BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088C05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 124,378,045 - 124,553,676
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema6d, LOC100043367
Upstream gene4930517E11Rik, LOC100043360
Downstream geneLOC100043369, Slc24a5, Myef2, LOC100043375, Slc12a1, Dut, A530010F05Rik, LOC100043698, Fbn1, Cep152, Shc4, Eid1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088C05.bB6Ng01-088C05.g
ACCDH901075DH901076
length2491,220
definitionDH901075|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088C05, 5' end.DH901076|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088C05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,553,428 - 124,553,676)(124,378,045 - 124,379,300)
sequence
ttccacttgaagatgcagctggctaagtgatactgaaagcagctgtaggt
ggccacattagtactttgtctttttatatccttggatagggatggagggt
ggaaagggtggcttgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtctgtgtgtgcat
gtatgtggtgtgtgtatgtgtttgtgtttctctatgtgtgtgtgtatgtg
tatctgtctgtgtgtatgcatgtacatggtgtgcctacatgtctgtctg
gaattcaagttgatactgctaccaaattccagaagaccctgtggatctaa
atattcaatttattttaaaggaattttagtgacaacgaagttccacatat
aagatgttcgacagtgtctgctatggtgtaggtgcctaacaaatatcagc
tcccttaactgtgtgagtagtaggagcccctaaaaattacactgagccac
ttctcacgagtggggctcactgtgcaggtcagtcatatgaagtagtggat
gggaagtgactagagcagagcaaggggtttgacgtggatgactcctggag
caactcttcgtcctgcatcaactcagagtcactggatctgactgacttca
cgtcctggtgctgaactggtctcagatggatctcagaagtaacagattta
agactctgctgtgtttcctttctgtagtagtaatatgcttaggagctttg
atggtatttattcactaacagacaccagacctgatgatatccagaaacta
aaccctgaagtttaagctcttaaatcattaggacccagagaacagggcag
tctggaaacaaaatcaatccaaagacttcagcactttgttgaattcagtt
gaaaaacaaccacaggaattgccaagacattacacgggtccggaagggag
aagacaaattttgaaaacgccaatcttattcagaaaaatcagacacatgg
tacagtccttatcctgatttgacccagctctctcgttgtgcaatgaaaag
tggtagcccatagacacccagactattaagaatccctcccaaggcactga
agccttttgacttgtgtgtctgttctctccctcttttgttgctgaattat
attccttatcttgactatctatattttcttatgataaaaacgcagaaatg
agtgtgggagccaatctgaaaatgatgaccctggatatggtaacagagct
caaagttaagcgattcttaccctgacattctgtcactgcacatagcatca
agtcctatggtgatcctaatcactttccatatttataccatggctattaa
actatttcacctggcttcaagtagtaaaggtgacaagatgttcaaacctg
cagagaggctggactgtgctacctctaggaggtcgagatccagttcaact
gacctagcctatctatgcttcgggctaaggttgcttgtgttagcactttc
aggccctggtccatccccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_124553428_124553676
seq2: B6Ng01-088C05.b_51_299 (reverse)

seq1  CAGACAGACATGTAGGCACACCATGTACATGCATACACACAGACAGATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGACATGTAGGCACACCATGTACATGCATACACACAGACAGATAC  50

seq1  ACATACACACACACATAGAGAAACACAAACACATACACACACCACATACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACACACACACATAGAGAAACACAAACACATACACACACCACATACA  100

seq1  TGCACACACAGACACAGACACACACACACACACACAAGCCACCCTTTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACAGACACAGACACACACACACACACACAAGCCACCCTTTCCA  150

seq1  CCCTCCATCCCTATCCAAGGATATAAAAAGACAAAGTACTAATGTGGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCATCCCTATCCAAGGATATAAAAAGACAAAGTACTAATGTGGCCA  200

seq1  CCTACAGCTGCTTTCAGTATCACTTAGCCAGCTGCATCTTCAAGTGGAA  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGCTGCTTTCAGTATCACTTAGCCAGCTGCATCTTCAAGTGGAA  249

seq1: chr2_124378045_124379300
seq2: B6Ng01-088C05.g_69_1288

seq1  GAATTCAAGTTGATACTGCTACCAAATTCCAGAAGACCCTGTGGATCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTTGATACTGCTACCAAATTCCAGAAGACCCTGTGGATCTAA  50

seq1  ATATTCAATTTATTTTAAAGGAATTTTAGTGACAACGAAGTTCCACATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCAATTTATTTTAAAGGAATTTTAGTGACAACGAAGTTCCACATAT  100

seq1  AAGATGTTCGACAGTGTCTGCTATGGTGTAGGTGCCTAACAAATATCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTTCGACAGTGTCTGCTATGGTGTAGGTGCCTAACAAATATCAGC  150

seq1  TCCCTTAACTGTGTGAGTAGTAGGAGCCCCTAAAAATTACACTGAGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTAACTGTGTGAGTAGTAGGAGCCCCTAAAAATTACACTGAGCCAC  200

seq1  TTCTCACGAGTGGGGCTCACTGTGCAGGTCAGTCATATGAAGTAGTGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACGAGTGGGGCTCACTGTGCAGGTCAGTCATATGAAGTAGTGGAT  250

seq1  GGGAAGTGACTAGAGCAGAGCAAGGGGTTTGACGTGGATGACTCCTGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTGACTAGAGCAGAGCAAGGGGTTTGACGTGGATGACTCCTGGAG  300

seq1  CAACTCTTCGTCCTGCATCAACTCAGAGTCACTGGATCTGACTGACTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTTCGTCCTGCATCAACTCAGAGTCACTGGATCTGACTGACTTCA  350

seq1  CGTCCTGGTGCTGAACTGGTCTCAGATGGATCTCAGAAGTAACAGATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCTGGTGCTGAACTGGTCTCAGATGGATCTCAGAAGTAACAGATTTA  400

seq1  AGACTCTGCTGTGTTTCCTTTCTGTAGTAGTAATATGCTTAGGAGCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTGCTGTGTTTCCTTTCTGTAGTAGTAATATGCTTAGGAGCTTTG  450

seq1  ATGGTATTTATTCACTAACAGACACCAGACCTGATGATATCCAGAAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATTTATTCACTAACAGACACCAGACCTGATGATATCCAGAAACTA  500

seq1  AACCCTGAAGTTTAAGCTCTTAAATCATTAGGACCCAGAGAACAGGGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGAAGTTTAAGCTCTTAAATCATTAGGACCCAGAGAACAGGGCAG  550

seq1  TCTGGAAACAAAATCAATCCAAAGACTTCAGCACTTTGTTGAATTCAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAACAAAATCAATCCAAAGACTTCAGCACTTTGTTGAATTCAGTT  600

seq1  GAAAAACAACCACAGGAATTGCCAAGACATTACACGGGTCCGGAAGGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACAACCACAGGAATTGCCAAGACATTACACGGGTCCGGAAGGGAG  650

seq1  AAGACAAATTTTGAAAACGCCAATCTTATTCAGAAAAATCAGACACATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAATTTTGAAAACGCCAATCTTATTCAGAAAAATCAGACACATGG  700

seq1  TACAGTCCTTATCCTGATTTGACCCAGCTCTCTCGTTGTGCAATGAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCCTTATCCTGATTTGACCCAGCTCTCTCGTTGTGCAATGAAAAG  750

seq1  TGGTAGCCCATAGACACCCAGACTATTAAGAATCCCTCCCAAGGCACTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGCCCATAGACACCCAGACTATTAAGAATCCCTCCCAAGGCACTGA  800

seq1  AGCCTTTTGACTTGTGTGTCTGTTCTCTCCCTCTTTTGTTGCTGAATTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTTGACTTGTGTGTCTGTTCTCTCCCTCTTTTGTTGCTGAATTAT  850

seq1  ATTTCCTTATCTTGACTATCTATATTTTTCTTATGAATAAAAACGCAGAA  900
      | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  A-TTCCTTATCTTGACTATCTATA-TTTTCTTATG-ATAAAAACGCAGAA  897

seq1  ATGAGTGTGGGAGCCAATCTGAAAATGAATGACCCTGGATATGGTAACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGTGGGAGCCAATCTGAAAATG-ATGACCCTGGATATGGTAACAG  946

seq1  AGCTTCAAAGTTAAGCGATTCTTACCCCTGACATTCTGTCACTGCACATA  1000
      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGC-TCAAAGTTAAGCGATTCTTA-CCCTGACATTCTGTCACTGCACATA  994

seq1  GCATCAAGTCCTTATGGTGATTCCTATTCACCTTCCATATTTATACACAT  1050
      ||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||
seq2  GCATCAAGTCC-TATGGTGA-TCCTAATCACTTTCCATATTTATAC-CAT  1041

seq1  GCATATAAAACTATGTCA-CTTGCTTCAAAGTAGT-AAGGTGACAATGAT  1098
      |  ||| ||||||| ||| || ||||| ||||||| |||||||||| || 
seq2  GGCTATTAAACTATTTCACCTGGCTTC-AAGTAGTAAAGGTGACAA-GA-  1088

seq1  GTGTTCAAACCTGCAGAGACAGCCTGACTTGTTGCTACTCTCAAGGAAGA  1148
       ||||||||||||||||||  ||  ||||   |||||| ||| ||||   
seq2  -TGTTCAAACCTGCAGAGA-GGCTGGACT--GTGCTAC-CTCTAGGA--G  1131

seq1  GTCAGAAGGATCACAAGTTCAAAACTGACCTGAGCTATACCTAGTCCTCT  1198
      ||| ||  |||  | |||||  |||||||||   ||||  ||| | ||  
seq2  GTC-GA--GAT--CCAGTTC--AACTGACCTAGCCTAT--CTA-TGCTTC  1171

seq1  GGGCTAGATGTGTGGCTTGGTGGTAGAGCATGTTCAAGGCCCTGGGTTCT  1248
      ||||||     || |||| ||| |  ||||  ||| |||||||||  || 
seq2  GGGCTA---AGGTTGCTT-GTGTT--AGCACTTTC-AGGCCCTGG--TCC  1212

seq1  ATCCCCTA  1256
      ||||||||
seq2  ATCCCCTA  1220