGCTAAAACAAAACAAAACGGGGGGGGGGAATGATTTCTTAAAAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||
seq2  ACAGCTAAAACAAAACAAAACGGGGGGGGGGAATGATTTCTT-GGGGTAA  499

seq1  AACTAAATGAGATGCTGTGACTATTTCATTATTTTAACCCTCCCCCTTTT  550
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAATGAGATGCTGTGACTATTTCAATATTTTAACCCTCCCCCTTTT  549

seq1  TCCTGGGCAATCCTCTTGAATGGGCTCTTTATTGTAACTCCCCCTTTCCA  600
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCTGGGCAATCCTCTTGAATGGGCTCTTTATTGGAACTCCCCCTTTCCA  599

seq1  ATTGAGCTCCCCACGGTGCCCTTGTATCTTTTTACAGCCCCTAACAACTC  650
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  ATTGAGCTCCCCACGGTGCCCTTGTATCTTTTT-GAGCCCCTAACAACTC  648

seq1  ACACCAGTAACACAATTACCTCCAGATATTTATAACAAGAAATTACTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGTAACACAATTACCTCCAGATATTTATAACAAGAAATTACTTTA  698

seq1  CTA-TTTTCTCCACCTCACTCCCAAGAACCCTCTTTTTGAGGGAAAGC-C  748
      ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |
seq2  CTATTTTTCTCCACCTCACTCCCATCAACCCTCTTTTTCAGGGAAAGCTC  748

seq1  CGGAGGACTGGACGCCTTGAGGGGCGCTGTGGCAAGTCAGTACTTCAGTG  798
         | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTATGACTGGACGCCTTGAGGGGCGCTGTGGCAAGTGAGTACTTCAGTG  798

seq1  AGTGGAGTCCTCATTTTTTCCTTTGGGAGTTGCAGAGTTGTTGGTTTCTT  848
      ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||| |||||
seq2  AGTGGAGTCCTCATTTTTT-CGTTGCGAGTTGCAGACTTGTTGGATTCTT  847

seq1  TGCTTGGACCTGATGTAGCTGGGTTGAGAGCCTGGGCTTTACTGTCTGGG  898
      |||||||||||||  || |||||||||||  |||| |||| | | || ||
seq2  TGCTTGGACCTGA-CTATCTGGGTTGAGA-TCTGGTCTTTTCAGACTCGG  895

seq1  TTTGGGGAGAGCCACAGAATAAAAGCCATTGTTTGGTGTCTGTAGACTTT  948
      |  | ||| |  || |||||||||| || || |||| || || |||||||
seq2  TGCGTGGATA-TCAGAGAATAAAAG-CACTG-TTGGAGTATGGAGACTTT  942

seq1  GTCTACACCCCCTTCCCGTTTGTAC  973
      ||| || ||||||||||||||||||
seq2  GTCCACCCCCCCTTCCCGTTTGTAC  967